Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MQEHYQPAAIEPAAQKKWDDARISNVSEDASKPKYYCLSMFPYPSGKLHMGHVRNYTIGDVLSRFKLLNGFNVMQPMGWD
AFGMPAENAAMKNNVAPAAWTYDNIEYMKTQLKSLGFAVDWEREVATCKPEYYRWEQWLFTKLFEKGIVYRKNGTVNWDP
VDQTVLANEQVIDGRGWRSGALIEKREIPMYYFKITDYAEELLNDLDKLEHWPEQVKTMQRNWIGKSRGMTVRFAVSDDS
KQGLEGDYAKFLQVYTTRPDTLMGATYVAVAAEHPLATAAAADKPELQAFIAECKEKKGVPTGRYVVNPLNGDKLEVWIA
NYVLWGYGDGAVMAVPAHDERDFEFAAKYNLPKKQVIAVGDNAFDANRWQEWYGDKENGVLVNSGDLDGLDFQTAFDAVA
AKLQSQGAGEPKTQYRLRDWGISRQRYWGCPIPIVHCEKCGNVPVPADQLPVVLPENVVPDGMGSPLAKMPEFYETSCPC
CGGAAKRETDTMDTFIESSWYFFRYMSPKFSDGMVSAESAKYWGAVDQYIGGIEHAIGHLLYARFFTKLMRDEGLVNVDE
PFERLLTQGMVVCETYYRENDKGGKDWINPADVELTFDDKGRPVSAVLKADGLPVVISGTEKMSKSKNNGVDPQELINAY
GADTARLFMMFAAPPEQSLEWSDSGVEGAHRFLRRLWRTVYEYLKQGGAVKAFAGNQDGLSKELKDLRHKLHSTTAKVSD
DYGRRQQFNTAIAAVMELLNQYDKTDTGSEQGRAVAQEVLEAAVRLLWPIVPHICETLWSELNGAKLWEAGWPTVDEAAL
VKSEIEVMVQVNGKLRGKITVAADASKADLEAAALANEGAVKFMKPAKKIIVVPGRLVNIVV

The query sequence (length=862) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7nu2:A 875 875 0.9965 0.9817 0.9817 0.0 7a0p:A, 7ap2:A, 7nty:A, 7nu0:A, 7nu1:A, 7nu4:A, 7nu5:A, 7nu8:A, 7nu9:A, 7nua:A, 7nuc:A, 6q8a:A, 6ykk:A, 6ykl:A, 6ykn:A, 6yko:A, 6ykq:A, 6yks:A, 6ykt:A, 6yku:A, 6ykv:A, 6ykw:A, 6ykx:A, 7yp8:A
2 6q89:A 852 875 0.9710 0.9824 0.9566 0.0 7ntz:A, 7nu3:A, 7nu6:A, 7nu7:A, 7nub:A, 6q8b:A, 6q8c:A
3 3zgz:D 867 877 0.5696 0.5663 0.5599 0.0 2ajh:A, 2ajh:B, 2aji:A, 2aji:B, 4aq7:A, 4aq7:D, 4cqn:A, 4cqn:D, 5omw:A, 5omw:D, 5on2:A, 5on2:D, 5on3:A, 5on3:D, 5onh:A, 5onh:D, 3zgz:A
4 4ari:A 821 867 0.5476 0.5749 0.5444 0.0 4arc:A, 4as1:A, 8pot:A, 3zjt:A, 3zju:A, 3zjv:A
5 2bte:A 876 900 0.4791 0.4715 0.4589 0.0 2bte:D, 2byt:A, 2byt:D, 1h3n:A, 1obc:A, 2v0c:A, 2v0g:A, 2v0g:D
6 1obh:A 762 831 0.4153 0.4698 0.4308 0.0
7 5ah5:A 789 861 0.3886 0.4246 0.3891 0.0 5ah5:B
8 3ziu:A 621 228 0.1160 0.1610 0.4386 2.37e-54 3ziu:B
9 3ziu:A 621 463 0.1497 0.2077 0.2786 1.12e-45 3ziu:B
10 3pz0:B 211 197 0.0951 0.3886 0.4162 7.51e-35
11 7n12:B 188 182 0.0928 0.4255 0.4396 9.98e-35 7n12:A
12 7bzj:A 183 177 0.0882 0.4153 0.4294 1.25e-33 4k47:A
13 1wz2:A 948 377 0.1276 0.1160 0.2918 7.05e-30 1wz2:B
14 1wz2:A 948 215 0.0731 0.0665 0.2930 4.00e-12 1wz2:B
15 7pqk:A 195 189 0.0847 0.3744 0.3862 5.33e-29 5agr:A, 5ags:A, 5agt:A
16 8pos:A 168 187 0.0742 0.3810 0.3422 1.21e-25 8por:A, 8pos:B
17 8c9e:A 921 856 0.2239 0.2096 0.2255 2.17e-24 8c9f:A, 8c9g:A, 8c9g:B
18 1ffy:A 917 911 0.2343 0.2203 0.2217 1.93e-23 1qu2:A, 1qu3:A
19 1ile:A 821 919 0.2285 0.2400 0.2144 6.76e-23 1jzq:A, 1jzs:A, 1ue0:A, 1wk8:B, 1wnz:A
20 1gax:A 862 869 0.2216 0.2216 0.2198 1.77e-21 1gax:B, 1ivs:A, 1ivs:B, 1wk9:A
21 8c8v:A 1032 416 0.1125 0.0940 0.2332 5.67e-17 8c8u:A, 8c8w:A, 8c9d:A
22 8c8v:A 1032 152 0.0452 0.0378 0.2566 3.41e-08 8c8u:A, 8c8w:A, 8c9d:A
23 6ldk:A 813 179 0.0580 0.0615 0.2793 8.15e-12
24 6ldk:A 813 17 0.0151 0.0160 0.7647 0.035
25 6ldk:A 813 83 0.0290 0.0308 0.3012 0.076
26 6ldk:A 813 91 0.0278 0.0295 0.2637 0.67
27 5k0s:C 497 178 0.0545 0.0946 0.2640 1.15e-10 5k0s:A, 5k0s:B, 5k0t:A, 5k0t:C, 4py2:A, 4py2:B, 4py2:C
28 5k0s:C 497 38 0.0162 0.0282 0.3684 4.0 5k0s:A, 5k0s:B, 5k0t:A, 5k0t:C, 4py2:A, 4py2:B, 4py2:C
29 7wpi:A 520 189 0.0534 0.0885 0.2434 1.92e-09 4qrd:A, 4qre:A, 7wpk:A, 7wpl:A, 7wpm:A, 7wpx:A, 7wq0:A
30 7wpi:A 520 231 0.0661 0.1096 0.2468 1.71e-04 4qrd:A, 4qre:A, 7wpk:A, 7wpl:A, 7wpm:A, 7wpx:A, 7wq0:A
31 7d5c:A 919 155 0.0499 0.0468 0.2774 2.98e-09
32 7d5c:A 919 198 0.0534 0.0501 0.2323 0.003
33 7d5c:A 919 17 0.0139 0.0131 0.7059 0.054
34 1rqg:A 606 277 0.0789 0.1122 0.2455 3.04e-09
35 2x1l:A 511 179 0.0510 0.0861 0.2458 6.07e-09 2x1m:A
36 2x1l:A 511 92 0.0325 0.0548 0.3043 0.003 2x1m:A
37 8wnf:A 918 475 0.1148 0.1078 0.2084 9.17e-09 8wng:A, 8wni:A, 8wnj:A, 8wo2:A, 8wo3:A
38 8wnf:A 918 37 0.0186 0.0174 0.4324 0.73 8wng:A, 8wni:A, 8wnj:A, 8wo2:A, 8wo3:A
39 6lpf:B 1006 194 0.0603 0.0517 0.2680 1.87e-08 6kid:A, 6kie:A, 6kqy:A, 6kr7:A, 6lpf:A, 6lr6:A, 6lr6:B
40 6lpf:B 1006 212 0.0592 0.0507 0.2406 3.11e-04 6kid:A, 6kie:A, 6kqy:A, 6kr7:A, 6lpf:A, 6lr6:A, 6lr6:B
41 5k0t:B 468 128 0.0406 0.0748 0.2734 2.04e-08
42 2x1l:C 476 120 0.0360 0.0651 0.2583 2.80e-07 2x1l:B
43 2x1l:C 476 92 0.0325 0.0588 0.3043 0.003 2x1l:B
44 3kfl:A 530 178 0.0510 0.0830 0.2472 5.87e-07 6swx:A
45 6ax8:A 509 176 0.0522 0.0884 0.2557 1.04e-06 5xet:C
46 6ax8:A 509 46 0.0232 0.0393 0.4348 0.016 5xet:C
47 4eg7:B 536 178 0.0476 0.0765 0.2303 3.36e-06 6cml:A, 6cml:B, 4eg1:A, 4eg1:B, 4eg3:A, 4eg3:B, 4eg4:A, 4eg5:A, 4eg6:A, 4eg7:A, 4eg8:A, 4eg8:B, 4ega:A, 4ega:B, 5j58:A, 5j58:B, 5j59:A, 5j59:B, 5j5a:A, 5j5a:B, 6mes:A, 6mes:B, 4mvw:A, 4mvw:B, 4mvx:A, 4mvx:B, 4mvy:A, 4mvy:B, 4mw0:A, 4mw0:B, 4mw1:A, 4mw1:B, 4mw2:A, 4mw2:B, 4mw4:A, 4mw4:B, 4mw5:A, 4mw5:B, 4mw6:A, 4mw6:B, 4mw7:A, 4mw7:B, 4mw9:A, 4mw9:B, 4mwb:A, 4mwb:B, 4mwc:A, 4mwc:B, 4mwd:A, 4mwd:B, 4mwe:A, 4mwe:B, 5nfh:A, 5nfh:B, 5tqu:A, 5v49:A, 5v49:B, 4zt2:A, 4zt2:B, 4zt3:A, 4zt3:B, 4zt4:A, 4zt4:B, 4zt5:A, 4zt5:B, 4zt6:A, 4zt6:B, 4zt7:A, 4zt7:B
48 7wpt:A 483 121 0.0360 0.0642 0.2562 6.18e-06 7wpn:A
49 7wpt:A 483 231 0.0661 0.1180 0.2468 1.68e-04 7wpn:A
50 1pfu:A 547 120 0.0313 0.0494 0.2250 8.09e-05 8bru:A, 8brv:A, 8brw:A, 8brx:A, 1f4l:A, 3h97:A, 3h99:A, 3h9b:A, 3h9c:A, 1p7p:A, 1pfv:A, 1pfw:A, 1pfy:A, 1qqt:A, 6spn:A, 6spo:A, 6spp:A, 6spq:A, 6spr:A
51 4eg6:B 515 116 0.0348 0.0583 0.2586 1.39e-04 4eg4:B, 4eg5:B, 5tqu:B
52 1pg0:A 492 117 0.0325 0.0569 0.2393 2.43e-04 1pg2:A
53 7ulz:A 521 197 0.0534 0.0883 0.2335 3.81e-04
54 1a8h:A 500 164 0.0406 0.0700 0.2134 6.87e-04 2d54:A, 2d5b:A, 3vu8:A, 1woy:A
55 1a8h:A 500 85 0.0302 0.0520 0.3059 0.22 2d54:A, 2d5b:A, 3vu8:A, 1woy:A
56 2ct8:A 465 173 0.0545 0.1011 0.2717 0.001 2csx:A, 2csx:B, 2ct8:B
57 2ct8:A 465 117 0.0290 0.0538 0.2137 0.002 2csx:A, 2csx:B, 2ct8:B
58 6wq6:A 547 133 0.0371 0.0585 0.2406 0.002 6wqi:A, 6wqi:B, 6wqs:A, 6wqt:A
59 8qhp:A 410 69 0.0278 0.0585 0.3478 0.011 8qhp:B
60 8qhp:A 410 41 0.0151 0.0317 0.3171 4.0 8qhp:B
61 5urb:A 546 222 0.0545 0.0861 0.2117 0.12 5urb:B
62 2zue:A 628 30 0.0162 0.0223 0.4667 0.13 2zuf:A
63 1u0b:B 461 63 0.0244 0.0456 0.3333 0.30 1li5:A, 1li7:A
64 8q6x:A 389 95 0.0325 0.0720 0.2947 0.69 8q6x:B, 8q6y:A, 8q6y:B
65 3tqo:A 387 133 0.0394 0.0879 0.2556 1.6
66 7adr:A 473 61 0.0244 0.0444 0.3443 1.9 7adr:D, 7ady:A, 7ady:D, 7aiz:A, 7aiz:D, 6fea:A, 6fea:D, 5n6y:A, 5n6y:D
67 6sau:B 442 207 0.0464 0.0905 0.1932 2.0 6sau:A
68 3gyg:A 285 88 0.0290 0.0877 0.2841 2.9 3gyg:C
69 4q2t:A 590 34 0.0128 0.0186 0.3235 4.0 4q2t:B, 4q2x:A, 4q2x:B
70 7m4u:p 83 45 0.0186 0.1928 0.3556 4.2 7m4w:p, 7m4x:p, 7m4y:p, 7m4z:p, 7ryf:p, 7ryg:p, 7ryh:p, 7uvv:p, 7uvw:p, 7uvx:p, 7uvy:p, 7uvz:p, 7uw1:p, 6v39:p, 6v3a:p, 6v3b:p, 6v3e:p, 6ypu:q, 6yt9:q
71 8aaf:e 1527 40 0.0197 0.0111 0.4250 5.2 8agt:e, 8agu:e, 8agv:e, 8agw:e, 8agx:e, 8agz:e
72 4lnj:A 332 81 0.0313 0.0813 0.3333 9.2 4lnj:B, 4lnl:A, 4lnl:B, 4lnm:B, 4lnm:A, 4rjy:A, 4rjy:C, 4rjy:D, 3wlx:B, 3wlx:A
73 4p7m:A 104 41 0.0174 0.1442 0.3659 9.8 4p7s:A, 4p7s:B, 4p7s:C

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218