Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MRKRVVVTGVGAIHPDGNDVTAIKSKVIQKLLGQNTTASSIIRTLSDFDGAKYINNRLRRKIDEFSVYGIVAVEMALKAS
RLDVDKLDPNRVGIYVGNCFGGWQHIEDEVKALHIEGIKGMGPYVATAWFPAALQGQLSLLYGFSAQSKTFSTSDVAGMQ
AIGYAAEAISNGVAEVMLCGASEHLSSPLVKNLLEKTSSQKHSEVFGEKQPGDFSEGAAFLVLEERQHALERGASILCEL
TGFVDYFAPDKNTRNNTLEYTAELFNHNENAVFIMDGIYDDEKEITSKAFSNKEIKTSFINLRPYLDNQFSVSGVIDSVL
ASSFLSESNTNQIIIQRFSNQGHVCALSFSAI

The query sequence (length=352) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6smo:E 352 352 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 6smo:C, 6smp:C, 6smp:F, 6smp:I, 6smp:L
2 4ls8:A 416 262 0.2330 0.1971 0.3130 8.66e-31 4ls7:A, 4ls7:B, 4ls8:B
3 8cou:A 413 259 0.2131 0.1816 0.2896 4.31e-25 4b7v:A, 4b7v:B, 8cn2:B, 8cn2:A, 8cn4:A, 8cn4:B, 8cn5:B, 8cn5:A, 8cn7:A, 8cn7:B, 8cne:A, 8cne:B, 8cng:A, 8cng:B, 8cou:B, 8cov:A, 8cov:B, 4jb6:A, 4jb6:B, 4jpf:A, 7oc0:A, 7oc0:B, 7oc1:A, 7oc1:B, 8pd1:A, 8pd1:B, 8pfz:A, 8pfz:B, 8pj0:A, 8pj0:B, 8pj0:C, 8pj0:D, 8qer:A, 8qer:B, 8qm1:A, 8qm1:B, 8r0i:A, 8r0i:B, 8r1v:A, 8r1v:B, 5sn5:A, 5sn6:A, 5sn7:A, 5sn7:B, 5sn8:A, 5sn9:A, 5sna:B, 5snb:A, 5snc:A, 5snd:A, 5snd:B, 5sne:A, 5sne:B, 5snf:A, 5sng:A, 5snh:A, 5snh:B, 5sni:A, 5sni:B, 5snj:A, 5snj:B, 5snk:A, 5snl:B, 5snm:A, 5snn:A, 5snn:B, 5sno:A, 5sno:B, 5snp:A, 5snp:B, 5snq:B, 5sns:B, 5snt:A, 5snu:A, 5snu:B, 5snv:A, 5snv:B, 5snw:A, 5snx:A, 5snx:B, 5sny:A, 5snz:B, 5so0:A, 5so0:B, 5so1:A, 5so1:B, 5so2:A, 5so2:B, 5so3:A, 5so4:A, 5so4:B, 5so5:A, 5so5:B, 5so6:A, 5so7:A, 5so7:B, 5so8:A, 5so8:B, 5so9:B, 5soa:A, 5sob:A, 5sob:B, 5soc:A, 5soc:B, 5sod:A, 5soe:A, 5soe:B, 5sof:A, 5sog:A, 5sog:B, 5soh:A
4 7l4l:A 412 259 0.2244 0.1917 0.3050 2.19e-24 1b3n:A, 3g0y:A, 3g11:A, 2gfx:A, 3hnz:A, 3ho2:A, 3ho9:A, 3i8p:A, 7l4e:A, 7l4l:B, 6okg:A, 6olt:A
5 1ox0:A 414 256 0.2102 0.1787 0.2891 4.68e-24 2alm:A, 1oxh:A, 1oxh:B, 1oxh:C, 1oxh:D
6 1tqy:A 421 272 0.2159 0.1805 0.2794 1.49e-20 1tqy:C, 1tqy:E, 1tqy:G
7 4f32:B 423 270 0.2017 0.1678 0.2630 6.25e-13 4f32:A
8 2iwz:A 426 266 0.1790 0.1479 0.2368 1.24e-12 2iwz:B
9 6smp:B 417 265 0.2102 0.1775 0.2792 6.18e-12 6smo:B, 6smo:D, 6smo:F, 6smp:E, 6smp:H, 6smp:K
10 5kof:A 407 271 0.1818 0.1572 0.2362 1.15e-10 2aq7:A, 2aq7:B, 2aq7:D, 2aqb:A, 2aqb:B, 2aqb:D, 2bui:A, 2bui:B, 2bui:C, 2bui:D, 1fj4:A, 1fj4:B, 1fj4:C, 1fj4:D, 1fj8:A, 1fj8:B, 1fj8:C, 1fj8:D, 5kof:B, 6okc:A, 6okc:B, 6okf:A, 6okf:B, 8sms:B, 8sms:A, 7sqi:B, 7sqi:A, 7sz9:A, 7sz9:B, 2vb8:A, 2vb8:B, 2vb8:C, 2vb8:D, 2vba:A, 2vba:B
11 2ix4:A 431 277 0.2017 0.1647 0.2563 1.94e-09 2ix4:B
12 4c6v:A 415 166 0.1222 0.1036 0.2590 5.91e-09 4c6u:A, 4c6w:A, 4c6w:B, 4c6x:A, 4c6x:B, 4c6z:A, 4c6z:B, 4c70:A, 4c70:B, 4c71:A, 4c71:B, 4c72:A, 4c72:B, 4c73:A, 4c73:B, 5ld8:A, 5ld8:B, 6p9k:A, 6p9l:A, 6p9m:A, 5w2o:A, 5w2p:A, 5w2q:A, 5w2s:A, 2wge:A, 2wgg:A, 2wgg:B, 2wgg:C, 2wgg:D, 2wgg:E, 2wgg:F, 2wgg:G, 2wgg:H, 6y2i:AAA, 6y2i:BBB, 6y2j:AAA, 6y2j:BBB, 6y2j:CCC, 6y2j:DDD, 6y2j:EEE, 6y2j:FFF, 6y2j:GGG, 6y2j:HHH
13 4jv3:A 407 257 0.1619 0.1400 0.2218 5.12e-08 3mqd:A, 3u0e:A, 3u0f:A
14 6kxf:A 403 263 0.1960 0.1712 0.2624 1.16e-06
15 8i4y:A 1687 157 0.1108 0.0231 0.2484 1.27e-04 8i4y:B, 8i4z:A
16 8cuy:A 1016 172 0.1165 0.0404 0.2384 0.051
17 3aib:G 844 89 0.0739 0.0308 0.2921 0.093 3aib:A, 3aib:B, 3aib:C, 3aib:D, 3aib:E, 3aib:F, 3aib:H, 3aic:A, 3aic:B, 3aic:C, 3aic:D, 3aic:E, 3aic:F, 3aic:G, 3aic:H, 3aie:A, 3aie:B, 3aie:C, 3aie:D, 3aie:E, 3aie:F, 3aie:G, 3aie:H, 8fg8:A, 8fg8:B, 8fj9:A, 8fj9:B, 8fjc:A, 8fjc:B, 8fk4:A, 8fk4:B, 8fk4:C, 8fk4:D, 8fk4:E, 8fk4:F, 8fk4:G, 8fk4:H, 8uf5:A, 8uf5:B
18 3a3f:A 453 104 0.0739 0.0574 0.2500 1.4 3a3e:A, 3a3f:B, 3a3i:A, 3a3i:B
19 3a3e:B 433 104 0.0739 0.0600 0.2500 1.7
20 5x62:B 387 67 0.0568 0.0517 0.2985 2.1 5x62:A
21 7bw9:A 280 88 0.0767 0.0964 0.3068 3.2 7bw9:B, 7bw9:C
22 6ohg:C 218 64 0.0625 0.1009 0.3438 4.6
23 3zpc:A 357 32 0.0369 0.0364 0.4062 8.3 3zpc:B, 3zpg:A
24 2o03:A 129 57 0.0426 0.1163 0.2632 8.3
25 5grb:B 212 133 0.0767 0.1274 0.2030 9.0 5gq1:A, 5gq1:B, 5gq1:C, 5gq1:D, 5grb:A, 5grb:C, 5grb:D, 5grb:E, 5grb:F
26 7kc0:A 1004 44 0.0455 0.0159 0.3636 9.2 3iay:A, 6p1h:A
27 6pcb:A 403 64 0.0597 0.0521 0.3281 9.8 6pcb:B, 6pcb:C, 6pcb:D, 6pcc:A, 6pcc:B, 6pcc:C, 6pcc:D, 6pcd:A, 6pcd:B, 6pcd:D
28 7cte:D 406 93 0.0852 0.0739 0.3226 9.8 7ctf:D, 7ctg:D, 7jpo:D, 7jpp:D, 7jpq:D, 7jpr:D, 7jps:D, 5uj7:C, 5uj7:D, 5ujm:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218