Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MPFIEALLPHVRAFSYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDELLGEKPEIKQKWASRLLAKLRKDIRPEFREDFV
LTITGKKPPCCVLSNPDQKGKIRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLYKSPQCSNPGLCVQPHHIGVTI
KE

The query sequence (length=162) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7qqe:A 163 161 0.9938 0.9877 1.0000 1.04e-118 7qqd:B, 7qqd:A
2 8r3s:A 663 58 0.1296 0.0317 0.3621 0.69 8r3s:B, 8r3s:C, 8r3s:D, 8r3s:E, 8r3s:F, 8r3s:G, 8r3s:H, 8r3s:I, 8r3s:J
3 7cyf:D 109 67 0.0988 0.1468 0.2388 1.7 7cyf:E, 7cyf:F, 7egk:D, 7egk:F, 7egk:B, 7obj:A, 7obj:B, 7r2y:C, 7r31:A, 7r31:B, 7r31:C, 7r32:B, 7r32:C
4 2p3d:A 99 59 0.0864 0.1414 0.2373 1.7 2p3d:B
5 6skg:Bo 43 21 0.0556 0.2093 0.4286 4.1
6 8a42:A 627 67 0.0988 0.0255 0.2388 4.2 8qm0:A, 8qm0:B, 8qm0:C, 8qm0:D
7 3wec:A 401 56 0.0988 0.0399 0.2857 4.7
8 7nyw:A 685 76 0.1358 0.0321 0.2895 4.7
9 5a50:A 165 29 0.0741 0.0727 0.4138 5.4 5a4x:A, 5a4x:B, 5a50:B, 5a51:A, 5a51:B, 4v29:A, 4v29:B
10 1bxr:A 1073 72 0.1358 0.0205 0.3056 6.4 1a9x:A, 1a9x:C, 1a9x:E, 1a9x:G, 1bxr:C, 1bxr:E, 1bxr:G, 1c30:A, 1c30:C, 1c30:E, 1c30:G, 1c3o:A, 1c3o:C, 1c3o:E, 1c3o:G, 1ce8:A, 1ce8:C, 1ce8:E, 1ce8:G, 1cs0:A, 1cs0:C, 1cs0:E, 1cs0:G, 1jdb:B, 1jdb:E, 1jdb:H, 1jdb:K, 1kee:A, 1kee:C, 1kee:E, 1kee:G, 1m6v:A, 1m6v:C, 1m6v:E, 1m6v:G, 1t36:A, 1t36:C, 1t36:E, 1t36:G
11 4rq2:A 333 56 0.0864 0.0420 0.2500 7.0 6bel:A, 6bem:A, 5bol:A, 5bom:A, 1bpd:A, 1bpe:A, 1bpx:A, 1bpy:A, 1bpz:A, 2bpc:A, 2bpf:A, 2bpg:A, 2bpg:B, 5bpc:A, 6bte:A, 6btf:A, 3c2k:A, 3c2l:A, 3c2m:A, 6cly:A, 6cpq:A, 6cr3:A, 6cr4:A, 6cr5:A, 6cr6:A, 6cr7:A, 6cr8:A, 6cr9:A, 6crb:A, 6crc:A, 6crh:A, 6cti:A, 6ctj:A, 6ctk:A, 6ctl:A, 6ctm:A, 6ctn:A, 6cto:A, 6ctp:A, 6ctq:A, 6ctr:A, 6ctt:A, 6ctu:A, 6ctv:A, 6ctw:A, 6ctx:A, 6cu9:A, 6cua:A, 6cub:A, 5db6:A, 5db7:A, 5db8:A, 5db9:A, 5dba:A, 5dbb:A, 5dbc:A, 6dia:A, 6dic:A, 4do9:A, 4doa:A, 4dob:A, 4doc:A, 6e3r:A, 6e3v:A, 6e3w:A, 6e3x:A, 5eoz:A, 4f5n:A, 4f5o:A, 4f5p:A, 4f5q:A, 4f5r:A, 4f5r:B, 2fmp:A, 2fmq:A, 2fms:A, 6g2q:A, 3gdx:A, 4gxi:A, 4gxj:A, 4gxk:A, 5hhh:A, 5hhi:A, 1huo:A, 1huo:B, 1huz:A, 1huz:B, 2i9g:A, 7ice:A, 7icf:A, 7icg:A, 7ich:A, 7ici:A, 7icj:A, 7ick:A, 7icl:A, 7icm:A, 7icn:A, 7ico:A, 7icp:A, 7icq:A, 7icr:A, 7ics:A, 7ict:A, 7icu:A, 7icv:A, 8ica:A, 8icb:A, 8icc:A, 8ice:A, 8icf:A, 8icg:A, 8ich:A, 8ici:A, 8icj:A, 8ick:A, 8icl:A, 8icm:A, 8icn:A, 8ico:A, 8icp:A, 8icq:A, 8icr:A, 8ics:A, 8ict:A, 8icu:A, 8icv:A, 8icw:A, 8icx:A, 8icy:A, 8icz:A, 9ica:A, 9icb:A, 9icc:A, 9ice:A, 9icf:A, 9icg:A, 9ich:A, 9ici:A, 9icj:A, 9ick:A, 9icl:A, 9icm:A, 9icn:A, 9ico:A, 9icp:A, 9icq:A, 9icr:A, 9ics:A, 9ict:A, 9icu:A, 9icv:A, 9icw:A, 9icx:A, 9icy:A, 2iso:A, 2isp:A, 3isb:A, 3isc:A, 3isd:A, 5j0o:A, 5j0p:A, 5j0q:A, 5j0r:A, 5j0s:A, 5j0t:A, 5j0u:A, 5j0w:A, 5j0x:A, 5j0y:A, 5j29:A, 5j2a:A, 5j2b:A, 5j2c:A, 5j2d:A, 5j2e:A, 5j2f:A, 5j2g:A, 5j2h:A, 5j2i:A, 5j2j:A, 5j2k:A, 3jpn:A, 3jpo:A, 3jpp:A, 3jpq:A, 3jpr:A, 3jps:A, 3jpt:A, 4jwm:A, 4jwn:A, 7k96:A, 7k97:A, 4kld:A, 4kle:A, 4klf:A, 4klg:A, 4klh:A, 4kli:A, 4klj:A, 4kll:A, 4klm:A, 4klo:A, 4klq:A, 4kls:A, 4klt:A, 4klu:A, 3lk9:A, 4lvs:A, 4m2y:A, 4m47:A, 4m9g:A, 4m9h:A, 4m9j:A, 4m9l:A, 4m9n:A, 3mby:A, 4mf2:A, 4mf8:A, 4mfa:A, 4mfc:A, 4mff:A, 1mq2:A, 1mq3:A, 6mr7:A, 6mr8:A, 7mz0:A, 7mz1:A, 7mz2:A, 7mz3:A, 7mz4:A, 7mz8:A, 6n2r:A, 6n2s:A, 6n2t:A, 6nkr:A, 6nks:A, 6nkt:A, 6nku:A, 6nkv:A, 6nkw:A, 6nkx:A, 6nky:A, 6nkz:A, 4nlk:A, 4nln:A, 4nlz:A, 6nl0:A, 4nm1:A, 4nm2:A, 1nom:A, 4nxz:A, 4ny8:A, 4o5c:A, 4o5e:A, 4o5k:A, 4o9m:A, 3ogu:A, 4p2h:A, 2p66:A, 4pgq:A, 4pgx:A, 4pgy:A, 4ph5:A, 4pha:A, 4phd:A, 4phe:A, 4php:A, 6ph5:A, 6ph6:A, 6pkz:A, 4ppx:A, 2pxi:A, 4r63:A, 4r64:A, 4r65:A, 4r66:A, 7rbe:A, 7rbf:A, 7rbg:A, 7rbh:A, 7rbi:A, 7rbj:A, 7rbk:A, 7rbl:A, 7rbm:A, 7rbn:A, 7rbo:A, 3rh4:A, 3rh5:A, 3rh6:A, 3rje:A, 3rjf:A, 3rjg:A, 3rjh:A, 3rji:A, 3rjj:A, 3rjk:A, 4rpx:A, 4rpy:A, 4rpz:A, 4rq0:A, 4rq1:A, 4rq3:A, 4rq4:A, 4rq5:A, 4rq6:A, 4rq7:A, 4rq8:A, 4rt2:A, 4rt3:A, 7s9j:A, 7s9k:A, 7s9l:A, 7s9m:A, 7s9n:A, 7s9o:A, 7s9p:A, 7s9q:A, 5tb8:A, 5tb9:A, 5tba:A, 5tbb:A, 5tbc:A, 3tfr:A, 3tfs:A, 4tup:A, 4tuq:A, 4tur:A, 4tus:A, 1tv9:A, 1tva:A, 5tzv:A, 5u2r:A, 5u2s:A, 5u2t:A, 6u2o:A, 6u6b:A, 5u8g:A, 5u8h:A, 5u8i:A, 5u9h:A, 4uaw:A, 4uay:A, 4uaz:A, 4ub1:A, 4ub2:A, 4ub3:A, 4ub4:A, 4ub5:A, 4ubb:A, 4ubc:A, 5ugn:A, 5ugo:A, 5ugp:A, 6uok:F, 6uok:A, 6uol:A, 6uom:A, 3uxp:A, 3uxp:B, 5v1f:A, 5v1g:A, 5v1h:A, 5v1i:A, 5v1j:A, 5v1n:A, 5v1o:A, 5v1p:A, 5v1r:A, 3v72:A, 3v7j:A, 3v7k:A, 5vez:A, 8vf8:A, 8vf9:A, 8vfa:A, 8vfb:A, 8vfc:A, 8vfd:A, 8vfe:A, 8vff:A, 8vfg:A, 8vfh:A, 8vfi:A, 8vfj:A, 5vrw:A, 5vrx:A, 5vry:A, 5vrz:A, 5vs0:A, 5vs1:A, 5vs2:A, 5vs3:A, 5vs4:A, 6w2m:A, 5wnx:A, 5wny:A, 5wnz:A, 5wo0:A, 4ymm:A, 4ymn:A, 4ymo:A, 4yn4:A, 4z6c:A, 4z6d:A, 4z6e:A, 4z6f:A, 1zjm:A, 1zjn:A, 1zqa:A, 1zqb:A, 1zqc:A, 1zqd:A, 1zqe:A, 1zqf:A, 1zqg:A, 1zqh:A, 1zqi:A, 1zqj:A, 1zqk:A, 1zql:A, 1zqm:A, 1zqn:A, 1zqo:A, 1zqp:A, 1zqq:A, 1zqr:A, 1zqs:A, 1zqt:A, 1zqz:A
12 2b76:C 130 30 0.0741 0.0923 0.4000 8.0 2b76:O, 1kf6:C, 1kf6:O, 1kfy:C, 1kfy:O, 1l0v:C, 1l0v:O

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218