Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MLEKTVPRLHRPSLQHFREQFLVPGRPVILKGVADHWPCMQKWSLEYIQEIAGCRTVPVEVGSRYTDEEWSQTLMTVNEF
ISKYIVNRDVGYLAQHQLFDQIPELKQDISIPDYCSLGDGEEEEITINAWFGPQGTISPLHQDPQQNFLVQVMGRKYIRL
YSPQESGALYPHDTHLHNTSQVDVENPDLEKFPKFAKAPFLSCILSPGEILFIPVKYWHYVRALDLSFSVSFWWS

The query sequence (length=235) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6f4n:B 243 237 0.9957 0.9630 0.9873 4.70e-174 4aap:A, 4aap:B, 6avs:A, 6ax3:A, 7dyt:A, 7dyu:A, 7dyv:A, 7dyw:A, 7dyx:A, 6f4n:A, 6f4o:A, 6f4p:A, 6f4q:A, 6f4r:A, 6f4s:A, 6f4t:A, 5fbj:A, 4gjy:A, 4gjz:A, 6i9l:A, 6i9m:A, 6i9n:A, 4qu1:A, 7uq3:A, 3uyj:A, 3uyj:B
2 3al5:B 311 256 0.2979 0.2251 0.2734 5.61e-25 3al5:D, 3al6:B, 3al6:D
3 4b7e:A 349 262 0.3021 0.2034 0.2710 8.07e-22 7a1j:A, 7a1k:A, 7a1l:A, 7a1m:A, 7a1n:A, 7a1o:A, 7a1p:A, 7a1q:A, 7a1s:A, 4ai8:A, 4b7k:A, 4bio:A, 2cgn:A, 2cgo:A, 3d8c:A, 1h2k:A, 1h2l:A, 1h2m:A, 1h2n:A, 6h9j:A, 6ha6:A, 6hc8:A, 6hkp:A, 6hl5:A, 6hl6:A, 8ihz:A, 8ii0:A, 2ilm:A, 4jaa:A, 5jwk:A, 5jwl:A, 5jwp:A, 8k71:A, 8k72:A, 8k73:A, 3kcx:A, 3kcy:A, 1mze:A, 1mzf:A, 4nr1:A, 3od4:A, 5op6:A, 5op8:A, 5opc:A, 3p3n:A, 3p3p:A, 6ruj:A, 2w0x:A, 2wa3:A, 2wa4:A, 2xum:A, 2y0i:A, 1yci:A, 2yc0:A, 2yde:A, 4z1v:A, 4z2w:A
4 5nfn:B 318 268 0.2979 0.2201 0.2612 1.92e-21 5nfn:A, 5nfn:C, 5nfn:D, 5nfo:A, 5nfo:B
5 4qsz:A 686 268 0.2936 0.1006 0.2575 2.14e-19 8j25:A, 8j2p:E, 8j2p:A, 4kyc:A, 4qsz:B, 4qu2:A, 4qu2:B
6 7yxg:A 313 274 0.2894 0.2173 0.2482 1.98e-16 7yxg:B, 7yxh:A, 7yxh:B, 7yxi:A, 7yxi:B, 7yxj:A, 7yxj:B, 7yxj:C, 7yxj:D, 7yxk:A, 7yxk:B, 7yxl:A, 7yxl:B
7 6mev:A 341 243 0.2426 0.1672 0.2346 0.002 6gdy:A, 6gdy:B, 3ld8:A, 3ldb:A, 6mev:B, 6mev:C, 6mev:D, 6mev:E, 6mev:F, 6mev:G, 6mev:H
8 4y3o:B 461 89 0.1021 0.0521 0.2697 0.032 4cck:A, 4cck:B, 4cck:C, 4cck:D, 4ccm:A, 4ccm:B, 4ccn:A, 4ccn:B, 4cco:A, 4cco:B, 4diq:A, 4diq:B, 4e4h:A, 4e4h:B, 4e4h:C, 4e4h:D, 4y3o:A
9 4csw:A 388 106 0.1277 0.0773 0.2830 0.038 4csw:B, 4cug:A, 4cug:B
10 8a82:A 354 216 0.1957 0.1299 0.2130 0.22
11 4ccl:B 372 105 0.1362 0.0860 0.3048 0.49 4ccl:A, 4lit:A, 4liv:A, 4nub:A
12 6jbr:A 465 131 0.1447 0.0731 0.2595 5.2 6jbr:B, 6jbr:D, 6jbr:F, 6jbr:H, 6jbr:K, 6jbr:M, 6jbr:O, 6jbw:A, 6jbw:B
13 4bxf:A 425 93 0.1064 0.0588 0.2688 5.2 4bxf:B
14 4bu2:A 379 37 0.0596 0.0369 0.3784 7.1
15 3ggl:A 161 79 0.0894 0.1304 0.2658 7.4 6oe2:A
16 6pdj:A 274 50 0.0596 0.0511 0.2800 7.8 3ac1:A, 3ac2:A, 3ac3:A, 3ac4:A, 3ac5:A, 3ac8:A, 3acj:A, 3ack:A, 3ad4:A, 3ad5:A, 3ad6:A, 3b2w:A, 3bym:A, 3byo:A, 3bys:A, 3byu:A, 4c3f:A, 3kmm:A, 3kxz:A, 3mpm:A, 2of2:A, 2of4:A, 2ofu:A, 2og8:A, 2og8:B, 2pl0:A, 1qpc:A, 1qpd:A, 1qpe:A, 1qpj:A, 2zm1:A, 2zm4:A, 2zyb:A
17 5knk:B 324 72 0.0723 0.0525 0.2361 8.0
18 7zcc:B 326 109 0.1149 0.0828 0.2477 8.8 1vrb:A, 1vrb:B, 1vrb:D, 7zcc:A, 7zcc:C, 7zcc:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218