Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MLSCELYRMSTYSTFPAGVPVSERSLARAGFYYTGVNDKVKCFCCGLMLDNWKRGDSPTEKHKKLYPSCRFVQS

The query sequence (length=74) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3m0d:D 75 74 1.0000 0.9867 1.0000 1.58e-52 3m0a:D, 7nk0:D, 7nk0:E
2 3m1d:A 78 73 0.8784 0.8333 0.8904 5.11e-47 3m1d:B
3 2pop:D 80 69 0.4595 0.4250 0.4928 5.19e-23 6gjw:A, 6gjw:B, 6gjw:C, 6gjw:D, 4mtz:A, 4mtz:B, 4mtz:C, 4mtz:D, 4oxc:A, 4oxc:B, 4oxc:C, 4oxc:D, 2poi:A, 2pop:B, 6qci:A, 6qci:B, 6qci:C, 6qci:D, 2qra:D, 2qra:C, 2qra:B, 2qra:A
4 4kmn:A 103 65 0.4459 0.3204 0.5077 2.02e-19 7trl:A
5 3t6p:A 330 65 0.4324 0.0970 0.4923 1.52e-17 3d9t:A, 3d9t:B, 3d9u:A, 8dsf:A, 8dsf:B, 8dsf:C, 8dsf:D, 8dso:D, 4eb9:A, 4eb9:B, 4eb9:C, 4eb9:D, 6exw:A, 6exw:C, 6hpr:A, 4hy4:A, 4hy4:B, 4hy5:A, 4hy5:B, 4lge:A, 4lge:B, 4lgu:A, 4lgu:B, 5m6n:A, 5m6n:B, 4mti:A, 4mti:B, 3mup:A, 3mup:B, 3mup:C, 3mup:D, 4mu7:A, 4mu7:B, 3oz1:A, 3oz1:B, 3oz1:C, 3oz1:D, 1qbh:A, 7trm:A, 3uw4:A, 6w74:A, 6w7o:C, 6w7o:D, 6w8i:F, 6w8i:D, 6w8i:E
6 3f7g:B 101 71 0.4054 0.2970 0.4225 5.03e-17 3f7g:A, 3f7g:C, 3f7g:D, 3f7g:E, 1oxn:E, 1oxn:A, 1oxn:B, 1oxn:C, 1oxn:D, 1oxq:E, 1oxq:A, 1oxq:B, 1oxq:C, 1oxq:D, 1oy7:E, 1oy7:A, 1oy7:B, 1oy7:C, 1oy7:D
7 1c9q:A 117 68 0.3784 0.2393 0.4118 8.88e-17 8aza:C, 1i3o:E, 1i3o:F, 4j3y:A, 4j3y:C, 4j44:A, 4j44:C, 4j45:A, 4j45:C, 4j46:A, 4j46:C, 4j47:A, 4j47:C, 4j48:A, 4j48:C, 4kju:A, 4kju:C, 4kjv:A, 4kjv:C, 4wvs:A, 4wvt:A, 4wvt:B, 4wvu:A
8 2i3h:B 95 71 0.3919 0.3053 0.4085 1.47e-16 3f7h:A, 3f7h:B, 3f7i:A, 3f7i:B, 3gt9:A, 3gt9:B, 3gta:A, 3gta:B, 2i3h:A, 2i3i:A, 2i3i:B, 1tw6:A, 1tw6:B, 3uw5:A, 3uw5:B
9 1jd5:A 105 71 0.3919 0.2762 0.4085 1.58e-16 1jd4:A, 1jd4:B, 1jd6:A, 1q4q:G, 1q4q:I, 1q4q:F, 1q4q:H, 1q4q:J, 1q4q:A, 1q4q:C, 1q4q:D, 1q4q:B, 1q4q:E
10 2uvl:B 95 65 0.3919 0.3053 0.4462 3.15e-16 2uvl:A
11 8fvu:A 1361 74 0.3649 0.0198 0.3649 4.40e-16 2vm5:A
12 8fvu:A 1361 71 0.3919 0.0213 0.4085 3.73e-14 2vm5:A
13 8fvu:A 1361 71 0.3378 0.0184 0.3521 2.80e-11 2vm5:A
14 7qgj:A 79 73 0.4054 0.3797 0.4110 1.63e-15 7qgj:B
15 1xb0:F 103 65 0.4054 0.2913 0.4615 2.01e-15 1xb0:A, 1xb0:B, 1xb0:C, 1xb0:D, 1xb0:E, 1xb1:A, 1xb1:B, 1xb1:C, 1xb1:D, 1xb1:E, 1xb1:F
16 5yud:A 1238 71 0.4054 0.0242 0.4225 1.09e-14
17 5yud:A 1238 72 0.3919 0.0234 0.4028 2.03e-13
18 1f9x:A 117 65 0.4054 0.2564 0.4615 1.22e-14 5c0k:A, 5c0l:A, 5c3h:A, 5c3k:A, 5c7a:A, 5c7b:A, 5c7c:A, 5c7d:A, 5c83:A, 5c84:A, 3clx:D, 3clx:A, 3clx:B, 3clx:C, 3cm2:D, 3cm2:H, 3cm2:A, 3cm2:B, 3cm2:C, 3cm2:G, 3cm2:E, 3cm2:F, 3cm2:I, 3cm2:J, 3cm7:C, 3cm7:A, 3cm7:B, 3cm7:D, 4ec4:A, 4ec4:F, 4ec4:B, 4ec4:G, 4ec4:C, 4ec4:D, 4ec4:K, 4ec4:E, 4ec4:L, 4ec4:J, 3eyl:A, 3eyl:B, 6ey2:A, 6ey2:C, 6ey2:B, 6ey2:G, 6ey2:D, 6ey2:E, 6ey2:F, 6ey2:H, 1g3f:A, 1g73:C, 1g73:D, 3g76:A, 3g76:B, 3g76:C, 3g76:D, 3g76:E, 3g76:F, 3g76:G, 3g76:H, 8gh7:A, 8gh7:B, 6h6q:A, 6h6q:B, 6h6r:A, 3hl5:A, 3hl5:B, 4hy0:A, 4hy0:D, 4hy0:B, 4hy0:G, 4hy0:C, 4hy0:E, 4hy0:F, 4hy0:H, 2jk7:A, 4kmp:A, 4kmp:B, 5m6e:A, 5m6f:A, 5m6h:A, 5m6l:A, 5m6m:A, 1nw9:A, 2opy:A, 2opz:A, 2opz:B, 2opz:C, 2opz:D, 5oqw:A, 5oqw:B, 1tfq:A, 1tft:A, 2vsl:A
19 7rav:A 773 51 0.3514 0.0336 0.5098 2.66e-14
20 7rav:A 773 71 0.4054 0.0388 0.4225 6.29e-14
21 7rav:A 773 68 0.4189 0.0401 0.4559 9.87e-13
22 3sip:F 108 72 0.3378 0.2315 0.3472 1.76e-13 1sdz:A, 1se0:A, 3sip:E, 3siq:A, 3siq:B, 3siq:C, 3siq:D, 3siq:E, 3siq:F
23 1m4m:A 112 71 0.2973 0.1964 0.3099 2.53e-07
24 8atu:A 2837 78 0.3108 0.0081 0.2949 5.29e-07 8atu:B, 8atx:A, 8atx:B, 8auk:A, 8auk:B, 8auw:B
25 8auw:A 2900 78 0.3108 0.0079 0.2949 5.29e-07
26 3ued:C 139 71 0.3108 0.1655 0.3239 9.66e-07 4a0i:A, 4a0i:B, 4a0j:A, 4a0j:B, 4a0n:A, 1e31:A, 1e31:B, 1f3h:A, 1f3h:B, 7lbk:B, 7lbk:A, 7lbo:A, 7lbo:B, 7lbp:A, 7lbp:C, 7lbq:A, 2qfa:A, 2raw:A, 2rax:A, 2rax:E, 2rax:X, 6sho:A, 6sho:B, 3uec:A, 3ued:A, 3uee:A, 3uee:C, 3uef:A, 3uef:C, 3ueg:A, 3ueg:B, 3ueh:A, 3ueh:B, 3uei:A, 3uei:B, 3uig:A, 3uig:B, 3uih:A, 3uih:B, 3uii:A, 3uii:B, 3uij:A, 3uij:B, 3uik:A, 3uik:B, 1xox:A, 1xox:B, 6yie:A, 6yie:D, 6yif:A, 6yih:A
27 5ikf:A 150 28 0.1486 0.0733 0.3929 3.5
28 4v8p:CM 300 16 0.1081 0.0267 0.5000 5.1 4v8p:BM, 4v8p:EM, 4v8p:GM
29 2pux:B 258 39 0.1622 0.0465 0.3077 5.4 3hki:B, 3hki:E, 2pv9:B
30 1c7s:A 858 20 0.1351 0.0117 0.5000 5.9 1c7t:A
31 7t3u:C 1575 27 0.1486 0.0070 0.4074 6.4
32 7t3u:A 2020 27 0.1486 0.0054 0.4074 6.5 7t3u:D
33 8tl9:D 2034 27 0.1486 0.0054 0.4074 6.5 8tla:D
34 6uqk:A 2054 27 0.1486 0.0054 0.4074 6.5 6uqk:B, 6uqk:C, 6uqk:D
35 7t3p:A 2066 27 0.1486 0.0053 0.4074 6.5 7t3p:B, 7t3p:C, 7t3p:D
36 7t3q:A 2103 27 0.1486 0.0052 0.4074 6.5 7t3q:B, 7t3q:C, 7t3q:D, 7t3u:B
37 7t3r:A 2130 27 0.1486 0.0052 0.4074 6.5 7t3r:B, 7t3r:C, 7t3r:D, 7t3t:A, 7t3t:B, 7t3t:C, 7t3t:D
38 6dr0:C 2193 27 0.1486 0.0050 0.4074 6.5 6dqj:A, 6dqj:B, 6dqj:C, 6dqj:D, 6dqn:A, 6dqn:B, 6dqn:C, 6dqn:D, 6dqs:A, 6dqs:B, 6dqs:C, 6dqs:D, 6dqv:A, 6dqv:B, 6dqv:C, 6dqv:D, 6dqz:A, 6dqz:B, 6dqz:D, 6dqz:C, 6dr0:A, 6dr0:B, 6dr0:D, 6dr2:A, 6dr2:B, 6dr2:C, 6dr2:D, 6dra:A, 6dra:B, 6dra:C, 6dra:D, 6drc:A, 6drc:B, 6drc:C, 6drc:D
39 8tkd:A 2249 27 0.1486 0.0049 0.4074 6.5 8tkd:B, 8tkd:C, 8tkd:D, 8tke:A, 8tke:B, 8tke:C, 8tke:D, 8tkg:A, 8tkg:B, 8tkg:C, 8tkg:D, 8tl9:A, 8tl9:B, 8tla:A, 8tla:B
40 8tk8:A 2268 27 0.1486 0.0049 0.4074 6.5 8tk8:B, 8tk8:C, 8tk8:D, 8tkh:A, 8tkh:B, 8tkh:C, 8tkh:D, 8tki:A, 8tki:B, 8tki:C, 8tki:D, 8tl9:C, 8tla:C
41 8tkf:A 2272 27 0.1486 0.0048 0.4074 6.5 8tkf:D, 8tkf:B, 8tkf:C
42 2e6l:A 186 34 0.1486 0.0591 0.3235 6.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218