Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MRGSHHHHHHGSDIIDEFGTLDDSATICRVCQKPGDLVMCNQCEFCFHLDCHLPALQDVPGEEWSCSLCHVLPDLKEEDV
DLQACKLN

The query sequence (length=88) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1fp0:A 88 88 1.0000 1.0000 1.0000 4.53e-61
2 2ro1:A 189 59 0.6477 0.3016 0.9661 4.04e-37
3 6ieu:A 170 46 0.2614 0.1353 0.5000 3.28e-10 6iet:A
4 7ebk:A 183 46 0.2500 0.1202 0.4783 2.36e-09 7ebj:A
5 3o36:A 184 54 0.2614 0.1250 0.4259 4.22e-09 7b9x:A, 5h1t:A, 5h1t:B, 5h1t:C, 5h1t:D, 5h1u:B, 5h1u:A, 5h1u:C, 5h1u:D, 5h1v:A, 5h1v:B, 3o33:A, 3o33:B, 3o33:C, 3o33:D, 3o34:A, 3o35:B, 3o35:A, 3o36:B, 3o37:A, 3o37:B, 3o37:C, 3o37:D, 4yab:A, 4yab:B, 4yad:A, 4yad:B, 4yat:A, 4yat:B, 4yax:A, 4yax:B, 4ybm:A, 4ybm:B, 4ybs:A, 4ybt:A, 4yc9:A, 4zql:A, 4zql:B
6 6ryr:W 708 55 0.2386 0.0297 0.3818 1.68e-08 2l75:A, 1mm2:A, 6q3m:D, 6ryu:W, 6ryu:V
7 3u5m:E 173 61 0.2727 0.1387 0.3934 1.68e-08
8 3u5o:C 195 49 0.2386 0.1077 0.4286 2.08e-08 8bd8:A, 8bd9:A, 8bdy:A, 5mr8:A, 3u5m:A, 3u5m:B, 3u5m:C, 3u5m:D, 3u5m:F, 3u5m:G, 3u5m:H, 3u5m:I, 3u5m:K, 3u5m:J, 3u5m:L, 3u5n:A, 3u5n:B, 3u5o:A, 3u5o:B, 3u5o:D, 3u5o:E, 3u5o:F, 3u5o:G, 3u5o:H, 3u5p:A, 3u5p:B, 3u5p:C, 3u5p:D, 3u5p:E, 3u5p:F, 3u5p:G, 3u5p:H, 7zdd:A
9 2puy:B 60 54 0.2500 0.3667 0.4074 4.10e-08 2puy:A
10 1f62:A 51 46 0.2386 0.4118 0.4565 6.47e-08
11 2yql:A 56 44 0.2159 0.3393 0.4318 7.53e-08
12 1mm3:A 61 50 0.2500 0.3607 0.4400 1.78e-07
13 6guu:B 204 52 0.2386 0.1029 0.4038 7.53e-07 6guu:A
14 2ke1:A 66 42 0.2045 0.2727 0.4286 8.38e-07 2kft:A, 1xwh:A
15 9atn:A 98 75 0.2500 0.2245 0.2933 3.84e-06
16 9atn:A 98 57 0.2045 0.1837 0.3158 2.0
17 4gy5:A 215 58 0.2614 0.1070 0.3966 5.57e-06 3ask:A, 3ask:B, 3ask:D, 3asl:A, 3db3:A, 7fb7:B, 4gy5:B, 6iiw:A, 2lgg:A, 2lgk:A, 2lgl:A, 4qqd:A, 4qqd:B, 3shb:A, 3sou:A, 3sou:B, 3sow:A, 3sow:B, 3sox:A, 3sox:B, 3t6r:B, 3t6r:A, 8wms:A, 5xpi:A, 5yy9:A, 5yy9:B, 3zvy:A, 3zvy:B, 3zvz:B
18 2l5u:A 61 47 0.1818 0.2623 0.3404 5.76e-06
19 6q3m:C 219 48 0.2045 0.0822 0.3750 1.81e-05 6q3m:A, 6q3m:B
20 4ptb:A 178 48 0.2045 0.1011 0.3750 4.71e-05 5fb0:A, 5fb0:C, 5fb1:A, 6g5n:A, 6g5n:B, 6g5p:A, 6g5p:B, 4ptb:B, 5pwc:A, 5pwc:B, 5pwd:A, 5pwd:B, 5pwe:A, 5pwe:B, 5pwf:A, 5pwf:B, 5pwg:A, 5pwg:B, 5pwh:A, 5pwh:B, 5pwi:A, 5pwi:B, 5pwj:A, 5pwj:B, 5pwk:A, 5pwk:B, 5pwl:A, 5pwl:B, 5pwm:A, 5pwm:B, 5pwn:A, 5pwn:B, 5pwo:A, 5pwo:B, 5pwp:A, 5pwp:B, 5pwq:A, 5pwq:B, 5pwr:A, 5pwr:B, 5pws:A, 5pws:B, 5pwt:A, 5pwt:B, 5pwu:A, 5pwu:B, 5pwv:A, 5pwv:B, 5pww:A, 5pww:B, 5pwx:A, 5pwx:B, 5pwy:A, 5pwy:B, 5pwz:A, 5pwz:B, 5px0:A, 5px0:B, 5px1:A, 5px1:B, 5px2:A, 5px2:B, 5px3:A, 5px3:B, 5px4:A, 5px4:B, 5px5:A, 5px5:B, 5px6:A, 5px6:B, 5px7:A, 5px7:B, 5px8:A, 5px8:B, 5px9:A, 5px9:B, 5pxa:A, 5pxa:B, 5pxb:A, 5pxb:B, 5pxc:A, 5pxc:B, 5pxd:A, 5pxd:B, 5pxe:A, 5pxe:B, 5pxf:A, 5pxf:B, 5pxg:A, 5pxg:B, 5pxh:A, 5pxh:B, 5pxi:A, 5pxi:B, 5pxj:A, 5pxj:B, 5pxk:A, 5pxk:B, 5pxl:A, 5pxl:B, 5pxm:A, 5pxm:B, 5pxn:A, 5pxn:B, 5pxo:A, 5pxo:B, 5pxp:A, 5pxp:B, 5pxq:A, 5pxq:B, 5pxr:A, 5pxr:B, 5pxs:A, 5pxs:B, 5pxt:A, 5pxt:B, 5pxu:A, 5pxu:B, 5pxv:A, 5pxv:B, 5pxw:A, 5pxw:B, 5pxx:A, 5pxx:B, 5pxy:A, 5pxy:B, 5pxz:A, 5pxz:B, 5py0:A, 5py0:B, 5py1:A, 5py1:B, 5py2:A, 5py2:B, 5py3:A, 5py3:B, 5py4:A, 5py4:B, 5py5:A, 5py5:B, 5py6:A, 5py6:B, 5py7:A, 5py7:B, 5py8:A, 5py8:B, 5py9:A, 5py9:B, 5pya:A, 5pya:B, 5pyb:A, 5pyb:B, 5pyc:A, 5pyc:B, 5pyd:A, 5pyd:B, 5pye:A, 5pye:B, 5pyf:A, 5pyf:B, 5pyg:A, 5pyg:B, 5pyh:A, 5pyh:B, 5pyi:A, 5pyi:B, 5pyj:A, 5pyj:B, 5pyk:A, 5pyk:B, 5pyl:A, 5pyl:B, 5pym:A, 5pym:B, 5pyn:A, 5pyn:B, 5pyo:A, 5pyo:B, 5pyp:A, 5pyp:B, 5pyq:A, 5pyq:B, 5pyr:A, 5pyr:B, 5pys:A, 5pys:B, 5pyt:A, 5pyt:B, 5pyu:A, 5pyu:B, 5pyv:A, 5pyv:B, 5pyw:A, 5pyw:B, 5pyx:A, 5pyx:B, 5pyy:A, 5pyy:B, 5pyz:A, 5pyz:B, 5pz0:A, 5pz0:B, 5pz1:A, 5pz1:B, 5pz2:A, 5pz2:B, 5pz3:A, 5pz3:B, 5pz4:A, 5pz4:B, 5pz5:A, 5pz5:B, 5pz6:A, 5pz6:B, 5pz7:A, 5pz7:B, 5pz8:A, 5pz8:B, 5pz9:A, 5pz9:B, 5pza:A, 5pza:B, 5pzb:A, 5pzb:B, 5pzc:A, 5pzc:B, 5pzd:A, 5pzd:B, 5pze:A, 5pze:B, 5pzf:A, 5pzf:B, 5pzg:A, 5pzg:B, 5pzh:A, 5pzh:B, 5pzi:A, 5pzi:B, 5pzj:A, 5pzj:B
21 7xga:A 126 59 0.2386 0.1667 0.3559 1.86e-04 6vfo:A
22 5hh7:A 192 66 0.2500 0.1146 0.3333 3.07e-04
23 8bpa:C 213 64 0.2727 0.1127 0.3750 4.17e-04 8c60:C
24 8bpa:C 213 56 0.1818 0.0751 0.2857 0.006 8c60:C
25 2lri:C 66 42 0.1818 0.2424 0.3810 6.08e-04
26 2miq:A 94 49 0.2045 0.1915 0.3673 7.33e-04
27 6g8r:B 164 44 0.1818 0.0976 0.3636 0.001 2md7:B, 2md8:C
28 4q6f:A 56 49 0.1818 0.2857 0.3265 0.001 6fap:A, 6fap:B, 6fap:C, 6fap:D, 6fhu:A, 6fhu:B, 6fhu:D, 6fhu:C, 6fi0:A, 6fi0:B, 6fi0:C, 6fi0:D, 6fkp:A, 6fkp:D, 6fkp:C, 6fkp:B, 4q6f:B, 4q6f:C, 4q6f:D, 4qf2:A, 4qf2:B, 4qf2:C, 4qf2:D, 5t8r:D, 5t8r:A, 5t8r:B, 5t8r:C
29 2mny:A 55 46 0.1818 0.2909 0.3478 0.002 2mnz:A
30 8bpb:C 126 56 0.1818 0.1270 0.2857 0.002 8bpc:C
31 5vab:A 54 37 0.1591 0.2593 0.3784 0.002
32 7klo:A 59 46 0.1705 0.2542 0.3261 0.003 7klr:A
33 2e6r:A 92 49 0.2045 0.1957 0.3673 0.004
34 2e6s:A 77 48 0.2045 0.2338 0.3750 0.007
35 2ysm:A 111 48 0.1477 0.1171 0.2708 0.008
36 2ysm:A 111 66 0.2273 0.1802 0.3030 0.078
37 5b79:A 118 53 0.2045 0.1525 0.3396 0.008 5vdc:A
38 8ge0:A 188 55 0.1932 0.0904 0.3091 0.010 8gdx:A, 8ge0:B, 8ge0:C
39 6fhq:A 58 46 0.1818 0.2759 0.3478 0.018 6fhq:B, 6fi1:A, 6fi1:B, 4qf3:A, 4qf3:B
40 2yt5:A 66 62 0.1932 0.2576 0.2742 0.033
41 5szb:A 115 49 0.1705 0.1304 0.3061 0.044 5i3l:A, 5i3l:B, 2kwj:A, 2kwk:A, 2kwn:A, 2kwo:A, 5szc:A
42 6oie:B 111 48 0.1705 0.1351 0.3125 0.052 6oie:A, 5u2j:B, 5u2j:A
43 8i02:G 284 42 0.1477 0.0458 0.3095 0.060 8ifg:P
44 4lk9:A 126 35 0.1250 0.0873 0.3143 0.090 5b75:A, 5b76:A, 5b77:A, 5b78:A, 4ljn:A, 4lka:A, 4llb:A, 4llb:B, 2ln0:A, 6lsb:A, 3v43:A
45 1wev:A 88 66 0.2273 0.2273 0.3030 0.096
46 8i02:F 235 46 0.1705 0.0638 0.3261 0.12
47 5xfo:A 315 59 0.2273 0.0635 0.3390 0.12 8h43:A, 8h43:B, 8h43:C, 4hcz:A, 4hcz:B, 7lky:B, 7lky:H, 7lky:A, 7lky:C, 7lky:D, 7lky:E, 7lky:F, 7lky:G, 6wat:AA, 6wat:AC, 6wat:BA, 6wat:BC, 6wat:CA, 6wat:CC, 6wat:DA, 6wat:DC, 6wat:EC, 6wat:EA, 6wat:FA, 6wat:FC, 6wat:GA, 6wat:GC, 6wat:HA, 6wat:HC, 6wat:IA, 6wat:IC, 6wat:JA, 6wat:JC, 6wat:KA, 6wat:KC, 6wat:OC, 6wat:LA, 6wat:LC, 6wat:MA, 6wat:MC, 6wat:NA, 6wat:NC, 6wat:OA, 6wav:A, 6wav:C, 6wav:B, 6wav:D, 5xfn:A, 5xfp:B, 5xfp:A, 5xfp:E, 5xfq:A, 5xfq:B
48 5xfr:A 309 58 0.1932 0.0550 0.2931 0.40 5xfr:B
49 4tvr:A 222 45 0.1705 0.0676 0.3333 0.78
50 8eii:B 439 77 0.2614 0.0524 0.2987 1.4 8eih:A, 8eih:B, 8eih:C, 8eii:A, 8eii:C, 8eij:A, 8eij:B, 8eik:A, 8eik:B, 6kda:A, 6kda:D, 6kdb:A, 6kdb:D, 6kdl:A, 6kdl:D, 6kdp:A, 6kdp:D, 6kdt:A, 6kdt:D, 7o45:A, 7o45:B, 7o45:C, 6u8p:A, 6u8p:D, 6u8v:A, 6u8v:D, 6u8w:A, 6u8w:D, 6u8x:A, 6u8x:D, 6u90:A, 6u90:D, 6u91:A, 6u91:D, 7v0e:A, 7v0e:B, 7v0e:C, 7v0e:D, 7v0e:E, 7v0e:F, 7v0e:G, 7v0e:H, 7x9d:A, 7x9d:D
51 1b4e:A 323 52 0.2045 0.0557 0.3462 1.6 1i8j:A, 1i8j:B, 1l6s:A, 1l6s:B, 1l6y:A, 1l6y:B, 5mhb:A
52 8eik:C 407 77 0.2614 0.0565 0.2987 1.8
53 2lbm:A 142 75 0.2273 0.1408 0.2667 2.5 2jm1:A, 2ld1:A, 3ql9:A, 3qla:A, 3qla:D, 3qlc:A, 3qlc:B, 3qln:A, 3qln:B, 4w5a:A, 4w5a:B, 4w5a:E
54 2lv9:A 80 69 0.2386 0.2625 0.3043 2.6 4l58:A
55 8hxx:N 375 32 0.1250 0.0293 0.3438 2.6 8hxy:N, 8hy0:N, 8i3f:B, 8jho:N, 8tof:G, 8w9c:E, 8w9d:E, 8w9e:E, 8w9f:E
56 8jwu:C 412 55 0.2273 0.0485 0.3636 3.5 8jwj:A, 8jwj:C, 8jws:A, 8jws:B, 8jws:C, 8jwu:A, 8jwu:B
57 8ihn:M 357 32 0.1250 0.0308 0.3438 3.5 8kd4:E
58 8kd6:E 301 32 0.1250 0.0365 0.3438 3.8 8kd2:E
59 7yi2:D 321 32 0.1250 0.0343 0.3438 4.1 7yi0:D, 7yi3:D, 7yi4:D, 7yi5:D
60 7pfo:B 759 33 0.1364 0.0158 0.3636 6.4 7plo:B, 5vbn:B, 5vbn:F
61 8f5o:B 1134 52 0.1705 0.0132 0.2885 6.7 8f5p:B
62 7aau:C 378 27 0.1250 0.0291 0.4074 7.9 7aas:A, 7aas:B, 7aas:C, 7aas:D, 7aas:E, 7aas:F, 7aau:A, 7aau:B, 7aau:D, 7aau:E, 7aau:F, 7av7:A, 7av7:B, 7av7:C, 7av7:D, 7av7:E, 7av7:F
63 1wem:A 76 61 0.2045 0.2368 0.2951 8.1 4l7x:A, 2m3h:A
64 4uzs:A 687 52 0.2159 0.0277 0.3654 8.7 4ucf:A, 4ucf:B, 4ucf:C, 4uzs:B
65 7dg2:A 231 34 0.1477 0.0563 0.3824 9.0

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218