Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MNTPKEEFQDWPIVRIAAHLPDLIVYGHFSPERPFMDYFDGVLMFVDISGFTAMTEKFSSAMYMDRGAEQLVEILNYHIS
AIVEKVLIFGGDILKFAGDALLALWRVERKQLKNIITVVIKCSLEIHGLFETQEWEEGLDIRVKIGLAAGHISMLVFGDE
THSHFLVIGQAVDDVRLAQNMAQMNDVILSPNCWQLCDRSMIEIESVPDQRAVKVNFLKPPPNFNFDEFFTKCTTFMHYY
PSGEHKNLLRLACTLKPDPELEMSLQKYVMESILKQIDNKQLQGYLSELRPVTIVFVNLMFEDQDKAEEIGPAIQDAYMH
ITSVLKIFQGQINKVFMFDKGCSFLCVFGFPGEKVPDELTHALECAMDIFDFCSQVHKIQTVSIGVASGIVFCGIVGHTV
RHEYTVIGQKVNLAARMMMYYPGIVTCDSVTYNGSNLPAYFFKELPKKVMKGVADSGPLYQYWGRTEK

The query sequence (length=468) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4oyz:A 469 468 1.0000 0.9979 1.0000 0.0 8b75:A, 4clk:A, 4cll:A, 4clp:A, 4cls:A, 4clt:A, 4clu:A, 4clw:A, 4cly:A, 4clz:A, 4cm0:A, 4cm2:A, 8cnh:A, 8co7:A, 8coj:A, 8cot:A, 5d0r:A, 5iv3:A, 5iv4:A, 7ovd:A, 4oya:A, 4oyb:A, 4oyi:A, 4oym:A, 4oyo:A, 4oyp:A, 4oyx:A, 4oz2:A, 4oz3:A, 4ust:A, 4usu:A, 4usv:A, 4usw:A
2 1wc4:A 199 205 0.1090 0.2563 0.2488 2.88e-09 2bw7:A, 2bw7:B, 2bw7:C, 2bw7:D, 1wc0:A, 1wc0:B, 1wc1:A, 1wc1:C, 1wc1:B, 1wc3:A, 1wc3:B, 1wc4:B, 1wc5:A, 1wc5:D, 1wc5:B, 1wc5:C, 1wc6:A, 1wc6:C, 1wc6:B
3 1wc4:A 199 149 0.0662 0.1558 0.2081 0.098 2bw7:A, 2bw7:B, 2bw7:C, 2bw7:D, 1wc0:A, 1wc0:B, 1wc1:A, 1wc1:C, 1wc1:B, 1wc3:A, 1wc3:B, 1wc4:B, 1wc5:A, 1wc5:D, 1wc5:B, 1wc5:C, 1wc6:A, 1wc6:C, 1wc6:B
4 6fht:B 735 136 0.0726 0.0463 0.2500 9.66e-06 5ajg:A, 8avv:A, 8avv:B, 8avx:A, 8avx:B, 8bor:A, 8bor:B, 8bor:C, 8bor:D, 8c3i:B, 8c3i:A, 5c5k:A, 5c5k:B, 5c5k:C, 5c5k:D, 4cqh:A, 6fht:A, 6ftd:A, 6ftd:B, 4ijg:A, 5k5b:A, 5l8m:A, 5lbr:A, 5mg0:A, 5mg1:A, 5nfx:A, 5nm3:A, 5nm3:B, 5nm3:C, 5nm3:D, 5nwn:A, 5nwn:B, 5nwn:C, 5nwn:D, 4o01:A, 4o01:B, 4o01:C, 4o01:D, 4o0p:A, 4o0p:B, 4o8g:A, 2o9b:A, 2o9c:A, 4q0h:A, 4q0i:A, 4q0j:A, 3s7n:A, 3s7o:A, 3s7p:A, 3s7q:A, 8sgk:A, 8sgk:B, 6t3l:B, 6t3l:A, 6t3u:B, 6t3u:A, 4y3i:A, 4y5f:A, 4z1w:A, 7z9d:A, 7z9e:A, 4zrr:A, 1ztu:A
5 6fht:B 735 225 0.1154 0.0735 0.2400 2.18e-05 5ajg:A, 8avv:A, 8avv:B, 8avx:A, 8avx:B, 8bor:A, 8bor:B, 8bor:C, 8bor:D, 8c3i:B, 8c3i:A, 5c5k:A, 5c5k:B, 5c5k:C, 5c5k:D, 4cqh:A, 6fht:A, 6ftd:A, 6ftd:B, 4ijg:A, 5k5b:A, 5l8m:A, 5lbr:A, 5mg0:A, 5mg1:A, 5nfx:A, 5nm3:A, 5nm3:B, 5nm3:C, 5nm3:D, 5nwn:A, 5nwn:B, 5nwn:C, 5nwn:D, 4o01:A, 4o01:B, 4o01:C, 4o01:D, 4o0p:A, 4o0p:B, 4o8g:A, 2o9b:A, 2o9c:A, 4q0h:A, 4q0i:A, 4q0j:A, 3s7n:A, 3s7o:A, 3s7p:A, 3s7q:A, 8sgk:A, 8sgk:B, 6t3l:B, 6t3l:A, 6t3u:B, 6t3u:A, 4y3i:A, 4y5f:A, 4z1w:A, 7z9d:A, 7z9e:A, 4zrr:A, 1ztu:A
6 5oyh:D 185 81 0.0598 0.1514 0.3457 7.78e-05 6aob:B, 5oyh:A, 5oyh:B, 5oyh:C, 5oyh:E, 5oyh:F, 5oyh:G, 5oyh:H, 5oyh:I, 5oyh:J, 5oyh:K, 5oyh:L, 5oyh:M, 5oyh:N, 5oyh:O, 5oyh:P, 6sir:A, 6sir:B, 6sir:D, 6sir:C
7 5oyh:D 185 161 0.0705 0.1784 0.2050 0.12 6aob:B, 5oyh:A, 5oyh:B, 5oyh:C, 5oyh:E, 5oyh:F, 5oyh:G, 5oyh:H, 5oyh:I, 5oyh:J, 5oyh:K, 5oyh:L, 5oyh:M, 5oyh:N, 5oyh:O, 5oyh:P, 6sir:A, 6sir:B, 6sir:D, 6sir:C
8 7yzi:A 378 82 0.0556 0.0688 0.3171 0.001 4p2x:A, 7yz9:A, 7yzi:B, 7yzk:A, 7yzk:B
9 6pas:B 576 97 0.0620 0.0503 0.2990 0.003 6pat:B
10 6r4o:A 841 184 0.0983 0.0547 0.2500 0.010
11 4yut:A 351 34 0.0321 0.0427 0.4412 0.015 8qfe:A, 8qff:A, 8qfg:A, 8qfh:A, 8qfi:A, 8qfj:A, 5x4t:A, 5x4u:A, 5x4v:A, 4yus:A, 4yut:B
12 4yut:A 351 89 0.0556 0.0741 0.2921 5.2 8qfe:A, 8qff:A, 8qfg:A, 8qfh:A, 8qfi:A, 8qfj:A, 5x4t:A, 5x4u:A, 5x4v:A, 4yus:A, 4yut:B
13 5m2a:A 346 139 0.0705 0.0954 0.2374 0.015 5m27:A, 5m27:B, 5m2a:B, 5mbb:A, 5mbb:B, 5mbc:A, 5mbc:B, 5mbd:A, 5mbd:B, 5mbe:A, 5mbe:B, 5mbh:A, 5mbj:A, 5mbk:A, 5nby:A
14 5m2a:A 346 142 0.0705 0.0954 0.2324 0.037 5m27:A, 5m27:B, 5m2a:B, 5mbb:A, 5mbb:B, 5mbc:A, 5mbc:B, 5mbd:A, 5mbd:B, 5mbe:A, 5mbe:B, 5mbh:A, 5mbj:A, 5mbk:A, 5nby:A
15 1azs:A 190 81 0.0534 0.1316 0.3086 0.13 3c14:A, 3c15:A, 3c16:A, 1cjk:A, 1cjt:A, 1cju:A, 1cjv:A, 1cs4:A, 1cul:A, 3g82:A, 2gvd:A, 2gvz:A, 3maa:A, 1tl7:A, 1u0h:A
16 5eyw:A 244 95 0.0556 0.1066 0.2737 0.13 5eyw:B
17 7kqr:A 303 118 0.0598 0.0924 0.2373 0.19 7kqr:B, 7kqs:A, 7kqs:B, 7kqt:A, 7kqt:B, 7kqu:A, 7kqu:B
18 8bv5:A 437 87 0.0513 0.0549 0.2759 0.74
19 1ybu:A 166 168 0.0897 0.2530 0.2500 0.91 1ybu:D
20 8buz:A 890 87 0.0513 0.0270 0.2759 1.3
21 6pqr:A 468 33 0.0321 0.0321 0.4545 2.7 6pqn:A, 6pqn:B, 6pqr:D, 6pqu:A, 6pqu:E, 6pqy:A, 6pqy:D
22 6pqx:A 480 33 0.0321 0.0312 0.4545 2.7 6pqx:E, 6pr5:A, 6pr5:E
23 6yhn:A 460 63 0.0427 0.0435 0.3175 2.9 6yhm:A
24 4lv8:A 360 38 0.0342 0.0444 0.4211 5.5 4lv5:A, 3q60:A
25 3dev:A 316 63 0.0385 0.0570 0.2857 6.3 3dev:B
26 7qei:A 291 78 0.0470 0.0756 0.2821 7.0

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218