Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MQLSWKDIPTVAPANDLLDIVLNRTQRKTPTVIRPGFKITRIRAFYMRKVKYTGEGFVEKFEDILKGFPNINDVHPFHRD
LMDTLYEKNHYKISLAAISRAKSLVEQVARDYVRLLKFGQSLFQCKQLKRAALGRMATIVKKLRDPLAYLEQVRQHIGRL
PSIDPNTRTLLICGYPNVGKSSFLRCITKSDVDVQPYAFTTKSLYVGHFDYKYLRFQAIDTPGILDRPTEEMNNIEMQSI
YAIAHLRSCVLYFMDLSEQCGFTIEAQVKLFHSIKPLFANKSVMVVINKTDIIRPEDLDEERAQLLESVKEVPGVEIMTS
SCQLEENVMEVRNKACEKLLASRIENKQPQARDDVKRTPFIPESVKNLKKYDPEDPNRRKLARDIEAENGGAGVFNVNLK
DKYLLEDDEWKNDIMPEILDGKNVYDFLDPEIAAKLQALEEEEEKLENEGFYN

The query sequence (length=453) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8hfr:rA 647 470 1.0000 0.7002 0.9638 0.0 7bt6:b, 7btb:b, 6c0f:W, 6ft6:b, 3jct:b, 5jcs:o, 6m62:b, 6n8j:b, 6n8k:b, 7nad:b, 7oh3:b, 7ohq:b, 7oht:b, 7r72:b, 7u0h:b, 7ug6:b, 7uoo:b, 7uqb:b, 7uqz:b, 7v08:b, 4v7f:o, 8v87:b, 6ylx:b, 6yly:b, 7z34:b
2 6ylg:b 613 456 0.9735 0.7194 0.9671 0.0 7nac:b, 7of1:b, 7r7a:b, 6ylh:b
3 8v83:b 423 452 0.9338 1.0000 0.9358 0.0 6elz:b, 6em1:b, 6em5:b, 7ohp:b, 7ohr:b, 7ohs:b, 7ohu:b, 7ohv:b, 8v84:b
4 7ohy:b 375 453 0.8278 1.0000 0.8278 0.0
5 8pv1:CH 627 472 0.6402 0.4625 0.6144 0.0 8i9r:CH, 8i9t:CH, 8i9v:CH, 8i9w:CH, 8i9x:CH, 8i9y:CH, 8i9z:CH, 8ia0:CH, 8pv2:CH, 8pv3:CH, 8pv4:CH, 8pv5:CH, 8pv6:CH, 8pv7:CH, 8pv8:CH, 8pvk:CH, 8pvl:CH
6 8etc:b 415 431 0.5762 0.6289 0.6056 0.0 8esq:b, 8etj:b
7 8eti:b 391 431 0.5519 0.6394 0.5800 0.0 8esr:b, 8etg:b
8 8ir1:4 620 445 0.5011 0.3661 0.5101 2.58e-161 8fkt:SR, 8fku:SR, 8fkv:SR, 8fkw:SR, 8fkx:SR, 8fky:SR, 8fkz:SR, 8fl0:SR, 8fl2:SR, 8fl3:SR, 8fl6:SR, 8fl7:SR, 8fl9:SR, 8fla:SR, 8flb:SR, 8flc:SR, 8fld:SR, 8fle:SR, 8flf:SR, 8idt:4, 8idy:4, 8ie3:4, 8ine:4, 8inf:4, 8ink:4, 8ipd:4, 8ipx:4, 8ipy:4, 8ir3:4, 6lss:4, 6lu8:4
9 8fl4:SR 593 432 0.4812 0.3676 0.5046 1.27e-152 8fkr:SR, 8fks:SR
10 7ohx:b 248 393 0.5475 1.0000 0.6310 1.20e-140
11 7ohw:b 259 364 0.4724 0.8263 0.5879 7.23e-119
12 7ohw:b 259 55 0.1170 0.2046 0.9636 5.26e-20
13 6n8l:b 248 106 0.2340 0.4274 1.0000 5.13e-71
14 2e87:A 356 352 0.2362 0.3006 0.3040 2.76e-56
15 2qu8:A 194 182 0.1766 0.4124 0.4396 1.59e-44
16 8eup:b 151 146 0.1589 0.4768 0.4932 4.94e-36
17 8eup:b 151 37 0.0552 0.1656 0.6757 6.20e-11
18 8euy:b 120 129 0.1236 0.4667 0.4341 4.19e-23
19 8euy:b 120 37 0.0552 0.2083 0.6757 7.54e-11
20 7r7c:b 54 105 0.1192 1.0000 0.5143 5.21e-20
21 7naf:b 74 40 0.0839 0.5135 0.9500 7.61e-19
22 7naf:b 74 31 0.0265 0.1622 0.3871 0.42
23 7rr5:R 355 124 0.0773 0.0986 0.2823 1.06e-06
24 7o9k:G 337 90 0.0684 0.0920 0.3444 3.05e-06 7of5:x, 7of7:x
25 7nrc:So 347 76 0.0618 0.0807 0.3684 3.53e-06
26 1xzq:A 449 210 0.1148 0.1158 0.2476 1.50e-05 1xzq:B
27 3iev:A 302 130 0.0993 0.1490 0.3462 3.60e-05 7c1o:A, 3r9w:A, 3r9x:A
28 2wjg:A 170 144 0.0751 0.2000 0.2361 6.44e-05 2wjg:B, 2wjh:A, 2wjh:B, 2wji:A, 2wji:B, 2wjj:A, 2wjj:B
29 7oi6:y 331 155 0.0861 0.1178 0.2516 8.87e-05 8pk0:t
30 1wf3:A 296 137 0.0839 0.1284 0.2774 1.03e-04
31 7bl2:9P1 338 146 0.0839 0.1124 0.2603 3.68e-04 7bl3:9P, 7bl4:9, 7bl5:9, 7bl6:9, 4csu:9, 5m04:A
32 2gj8:D 172 168 0.1015 0.2674 0.2738 0.006 2gj8:A, 2gj8:B, 2gj8:C, 2gj9:A, 2gj9:B, 2gj9:C, 2gj9:D, 2gja:A, 2gja:B
33 5m7h:A 420 165 0.0927 0.1000 0.2545 0.009 4dcs:A, 4dct:A, 4dcu:A, 2hjg:A, 5mbs:A, 5x4b:A, 5x4b:B
34 5m7h:A 420 131 0.0728 0.0786 0.2519 4.2 4dcs:A, 4dct:A, 4dcu:A, 2hjg:A, 5mbs:A, 5x4b:A, 5x4b:B
35 8fl2:NC 511 102 0.0640 0.0568 0.2843 0.012 8fkz:NC, 8fl0:NC, 8fl3:NC, 8fl4:NC, 8idt:A, 8idy:A, 8ie3:A, 8ine:A, 8inf:A, 8ink:w, 8ipd:w, 8ipx:w, 8ipy:w, 8ir1:w, 8ir3:w
36 2j3e:A 249 113 0.0662 0.1205 0.2655 0.058 3bb3:A, 3bb4:A, 3def:A
37 6g0z:A 290 65 0.0442 0.0690 0.3077 0.072 6g0z:B, 6g12:A, 6g12:B, 6g14:B, 6g14:A, 6g15:A, 6g15:B
38 1lnz:A 342 148 0.0773 0.1023 0.2365 0.14 1lnz:B
39 7zgz:X 753 83 0.0508 0.0305 0.2771 0.17 8c7f:B
40 8pv1:Cd 462 98 0.0706 0.0693 0.3265 0.17 8pv2:Cd, 8pv3:Cd, 8pv4:Cd, 8pv5:Cd, 8pv6:Cd, 8pv7:Cd, 8pv8:Cd, 8pvk:Cd, 8pvl:Cd
41 3a1s:A 255 52 0.0397 0.0706 0.3462 0.19 3a1s:B, 3a1t:A, 3a1u:A, 3a1u:B
42 5lzb:z 614 141 0.0751 0.0554 0.2411 0.25 5lzc:z, 5lzd:z, 2pjp:A
43 1puj:A 261 67 0.0442 0.0766 0.2985 0.29 6ppk:W
44 8kab:h 430 69 0.0530 0.0558 0.3478 0.39
45 2dby:A 355 36 0.0309 0.0394 0.3889 0.46
46 1mky:A 407 89 0.0530 0.0590 0.2697 0.48
47 5ee3:B 364 30 0.0287 0.0357 0.4333 0.50 5ee3:A, 5ee9:A
48 8kie:y 363 30 0.0265 0.0331 0.4000 0.60
49 7btb:m 469 89 0.0552 0.0533 0.2809 0.75 7bt6:m, 6ft6:m, 3jct:m, 6m62:m, 7oh3:m, 7ohq:m, 7oht:m, 7ug6:m, 7uoo:m, 7uqb:m, 7uqz:m, 7uui:m, 7v08:m, 6ylg:m, 6ylh:m
50 3w5j:A 194 127 0.0684 0.1598 0.2441 0.76
51 3ieu:A 293 59 0.0508 0.0785 0.3898 0.76 3ieu:B
52 6n8j:m 378 89 0.0552 0.0661 0.2809 0.82
53 6evj:A 709 115 0.0751 0.0480 0.2957 0.85 6evj:D, 6evk:A, 9f2r:A, 9f37:A, 6fhh:A, 6fhi:A, 5m3h:A, 4nfz:A, 4nfz:B, 4nfz:C, 6szu:A, 6szv:A, 6t0n:A, 6t0r:A, 6t0s:A, 6t0u:A, 6t0v:A, 6t2c:A, 6tw1:A, 4wsb:A
54 7of1:m 229 130 0.0861 0.1703 0.3000 1.0
55 2iw3:B 980 37 0.0309 0.0143 0.3784 1.1 7b7d:EF, 2iw3:A, 2iwh:A, 2iwh:B
56 2qag:C 224 156 0.0728 0.1473 0.2115 1.2
57 5ub8:A 174 54 0.0353 0.0920 0.2963 1.5
58 6xrs:B 392 73 0.0464 0.0536 0.2877 1.5 6xrs:A, 6xrs:D, 6xrs:C
59 6xrs:B 392 241 0.1170 0.1352 0.2199 1.9 6xrs:A, 6xrs:D, 6xrs:C
60 7of4:C 422 179 0.0839 0.0900 0.2123 2.1 7of2:C, 7of6:C
61 1h65:A 257 71 0.0442 0.0778 0.2817 2.1 3bb1:A, 3bb1:B, 3bb1:C, 3bb1:D, 3bb1:E, 3bb1:F, 3bb1:G, 3bb1:H, 1h65:B, 1h65:C
62 7y9i:A 362 30 0.0265 0.0331 0.4000 2.6
63 5ady:6 426 62 0.0397 0.0423 0.2903 2.6 8g31:6, 8g34:6, 8g38:6, 7yla:6
64 8fkt:NB 387 73 0.0419 0.0491 0.2603 2.7 8fkp:NB, 8fku:NB, 8fkv:NB, 8fkw:NB, 8fkx:NB, 8fky:NB, 8fkz:NB, 8fl0:NB, 8ink:u, 8ipd:u, 8ipx:u, 8ipy:u
65 5dn8:A 405 64 0.0419 0.0469 0.2969 2.8
66 8h69:A 716 52 0.0397 0.0251 0.3462 2.8 4avg:A, 4avg:B, 4avg:C, 4avg:D, 4avl:A, 4avl:B, 4avl:C, 4avl:D, 4avq:A, 4avq:B, 4avq:C, 4avq:D, 4awf:A, 4awf:B, 4awf:C, 4awf:D, 4awg:A, 4awg:B, 4awg:C, 4awh:A, 4awh:B, 4awh:C, 4awh:D, 4awm:A, 8bek:A, 5ccy:A, 5cgv:A, 5cl0:A, 3cm8:A, 5cxr:A, 5czn:A, 5d2o:A, 5d42:A, 5d4g:A, 5d8u:A, 5d9j:A, 5dbs:A, 6dcz:A, 5deb:A, 5des:A, 8dip:A, 8dpj:A, 8dqs:A, 8dtw:A, 8dvo:A, 8e1q:A, 8e21:A, 8e4s:A, 4e5e:A, 4e5e:B, 4e5e:C, 4e5e:D, 4e5f:A, 4e5f:B, 4e5f:C, 4e5f:D, 4e5g:A, 4e5g:B, 4e5g:C, 4e5g:D, 4e5h:A, 4e5h:B, 4e5h:C, 4e5h:D, 4e5i:A, 4e5i:B, 4e5i:C, 4e5i:D, 4e5j:A, 4e5j:B, 4e5j:C, 4e5j:D, 4e5l:A, 4e5l:B, 4e5l:C, 4e5l:D, 8edz:A, 5ega:A, 7k0w:A, 7k77:A, 7k87:A, 7kaf:A, 7kbc:A, 4kil:A, 7kl3:A, 7knr:A, 7kny:A, 7kop:A, 7lm4:A, 4ln7:A, 7lp7:A, 7lp8:A, 7lw6:A, 7m0n:A, 7m0n:B, 7m0n:C, 7m0n:D, 4m4q:A, 4m5o:A, 4m5q:A, 4m5r:A, 4m5u:A, 4m5v:A, 4mk1:A, 4mk2:A, 4mk5:A, 7ml8:A, 7mpf:A, 7mty:A, 7mx0:A, 7my5:A, 7n47:A, 7n55:A, 7n68:A, 7n8f:A, 6nel:A, 6nem:A, 7nha:A, 7nhc:A, 7nhx:A, 7ni0:A, 7nik:A, 7nil:A, 7nir:A, 7nis:A, 7nj3:A, 7nj4:A, 7nj5:A, 7nj7:A, 7nk1:A, 7nk2:A, 7nk4:A, 7nk6:A, 7nk8:A, 7nka:A, 7nkc:A, 7nki:A, 7nkr:A, 7nug:A, 7nuh:A, 8pm0:A, 8pnp:A, 8pnq:A, 8poh:A, 8poh:E, 7qtl:A, 6qx3:A, 6qx8:A, 6qx8:E, 6qxe:A, 6qxe:E, 7r0e:A, 8r3k:A, 8r3l:A, 8r60:A, 8r65:A, 7rkp:A, 6rr7:A, 7umr:A, 7uuh:A, 6v53:A, 6v56:A, 6vbr:A, 6vg9:A, 6viv:A, 6vjh:A, 6vl3:A, 6vll:A, 5vp8:A, 5vpt:A, 5vpx:A, 5vqn:A, 5vrj:A, 5w44:A, 2w69:A, 2w69:B, 2w69:D, 5w73:A, 6w7a:A, 4w9s:A, 5wa7:A, 5wap:A, 5wb3:A, 5wcs:A, 5wct:A, 5wdn:A, 5wdw:A, 5we7:A, 5we9:A, 5web:A, 5wef:A, 5wei:A, 5wf3:A, 5wfm:A, 5wfw:A, 5wfz:A, 5wg9:A, 6whm:A, 6wij:A, 6wj4:A, 6ws3:A, 6ya5:A, 6yem:A, 7z4o:DDD, 7z4o:AAA, 7zpl:A, 7zpl:D
67 6lsr:1 247 59 0.0419 0.0769 0.3220 3.2
68 3geh:A 442 125 0.0684 0.0701 0.2480 3.2
69 4k7r:A 429 67 0.0397 0.0420 0.2687 3.9
70 7odt:t 316 89 0.0552 0.0791 0.2809 4.4
71 8a4a:B 172 185 0.0993 0.2616 0.2432 5.0 6y7g:A, 6y7g:B
72 1zbd:A 177 188 0.0971 0.2486 0.2340 5.6 3rab:A
73 6s47:Bi 952 37 0.0265 0.0126 0.3243 5.8
74 8pfh:C 289 72 0.0486 0.0761 0.3056 7.0
75 8c3a:h 70 26 0.0243 0.1571 0.4231 7.8 8c3a:DS, 8cq7:h, 8cq7:DS, 8cqw:h, 8cqw:DS, 8cre:h, 8cre:DS, 8oeq:h, 8oeq:DS, 7pzy:g, 7q08:g, 7q0f:g, 7q0p:g, 7q0r:g
76 7p04:A 1353 60 0.0309 0.0103 0.2333 7.9 7p05:A
77 7aju:CL 808 68 0.0375 0.0210 0.2500 8.1 6zqd:CL, 6zqe:CL, 6zqf:CL, 6zqg:CL
78 2b2k:B 180 66 0.0419 0.1056 0.2879 8.6 2b2k:A, 2g73:A, 2g73:B, 2g74:A, 2g74:B, 1hx3:A, 1hx3:B, 1i9a:A, 1i9a:B, 1nfs:A, 1nfs:B, 1nfz:A, 1nfz:B, 1ow2:A, 1ow2:B, 1ppv:A, 1ppv:B, 1ppw:A, 1ppw:B, 1pvf:A, 1pvf:B, 1q54:A, 1q54:B, 1r67:A, 2vnp:A, 2vnp:B, 2vnq:A, 2vnq:B, 1x83:A, 1x83:B, 1x84:A, 1x84:B
79 2gf9:A 176 188 0.1038 0.2670 0.2500 9.7

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218