Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MRTRSTISTPNGITWYYEQEGTGPDIVLVPDGLGECQMFDSSVSQIAAQGFRVTTFDMPGMSRSAKAPAETYTEVTAQKL
ASYVISILDALDIKHATVWGCSSGASTVVALLLGYPDRIRNAMCHELPTKLLDHLSNTAVLEDEEISNILANVMLNDVSG
GSEAWQALGVEVHARLHKNYPVWARGYPRTIPPSAPVQDVEALRGKPLDWTVGAATPTESFFDNIVTATKAGVNIGLLPG
MAFPYVSHPDVFAKYVVETTQKHLWNSS

The query sequence (length=268) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6jr9:A 269 268 0.9925 0.9888 0.9925 0.0 5c7y:A, 5c7y:B, 5c81:A, 5c81:B, 5c8x:A, 5c8x:B, 5c8z:A, 5c8z:B, 5ie4:A, 5ie4:B, 5ie5:A, 5ie5:B, 5ie6:A, 5ie6:B, 5ie7:A, 5ie7:B, 6jqz:A, 6jqz:B, 6jr2:A, 6jr2:B, 6jr5:A, 6jr5:B, 6jr9:B, 6jra:A, 6jra:B, 6jrb:A, 6jrb:B, 6jrc:A, 6jrc:B, 6jrd:A, 6jrd:B, 3wzm:A, 3wzm:B, 3wzm:C
2 5xo7:F 264 263 0.6194 0.6288 0.6312 3.07e-120 5xo7:A, 5xo7:B, 5xo7:C, 5xo7:D, 5xo7:E, 5xo7:G, 5xo7:H, 5xo8:A, 5xo8:B, 5xo8:C, 5xo8:D, 5xo8:E, 5xo8:F, 5xo8:G, 5xo8:H, 5z7j:A, 5z7j:B, 5z7j:C, 5z7j:D, 5z7j:E, 5z7j:F, 5z7j:G, 5z7j:H, 5z97:A, 5z97:B, 5z97:C
3 6eb3:B 268 110 0.1381 0.1381 0.3364 2.24e-06 6eb3:A, 6eb3:C, 6eb3:D
4 2xua:H 261 121 0.1567 0.1609 0.3471 5.15e-06
5 1hl7:A 279 108 0.1119 0.1075 0.2778 1.06e-05 1hl7:B
6 1cr6:B 541 121 0.1231 0.0610 0.2727 1.27e-05 1cr6:A, 1ek1:A, 1ek1:B, 1ek2:A, 1ek2:B
7 2og1:A 285 107 0.1194 0.1123 0.2991 3.20e-05 2puh:A, 2puj:A, 2rht:A, 2rhw:A, 3v1m:A, 3v1n:A
8 4hai:A 548 115 0.1194 0.0584 0.2783 7.19e-05 7a7g:A, 7a7g:B, 5ai0:A, 5ai4:A, 5ai5:A, 5ai6:A, 5ai8:A, 5ai9:A, 5aia:A, 5aib:A, 5aic:A, 5ak3:A, 5ak4:A, 5ak5:A, 5ak6:A, 5ake:A, 5akg:A, 5akh:A, 5aki:A, 5akj:A, 5akk:A, 5akl:A, 5akx:A, 5aky:A, 5akz:A, 5ald:A, 5ale:A, 5alf:A, 5alg:A, 5alh:A, 5ali:A, 5alk:A, 5all:A, 5alm:A, 5aln:A, 5alo:A, 5alp:A, 5alq:A, 5alr:A, 5als:A, 5alt:A, 5alu:A, 5alv:A, 5alw:A, 5alx:A, 5aly:A, 5alz:A, 5am0:A, 5am1:A, 5am2:A, 5am3:A, 5am4:A, 5am5:A, 3ans:A, 3ans:B, 3ant:A, 3ant:B, 6aum:A, 4c4x:A, 4c4x:B, 4c4y:A, 4c4z:A, 4c4z:B, 7eba:A, 7eba:B, 5fp0:A, 6fr2:A, 6hgv:A, 6hgw:A, 6hgx:A, 3i1y:A, 3i28:A, 6i5g:A, 6i5g:B, 4j03:A, 4jnc:A, 3koo:A, 5mwa:A, 4ocz:A, 4od0:A, 3otq:A, 7p4k:A, 7p4k:B, 3pdc:A, 3pdc:B, 8qmz:A, 8qmz:B, 8qmz:C, 8qmz:D, 8qn0:A, 8qn0:B, 8qvf:A, 8qvg:A, 8qvh:A, 8qvk:A, 8qvl:A, 8qwi:A, 8qzd:A, 1vj5:A, 3wk4:A, 3wk5:A, 3wk6:A, 3wk7:A, 3wk8:A, 3wk9:A, 3wka:A, 3wkb:A, 3wkc:A, 3wkd:A, 3wke:A, 4x6x:A, 4x6x:B, 4x6y:A, 4x6y:B, 4y2j:A, 4y2p:A, 4y2q:A, 4y2r:A, 4y2s:A, 4y2t:A, 4y2u:A, 4y2v:A, 4y2x:A, 4y2y:A, 6yl4:A, 1zd2:P, 1zd3:A, 1zd4:A, 1zd5:A
9 5alj:A 523 115 0.1194 0.0612 0.2783 8.94e-05
10 8pi1:B 276 104 0.0896 0.0870 0.2308 6.04e-04 3hea:A, 3hea:B, 3hea:C, 3hea:D, 3hea:E, 3hea:F, 3hi4:A, 3hi4:B, 3hi4:C, 3hi4:D, 3hi4:E, 3hi4:F, 3ia2:A, 3ia2:B, 3ia2:C, 3ia2:D, 3ia2:E, 3ia2:F, 8pi1:A, 8pi1:C, 8pi1:D, 8pi1:E, 8pi1:F, 8pi1:G, 8pi1:H, 8pi1:I, 8pi1:J, 8pi1:K, 8pi1:M, 8pi1:N, 8pi1:O
11 5h3h:B 269 109 0.1045 0.1041 0.2569 6.30e-04 5h3h:A
12 2ocg:A 254 113 0.1045 0.1102 0.2478 0.001 2oci:A, 2ock:A, 2ocl:A
13 2zjf:A 346 106 0.0970 0.0751 0.2453 0.014
14 8qd2:A 398 123 0.1306 0.0879 0.2846 0.018 8qd2:B, 8qd2:C, 8qd2:D, 8qd3:A, 8qd3:B, 8qd3:C, 8qd3:D
15 4g8b:A 277 113 0.0933 0.0903 0.2212 0.027 4g8b:B, 4g8c:A, 4g8c:B, 4g9e:A, 4g9e:B
16 8sbq:A 277 128 0.1194 0.1155 0.2500 0.030 8g49:A, 8sbq:B, 8t88:A, 8t88:B, 8tfw:A, 8tfw:B
17 4uhf:A 278 116 0.1157 0.1115 0.2672 0.24 4uhd:A, 4uhe:A
18 6qe2:A 257 100 0.1157 0.1206 0.3100 0.26 6qe2:B
19 2e7i:A 344 42 0.0560 0.0436 0.3571 0.33 2e7i:B, 2e7j:A, 2e7j:B
20 4nvr:A 302 110 0.1045 0.0927 0.2545 0.66 4nvr:B, 4nvr:C, 4nvr:D
21 5g3z:A 215 57 0.0522 0.0651 0.2456 1.1 5g40:A, 5g41:A
22 2xmr:A 281 83 0.0746 0.0712 0.2410 1.3
23 7ryt:B 368 64 0.0634 0.0462 0.2656 2.6 8f2l:B, 8f2l:A, 8f2l:C, 8f2l:D, 8f2l:F, 8f2l:G, 8f2l:H, 8f2l:I, 8f2l:J, 8f2l:K, 8f2l:L, 6pux:A, 6pux:B, 7ryt:A, 7ryt:C, 7ryt:D, 7ryt:E, 7ryt:F
24 5z7w:B 271 197 0.1679 0.1661 0.2284 3.1 5z7w:A
25 5hzg:A 257 167 0.1418 0.1479 0.2275 4.2 5hzg:E
26 1q0r:A 297 85 0.0821 0.0741 0.2588 4.6 1q0z:A
27 3naz:C 613 89 0.0970 0.0424 0.2921 7.1 3naz:D, 3o3c:A, 3o3c:B, 3o3c:C, 3o3c:D, 3rsz:C, 3rsz:D, 3rsz:A, 3rsz:B
28 7t1q:A 377 30 0.0485 0.0345 0.4333 7.3 8f8o:A, 8f8o:B, 7t1q:B
29 6khm:K 312 52 0.0672 0.0577 0.3462 8.1 6khl:A, 6khl:B, 6khm:A, 6khm:B, 6khm:C, 6khm:D, 6khm:E, 6khm:F, 6khm:G, 6khm:H, 6khm:I, 6khm:J, 6khm:L, 6khm:M, 6khm:N, 6khm:O, 6khm:P, 6khm:Q, 6khm:R, 6khm:S, 6khm:T, 6khm:U, 6khm:V, 6khm:X, 6khm:Y, 6khm:W, 6khm:Z
30 6vrx:A 108 50 0.0672 0.1667 0.3600 8.4 6vct:A, 6vrx:B, 6vrx:C, 6vrx:D
31 5y5r:D 253 97 0.0784 0.0830 0.2165 8.6 5y5r:A, 5y5r:B, 5y5r:C, 5y5r:E, 5y5r:F
32 5cw2:C 319 111 0.1007 0.0846 0.2432 9.0 5cw2:A, 5cw2:B, 5cw2:D
33 1a6q:A 363 215 0.1716 0.1267 0.2140 9.5 6b67:A, 6b67:B, 6b67:C, 3fxj:A, 3fxk:A, 3fxl:A, 3fxm:A, 3fxo:A, 4ra2:A, 4raf:A, 4rag:A
34 4cog:A 207 91 0.0858 0.1111 0.2527 10.0 4cog:B, 4cog:C, 4cog:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218