Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MKVYITYGTADFLKTIVKKHPSENILLMQGQENAILIHETSGDTVFQAPHAYEVIDQVGEIKHPGFAVLANIAVTQEGRP
LFENKFKNRAGKVENEPGFEAIRVLRPLDSDTYVILTLWETERAFQDWQQSDSYSIFSRPSYVTTYFAV

The query sequence (length=149) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4jou:A 155 154 0.9866 0.9484 0.9545 4.50e-107 4fvc:A, 4fvc:B, 4fvc:C, 4fvc:D, 4fvc:E, 4fvc:F, 4oz5:A
2 3hx9:A 101 65 0.1611 0.2376 0.3692 1.39e-09 6ds7:A, 6ds7:B, 6ds8:A, 6ds8:B, 3hx9:B, 4nl5:A, 4nl5:B, 6ple:A, 6ple:B
3 8avh:B 106 50 0.1275 0.1792 0.3800 1.00e-04 8avi:A, 8avi:B
4 2zdo:D 109 72 0.1544 0.2110 0.3194 2.95e-04 2zdo:A, 2zdo:B, 2zdo:C
5 4fnh:A 110 53 0.1342 0.1818 0.3774 8.43e-04 4fnh:B, 4fni:A, 4fni:B, 3lgm:A, 3lgm:B, 3lgn:A, 3lgn:B, 3qgp:A, 3qgp:B, 2zdp:A, 2zdp:B
6 5xev:A 409 87 0.1611 0.0587 0.2759 0.12
7 1aye:A 401 77 0.1544 0.0574 0.2987 0.32 1dtd:A
8 2c1c:A 312 45 0.1141 0.0545 0.3778 0.86 2c1c:B
9 8a9c:B 520 92 0.1745 0.0500 0.2826 1.5
10 2b1x:A 441 41 0.0738 0.0249 0.2683 4.7 2b1x:C, 2b1x:E, 2b24:A, 2b24:C, 2b24:E
11 6et4:A 367 73 0.1544 0.0627 0.3151 6.0 2b0m:A, 9bkm:A, 9bkn:A, 9bko:A, 2bxv:A, 6cjf:A, 6cjf:B, 6cjg:A, 1d3g:A, 1d3h:A, 8dhf:A, 8dhg:A, 8dhh:A, 3f1q:A, 3fj6:A, 3fjl:A, 6fmd:A, 2fpt:A, 2fpv:A, 2fpy:A, 2fqi:A, 3g0u:A, 3g0x:A, 6gk0:A, 5h2z:A, 5h73:A, 5hin:A, 5hqe:A, 6idj:A, 4igh:A, 6j3b:A, 6j3c:A, 4jgd:A, 6jmd:A, 6jme:A, 4js3:A, 4jts:A, 4jtt:A, 4jtu:A, 7k2u:A, 8k4f:A, 5k9c:A, 5k9d:A, 3kvj:A, 3kvk:A, 3kvl:A, 3kvm:A, 6lp6:A, 6lp7:A, 6lp8:A, 4ls0:A, 4ls1:A, 4ls2:A, 6lzl:A, 6m2b:A, 5mut:A, 5mvc:A, 5mvd:A, 6oc0:A, 6oc1:A, 4oqv:A, 2prh:A, 2prl:A, 2prm:A, 6qu7:A, 8rak:A, 4rk8:A, 4rka:A, 4rli:A, 4rr4:A, 6syp:AAA, 3u2o:A, 8vhl:A, 8vhm:A, 6vnd:A, 3w7r:A, 2wv8:A, 8yhr:A, 4ylw:A, 7z6c:A, 5zf4:A, 5zf7:A, 5zf8:A, 5zf9:A, 5zfa:A, 5zfb:A, 4zl1:A, 4zmg:A, 3zws:A, 3zwt:A
12 7aqp:A 323 51 0.1007 0.0464 0.2941 8.7 7aru:A, 4djl:A, 4duk:A, 6f6q:A, 6f75:A, 6f79:A, 4f8z:A, 4gm5:A, 6go2:A, 4iav:A, 4ihm:A, 4ik2:A, 1obr:A, 3prt:A, 7q87:A, 3qnv:A, 8qvo:A, 6sn6:A, 6t9y:A, 6tnk:A, 3v38:A, 3v7z:A, 6z28:A
13 8yjx:B 490 57 0.1141 0.0347 0.2982 9.4

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218