Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MKVGQDKVVTIRYTLQVEGEVLDQGELSYLHGHRNLIPGLEEALEGREEGEAFQAHVPAEKAYGATGHPGIIPPHATLDF
QVEVVKVREATPEELLHGHAHPSG

The query sequence (length=104) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4odq:A 106 104 0.9615 0.9434 0.9615 9.70e-66 4odp:A, 4odr:A, 4odr:B, 7oxg:A, 7oxg:B
2 7oxj:A 156 144 0.8269 0.5513 0.5972 3.86e-44 3luo:A, 4odk:A, 4odl:B, 4odl:A, 4odm:A, 4odm:B, 4odm:C, 4odm:D, 4odn:A, 4odo:A, 4odo:C, 4odo:B, 7oxh:A, 7oxi:A, 7oxk:A
3 8xi9:A 201 92 0.3558 0.1841 0.4022 1.20e-11 1a7x:A, 1a7x:B, 1bkf:A, 1bl4:A, 1bl4:B, 8chi:A, 8chi:B, 8chj:A, 8chj:B, 8chj:C, 8chj:D, 8chk:A, 8chk:B, 8chk:C, 8chl:A, 8chl:B, 8chm:A, 1d7i:A, 1d7i:B, 1d7j:A, 1d7j:B, 2dg3:A, 2dg4:A, 2dg9:A, 4dh0:A, 8er6:A, 8er6:C, 8er6:E, 8er7:A, 8er7:C, 8er7:E, 8era:B, 1f40:A, 1fap:A, 2fap:A, 3fap:A, 4fap:A, 1fkb:A, 1fkd:A, 1fkf:A, 1fkg:A, 1fkh:A, 1fki:A, 1fki:B, 1fkj:A, 1fkl:A, 2fke:A, 1j4h:A, 1j4i:A, 1j4r:A, 1j4r:B, 1j4r:D, 6m4u:A, 6m4u:E, 6m4v:B, 6m4v:D, 6m4w:D, 6m4w:E, 6m4w:F, 1nsg:A, 6oqa:A, 6oqa:B, 6oqa:E, 6oqa:F, 8pdf:A, 8ppz:A, 1qpf:A, 1qpf:D, 1qpl:A, 1qpl:C, 1tco:C, 7u0t:B, 7u8d:A, 7u8d:B, 6vcu:A, 6vcu:C, 6vcu:D, 6vcu:B, 6yf0:A, 6yf1:A, 6yf2:A, 6yf3:A
4 1c9h:A 107 91 0.3173 0.3084 0.3626 1.16e-09 5hkg:A
5 5hua:A 113 90 0.3077 0.2832 0.3556 5.04e-09 1yat:A
6 8bk4:A 163 54 0.2019 0.1288 0.3889 5.32e-09 8p3d:A, 8p42:A, 8p42:D
7 8p3c:B 126 87 0.2596 0.2143 0.3103 9.24e-09
8 7f2j:A 117 88 0.2500 0.2222 0.2955 2.13e-08 7f2j:B, 6j2m:A
9 5b8i:C 119 62 0.2500 0.2185 0.4194 5.39e-08
10 6vrx:A 108 53 0.2019 0.1944 0.3962 8.68e-08 6vct:A, 6vrx:B, 6vrx:C, 6vrx:D
11 4giv:A 192 61 0.2115 0.1146 0.3607 1.28e-07 4dz2:A, 4dz2:B, 4dz3:A, 4dz3:B, 4fn2:A, 4fn2:B, 4g50:A, 4g50:B, 4ggq:C, 4ggq:A, 4ggq:B, 4ggq:D, 4giv:B, 5klx:A, 5klx:B, 5klx:D, 5klx:C, 2ko7:A, 2l2s:A, 6o49:A, 6o49:B, 6o4a:A, 6o4a:B, 6o4a:C, 6o4a:D, 3uf8:A, 3uqa:A, 3uqb:A, 5v8t:A, 5v8t:B, 3vaw:A
12 8bjd:A 208 95 0.2788 0.1394 0.3053 2.84e-07 8bje:A, 8bk5:A, 2vcd:A
13 4nnr:A 102 60 0.2308 0.2353 0.4000 8.05e-07 4nnr:B
14 6mke:A 117 68 0.1923 0.1709 0.2941 8.80e-07 6mke:B, 6mke:C, 6mke:D
15 6tz8:C 111 58 0.2115 0.1982 0.3793 1.04e-06 6tz8:F
16 5d75:A 120 62 0.2404 0.2083 0.4032 1.11e-06 5gpg:A, 3kz7:A, 1pbk:A
17 8z38:B 113 59 0.1923 0.1770 0.3390 7.78e-06 8z38:A
18 1q6i:A 210 87 0.3077 0.1524 0.3678 1.41e-05 1q6i:B
19 4lax:A 237 65 0.2019 0.0886 0.3231 1.33e-04 4drj:A, 4lay:A, 6rcy:A, 4tw8:A, 4tw8:B
20 4lax:A 237 75 0.2115 0.0928 0.2933 0.068 4drj:A, 4lay:A, 6rcy:A, 4tw8:A, 4tw8:B
21 7u0s:A 124 58 0.1827 0.1532 0.3276 1.55e-04 5hwc:A, 6tz7:C, 7u0s:B, 7u0u:B, 6vcv:A, 6vcv:B
22 5mgx:G 266 96 0.2404 0.0940 0.2604 0.002 5mgx:F, 5mgx:E, 5mgx:H
23 4msp:A 189 52 0.1635 0.0899 0.3269 0.004 4msp:B
24 5hw8:B 122 32 0.1538 0.1311 0.5000 0.005 5hw8:A, 5hw8:C, 5hw8:D, 5hw8:E, 5hw8:F, 5hw8:G, 5hw8:H, 6tz6:C, 6tz6:F
25 3pa7:A 124 88 0.2019 0.1694 0.2386 0.026 3ihz:A, 3ihz:B, 4itz:A, 4itz:B, 4j4o:A, 4mgv:A
26 7d80:5 432 65 0.2115 0.0509 0.3385 0.026 7d6z:h, 1w2b:5
27 1qz2:A 285 67 0.2019 0.0737 0.3134 0.087 1qz2:B
28 8a22:Bp 123 20 0.1154 0.0976 0.6000 1.4 8apn:Bp, 8apo:Bp
29 4qt3:A 125 68 0.1635 0.1360 0.2500 1.6 4j4n:A, 4j4n:B, 4j4n:C, 4qt2:A, 2vn1:A, 2vn1:B
30 6xyw:AD 60 27 0.0865 0.1500 0.3333 2.0
31 5njx:A 413 57 0.1538 0.0387 0.2807 2.1 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
32 4czm:A 336 47 0.1442 0.0446 0.3191 3.6 4czf:A, 4czg:A, 4czh:A, 4czj:A, 4czj:B, 4czk:A, 4czl:A, 4czm:B
33 5v8z:C 98 34 0.1154 0.1224 0.3529 4.8 5v8z:A, 5v90:A, 5v90:C
34 8eo4:F 95 63 0.1346 0.1474 0.2222 5.6 8e3k:F, 8e3r:F, 8e4h:F, 8e5y:F, 8ebh:F, 8ee9:F, 8ej6:F, 8ej8:F, 8ek3:F, 8ek8:F, 8ek8:E, 8ekj:F, 8eku:F, 8ekv:F, 8ekz:F, 8em9:F, 8emd:F, 8eng:F, 8eo1:F, 8eqg:F, 8eqk:F, 8eql:F, 8evh:O, 8evi:O, 8evj:O, 1pue:E, 1pue:F, 8smh:F, 8smj:F, 8sp1:F, 8t9u:F, 8vdh:F, 8vdi:F
35 3gn5:A 132 55 0.1731 0.1364 0.3273 6.0 3ga8:A, 3gn5:B, 3hi2:A, 3hi2:C, 3o9x:A, 3o9x:B
36 2vyc:A 755 35 0.1346 0.0185 0.4000 6.4 2vyc:B, 2vyc:C, 2vyc:D, 2vyc:E, 2vyc:F, 2vyc:G, 2vyc:H, 2vyc:I, 2vyc:J
37 7mq8:LH 746 12 0.0769 0.0107 0.6667 8.3 7mq9:LH, 7mqa:LH
38 6h4n:y 351 59 0.1827 0.0541 0.3220 9.0 8a3l:Y, 6h58:y, 6h58:yy

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218