Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MQAIKESYAFAVLGEPRYAFNFNHFDYVNPAAPKGGQITLSALGTFDNFNRYALRGNPGARTEQLYDTLFTTSDDEPGSY
YPLIAESARYADDYSWVEVAINPRARFHDGSPITARDVEFTFQKFMTEGVPQFRLVYKGTTVKAIAPLTVRIELAKPGKE
DMLSLFSLPVFPEKYWKDHKLSDPLATPPLASGPYRVTSWKMGQNIVYSRVKDYWAANLPVNRGRWNFDTIRYDYYLDDN
VAFEAFKAGAFDLRMENDAKNWATRYTGKNFDKKYIIKDEQKNESAQDTRWLAFNIQRPVFSDRRVREAITLAFDFEWMN
KALFYNAWSRTNSYFQNTEYAARNYPDAAELVLLAPMKKDLPSEVFTQIYQPPVSKGDGYDRDNLLKADKLLNEAGWVLK
GQQRVNATTGQPLSFELLLPASSNSQWVLPFQHSLQRLGINMDIRKVDNSQITNRMRSRDYDMMPRVWRAMPWPSSDLQI
SWSSEYINSTYNAPGVQSPVIDSLINQIIAAQGNKEKLLPLGRALDRVLTWNYYMLPMWYMAEDRLAWWDKFSQPAVRPI
YSLGIDTWWYDVNKAAKLPS

The query sequence (length=580) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7z6f:E 581 577 0.9948 0.9931 1.0000 0.0 7atr:A, 8fsq:A, 8fsr:A, 8fss:A
2 7z8e:A 590 584 0.3724 0.3661 0.3699 8.68e-124
3 4oes:A 498 397 0.1724 0.2008 0.2519 4.25e-18
4 7og0:B 498 429 0.1569 0.1827 0.2121 9.78e-15 7ofw:A, 7ofz:A, 7og0:A
5 1xoc:A 504 457 0.1845 0.2123 0.2341 3.54e-14
6 6hlx:A 491 304 0.1293 0.1527 0.2467 1.48e-12
7 4ofo:A 497 441 0.1776 0.2072 0.2336 5.97e-11 4ofl:A, 4ofl:B, 4ofo:B, 4ofo:C, 4ofo:D
8 6tfx:B 494 247 0.1155 0.1356 0.2713 1.07e-10 6tfq:A, 6tfq:B, 6tfs:A, 6tfs:B, 6tfx:A
9 8upi:A 510 278 0.1121 0.1275 0.2338 1.81e-10
10 8ch2:A 479 298 0.1138 0.1378 0.2215 1.47e-09 8ch1:A, 8ch3:A, 8chc:A, 8ci6:A, 8cju:A
11 3e3k:B 500 475 0.1793 0.2080 0.2189 2.23e-09 7a0c:A, 7a0c:B, 4dcx:A, 4dcx:B, 4dcy:A, 4dcy:B, 3dp8:A, 3dp8:B, 3dp8:C, 3e3k:A, 3e3k:C, 4i8c:A, 4i8c:B, 4i8c:C, 4i9d:A, 4i9d:B, 5l8d:A, 5l8d:B, 3mvw:A, 3mvw:B, 3mvx:A, 3mvx:B, 3mvy:A, 3mvy:B, 3mvz:A, 3mvz:B, 3mw0:A, 3mw0:B, 5mwu:A, 5mwu:B, 3mz9:A, 3mz9:B, 3mzb:A, 3mzb:B, 2noo:A, 5on0:A, 5on0:B, 5on1:A, 5on1:B, 5on4:A, 5on4:B, 5on5:A, 5on5:B, 5on8:A, 5on8:B, 5on9:A, 5on9:B, 6r4q:A, 6r4q:B, 8spm:A, 1zlq:A, 1zlq:B
12 4gfr:A 529 551 0.2017 0.2212 0.2123 2.48e-09 8i5j:A, 8i5j:B, 8i5k:A, 1zu0:A
13 4pfu:B 542 504 0.1879 0.2011 0.2163 8.23e-09 5hm4:B, 4pfu:A, 4pfw:A, 4pfw:B
14 4oev:A 494 296 0.1155 0.1356 0.2264 2.00e-08 4oeu:A, 4oeu:B, 4oev:B
15 8cko:A 492 311 0.1224 0.1443 0.2283 5.91e-08 8ckd:A, 8cke:A, 6i7w:A, 4ra1:A, 4ze9:A, 4zeb:A, 4zeb:B, 4zec:A, 4zed:A, 4zei:A, 4zek:A
16 8caw:A 491 294 0.1069 0.1263 0.2109 1.86e-07 8cay:A, 8cb9:A, 8cdo:A
17 3m8u:A 508 299 0.1190 0.1358 0.2308 2.11e-07
18 7kz9:A 478 284 0.1138 0.1381 0.2324 3.27e-07 7kz9:B
19 3i5o:A 582 412 0.1707 0.1701 0.2403 3.35e-07 3i5o:B, 4jsd:A, 4jso:A, 2o7i:A
20 5yh8:A 510 459 0.1638 0.1863 0.2070 1.79e-06 5yhe:A, 5yhe:B, 5yhg:A
21 7ebi:A 537 552 0.1914 0.2067 0.2011 2.15e-06 7ebm:A, 6lzq:A, 6lzt:A, 6lzu:A, 6lzv:A, 6lzw:A
22 5z99:A 485 323 0.1310 0.1567 0.2353 4.88e-06 5yyb:A, 5yyb:B
23 1b05:A 517 525 0.1931 0.2166 0.2133 6.56e-06 1b0h:A, 1b1h:A, 1b2h:A, 1b32:A, 1b3f:A, 1b3g:A, 1b3h:A, 1b3l:A, 1b3l:C, 1b40:A, 1b46:A, 1b4h:A, 1b4z:A, 1b51:A, 1b52:A, 1b58:A, 1b5h:A, 1b5i:A, 1b5j:A, 1b6h:A, 1b7h:A, 1b9j:A, 1jet:A, 1jeu:A, 1jev:A, 1ola:A, 1olc:A, 2olb:A, 1qka:A, 1qkb:A, 2rkm:A
24 1uqw:A 487 383 0.1466 0.1745 0.2219 8.09e-06 1uqw:B
25 3zs6:A 506 268 0.0983 0.1126 0.2127 8.63e-06
26 4ofj:A 465 188 0.0828 0.1032 0.2553 9.94e-06 3rqt:A, 4xkn:A, 4xkp:A, 4xkq:A, 4xkr:A
27 3tcf:A 517 535 0.1948 0.2186 0.2112 1.47e-05 3tcf:B, 3tcf:C, 3tcf:D, 3tcf:E, 3tcf:F, 3tcf:G, 3tcf:H, 3tcg:A, 3tcg:B, 3tcg:C, 3tcg:D, 3tcg:E, 3tcg:F, 3tcg:G, 3tcg:H
28 2z23:A 517 510 0.1862 0.2089 0.2118 1.82e-05
29 8j5u:A 534 541 0.2121 0.2303 0.2274 2.53e-05 8j5q:A, 8j5s:A
30 8ay0:B 496 276 0.1138 0.1331 0.2391 3.38e-05 8ay0:A, 8ay0:C
31 8arn:A 509 479 0.1569 0.1788 0.1900 2.02e-04 8are:A, 8arn:B
32 4pfy:A 539 169 0.0690 0.0742 0.2367 2.68e-04 4pft:A, 4pft:B, 4pfy:B
33 5kzt:B 510 280 0.1017 0.1157 0.2107 5.95e-04 5kzt:A
34 6npo:A 518 260 0.1034 0.1158 0.2308 0.001
35 4qfl:A 507 436 0.1534 0.1755 0.2041 0.002 4qfl:B, 4qfn:A, 4qfn:B, 4qfo:A, 4qfo:B, 4qfp:A, 4qfp:B
36 3ryb:A 563 445 0.1776 0.1829 0.2315 0.006 3drf:A, 3drg:A, 3drh:A, 3dri:A, 3drj:A, 3drk:A, 3rya:A
37 6ofq:A 512 194 0.0741 0.0840 0.2216 0.054 6pu3:A
38 3o9p:A 509 276 0.0948 0.1081 0.1993 0.060
39 4faj:A 507 279 0.1103 0.1262 0.2294 0.078
40 5f1q:A 513 198 0.0672 0.0760 0.1970 0.11 5f1q:B
41 2d5w:A 602 35 0.0241 0.0233 0.4000 0.27 2d5w:B
42 1dpp:A 507 142 0.0466 0.0533 0.1901 0.27 1dpp:C, 1dpp:E, 1dpp:G
43 8wda:A 517 198 0.0690 0.0774 0.2020 0.58 6e3d:A, 6e4d:A, 7jls:A
44 7unr:D 211 74 0.0310 0.0853 0.2432 1.0 8cd1:D, 6spb:D, 6spd:D, 6spf:D, 6spg:D, 7unu:D, 7unv:D, 7unw:D
45 4l92:B 391 55 0.0276 0.0409 0.2909 1.5 4l92:A, 4l97:A, 4l97:B, 4l99:A, 4l99:B, 4rga:A, 4rga:B, 4rgg:A, 4rgg:B
46 5kis:A 1446 33 0.0259 0.0104 0.4545 3.0
47 4e5y:C 290 44 0.0224 0.0448 0.2955 3.4
48 4dq6:A 388 64 0.0293 0.0438 0.2656 5.2 4dgt:A, 4dgt:B, 4dq6:B
49 7uk7:A 389 81 0.0414 0.0617 0.2963 6.4
50 3odm:C 530 70 0.0293 0.0321 0.2429 6.9 3odm:A, 3odm:D, 3odm:E, 3odm:H
51 6hqv:A 1555 69 0.0362 0.0135 0.3043 8.9 6hqv:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218