Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MLYSLARPMLFSLAPERAHELTLSMLDKAHKLGMMRQTVEAKPTTCMGIEFPNPVGLAAGLDKNGAHIDALAGLGFGFIE
IGTITPRPQSGNPKPRLFRIPEAKAIINRMGFNNDGVDKLIENVKASKFRGILGINIGKNADTPVEKAVDDYLICLEKVY
NYASYITVNISSSGDALTELLQTLKARQLELAEQYNHYVPLVLKVAPDLTAEDVEFISAQLLDFKIDGLIVTNTTLSREG
VENLPYGNESGGLSGAPVFEKSTECLRLFAQTLKGQIPLIGVGGILSGEQAAAKQQAGATLVQIYSGLIYTGPTLVKQCV
EAMT

The query sequence (length=324) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7ut5:A 324 324 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 7ut5:B
2 1f76:A 336 333 0.5432 0.5238 0.5285 2.51e-119 1f76:B, 1f76:D, 1f76:E, 7t5k:A, 7t5k:B, 7t5y:A, 7t5y:B, 7t6c:A, 7t6c:B, 7t6h:A, 7t6h:B
3 4ori:A 355 328 0.4259 0.3887 0.4207 3.57e-72 1uum:A, 1uum:B, 1uuo:A
4 6et4:A 367 335 0.4074 0.3597 0.3940 8.56e-69 2b0m:A, 9bkm:A, 9bkn:A, 9bko:A, 2bxv:A, 6cjf:A, 6cjf:B, 6cjg:A, 1d3g:A, 1d3h:A, 8dhf:A, 8dhg:A, 8dhh:A, 3f1q:A, 3fj6:A, 3fjl:A, 6fmd:A, 2fpt:A, 2fpv:A, 2fpy:A, 2fqi:A, 3g0u:A, 3g0x:A, 6gk0:A, 5h2z:A, 5h73:A, 5hin:A, 5hqe:A, 6idj:A, 4igh:A, 6j3b:A, 6j3c:A, 4jgd:A, 6jmd:A, 6jme:A, 4js3:A, 4jts:A, 4jtt:A, 4jtu:A, 7k2u:A, 8k4f:A, 5k9c:A, 5k9d:A, 3kvj:A, 3kvk:A, 3kvl:A, 3kvm:A, 6lp6:A, 6lp7:A, 6lp8:A, 4ls0:A, 4ls1:A, 4ls2:A, 6lzl:A, 6m2b:A, 5mut:A, 5mvc:A, 5mvd:A, 6oc0:A, 6oc1:A, 4oqv:A, 2prh:A, 2prl:A, 2prm:A, 6qu7:A, 8rak:A, 4rk8:A, 4rka:A, 4rli:A, 4rr4:A, 6syp:AAA, 3u2o:A, 8vhl:A, 8vhm:A, 6vnd:A, 3w7r:A, 2wv8:A, 8yhr:A, 4ylw:A, 7z6c:A, 5zf4:A, 5zf7:A, 5zf8:A, 5zf9:A, 5zfa:A, 5zfb:A, 4zl1:A, 4zmg:A, 3zws:A, 3zwt:A
5 6uy4:A 354 323 0.3889 0.3559 0.3901 6.85e-68
6 6aje:A 378 343 0.3704 0.3175 0.3499 1.00e-60 6aj5:A, 6aj5:B, 6aj5:C, 6aj5:D, 6aje:B, 6aje:C, 6aje:D
7 7l01:B 385 301 0.3673 0.3091 0.3953 5.36e-58 5boo:A, 5boo:B, 4cq8:A, 4cq8:B, 4cq9:A, 4cq9:B, 4cqa:A, 4cqa:B, 5del:A, 6e0b:A, 5fi8:A, 6gjg:A, 6gjg:B, 6i4b:A, 6i4b:B, 6i55:A, 6i55:B, 3i65:A, 3i68:A, 3i6r:A, 7kyk:A, 7kyk:B, 7kyk:C, 7kyk:D, 7kyv:A, 7kyy:A, 7kyy:B, 7kyy:C, 7kyy:D, 7kz4:A, 7kz4:B, 7kzy:A, 7kzy:B, 7l01:A, 7l0k:A, 7l0k:B, 3o8a:A, 4orm:A, 4rx0:A, 7s87:A, 7s87:B, 3sfk:A, 5tbo:A, 1tv5:A, 6vtn:A, 6vty:A, 6vty:B, 6vty:C, 6vty:D, 7wyf:A
8 8ofw:A 350 333 0.3642 0.3371 0.3544 1.35e-56 8ofw:B, 4xq6:A, 4xq6:B
9 6b8s:B 336 333 0.3519 0.3393 0.3423 2.05e-54 6b8s:A
10 2b4g:B 313 303 0.2346 0.2428 0.2508 3.22e-07 2b4g:A, 2b4g:C, 2b4g:D, 5xfv:A, 5xfv:B, 5xfv:C, 5xfv:D
11 4wzh:A 304 289 0.2377 0.2533 0.2664 5.36e-07 4wzh:B
12 1ep3:A 311 272 0.2037 0.2122 0.2426 8.12e-07 1ep1:A, 1ep2:A, 5ksw:A, 5ksw:C, 5ue9:A, 5ue9:C
13 2bsl:A 311 301 0.2130 0.2219 0.2292 3.96e-05 2bsl:B, 2bx7:A, 2bx7:B, 1dor:A, 1dor:B, 2dor:A, 2dor:B, 1jqv:A, 1jqv:B, 1jqx:A, 1jqx:B, 1jrb:A, 1jrb:B, 1jrc:A, 1jrc:B, 1jub:A, 1jub:B, 1jue:A, 1jue:B, 1ovd:A, 1ovd:B
14 3c61:A 314 300 0.2253 0.2325 0.2433 0.001 3c61:B, 3c61:C, 3c61:D, 6dgs:A, 6dgs:B, 6dwg:A, 6dwg:B, 6ebs:A, 6ebs:B, 4ef8:A, 4ef8:B, 4ef9:A, 4ef9:B, 3gye:A, 3gye:B, 3gz3:A, 3gz3:B, 3mhu:A, 3mhu:B, 3mjy:A, 3mjy:B, 7mx6:AAA, 7mx6:BBB, 7myd:AAA, 7myd:BBB, 3tjx:A, 3tjx:B, 3tq0:A, 3tq0:B, 3tro:A, 3tro:B
15 3oix:A 310 304 0.2037 0.2129 0.2171 0.001 3oix:B, 3oix:C, 3oix:D
16 3w87:A 314 292 0.2160 0.2229 0.2397 0.002 3c3n:A, 3c3n:B, 3c3n:C, 3c3n:D, 2djl:A, 2djl:B, 2djx:A, 2djx:B, 2e68:A, 2e68:B, 2e6a:A, 2e6a:B, 2e6d:A, 2e6d:B, 2e6f:A, 2e6f:B, 5e93:A, 5e93:B, 5ea9:A, 5ea9:B, 4jd4:A, 4jd4:B, 4jdb:A, 4jdb:B, 3w1a:A, 3w1a:B, 3w1l:A, 3w1l:B, 3w1m:A, 3w1m:B, 3w1n:A, 3w1n:B, 3w1p:A, 3w1p:B, 3w1q:A, 3w1q:B, 3w1r:A, 3w1r:B, 3w1t:A, 3w1t:B, 3w1u:A, 3w1u:B, 3w1x:A, 3w1x:B, 3w22:A, 3w22:B, 3w23:A, 3w23:B, 3w2j:A, 3w2j:B, 3w2k:A, 3w2k:B, 3w2l:A, 3w2l:B, 3w2m:A, 3w2m:B, 3w2n:A, 3w2n:B, 3w2u:A, 3w2u:B, 3w3o:A, 3w3o:B, 3w6y:A, 3w6y:B, 3w70:A, 3w70:B, 3w71:A, 3w71:B, 3w72:A, 3w72:B, 3w73:A, 3w73:B, 3w74:A, 3w74:B, 3w75:A, 3w75:B, 3w76:A, 3w76:B, 3w7c:A, 3w7c:B, 3w7d:A, 3w7d:B, 3w7e:A, 3w7e:B, 3w7g:A, 3w7g:B, 3w7h:A, 3w7h:B, 3w7i:A, 3w7i:B, 3w7j:A, 3w7j:B, 3w7k:A, 3w7k:B, 3w7l:A, 3w7l:B, 3w7m:A, 3w7m:B, 3w7n:A, 3w7n:B, 3w7o:A, 3w7o:B, 3w7p:A, 3w7p:B, 3w7q:A, 3w7q:B, 3w83:A, 3w83:B, 3w84:A, 3w84:B, 3w85:A, 3w85:B, 3w86:A, 3w86:B, 3w87:B, 3w88:A, 3w88:B
17 1gth:A 1019 119 0.0957 0.0304 0.2605 0.047 8f5w:A, 8f5w:B, 8f5w:C, 8f5w:D, 8f61:A, 8f61:B, 8f61:C, 8f61:D, 8f6n:A, 8f6n:B, 8f6n:C, 8f6n:D, 1gt8:A, 1gt8:B, 1gt8:C, 1gt8:D, 1gte:A, 1gte:B, 1gte:C, 1gte:D, 1gth:B, 1gth:C, 1gth:D, 1h7w:A, 1h7w:B, 1h7w:C, 1h7w:D, 1h7x:A, 1h7x:B, 1h7x:C, 1h7x:D, 7ljs:A, 7ljs:B, 7ljs:C, 7ljs:D, 7ljt:A, 7ljt:B, 7ljt:C, 7ljt:D, 7lju:A, 7lju:C, 7lju:D, 7lju:B, 7m31:A, 7m31:B, 7m31:C, 7m31:D, 7m32:A, 7m32:B, 7m32:C, 7m32:D
18 4mca:A 367 113 0.0926 0.0817 0.2655 0.091 4mca:B
19 6m73:A 364 121 0.0957 0.0852 0.2562 1.1 6m74:A
20 4q4k:A 351 71 0.0679 0.0627 0.3099 1.8 4q4k:B, 4qis:A, 4qis:B, 4qit:A, 4qit:B, 4qiu:A, 4qiu:B
21 3aoe:F 417 66 0.0617 0.0480 0.3030 4.5 3aoe:E, 3aoe:C, 3aoe:D
22 6hc6:C 408 58 0.0617 0.0490 0.3448 5.2 6hc6:A, 6hc6:B, 6hc7:A, 6hc7:B, 6hc7:C
23 8e5h:A 368 25 0.0463 0.0408 0.6000 5.5
24 5lsm:A 339 62 0.0679 0.0649 0.3548 6.5 5lsm:B, 5lsm:C, 5lsm:D, 5lsm:E, 5lsm:F, 5lsm:G, 5lsm:H
25 6mps:A 255 86 0.0802 0.1020 0.3023 6.7 4de9:A, 6mpt:A
26 2z6i:B 321 28 0.0463 0.0467 0.5357 7.2 2z6i:A, 2z6j:A, 2z6j:B
27 4v3p:LN 134 96 0.0802 0.1940 0.2708 7.7 8ip8:XA, 8ipa:XA, 8ipb:XA, 8jiv:CM, 4v7e:CM
28 6ynx:t 365 24 0.0401 0.0356 0.5417 9.7

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218