Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MNSYPIVLVHGFMGWGRNEVLGLKYWGGITDYEQELSSYGYTAYTATVGPVSSNWDRACELYAYIKGGTVDYGHAHSTQK
GHSRYGRTYPGLYPEWGNLTTEGKVNKIHLVAHSMGGQTVRTLVQLLKEGSEEERNTTPSQLSSLFAGGKSWVHSITTIA
SPHDGTTLADGINIFGDFAKNLVASLASFTGAGEKLIYDFKLDQWGLNRKSGESLTDYTNRVFNSAIWNSTNDLANWDLS
TDGARVLNQWVKAQSDIYYFSYSTCATVPSILTSNELPHVIYMTPLLYPFGRFIGSYTRNEQGRVIIDNSWKPNDGVVNT
ISQNGPKIWSSDKIVNYNGVPQIGKWNSMPLLDTIDHMDACGIGTNALTLSWYKGLAEKLSQLTISN

The query sequence (length=387) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5ah0:B 387 387 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 5ah0:A
2 5ah1:A 427 389 0.5581 0.5059 0.5553 1.67e-148
3 6fz1:A 392 393 0.4780 0.4719 0.4707 9.55e-104 6a12:A, 3auk:A, 7buk:A, 7buk:B, 5ce5:A, 2dsn:A, 2dsn:B, 7ey3:A, 7ey3:B, 4fdm:A, 4fkb:A, 4fkb:B, 4fmp:A, 4fmp:B, 6fz7:A, 6fz8:A, 6fz9:A, 6fza:A, 6fzc:A, 6fzd:A, 1ji3:A, 1ji3:B, 1ku0:A, 1ku0:B, 6s3g:A, 6s3j:A, 6s3v:A, 3umj:A, 3umj:B, 2w22:A, 4x6u:A, 4x71:A, 4x7b:A, 4x85:A, 5xpx:A, 5xpx:E, 2z5g:A, 2z5g:B
4 2hih:A 387 382 0.3824 0.3824 0.3874 1.62e-66 2hih:B
5 8k7p:A 382 378 0.3669 0.3717 0.3757 9.95e-64 8k7p:B, 8k7q:A, 8k7q:B, 6ksi:A, 6ksi:B, 6ksl:A, 6ksl:B, 6ksm:A, 6ksm:B, 8s9r:A, 8s9r:B, 8yib:A, 8yib:B
6 4hs9:A 287 63 0.0594 0.0801 0.3651 3.72e-05 4gw3:A, 4gxn:A, 6jd9:A
7 7cof:A 320 170 0.1137 0.1375 0.2588 4.69e-05 7cog:A, 7cog:B, 7cog:C, 7cog:D, 1hqd:A, 2lip:A, 3lip:A, 4lip:D, 4lip:E, 5lip:A, 2nw6:A, 1oil:A, 1oil:B, 1ys1:X, 1ys2:X
8 1tah:B 318 170 0.1034 0.1258 0.2353 0.001 1cvl:A, 2es4:A, 2es4:B, 1qge:E, 1tah:A, 1tah:C, 1tah:D
9 1ex9:A 285 167 0.1008 0.1368 0.2335 0.001
10 2a7j:A 240 111 0.0672 0.1083 0.2342 0.64 1b0e:A, 8b04:A, 8b1y:A, 8b49:A, 8b53:A, 2bb4:A, 2bd2:A, 2bd3:A, 2bd4:A, 2bd5:A, 2bd7:A, 2bd8:A, 2bd9:A, 2bda:A, 2bdb:A, 2bdc:A, 2blo:A, 2blq:A, 1bma:A, 1btu:A, 1c1m:A, 2cv3:A, 2de9:A, 1e34:B, 1e35:B, 1e36:B, 1e37:B, 1e38:B, 3e3t:A, 1eas:A, 1eat:A, 1eau:A, 1ela:A, 1elb:A, 1elc:A, 1eld:E, 1ele:E, 1elf:A, 1elg:A, 1esa:A, 1esb:A, 1est:A, 2est:E, 3est:A, 4est:E, 5est:E, 6est:A, 7est:E, 8est:E, 9est:A, 7fag:A, 2fo9:A, 2foa:A, 2fob:A, 2foc:A, 2fod:A, 2foe:A, 2fof:A, 2fog:A, 2foh:A, 1fzz:A, 2g4t:A, 2g4u:A, 1gvk:B, 4gvu:A, 1gwa:A, 2h1u:A, 1h9l:B, 1hax:B, 1hay:B, 1haz:B, 1hb0:B, 3hgn:A, 3hgp:A, 1hv7:A, 1inc:A, 2iot:A, 1jim:A, 1l0z:A, 1l1g:A, 1lka:A, 1lkb:A, 1lvy:A, 1mcv:A, 1mmj:N, 1nes:E, 1okx:A, 1okx:B, 2oqu:A, 6qbu:A, 6qen:A, 6qeo:A, 1qgf:A, 1qix:B, 1qr3:E, 6th7:A, 6th7:B, 1uo6:A, 1uvo:A, 1uvp:A, 2v0b:A, 2v35:A, 4ym9:A
11 8buu:9 573 79 0.0543 0.0366 0.2658 1.4
12 3qfq:B 120 56 0.0439 0.1417 0.3036 3.9 3qfq:A, 3qfq:E
13 1ups:A 402 228 0.1292 0.1244 0.2193 4.2 1ups:B
14 8gwe:A 931 42 0.0413 0.0172 0.3810 5.5 7aap:A, 7b3b:A, 7b3c:A, 7b3d:A, 7btf:A, 7bv1:A, 7bv2:A, 7bw4:A, 7bzf:A, 7c2k:A, 7ctt:A, 7cxm:A, 7cxn:A, 7cyq:A, 7d4f:A, 7dfg:A, 7dfh:A, 7doi:A, 7dok:A, 7dte:A, 7ed5:A, 7egq:A, 7egq:N, 7eiz:A, 8gw1:A, 8gwb:A, 8gwf:A, 8gwg:A, 8gwi:A, 8gwk:A, 8gwm:A, 8gwn:A, 8gwo:A, 8gy6:A, 7krn:A, 7kro:A, 7krp:A, 7l1f:A, 6nur:A, 7oyg:A, 7oyg:D, 7ozu:A, 7ozv:A, 7rdx:A, 7rdy:A, 7rdz:A, 7re0:A, 7re1:A, 7re2:A, 7re3:A, 7re3:G, 8sq9:A, 8sqj:A, 8sqk:A, 7uo4:A, 7uo7:A, 7uo9:A, 7uob:A, 7uoe:A, 6xez:A, 6xqb:A, 6yyt:A
15 6nus:A 715 42 0.0413 0.0224 0.3810 6.0
16 4r1d:A 517 97 0.0698 0.0522 0.2784 6.9
17 7m95:B 167 59 0.0465 0.1078 0.3051 9.1 7m93:A, 7m93:B, 7m93:C, 7m93:D, 7m94:A, 7m94:B, 7m94:C, 7m94:D, 7m95:A, 7m96:A, 7m96:B, 7m96:C, 7m96:D, 7mfi:A, 7mfi:B, 7mfi:C, 7mfi:D
18 8adl:C 782 69 0.0517 0.0256 0.2899 9.5 8adl:Q

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218