Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MPDARAYWVTSDLIAWNVGELEQSVCLYASRAAAMSLSGIQGYDSKVELQPESAGLPETVTQKFPFISSYRAFRVPSSVD
VASLVKCQLVVASFDVTGLQLPGVLDDMFAYTGPLGAVFSEDSVSLHLWAPTAQGVSVCFFDGPAGPALETVQLKESNGV
WSVTGPREWENRYYLYEVDVYHPTKAQVLKCLAGDPYARSLSANGARTWLVDINNETLKPASWDELADEKPKLDSFSDIT
IYELHIRDFSAHDGTVDSDSRGGFRAFAYQASAGMEHLRKLSDAGLTHVHLLPSFHFAGVDDIKSNWKFVDECELATFPP
GSDMQQAAVVAIQEEDPYNWGYNPVLWGVPKGSYASDPDGPSRIIEYRQMVQALNRIGLRVVMDVVYNHLDSSGPCGISS
VLDKIVPGYYVRRDTNGQIENSAAMNNTASEHFMVDRLIVDDLLNWAVNYKVDGFRFDLMGHIMKRTMMRAKSALQSLTT
DAHGVDGSKIYLYGEGWDFAEVARNQRGINGSQLNMSGTGIGSFNDRIRDAINGGNPFGNPLQQGFNTGLFLEPNGFYQG
NEADTRRSLATYADQIQIGLAGNLRDYVLISHTGEAKKGSEIHTFDGLPVGYTASPIETINYVSAHDNETLFDVISVKTP
MILSVDERCRINHLASSMMALSQGIPFFHAGDEILRSKSIDRDSYNSGDWFNKLDFTYETNNWGVGLPPSEKNEDNWPLM
KPRLENPSFKPAKGHILAALDSFVDILKIRYSSPLFRLSTANDIKQRVRFHNTGPSLVPGVIVMGIEDARGESPEMAQLD
TNFSYVVTVFNVCPHEVSMDIPALASMGFELHPVQVNSSDTLVRKSAYEAATGRFTVPGRTVSVFVEPRC

The query sequence (length=870) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4aio:A 883 881 0.9989 0.9841 0.9864 0.0 4cvw:A, 4cvw:B, 4j3s:A, 4j3t:A, 4j3u:A, 4j3u:B, 4j3v:A, 4j3w:A, 4j3x:A, 2y4s:A, 2y5e:A
2 5yna:A 1055 919 0.3759 0.3100 0.3558 5.60e-179 2fgz:A, 2fh6:A, 2fh8:A, 2fhb:A, 2fhc:A, 2fhf:A, 6j33:A, 6j33:B, 6j34:A, 6j35:A, 6j35:B, 6j4h:A, 5yn2:A, 5yn7:A, 5ync:A, 5ynd:A, 5yne:A, 5ynh:A, 2yoc:A, 2yoc:B
3 6jhf:A 653 777 0.2598 0.3461 0.2909 2.69e-84 6jeq:A, 6jfj:A, 6jfx:A, 6jhg:A, 6jhh:A, 6jhi:A
4 3wdh:A 698 686 0.2333 0.2908 0.2959 2.77e-74 3wdi:A, 3wdj:A
5 2e8y:A 712 664 0.2299 0.2809 0.3012 1.16e-68 2e8y:B, 2e8z:A, 2e8z:B, 2e9b:A, 2e9b:B
6 7lsu:A 765 636 0.2184 0.2484 0.2987 1.71e-60 7lsa:A, 7lsr:A, 7lst:A
7 2ya1:A 981 728 0.2241 0.1988 0.2679 2.26e-50 2j44:A, 2ya0:A, 2ya2:A
8 3faw:A 775 619 0.1954 0.2194 0.2746 3.97e-46 3fax:A
9 2vr5:A 715 653 0.1713 0.2084 0.2282 3.07e-21 2vr5:B
10 7u3b:C 696 634 0.1713 0.2141 0.2350 1.43e-20 7u3a:A, 7u3a:B, 7u3a:C, 7u3a:D, 7u3b:H, 7u3b:D, 7u3b:F, 7u3b:E, 7u3b:I, 7u3b:G, 7u3b:J, 7u3d:B, 7u3d:F, 7u3d:A
11 7u3d:C 677 632 0.1678 0.2157 0.2310 1.11e-18
12 4okd:A 801 681 0.1782 0.1935 0.2276 8.98e-17 4okd:B
13 1bf2:A 750 246 0.0770 0.0893 0.2724 1.20e-13
14 1bf2:A 750 115 0.0333 0.0387 0.2522 0.033
15 3vgf:A 555 228 0.0655 0.1027 0.2500 5.02e-07 3vgg:A, 3vgh:A
16 3m07:A 584 124 0.0425 0.0634 0.2984 8.79e-07
17 2bhz:A 589 323 0.0885 0.1307 0.2384 1.15e-06 2bhy:A, 2bxy:A, 2bxz:A, 2by0:A, 2by1:A, 2by2:A, 2by3:A
18 8dl1:A 713 241 0.0632 0.0771 0.2282 1.22e-04 8dge:A, 8dge:B, 8dge:C, 8dge:D, 8dl1:B, 8dl1:C, 8dl1:D, 8dl2:A, 8dl2:B, 8dl2:C, 8dl2:D
19 8sdb:C 604 352 0.0862 0.1242 0.2131 1.30e-04 5e6y:A, 5e6y:B, 5e6y:D, 5e6z:A, 5e6z:B, 5e6z:D, 5e70:A, 5e70:B, 5e70:D, 4lpc:A, 4lpc:B, 4lpc:D, 4lq1:B, 4lq1:C, 4lq1:D, 4lq1:A, 8sdb:A, 8sdb:B
20 5e6y:C 584 387 0.0954 0.1421 0.2145 0.001 5e6z:C, 5e70:C, 4lpc:C
21 1bvn:P 496 225 0.0598 0.1048 0.2311 0.001 1dhk:A, 1hx0:A, 1jfh:A, 1kxq:A, 1kxq:B, 1kxq:C, 1kxq:D, 1kxt:A, 1kxt:C, 1kxt:E, 3l2l:A, 3l2m:A, 1ose:A, 1pif:A, 1pig:A, 1ppi:A, 1ua3:A, 1vah:A, 1wo2:A, 4x0n:A
22 8orp:A 476 215 0.0598 0.1092 0.2419 0.002 8orp:B
23 1clv:A 471 204 0.0540 0.0998 0.2304 0.006 1jae:A, 1tmq:A, 1viw:A
24 2ze0:A 531 128 0.0345 0.0565 0.2344 0.011
25 8xx9:A 620 121 0.0356 0.0500 0.2562 0.015 8xxa:A
26 8xx9:A 620 83 0.0322 0.0452 0.3373 3.7 8xxa:A
27 3vu2:A 692 93 0.0299 0.0376 0.2796 0.058 7ml5:A, 3vu2:B
28 1gvi:B 588 137 0.0333 0.0493 0.2117 0.097 1gvi:A
29 1b2y:A 496 225 0.0655 0.1149 0.2533 0.12 3bai:A, 3baj:A, 3bak:A, 3baw:A, 3bax:A, 3bay:A, 3blk:A, 3blp:X, 1bsi:A, 1c8q:A, 1cpu:A, 2cpu:A, 3cpu:A, 3dhp:A, 5e0f:A, 5emy:A, 4gqq:A, 4gqr:A, 1hny:A, 3ij7:A, 3ij8:A, 3ij9:A, 1jxj:A, 1jxk:A, 1kb3:A, 1kbb:A, 1kbk:A, 5kez:A, 1kgu:A, 1kgw:A, 1kgx:A, 1mfu:A, 1mfv:A, 1nm9:A, 6obx:A, 6ocn:A, 3old:A, 3ole:A, 3olg:A, 3oli:A, 1q4n:X, 2qmk:A, 2qv4:A, 1smd:A, 5td4:A, 1u2y:A, 1u30:A, 1u33:A, 5u3a:A, 5va9:A, 5va9:B, 4w93:A, 4x9y:A, 1xcw:A, 1xcx:A, 1xd0:A, 1xd1:A, 1xgz:A, 1xh0:A, 1xh1:A, 1xh2:A, 1xv8:A, 1xv8:B, 1z32:X, 6z8l:A
30 8ibk:A 546 127 0.0310 0.0495 0.2126 0.31 8ids:A, 5zcb:A, 5zcc:A, 5zcd:A, 5zce:A
31 5clt:A 646 95 0.0287 0.0387 0.2632 0.35 5clt:B, 5clt:C, 5clw:A, 5clw:C, 5clw:B
32 7d9b:A 588 159 0.0402 0.0595 0.2201 0.36 7d9c:A, 7dcg:A, 7dch:A, 7ehh:A, 7ehi:A
33 1jda:A 418 120 0.0391 0.0813 0.2833 0.41 2amg:A, 1gcy:A, 6iwk:A, 6iyg:A, 6j3x:A, 1jdc:A, 1jdd:A, 6jqb:A, 1qi3:A, 1qi4:A, 1qi5:A, 1qpk:A
34 2taa:A 478 115 0.0322 0.0586 0.2435 0.43 2guy:A, 2gvy:A, 2gvy:B, 3kwx:A, 7p4w:A, 2taa:B, 2taa:C, 6taa:A, 7taa:A, 3vx0:A, 3vx1:A, 6xsj:A, 6xsj:B, 6xsv:A, 6yq7:A, 6yq7:B, 6yq9:AAA, 6yq9:BBB, 6yqa:AAA, 6yqa:BBB, 6yqb:AAA, 6yqb:BBB, 6yqc:AAA, 6yqc:BBB
35 6h57:A 795 92 0.0310 0.0340 0.2935 0.50
36 5gup:i 347 96 0.0264 0.0663 0.2396 0.53 7v2c:i, 7v2d:i, 7v2e:i, 7v2f:i, 7v2h:i, 7v2k:i, 7v2r:i, 7v30:i, 7v31:i, 7v32:i, 7v33:i, 7v3m:i, 7vbl:i, 7vbp:i, 7vc0:i, 7vwl:i, 7vxs:i, 7vy1:i, 7vy9:i, 7vye:i, 7vyg:i, 7vyi:i, 7vys:i, 7vz8:i, 7vzv:i, 7vzw:i, 7w00:i, 7w0h:i, 7w0r:i, 7w0y:i, 7w1o:i, 7w1p:i, 7w1t:i, 7w1u:i, 7w1v:i, 7w1z:i, 7w20:i, 7w2k:i, 7w2r:i, 7w2u:i, 7w2y:i, 7w31:i, 7w32:i, 7w35:i, 7w4c:i, 7w4d:i, 7w4e:i, 7w4f:i, 7w4g:i, 7w4j:i, 7w4k:i, 7w4l:i, 7w4m:i, 7w4n:i, 7w4q:i
37 4lxf:B 546 129 0.0345 0.0549 0.2326 0.61
38 7p43:B 690 94 0.0276 0.0348 0.2553 0.61 7p43:A
39 7d63:RZ 839 92 0.0310 0.0322 0.2935 0.62 7d4i:RZ, 7d5t:RZ, 7mqj:A
40 8uzh:B 626 129 0.0345 0.0479 0.2326 0.74 4lxf:A, 8uqv:A, 8uqv:B, 8uqv:C, 8uqv:D, 8uzh:A
41 5m99:A 506 117 0.0333 0.0573 0.2479 0.75 5m99:B
42 4e2o:A 445 134 0.0333 0.0652 0.2164 0.81
43 5gqv:A 755 392 0.0920 0.1060 0.2041 0.97 5gqx:A, 5gqy:A, 5gr1:A, 5gr4:A
44 1j0h:A 588 148 0.0345 0.0510 0.2027 1.7 1j0h:B, 1j0i:A, 1j0i:B, 1j0j:B, 1j0j:A, 1j0k:A, 1j0k:B
45 4v2s:A 71 63 0.0218 0.2676 0.3016 1.8 7ogm:D, 4v2s:B, 4v2s:C, 4v2s:D, 4v2s:E, 4v2s:F, 2ylc:A
46 3a6o:A 585 145 0.0368 0.0547 0.2207 1.9 3a6o:B, 2d2o:A, 2d2o:B, 1g1y:A, 1g1y:B, 1jf5:A, 1jf5:B, 1jf6:A, 1jf6:B, 1ji2:A, 1ji2:B, 1jib:A, 1jib:B, 1jl8:A, 1jl8:B, 1vb9:A, 1vb9:B, 1vfm:A, 1vfm:B, 1vfo:A, 1vfo:B, 1vfu:A, 1vfu:B, 1wzk:A, 1wzk:B, 1wzl:A, 1wzl:B, 1wzm:A, 1wzm:B
47 6sau:B 442 114 0.0345 0.0679 0.2632 1.9 6sau:A
48 5a2a:A 452 139 0.0322 0.0619 0.2014 3.2 5a2b:A, 5a2c:A
49 6sav:A 438 109 0.0333 0.0662 0.2661 4.3 6sav:B
50 8yif:A 537 27 0.0138 0.0223 0.4444 4.4 8yie:A, 8yie:B
51 5do8:B 553 125 0.0345 0.0542 0.2400 5.8 5do8:A, 5do8:C
52 6zqg:JD 829 93 0.0287 0.0302 0.2688 6.3
53 6sao:A 438 110 0.0310 0.0616 0.2455 6.4
54 7jjt:A 513 48 0.0149 0.0253 0.2708 7.8
55 6zl7:B 319 76 0.0253 0.0690 0.2895 8.1 6zl7:A
56 3bc9:A 585 63 0.0195 0.0291 0.2698 10.0 3bcd:A, 3bcf:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218