Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MLLSDRDLRAEISSGRLGIDPFDDTLVQPSSIDVRLDCLFRVFNNTRYTHIDPAKQQDELTSLVQPVDGEPFVLHPGEFV
LGSTLELFTLPDNLAGRLEGKSSLGRLGLLTHSTVGFIDPGFSGHITLELSNVANLPITLWPGMKIGQLCMLRLTSPSEH
PYGSSRAGSKYQGQRGPTPSRSYQNFIR

The query sequence (length=188) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4a6a:A 189 188 1.0000 0.9947 1.0000 1.10e-137 4a6a:E, 4a6a:B, 4a6a:D, 4a6a:C, 4a6a:F, 4a6a:G, 4a6a:K, 4a6a:H, 4a6a:J, 4a6a:I, 4a6a:L, 2qxx:A, 2qxx:B
2 2v9x:A 193 190 0.4255 0.4145 0.4211 1.73e-40 2j4h:A, 2j4h:B, 2j4q:A, 2j4q:B, 2v9x:C, 2v9x:B, 2v9x:D, 2v9x:F, 2v9x:E, 2v9x:G, 2v9x:I, 2v9x:H, 2v9x:J, 2v9x:L, 2v9x:K, 1xs1:A, 1xs1:C, 1xs1:B, 1xs1:D, 1xs1:F, 1xs1:E, 1xs4:A, 1xs4:C, 1xs4:B, 1xs4:D, 1xs4:F, 1xs4:E, 1xs6:A, 1xs6:C, 1xs6:B, 1xs6:D, 1xs6:F, 1xs6:E
3 3gf0:A 199 198 0.3511 0.3317 0.3333 4.80e-28 2hxd:A, 1pkj:B, 1pkk:B
4 4xjc:A 177 188 0.3564 0.3785 0.3564 5.03e-28 4xjc:E, 4xjc:C, 4xjc:B, 4xjc:F, 4xjc:D
5 1f7r:A 133 87 0.1755 0.2481 0.3793 2.38e-05 1f7k:A, 1f7k:B, 1f7n:A, 1f7n:B, 1f7p:A, 1f7p:C, 1f7p:B, 1f7q:A, 1f7q:C, 1f7q:B
6 6lj3:A 164 72 0.0957 0.1098 0.2500 4.95e-04 6ky9:A, 6ky9:B, 6ky9:C, 6kz6:C, 6kz6:B, 6kz6:A, 6lis:A, 6lis:B, 6lis:C, 6lis:D, 6lis:F, 6lis:E, 6lj3:C, 6lj3:B
7 2r9q:B 342 157 0.2234 0.1228 0.2675 0.002 2r9q:C
8 4gcy:A 163 88 0.1489 0.1718 0.3182 0.008 8cga:A, 5ect:A, 5edd:A, 3h6d:A, 3hza:A, 3i93:A, 3loj:A, 2py4:A, 1six:A, 1sjn:A, 1sjn:C, 1sjn:B, 1sm8:A, 1sm8:B, 1sm8:C, 1smc:A, 1smc:B, 1smc:C, 1snf:A, 1snf:C, 1snf:B
9 9ev4:A 553 110 0.1117 0.0380 0.1909 0.91
10 7cdl:C 573 40 0.0638 0.0209 0.3000 2.3 7cdl:D, 7cdl:A, 7cdl:B, 7cdl:G, 7cdl:H, 7cdl:M, 7cdl:N, 7ce5:A, 7ce5:B, 7ce5:C, 7ce5:D, 7ce5:G, 7ce5:H, 7ce5:M, 7ce5:N, 7ce9:A, 7ce9:B, 7ce9:C, 7ce9:D, 7ce9:G, 7ce9:H, 7ce9:M, 7ce9:N, 7cfx:C, 7cfx:D, 7cfx:A, 7cfx:B, 7cfx:G, 7cfx:H, 7cfx:M, 7cfx:N, 4tqo:B, 4tqo:A, 4tqo:C, 4tqo:D, 4tqo:E, 4tqo:F, 4tqo:G, 4tqo:H
11 9ev3:A 577 96 0.0957 0.0312 0.1875 2.5 9ev5:A, 9ev5:B, 9ev5:C, 9ev5:D, 9ev6:A, 9ev6:B, 9ev6:C, 9ev6:D
12 4q8g:B 353 57 0.0904 0.0482 0.2982 2.8 4q8g:A
13 6r5k:A 1040 57 0.0904 0.0163 0.2982 2.8 4q8h:A, 6r9m:A, 6r9p:A, 6r9q:A
14 7qbz:A 638 41 0.0745 0.0219 0.3415 4.7 7qc0:A
15 4ctf:AZ 246 65 0.1170 0.0894 0.3385 5.9 4ctf:A0, 4ctf:A1, 4ctf:A2, 4ctf:A3, 4ctf:A4, 4ctf:A5, 4ctf:A6, 4ctf:A7, 4ctf:A8, 4ctf:AA, 4ctf:AB, 4ctf:AC, 4ctf:AD, 4ctf:AE, 4ctf:AF, 4ctf:AG, 4ctf:AH, 4ctf:AI, 4ctf:AJ, 4ctf:AK, 4ctf:AL, 4ctf:AM, 4ctf:AN, 4ctf:AO, 4ctf:AP, 4ctf:AQ, 4ctf:AR, 4ctf:Ao, 4ctf:AS, 4ctf:AT, 4ctf:AU, 4ctf:AV, 4ctf:AW, 4ctf:AX, 4ctf:AY, 4ctf:A9, 4ctf:An, 4ctf:Aa, 4ctf:Ab, 4ctf:Ac, 4ctf:Ad, 4ctf:Ae, 4ctf:Af, 4ctf:Ag, 4ctf:Ah, 4ctf:Ai, 4ctf:Aj, 4ctf:Ak, 4ctf:Al, 4ctf:Am, 4ctf:BA, 4ctf:BB, 4ctf:BC, 4ctf:BD, 4ctf:BE, 4ctf:BF, 4ctf:BG, 4ctf:BH, 4ctf:BI, 2wff:1, 2ws9:1, 2xbo:1
16 8dme:A 1034 84 0.1277 0.0232 0.2857 6.4 5b2u:A, 5b2u:B, 5b2v:A, 5b2v:B, 5b2w:A, 5b2w:B, 5b2x:A, 5b2x:B, 5b2y:A, 5b2y:B, 3ben:A, 3ben:B, 2bmh:A, 2bmh:B, 1bu7:A, 1bu7:B, 1bvy:A, 1bvy:F, 1bvy:B, 3cbd:A, 3cbd:B, 7ckn:A, 7ckn:B, 7con:A, 7con:B, 7coo:A, 7coo:B, 7cp8:A, 7cp8:B, 7cvr:A, 7cvr:B, 7cx6:A, 7cx6:B, 7cx8:A, 7cx8:B, 7czi:A, 7czi:B, 7d0t:A, 7d0t:B, 7d0u:A, 7d0u:B, 7d1f:A, 7d1f:B, 3dgi:A, 8dme:B, 8dmg:A, 8dmg:B, 4dqk:A, 4dqk:B, 4dql:A, 4dql:B, 8dsg:A, 8dsg:B, 8dsg:C, 8dsg:D, 4dtw:B, 4dtw:A, 4dty:B, 4dty:A, 4dtz:A, 4dtz:B, 4du2:B, 4du2:A, 4dua:A, 4dua:B, 4dub:A, 4dub:B, 4duc:A, 4duc:B, 4dud:A, 4dud:B, 4due:A, 4due:B, 4duf:A, 4duf:B, 4duf:C, 4duf:D, 5dyp:A, 5dyp:C, 5dyz:A, 5dyz:C, 7e46:A, 7e46:B, 5e78:A, 5e78:B, 5e7y:A, 5e7y:B, 5e9z:A, 5e9z:B, 5e9z:C, 5e9z:D, 7egn:A, 7egn:B, 3ekb:A, 3ekb:B, 3ekd:A, 3ekd:B, 3ekf:A, 3ekf:B, 1fag:A, 1fag:B, 1fag:C, 1fag:D, 1fah:A, 1fah:B, 6h1l:A, 6h1l:B, 6h1o:A, 6h1o:B, 6h1s:A, 6h1s:B, 6h1t:A, 6h1t:B, 6h1t:C, 6h1t:D, 4h23:A, 4h23:B, 4h24:A, 4h24:B, 4h24:C, 4h24:D, 4hgf:A, 4hgf:B, 4hgg:A, 4hgg:B, 4hgh:A, 4hgh:B, 4hgi:A, 4hgi:B, 4hgj:A, 4hgj:B, 6hn8:A, 6hn8:B, 8hon:A, 8hon:B, 8hoo:A, 8hoo:B, 8hop:A, 8hop:B, 8hoq:A, 8hoq:B, 8hor:A, 8hor:B, 8hos:A, 8hos:B, 8hot:A, 8hot:B, 8hou:A, 8hou:B, 2hpd:A, 2hpd:B, 6iao:A, 6iao:B, 6iao:C, 6iao:D, 2ij2:A, 2ij2:B, 2ij3:A, 2ij3:B, 2ij4:A, 2ij4:B, 2j1m:A, 2j1m:B, 2j4s:A, 2j4s:B, 8jc3:B, 8jc3:A, 8jc4:A, 8jc4:B, 6jlv:A, 6jlv:B, 1jme:A, 1jme:B, 6jmh:A, 6jmh:B, 6jmw:A, 6jmw:B, 6jo1:A, 6jo1:B, 1jpz:A, 1jpz:B, 5jq2:A, 5jq2:B, 5jqu:A, 5jqu:B, 5jqu:C, 5jqu:D, 5jqu:E, 5jqu:F, 5jqu:G, 5jqu:H, 5jqv:A, 5jqv:B, 5jqv:C, 5jqv:D, 5jqv:E, 5jqv:F, 5jqv:G, 5jqv:H, 6js8:A, 6js8:B, 5jtd:A, 5jtd:B, 6jvc:A, 6jvc:C, 6jzs:A, 6jzs:C, 6k24:A, 6k24:B, 6k3q:A, 6k3q:B, 6k58:A, 6k58:B, 6k9s:A, 6k9s:B, 4kew:A, 4kew:B, 4key:A, 4key:B, 4kf0:A, 4kf0:B, 4kf2:A, 4kf2:B, 4kpa:A, 4kpb:A, 4kpb:B, 3kx3:A, 3kx3:B, 3kx4:A, 3kx4:B, 3kx5:A, 3kx5:B, 6l1a:A, 6l1a:B, 6l1b:A, 6l1b:B, 6ly4:A, 3m4v:A, 3m4v:B, 2nnb:A, 2nnb:B, 3npl:A, 3npl:B, 4o4p:A, 4o4p:B, 5og9:A, 5og9:B, 1p0v:A, 1p0v:B, 1p0w:A, 1p0w:B, 1p0x:A, 1p0x:B, 3qi8:B, 8qze:A, 8qze:B, 8qzf:A, 8qzf:B, 4rsn:A, 4rsn:B, 1smi:A, 1smi:B, 1smj:A, 1smj:B, 1smj:C, 1smj:D, 5ucw:A, 5ucw:B, 2uwh:A, 2uwh:B, 2uwh:C, 2uwh:D, 2uwh:E, 2uwh:F, 7w97:A, 7w97:B, 7w9d:A, 7w9d:B, 7w9j:A, 7w9j:B, 7wdd:A, 7wdd:B, 7wde:A, 7wde:B, 7wdg:A, 7wdg:B, 7wdh:A, 7wdh:B, 7wdi:A, 7wdi:B, 4wg2:A, 4wg2:B, 4wg2:C, 7wg0:A, 7wg0:B, 3wsp:A, 3wsp:B, 7wy1:A, 7wy1:B, 7wy2:A, 7wy2:B, 7wy3:A, 7wy3:B, 7wy4:A, 7wy4:B, 2x7y:A, 2x7y:B, 2x80:A, 2x80:B, 5xa3:A, 5xa3:B, 5xa3:C, 5xa3:D, 5xhj:A, 5xhj:B, 7xzk:A, 7xzk:B, 7y0p:B, 7y0p:A, 7y0q:A, 7y0q:B, 7y0r:A, 7y0r:B, 7y0s:B, 7y0s:A, 7y0t:B, 7y0t:A, 7y0u:A, 7y0u:B, 7y9j:A, 7y9j:B, 7y9k:A, 7y9k:B, 7y9l:A, 7y9l:B, 7y9m:A, 7yd9:A, 7yd9:B, 7yda:A, 7yda:B, 7ydb:A, 7ydb:B, 7ydc:A, 7ydc:B, 7ydd:A, 7ydd:B, 7yde:A, 7yde:B, 7ydl:A, 7ydl:B, 7yft:A, 7yft:B, 7yjd:A, 7yjd:B, 7yje:A, 7yje:B, 7yjf:A, 7yjf:B, 7yjg:A, 7yjg:B, 7yjh:A, 7yjh:B, 1yqo:A, 1yqo:B, 1yqp:A, 1yqp:B, 4zf6:A, 4zf8:A, 4zfa:A, 4zfb:A, 5zis:A, 5zis:B, 5zis:C, 5zis:D, 5zlh:A, 5zlh:B, 5zlh:C, 5zlh:D, 1zo4:A, 1zo4:B, 1zo9:A, 1zo9:B, 1zoa:A, 1zoa:B
17 8ur2:B 99 93 0.1170 0.2222 0.2366 8.8
18 7vtq:A 789 103 0.1489 0.0355 0.2718 9.1 7vtq:B, 7vtq:C, 7vtq:D, 7vtq:E, 7vtq:F, 7vtq:G, 7vtq:H, 7vtq:I, 7vtq:J, 7vtq:K, 7vtq:L

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218