Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MPMQMFMQVYDEIQMFLLEELELKFDMDPNRVRYLRKMMDTTCLGGKYNRGLTVIDVAESLLSLSGARRKRVLHDACVCG
WMIEFLQAHYLVEDDIMDNHPDVTVQCAINDGLLLKSWTHMMAMHFFADRPFLQDLLCRFNRVDYTTAVGQLYDVTSMFD
SNDFAEFTLSNYKRIVKYKTAYYTYLLPLVMGLIVSEALPTVDMGVTEELAMLMGEYFQVQDDVMDCFTPPERLGKVGTD
IQDAKCSWLAVTFLAKASSAQVAEFKANYGSGDSEKVATVRRLYEEADLQGDYVAYEAAVAEQVKELIEKLRLCSPGFAA
SVETLWGKT

The query sequence (length=329) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6r38:A 331 330 0.9939 0.9879 0.9909 0.0 5qt4:A, 5qt5:A, 5qt6:A, 5qt7:A, 5qt8:A, 5qt9:A, 5qta:A, 5qte:A, 5qtf:A, 5qtg:A, 5qth:A, 5qti:A, 5qtj:A, 5qtk:A, 6r37:A, 6r39:A, 6sii:A
2 2ewg:A 367 362 1.0000 0.8965 0.9088 0.0 5ael:A, 5ael:B, 5afx:A, 5afx:B, 5ahu:B, 5ahu:D, 3dyf:A, 3dyf:B, 3dyg:A, 3dyg:B, 3dyh:A, 3dyh:B, 3efq:A, 3efq:B, 3egt:A, 3egt:B, 2ewg:B, 2i19:A, 2i19:B, 2ogd:A, 2ogd:B, 2p1c:A, 2p1c:B, 4rxc:A, 4rxc:B, 4rxd:A, 4rxd:B, 4rxd:C, 4rxe:A, 4rxe:B
3 4dxj:A 362 354 0.7021 0.6381 0.6525 7.84e-170 4dwb:A, 4dwg:A, 4dxj:B, 4dxj:C, 4dzw:A, 4e1e:A, 3iba:A, 3ick:A, 3icm:A, 3icn:A, 3icz:A, 3id0:A, 5qpd:A, 5qpe:A, 5qpf:A, 5qpg:A, 5qph:A, 5qpi:A, 5qpj:A, 5qpk:A, 5qpl:A, 5qpm:A, 5qpn:A, 5qpo:A, 5qpp:A, 5qpq:A, 5qpr:A, 5qps:A, 5qpt:A, 5qpu:A, 5qpv:A, 5qpw:A, 5qpx:A, 5qpy:A, 5qpz:A, 5qq0:A, 5qq1:A, 5qq2:A, 5qq3:A, 5qq4:A, 5qq5:A, 5qq6:A, 5qq7:A, 5qq8:A, 5qq9:A, 5qqa:A, 5qqb:A, 6r05:A, 6r06:A, 6r07:A, 6r08:A, 6r09:A, 6r0a:A, 6r0b:A, 6sdn:A, 6sdo:A, 6sdp:A, 6sdq:A, 6se2:A, 6sf8:A, 6sf9:A, 6sfa:A, 6shv:A, 6si5:A, 6t7n:AAAA, 1yhl:A, 1yhm:A, 1yhm:B, 1yhm:C
4 4jzb:A 362 354 0.6261 0.5691 0.5819 1.37e-145 4jzb:B, 4jzx:A, 4jzx:B, 4k10:A, 4k10:B, 4k10:D, 4k10:C, 6vjc:A, 6vjc:B, 6w7i:A, 6w7i:B, 6ww1:A, 6ww1:B
5 4dem:F 346 320 0.3526 0.3353 0.3625 1.65e-57 3b7l:A, 5cg5:A, 5cg6:A, 3cp6:A, 5dgm:F, 5dgn:F, 5dgs:F, 5diq:F, 5djp:F, 5djr:F, 5djv:F, 2f7m:F, 2f89:F, 2f8c:F, 2f8z:F, 2f92:F, 2f94:F, 2f9k:F, 4ga3:A, 4h5c:F, 4h5d:F, 4h5e:F, 5ja0:F, 5juz:F, 4jvj:F, 5jv0:F, 5jv1:F, 5jv2:F, 4kfa:A, 4kpd:A, 4kpj:A, 4kq5:A, 4kqs:A, 4kqu:A, 5ksx:F, 4l2x:F, 4lfv:F, 4lpg:F, 4lph:F, 3n1v:F, 3n1w:F, 4n1z:F, 3n3l:F, 3n45:F, 3n46:F, 3n49:F, 3n5h:F, 3n5j:F, 3n6k:F, 6n7y:F, 6n7z:F, 6n82:F, 6n83:F, 4n9u:A, 4nfi:F, 4nfj:F, 4nfk:F, 4ng6:A, 4nke:A, 4nkf:A, 4nua:A, 6oag:F, 6oah:F, 4ogu:A, 2opm:A, 2opn:A, 4p0v:A, 4p0w:A, 4p0x:A, 4pvx:F, 4pvy:F, 4q23:A, 2qis:A, 4qpf:A, 4qxs:F, 2rah:A, 4rxa:A, 3rye:A, 3s4j:A, 2vf6:A, 5ygi:A, 1yq7:A, 1yv5:A, 1zw5:A
6 1ubw:A 348 291 0.3343 0.3161 0.3780 9.00e-55 1ubx:A, 1uby:A
7 6b04:A 341 289 0.2979 0.2874 0.3391 1.16e-47 6b04:B, 6b04:C, 6b06:A, 6b06:B, 6b06:C, 6b07:A, 6b07:B, 6b07:C
8 8a7l:A 346 300 0.2766 0.2630 0.3033 7.77e-43 8a6v:A, 8a6v:B, 8a6z:A, 8a6z:B, 8a6z:C, 8a6z:D, 8a6z:E, 8a6z:F, 8a70:A, 8a73:A, 8a73:B, 8a74:A, 8a74:B, 8a78:A, 8a7a:A, 8a7b:A, 8a7c:A, 8a7c:B, 8a7j:A, 8a7j:B, 8a7k:A, 8a7k:B, 8a7r:A, 8a7u:A
9 3rbm:B 362 346 0.3131 0.2845 0.2977 3.28e-41 3cc9:A, 3cc9:B, 3cc9:D, 3ez3:A, 3ez3:B, 3ez3:C, 3ez3:D, 5hn7:A, 5hn7:B, 5hn7:C, 5hn7:D, 5hn7:G, 5hn7:E, 5hn7:F, 5hn7:H, 5hn8:C, 5hn9:A, 5hn9:B, 5hn9:D, 5hna:A, 5hna:B, 5hna:C, 5hna:D, 3ldw:A, 3ldw:B, 3ldw:C, 3ldw:D, 3ph7:A, 3ph7:B, 3ph7:D, 3rbm:A, 3rbm:C, 3rbm:D, 3ryw:A, 3ryw:D, 3ryw:B, 3ryw:C
10 5hn8:D 334 310 0.2766 0.2725 0.2935 3.90e-35 3cc9:C, 5hn8:A, 5hn8:B, 5hn9:C, 3ph7:C
11 2o1o:A 335 324 0.2371 0.2328 0.2407 7.43e-15 2o1o:B, 2q58:A, 2q58:B
12 6kd7:A 327 217 0.1945 0.1957 0.2949 6.36e-10
13 4gp2:A 342 266 0.2006 0.1930 0.2481 3.76e-08 4gp1:A, 4gp2:B
14 3qqv:A 357 109 0.0973 0.0896 0.2936 1.34e-04
15 5h9d:A 318 173 0.1368 0.1415 0.2601 4.00e-04 5h9d:B
16 8f8k:A 353 97 0.0821 0.0765 0.2784 0.009 8f8l:A
17 4lls:A 300 232 0.1702 0.1867 0.2414 0.016 4lls:B, 4llt:A, 4llt:B
18 1rqi:A 300 94 0.0942 0.1033 0.3298 0.093 2for:A, 2for:B, 1rqi:B, 1rqj:A, 1rqj:B
19 3krf:D 295 106 0.1033 0.1153 0.3208 0.11 3kra:A, 3kra:D, 3krc:A, 3krc:D, 3krf:A, 3kro:A, 3kro:D, 3krp:A, 3krp:D, 3oab:A, 3oab:D, 3oac:D
20 3oyr:B 328 197 0.1429 0.1433 0.2386 0.17
21 1bg0:A 356 57 0.0456 0.0421 0.2632 0.18 4gvy:A, 4gvz:A, 4gw0:A, 4gw2:A, 5j99:A, 5j9a:A, 1m15:A, 1p50:A, 1p52:A, 1rl9:A, 1sd0:A
22 3q1o:A 303 71 0.0669 0.0726 0.3099 0.44 3q1o:B, 3q1o:C, 3q1o:D
23 5ze6:A 315 170 0.1246 0.1302 0.2412 0.55 3wjn:A, 3wjo:A, 5ze6:C, 5ze6:B, 5ze6:D
24 4lfg:A 290 290 0.1945 0.2207 0.2207 0.55 4lfe:A, 4lfe:B, 4lfg:B
25 8cbj:i 262 65 0.0578 0.0725 0.2923 1.7 7ajt:JH, 7d4i:RS, 7d5s:RS, 7d63:RS, 6eml:e, 6fai:i, 6ke6:RS, 6lqp:RS, 6lqq:RS, 6lqr:RS, 6lqs:RS, 6lqu:RS, 6lqv:RS, 6rbd:i, 7suk:SZ, 5wlc:SZ, 5wyj:E3, 6y7c:i, 6zqa:JH, 6zqb:JH, 6zqc:JH
26 4jxy:A 311 150 0.1094 0.1158 0.2400 2.1
27 5xut:A 1217 46 0.0395 0.0107 0.2826 2.3 5id6:A, 6nm9:B, 6nm9:D, 6nma:B, 6nmc:A, 6nmd:A, 6nme:A, 6omv:B, 5xus:A, 5xuu:A, 5xuz:A, 5xuz:E
28 3p41:A 283 218 0.1489 0.1731 0.2248 2.7 3lsn:A
29 3aqb:D 325 42 0.0365 0.0369 0.2857 7.1 3aqb:B, 3aqc:B, 3aqc:D
30 8urb:A 921 89 0.0760 0.0271 0.2809 7.3 8g6r:A
31 1qvi:A 806 52 0.0456 0.0186 0.2885 7.8 1kk7:A, 1kk8:A, 2otg:A, 1s5g:A
32 1kwo:A 780 52 0.0486 0.0205 0.3077 8.2 1b7t:A, 1dfl:A, 1kqm:A, 1l2o:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218