Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MKYVVVSGGVISGIGKGVLASSTGMLMKTLGLKVTSIKIDPYMNIDAGTMSPLEHGECFVLDDGGETDLDLGNYERYLGV
TLTKDHNITTGKIYSHVIAKERKGDYLGKTVQIVPHLTNAIQDWIERVAKIPVDDTGMEPDVCIIELGGTVGDIESAPFV
EALRQFQFKVGKENFALIHVSLVPVIHGEQKTKPTQAAIKGLRSLGLVPDMIACRCSETLDKPTIDKIAMFCHVGPEQVV
NVHDVNSTYHVPLLLLEQKMIDYLHARLKLDEISLTEEEELLSKWKATTGNFDETVKIALVGKYTNLKDSYLSVIKALEH
SSMKCRRKLDIKWVEATDLEPEAQESNKTKFHEAWNMVSTADGILIPGGFGVRGTEGMVLAARWARENHIPFLGVCLGLQ
IATIEFTRSVLGRKDSHSAEFYPDIDEKNHVVVFMMRLGLRPTFFQNETEWSQIKKLYGDVSEVHERHRHRYEINPKMVD
ELENNGLIFVGKDDTGKRCEILELKNHPYYIATQYHPEYTSKVLDPSKPFLGLVAASAGILQDVIEGKYDLEA

The query sequence (length=553) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7rmc:V 561 561 1.0000 0.9857 0.9857 0.0 7rmc:D, 7rmc:F, 7rmc:E, 7rmc:g, 7rmc:Q, 7rmc:U, 7rmc:S, 7rmc:h, 7rmc:R, 7rmc:W, 7rmc:T, 7rmk:R, 7rmk:K, 7rmk:L, 7rmk:M, 7rmk:Y, 7rmk:I, 7rmk:P, 7rmk:U, 7rmk:D, 7rmk:A, 7rmk:B, 7rmk:C, 7rmk:Z, 7rmk:J, 7rmk:Q, 7rmk:V, 7rmk:H, 7rmk:E, 7rmk:F, 7rmk:G, 7rmk:a, 7rmk:N, 7rmk:S, 7rmk:W, 7rmk:b, 7rmk:O, 7rmk:T, 7rmk:X, 7rmo:D, 7rmo:A, 7rmo:B, 7rmo:C, 7rmo:U, 7rmo:I, 7rmo:M, 7rmo:Q, 7rmo:V, 7rmo:J, 7rmo:N, 7rmo:R, 7rmo:H, 7rmo:E, 7rmo:F, 7rmo:G, 7rmo:W, 7rmo:K, 7rmo:O, 7rmo:S, 7rmo:b, 7rmo:Y, 7rmo:Z, 7rmo:a, 7rmo:X, 7rmo:L, 7rmo:P, 7rmo:T, 7rmv:B, 7rmv:A, 7rmv:D, 7rmv:C, 7rmv:F, 7rmv:E, 7rmv:H, 7rmv:G
2 7rkh:D 559 555 0.7848 0.7764 0.7820 0.0 7rkh:C, 7rkh:A, 7rkh:B, 7rl0:A, 7rl0:D, 7rl0:B, 7rl0:C, 7rl0:E, 7rl0:H, 7rl0:F, 7rl0:G, 7rl0:W, 7rl0:Z, 7rl0:X, 7rl0:Y, 7rl5:A, 7rl5:B, 7rl5:D, 7rl5:C, 7rl5:E, 7rl5:M, 7rl5:R, 7rl5:P, 7rl5:L, 7rl5:O, 7rl5:S, 7rl5:Q, 7rnl:B, 7rnl:C, 7rnl:D, 7rnl:A, 7rnl:H, 7rnl:K, 7rnl:N, 7rnl:E, 7rnl:I, 7rnl:L, 7rnl:O, 7rnl:F, 7rnl:J, 7rnl:M, 7rnl:P, 7rnl:G, 7rnr:A, 7rnr:B, 7rnr:F, 7rnr:E, 7rnr:Q, 7rnr:S, 7rnr:a, 7rnr:Y, 7rnr:I, 7rnr:J, 7rnr:N, 7rnr:M, 7rnr:R, 7rnr:T, 7rnr:b, 7rnr:Z, 7rnr:g, 7rnr:h, 7rnr:l, 7rnr:k
3 5u03:A 559 562 0.5895 0.5832 0.5801 0.0 7mgz:F, 7mgz:P, 7mgz:O, 7mgz:Q, 7mh0:A, 7mh0:B, 7mh0:C, 7mh0:D, 7mif:C, 7mif:G, 7mif:H, 7mif:I, 7mig:C, 7mig:A, 7mig:B, 7mig:E, 7mip:C, 7mip:D, 7mip:G, 7mip:I, 5u03:B, 5u03:C, 5u03:D
4 6pk4:A 559 563 0.5660 0.5599 0.5560 0.0 7mh1:H, 7mh1:J, 7mh1:K, 7mh1:L, 7miu:D, 7miu:C, 7miu:H, 7miu:G, 7miv:D, 7miv:C, 7miv:H, 7miv:G, 6pk4:B, 6pk4:C, 6pk4:D, 6pk7:A, 6pk7:D, 6pk7:E, 6pk7:F
5 7dpt:A 556 562 0.5570 0.5540 0.5480 0.0 7dpt:B, 7dpt:C, 7dpt:D, 7dpw:A, 7dpw:B, 7dpw:C, 7dpw:D, 8i0h:A, 8i0i:A, 8i0i:C, 8i0i:D, 8i0i:E, 7wiz:A, 7wiz:B, 7wiz:C, 7wiz:D, 7wj4:D, 7wj4:A, 7wj4:B, 7wj4:C
6 7mii:A 497 548 0.5226 0.5815 0.5274 0.0 7mih:A, 7mih:B, 7mih:C, 7mih:E, 7mii:B, 7mii:C, 7mii:E
7 8fve:B 538 554 0.4268 0.4387 0.4260 2.15e-150 2ad5:A, 2ad5:B, 8fv6:AAA, 8fv6:BBB, 8fv7:AAA, 8fv7:BBB, 8fv8:AAA, 8fv8:BBB, 8fv9:AAA, 8fv9:BBB, 8fva:AAA, 8fva:BBB, 8fvb:AAA, 8fvb:BBB, 8fvc:AAA, 8fvc:BBB, 8fvd:A, 8fvd:B, 8fve:A, 8i9o:A, 8i9o:B, 8i9o:D, 8i9o:C, 1s1m:A, 1s1m:B, 8sbr:A, 8sbr:B, 5tkv:A, 5tkv:B, 5u3c:A, 5u3c:B, 5u3c:C, 5u3c:D, 5u6r:A, 5u6r:B, 5u6r:C, 5u6r:D
8 1vco:A 531 554 0.4467 0.4652 0.4458 7.83e-146 1vcn:A
9 4zdj:A 535 545 0.4250 0.4393 0.4312 3.02e-141 4zdk:A, 4zdk:B
10 2vo1:A 235 271 0.2857 0.6723 0.5830 5.72e-105
11 3ihl:A 233 272 0.2658 0.6309 0.5404 8.22e-100 3ihl:B
12 5n29:A 265 261 0.1754 0.3660 0.3716 3.20e-47
13 4edg:A 321 166 0.0778 0.1340 0.2590 0.72 4edk:A, 4edr:A, 4edt:A, 4edv:A, 4ee1:A
14 3wxx:G 151 34 0.0235 0.0861 0.3824 1.3
15 2wta:A 212 58 0.0398 0.1038 0.3793 1.6 2wt9:A, 2wt9:B
16 3tou:A 212 75 0.0271 0.0708 0.2000 3.3 3tou:B
17 6z6f:B 661 117 0.0524 0.0439 0.2479 3.4 6z6f:A, 6z6h:A, 6z6h:B, 6z6h:F, 6z6h:G, 6z6o:A, 6z6o:B, 6z6o:E, 6z6o:F, 6z6o:I, 6z6o:J, 6z6o:M, 6z6o:N, 6z6p:K, 6z6p:L
18 3gpb:A 833 44 0.0235 0.0156 0.2955 3.5 1a8i:A, 1abb:A, 1abb:B, 1abb:C, 1abb:D, 2amv:A, 3amv:A, 1axr:A, 1b4d:A, 3bcr:A, 3bcs:A, 3bd6:A, 3bd7:A, 3bd8:A, 3bda:A, 8bzs:A, 1c50:A, 1c8k:A, 1c8l:A, 4ctm:A, 4ctn:A, 4cto:A, 3cut:A, 3cuu:A, 3cuv:A, 3cuw:A, 3e3n:A, 3e3n:B, 3e3n:D, 3e3n:F, 3e3n:G, 3e3n:H, 3e3o:B, 3ebo:A, 3ebp:A, 4ej2:A, 4eke:A, 4eky:A, 4el0:A, 4el5:A, 2f3p:A, 2f3q:A, 2f3s:A, 2f3u:A, 6f3j:A, 6f3l:A, 6f3r:A, 6f3s:A, 6f3u:A, 2fet:A, 2ff5:A, 2ffr:A, 1fs4:A, 1ftq:A, 1ftw:A, 1fty:A, 1fu4:A, 1fu7:A, 1fu8:A, 3g2h:A, 3g2i:A, 3g2j:A, 3g2k:A, 3g2l:A, 3g2n:A, 2g9r:A, 2g9v:A, 1gfz:A, 1gg8:A, 1ggn:A, 1gpa:A, 1gpa:B, 1gpa:C, 1gpa:D, 1gpb:A, 1gpy:A, 2gpb:A, 4gpb:A, 5gpb:A, 6gpb:A, 7gpb:A, 7gpb:B, 7gpb:C, 7gpb:D, 8gpb:A, 9gpb:A, 9gpb:B, 9gpb:C, 9gpb:D, 1h5u:A, 1hlf:A, 5jtt:A, 5jtu:A, 1k06:A, 1k08:A, 1kti:A, 3l79:A, 3l7a:A, 3l7b:A, 3l7c:A, 3l7d:A, 5lrc:A, 5lrd:A, 5lre:A, 5lrf:A, 1lwn:A, 1lwo:A, 5mcb:A, 5mem:A, 4mho:A, 4mhs:A, 4mi3:A, 4mi6:A, 4mi9:A, 4mic:A, 3mqf:A, 3mrt:A, 3mrv:A, 3mrx:A, 4mra:A, 3ms2:A, 3ms4:A, 3ms7:A, 3msc:A, 3mt7:A, 3mt8:A, 3mt9:A, 3mta:A, 3mtb:A, 3mtd:A, 3nc4:A, 1noi:A, 1noi:B, 1noi:C, 1noi:D, 1noj:A, 1nok:A, 3np7:A, 3np9:A, 3npa:A, 5o50:A, 5o52:A, 5o54:A, 5o56:A, 2off:A, 7onf:A, 5owy:A, 5owz:A, 5ox0:A, 5ox1:A, 5ox3:A, 5ox4:A, 1p29:A, 1p2b:A, 1p2d:A, 1p2g:A, 1p4g:A, 1p4h:A, 1p4j:A, 2pri:A, 2prj:A, 2pyd:A, 2pyi:A, 7q5i:AAA, 6qa6:A, 6qa7:A, 6qa8:A, 2qlm:A, 2qln:A, 2qn1:A, 2qn2:A, 2qn3:A, 2qn7:A, 2qn8:A, 2qn9:A, 2qnb:A, 2qrg:A, 2qrh:A, 2qrm:A, 2qrp:A, 2qrq:A, 6r0h:A, 6r0i:A, 3s0j:A, 6s4h:A, 6s4k:A, 6s4o:A, 6s4p:A, 6s4r:A, 6s51:A, 6s52:A, 2skc:A, 2skd:A, 2ske:A, 3sym:A, 3syr:A, 3t3d:A, 3t3e:A, 3t3g:A, 3t3h:A, 3t3i:A, 1uzu:A, 1wut:A, 1wuy:A, 1wv0:A, 1wv1:A, 1ww2:A, 1ww3:A, 1xc7:A, 1xkx:A, 1xl0:A, 1xl1:A, 6y55:A, 6y5c:A, 6y5o:A, 4yi3:A, 4yi5:A, 4yua:A, 6yve:AAA, 4z5x:A, 1z62:A, 1z6p:A, 1z6q:A, 1z8d:A, 3zcp:A, 3zcq:A, 3zcr:A, 3zcs:A, 3zct:A, 3zcu:A, 3zcv:A
19 1e1y:A 813 44 0.0235 0.0160 0.2955 3.5 1bx3:A, 3e3n:C, 3e3n:E, 3e3o:A, 3e3o:C, 3e3o:D, 2g9q:A, 2g9u:A, 2gj4:A, 2gm9:A, 2gpa:A, 2ieg:A, 2ieg:B, 2iei:A, 2iei:B, 1pyg:A, 1pyg:B, 1pyg:C, 1pyg:D
20 3odh:A 194 72 0.0325 0.0928 0.2500 3.7 3odh:B, 3odh:E, 3odh:F
21 1sw1:A 270 40 0.0217 0.0444 0.3000 4.9 1sw1:B, 1sw4:A, 1sw4:B
22 4zox:A 379 123 0.0615 0.0897 0.2764 8.0
23 6vtv:B 252 194 0.0759 0.1667 0.2165 9.1 6vtv:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218