Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MNHKSKKRIREAKRSARPELKDSLDWTRHNYYESFSLSPAAVADNVERADALQLSVEEFVERYERPYKPVVLLNAQEGWS
AQEKWTLERLKRKYRNQKFKCGEDNDGYSVKMKMKYYIEYMESTRDDSPLYIFDSSYGEHPKRRKLLEDYKVPKFFTDDL
FQYAGEKRRPPYRWFVMGPPRSGTGIHIDPLGTSAWNALVQGHKRWCLFPTSTPRELIKVTRDEGGNQQDEAITWFNVIY
PRTQLPTWPPEFKPLEILQKPGETVFVPGGWWHVVLNLDTTIAITQNFASSTNFPVVWHKTVRGRPKLSRKWYRILKQEH
PELAVLADSVDLQESTGIAS

The query sequence (length=340) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6mev:A 341 340 1.0000 0.9971 1.0000 0.0 6gdy:A, 6gdy:B, 3ld8:A, 3ldb:A, 6mev:B, 6mev:C, 6mev:D, 6mev:E, 6mev:F, 6mev:G, 6mev:H
2 3kv4:A 432 189 0.1412 0.1111 0.2540 2.87e-05 4do0:A, 3k3n:A, 3k3o:A, 2wwu:A
3 7yxg:A 313 265 0.1824 0.1981 0.2340 1.03e-04 7yxg:B, 7yxh:A, 7yxh:B, 7yxi:A, 7yxi:B, 7yxj:A, 7yxj:B, 7yxj:C, 7yxj:D, 7yxk:A, 7yxk:B, 7yxl:A, 7yxl:B
4 3n9m:A 503 158 0.1118 0.0755 0.2405 1.52e-04 3n9l:A, 3n9m:C, 3n9n:A, 3n9o:A, 3n9p:A, 3n9q:A, 3puq:A, 3puq:C, 3pur:A, 3pur:C
5 3kv6:D 448 122 0.1000 0.0759 0.2787 2.16e-04 3kv5:D, 3kv5:A, 3kv6:A, 3kv9:A, 3kva:A, 3u78:A
6 8f8y:B 433 191 0.1382 0.1085 0.2461 0.002 8f8y:A, 8f8z:A, 8f8z:B, 3kqi:A, 7m10:A, 3pu3:A, 3pu3:B, 3pu8:B, 3pu8:A, 3pua:A, 3pus:A, 3pus:B
7 7uv9:K 407 125 0.1029 0.0860 0.2800 0.006 4qwn:A, 4qwn:C, 4qx7:A, 4qx7:C, 4qx8:A, 4qx8:C, 4qxb:A, 4qxb:C, 4qxc:A, 4qxc:C, 4qxh:A, 4qxh:C, 4tn7:A, 4tn7:C, 7uva:A, 7uva:D, 2yu1:A, 2yu2:A
8 6f4n:B 243 241 0.1618 0.2263 0.2282 0.009 4aap:A, 4aap:B, 6avs:A, 6ax3:A, 7dyt:A, 7dyu:A, 7dyv:A, 7dyw:A, 7dyx:A, 6f4n:A, 6f4o:A, 6f4p:A, 6f4q:A, 6f4r:A, 6f4s:A, 6f4t:A, 5fbj:A, 4gjy:A, 4gjz:A, 6i9l:A, 6i9m:A, 6i9n:A, 4qu1:A, 7uq3:A, 3uyj:A, 3uyj:B
9 4qsz:A 686 246 0.1588 0.0787 0.2195 0.020 8j25:A, 8j2p:E, 8j2p:A, 4kyc:A, 4qsz:B, 4qu2:A, 4qu2:B
10 5nfn:B 318 250 0.1529 0.1635 0.2080 0.086 5nfn:A, 5nfn:C, 5nfn:D, 5nfo:A, 5nfo:B
11 4b7e:A 349 95 0.0794 0.0774 0.2842 0.26 7a1j:A, 7a1k:A, 7a1l:A, 7a1m:A, 7a1n:A, 7a1o:A, 7a1p:A, 7a1q:A, 7a1s:A, 4ai8:A, 4b7k:A, 4bio:A, 2cgn:A, 2cgo:A, 3d8c:A, 1h2k:A, 1h2l:A, 1h2m:A, 1h2n:A, 6h9j:A, 6ha6:A, 6hc8:A, 6hkp:A, 6hl5:A, 6hl6:A, 8ihz:A, 8ii0:A, 2ilm:A, 4jaa:A, 5jwk:A, 5jwl:A, 5jwp:A, 8k71:A, 8k72:A, 8k73:A, 3kcx:A, 3kcy:A, 1mze:A, 1mzf:A, 4nr1:A, 3od4:A, 5op6:A, 5op8:A, 5opc:A, 3p3n:A, 3p3p:A, 6ruj:A, 2w0x:A, 2wa3:A, 2wa4:A, 2xum:A, 2y0i:A, 1yci:A, 2yc0:A, 2yde:A, 4z1v:A, 4z2w:A
12 5r7x:B 344 34 0.0412 0.0407 0.4118 0.38 4c8d:A, 5r7x:A, 5raa:A, 5raa:B, 5rab:A, 5rab:B, 5rac:A, 5rac:B, 5rad:A, 5rad:B, 5rae:A, 5rae:B, 5raf:A, 5raf:B, 5rag:A, 5rag:B, 5rah:A, 5rah:B, 5rai:A, 5rai:B, 5raj:A, 5raj:B, 5rak:A, 5rak:B, 5ral:A, 5ral:B, 5ram:A, 5ram:B, 5ran:A, 5ran:B, 5rao:A, 5rao:B, 5rap:A, 5rap:B, 5raq:A, 5raq:B, 5rar:A, 5rar:B, 5ras:A, 5ras:B, 5rau:A, 5rau:B, 5rav:A, 5rav:B, 5raw:A, 5raw:B, 5rax:A, 5rax:B, 5ray:A, 5ray:B, 5raz:A, 5raz:B, 5rb0:A, 5rb0:B, 5rb1:A, 5rb1:B, 5rb2:A, 5rb2:B, 5rb3:A, 5rb3:B, 5rb4:A, 5rb4:B, 5rb5:A, 5rb5:B, 5rb6:A, 5rb6:B, 5rb7:A, 5rb7:B, 6rbj:A, 6rbj:B, 6ydv:AAA, 6ydv:BBB
13 5fzo:A 339 45 0.0382 0.0383 0.2889 0.66 5fzo:B, 2ypd:A, 2ypd:B
14 6sga:F8 513 40 0.0500 0.0331 0.4250 2.6 6sgb:F8
15 7qte:B 284 138 0.1000 0.1197 0.2464 3.0 7qtd:A, 7qtd:B, 7qtd:C, 7qtd:D, 7qte:A, 7qtg:A, 7qtg:B
16 6x94:A 413 42 0.0412 0.0339 0.3333 6.0
17 2oo0:A 419 54 0.0382 0.0310 0.2407 9.2 5bwa:A, 7odc:A, 2on3:A, 2on3:B, 2oo0:B, 7s3f:A, 7s3f:B, 7s3g:A, 7s3g:B, 7u6p:A, 7u6p:B, 7u6u:A, 7u6u:B, 4zgy:A
18 2qlt:A 251 33 0.0324 0.0438 0.3333 9.2
19 4img:A 293 90 0.0794 0.0922 0.3000 9.4 4imf:A, 4imf:B, 4img:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218