Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MQLNATFYSGTCPNASAIVRSTIQQALQSDTRIGASLIRLHFHDCFVNGCDASILLDDTGSIQSEKNAGPNVNSARGFNV
VDNIKTALENACPGVVSCSDVLALASEASVSLAGGPSWTVLLGRRDSLTANLAGANSSIPSPIESLSNITFKFSAVGLNT
NDLVALSGAHTFGRARCGVFNNRLFNFSGTGNPDPTLNSTLLSTLQQLCPQNGSASTITNLDLSTPDAFDNNYFANLQSN
DGLLQSDQELFSTTGSSTIAIVTSFASNQTLFFQAFAQSMINMGNISPLTGSNGEIRLDCKKVNGS

The query sequence (length=306) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1pa2:A 306 306 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 1qo4:A
2 4a5g:A 307 304 0.8725 0.8697 0.8783 0.0 4a5g:B
3 4cuo:A 306 304 0.6634 0.6634 0.6678 2.97e-143
4 1fhf:A 304 304 0.6078 0.6118 0.6118 7.30e-126 1fhf:B, 1fhf:C
5 2atj:A 308 306 0.5784 0.5747 0.5784 1.82e-125 1atj:A, 1atj:B, 1atj:C, 1atj:D, 1atj:E, 1atj:F, 2atj:B, 3atj:A, 3atj:B, 4atj:A, 4atj:B, 6atj:A, 7atj:A, 1gw2:A, 1gwo:A, 1gwt:A, 1gwu:A, 1gx2:A, 1gx2:B, 1h55:A, 1h57:A, 1h58:A, 1h5a:A, 1h5c:A, 1h5d:A, 1h5e:A, 1h5f:A, 1h5g:A, 1h5h:A, 1h5i:A, 1h5j:A, 1h5k:A, 1h5l:A, 1h5m:A, 1hch:A, 1kzm:A, 1w4w:A, 1w4y:A, 2ylj:A
6 1qgj:A 300 305 0.5621 0.5733 0.5639 2.16e-117 1qgj:B
7 1sch:A 294 303 0.5033 0.5238 0.5083 1.01e-106 1sch:B
8 5twt:A 291 303 0.4869 0.5120 0.4917 3.09e-93
9 7dlh:A 302 305 0.4641 0.4702 0.4656 4.20e-86
10 5aog:A 307 307 0.4542 0.4528 0.4528 1.80e-84
11 1bgp:A 309 305 0.4314 0.4272 0.4328 2.11e-77
12 3hdl:A 304 300 0.4216 0.4243 0.4300 6.68e-76
13 4usc:A 303 304 0.4150 0.4191 0.4178 6.65e-73 4usc:B
14 1iyn:A 275 270 0.2222 0.2473 0.2519 9.66e-14
15 4ged:A 268 191 0.1601 0.1828 0.2565 1.74e-11 5al9:A, 5ala:A, 5ala:B, 5amm:A, 5amm:B, 3riv:A, 3riv:B, 3riw:A, 3riw:B
16 7oqr:A 274 165 0.1405 0.1569 0.2606 1.67e-09 7opt:A, 7opt:B, 7oqr:B
17 8djr:A 250 215 0.1732 0.2120 0.2465 3.13e-09 8djs:A, 8djt:A, 8dju:A, 8djw:A, 8djx:A, 8ff6:A, 8ff6:B, 8ff6:C, 8ff6:D, 8ff6:E, 8ff6:F, 8ff7:A, 8ff7:B, 8ff7:C, 8ff7:D, 8ff7:E, 8ff7:F
18 2cl4:X 250 289 0.2222 0.2720 0.2353 1.12e-08 1apx:A, 1apx:B, 1apx:C, 1apx:D, 7bi1:A, 2ggn:X, 2ghc:X, 2ghd:X, 2ghe:X, 2ghh:X, 2ghk:X, 5jpr:A, 5jqr:A, 5l86:A, 5l86:B, 1oaf:A, 1oag:A, 7s10:A, 6tae:A, 1v0h:X, 2vcf:X, 2vcn:A, 2vcs:A, 2vnx:X, 2vnz:X, 2vo2:X, 2wd4:A, 2xi6:A, 2xif:A, 2xih:A, 2xj6:A, 6xv4:A, 2y6a:A, 2y6b:A, 3zcg:A, 3zch:A, 3zcy:A
19 8qwt:A 331 149 0.1275 0.1178 0.2617 7.41e-04
20 6h08:B 297 258 0.1797 0.1852 0.2132 0.010 1a2f:A, 1a2g:A, 4a6z:A, 4a71:A, 4a78:A, 4a7m:A, 1aa4:A, 1ac4:A, 1ac8:A, 1aeb:A, 1aed:A, 1aee:A, 1aef:A, 1aeg:A, 1aeh:A, 1aej:A, 1aek:A, 1aem:A, 1aen:A, 1aeo:A, 1aeq:A, 1aes:A, 1aet:A, 1aeu:A, 1aev:A, 2anz:A, 2aqd:A, 2as1:A, 2as2:A, 2as3:A, 2as4:A, 2as6:A, 2b0z:A, 2b10:A, 2b10:C, 2b11:A, 2b11:C, 2b12:A, 2bcn:A, 2bcn:C, 1bej:A, 1bek:A, 1bem:A, 1bep:A, 1beq:A, 1bes:A, 7biu:A, 1bj9:A, 1bva:A, 1cca:A, 1ccb:A, 1ccc:A, 1cce:A, 1ccg:A, 1cci:A, 1ccj:A, 1cck:A, 1ccl:A, 1ccp:A, 2ccp:A, 3ccp:A, 3ccx:A, 4ccp:A, 4ccx:A, 5ccp:A, 6ccp:A, 7ccp:A, 2cep:A, 5cib:A, 5cib:C, 5cic:A, 5cic:C, 5cid:A, 5cid:C, 5cie:A, 5cie:C, 5cif:A, 5cif:C, 5cig:A, 5cig:C, 5cih:A, 5cih:C, 1cmp:A, 1cmq:A, 1cmt:A, 1cmu:A, 1cpd:A, 1cpe:A, 1cpf:A, 1cpg:A, 4cvi:A, 4cvj:A, 1cyf:A, 2cyp:A, 5d6m:A, 1dcc:A, 1dj1:A, 1dj5:A, 1ds4:A, 1dse:A, 1dsg:A, 1dso:A, 1dsp:A, 3e2n:A, 3e2o:A, 1ebe:A, 5ejt:A, 5ejx:A, 2eun:A, 2euo:A, 2eup:A, 2euq:A, 2eur:A, 2eus:A, 2eut:A, 2euu:A, 3exb:A, 2gb8:A, 6h08:A, 6h08:C, 2ia8:A, 2icv:A, 4jb4:A, 4jb4:C, 1jci:A, 1jdr:A, 4jm5:A, 4jm6:A, 4jm8:A, 4jm9:A, 4jma:A, 4jmb:A, 4jms:A, 4jmt:A, 4jmv:A, 4jmw:A, 4jmz:A, 4jn0:A, 4jpl:A, 4jpt:A, 4jpu:A, 4jqj:A, 4jqk:A, 4jqm:A, 4jqn:A, 2jti:A, 1kok:A, 1krj:A, 1kxm:A, 1kxn:A, 3m23:A, 3m25:A, 3m26:A, 3m27:A, 3m28:A, 3m29:A, 3m2a:A, 3m2b:A, 3m2c:A, 3m2d:A, 3m2e:A, 3m2f:A, 3m2g:A, 3m2h:A, 3m2i:A, 1mk8:A, 1mkq:A, 1mkr:A, 1ml2:A, 2n18:A, 4nfg:A, 4nva:A, 4nvb:A, 4nvc:A, 4nvd:A, 4nve:A, 4nvf:A, 4nvg:B, 4nvh:B, 4nvi:B, 4nvj:B, 4nvk:B, 4nvl:A, 4nvm:B, 4nvn:B, 4nvo:B, 4oq7:A, 4p4q:A, 4p4q:C, 6p41:A, 6p41:C, 6p42:A, 6p42:C, 6p43:A, 6p43:C, 2pcb:A, 2pcb:C, 2pcc:A, 2pcc:C, 3r98:A, 3r99:A, 2rbt:X, 2rbu:X, 2rbv:X, 2rbw:X, 2rbx:X, 2rby:X, 2rbz:X, 2rc0:X, 2rc1:X, 2rc2:X, 1ryc:A, 1s6v:A, 1s6v:C, 1s73:A, 1sbm:A, 1sdq:A, 1sog:A, 1stq:A, 5u5u:A, 5u5v:A, 5u5w:A, 5u5x:A, 5u5y:A, 5u5z:A, 5u60:A, 5u61:A, 1u74:A, 1u74:C, 1u75:A, 1u75:C, 5ug2:A, 2v23:A, 2v2e:A, 2x07:A, 2x08:A, 2xil:A, 2xj5:A, 2xj8:A, 4xv4:A, 4xv5:A, 4xv6:A, 4xv7:A, 4xv8:A, 4xva:A, 4xva:C, 4xva:E, 4xva:G, 6y1t:A, 6y2y:A, 2y5a:A, 2ycg:A, 1z53:A, 1zby:A, 1zbz:A
21 4bm1:A 337 209 0.1634 0.1484 0.2392 0.11 4bm1:B, 4bm2:A, 4bm3:A, 4bm4:A
22 5whs:A 713 37 0.0458 0.0196 0.3784 0.31 5whq:A, 5whq:B, 5whs:B
23 5jhx:A 735 121 0.1013 0.0422 0.2562 0.57 5cjh:A, 5cjh:B, 5jhx:B, 5jhy:A, 5jhy:B, 5jhz:A, 5jhz:B, 3ut2:A, 3ut2:B
24 3wnu:A 710 108 0.0850 0.0366 0.2407 1.00 4pae:A, 1ub2:A, 3wxo:A, 3x16:A
25 7oo5:A 331 62 0.0490 0.0453 0.2419 1.2
26 5kqi:A 714 36 0.0425 0.0182 0.3611 1.3 6b9b:A, 6b9b:B, 6caw:A, 6caw:B, 6cc6:A, 6cc6:B, 6cdq:A, 6cdq:B, 6cek:A, 6cek:B, 6cfq:A, 6cfq:B, 5kq0:A, 5kq0:B, 5kq2:A, 5kq2:B, 5kq3:A, 5kq3:B, 5kq6:A, 5kq6:B, 5kqh:A, 5kqh:B, 5kqi:B, 5kqk:A, 5kqk:B, 5kqn:A, 5kqn:B, 5kqq:A, 5kqq:B, 5ksf:A, 5ksf:B, 5ksg:A, 5ksg:B, 5ksk:A, 5ksk:B, 5ksn:A, 5ksn:B, 5kt8:A, 5kt8:B, 5kt9:A, 5kt9:B, 5l02:A, 5l02:B, 5l05:A, 5l05:B, 6mpy:A, 6mpy:B, 6mq0:A, 6mq0:B, 6mq1:A, 6mq1:B, 5sw4:A, 5sw4:B, 5sw5:A, 5sw5:B, 5sw6:A, 5sw6:B, 5sx0:A, 5sx0:B, 5sx1:A, 5sx1:B, 5sx2:A, 5sx2:B, 5sx3:A, 5sx3:B, 5sx6:A, 5sx6:B, 5sx7:A, 5sx7:B, 5sxq:A, 5sxq:B, 5sxr:A, 5sxr:B, 5sxs:A, 5sxs:B, 5sxt:A, 5sxt:B, 5sxw:A, 5sxw:B, 5sxx:A, 5sxx:B, 5syh:A, 5syh:B, 5syi:A, 5syi:B, 5syj:A, 5syj:B, 5syk:A, 5syk:B, 5syl:A, 5syl:B, 5syu:A, 5syu:B, 5syv:A, 5syv:B, 5syw:A, 5syw:B, 5syx:A, 5syx:B, 5syy:A, 5syy:B, 5txq:A, 5txq:B, 5v4o:A, 5v4o:B, 5v53:A, 5v53:B
27 7bx9:A 168 46 0.0523 0.0952 0.3478 1.8
28 2nmb:A 147 80 0.0719 0.1497 0.2750 2.5 1ddm:A, 5yi7:A, 5yi7:C, 5yi8:A
29 4n9f:b 172 44 0.0490 0.0872 0.3409 6.9 8fvi:1, 8fvj:1, 8fvj:6, 8h0i:C, 8h0i:E, 8h0i:G, 8h0i:I, 8j62:E, 8j62:I, 4n9f:G, 4n9f:M, 4n9f:S, 4n9f:d, 4n9f:j, 4n9f:p, 4n9f:v, 4n9f:1, 4n9f:7, 4n9f:q, 4n9f:2
30 7ed6:A 203 107 0.0948 0.1429 0.2710 7.5 7ed6:B, 7ed9:A, 7ed9:B
31 8olu:L 202 67 0.0654 0.0990 0.2985 8.9 8olu:Z, 6qm7:L, 6qm7:Z, 6tcz:L, 6tcz:l, 6td5:L, 6td5:l, 7zyj:L, 7zyj:l

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218