Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MKLVTVIIKPFKLEDVREALSSIGIQGLTVTEVKGFGRQKGHAELYRGAEYSVNFLPKVKIDVAIADDQLDEVIDIVSKA
AYTGKIGDGKIFVAELQRVIRIRTGEADEAAL

The query sequence (length=112) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2ns1:B 113 112 0.9911 0.9823 0.9911 5.68e-76 2nuu:G, 2nuu:H, 2nuu:I, 2nuu:J, 2nuu:K, 2nuu:L
2 2gnk:A 95 112 0.8482 1.0000 0.8482 1.46e-57
3 4cnz:E 112 112 0.6786 0.6786 0.6786 2.65e-54 4cnz:C, 4cnz:F, 4co0:A, 4co0:B, 4co1:A, 4co1:B, 4co2:A, 4co2:B, 4co3:A, 4co3:B, 3mhy:A, 3mhy:C, 3mhy:B
4 4cnz:A 100 112 0.5982 0.6700 0.5982 7.26e-43 4cny:A, 4cnz:B, 4cnz:D, 4co4:A, 4co4:C, 4co4:B, 3o5t:B, 5ovo:B
5 3lf0:B 112 112 0.5357 0.5357 0.5357 1.20e-41 3lf0:C
6 3n5b:A 112 112 0.5536 0.5536 0.5536 3.83e-41 8wm7:E
7 2xbp:A 113 112 0.5446 0.5398 0.5446 1.00e-38 4aff:A, 4c3k:C, 4c3k:F, 2xul:A, 2xul:B, 2xul:C, 2xul:D, 2xul:E, 2xul:F, 2xzw:A, 2xzw:B, 2xzw:C, 2xzw:D, 2xzw:F, 2xzw:G, 2xzw:H, 2xzw:I
8 6yc7:A 105 112 0.5268 0.5619 0.5268 7.47e-38 6yc7:B, 6yc7:E, 6yc7:C
9 5l9n:A 92 109 0.5268 0.6413 0.5413 1.03e-33
10 2j9e:B 119 112 0.5268 0.4958 0.5268 2.77e-33 2j9c:A, 2j9c:C, 2j9c:B, 2j9d:C, 2j9d:E, 2j9d:F, 2j9d:I, 2j9d:J, 2j9d:L, 2j9e:A, 2j9e:C, 7p52:A
11 7p4v:A 113 112 0.5089 0.5044 0.5089 4.99e-33
12 6yc7:F 94 112 0.4643 0.5532 0.4643 1.54e-31
13 3ta1:D 115 111 0.4732 0.4609 0.4775 5.75e-31 3ta1:A, 3ta1:C, 3ta1:B, 3ta1:E, 3ta1:F, 3ta2:A, 3ta2:B, 3ta2:C
14 7p50:A 121 112 0.4375 0.4050 0.4375 2.34e-29 7p50:B, 7p50:C
15 2eg2:A 95 112 0.4821 0.5684 0.4821 3.31e-29
16 8wm7:G 94 108 0.4643 0.5532 0.4815 6.76e-29
17 3lf0:A 99 112 0.4286 0.4848 0.4286 7.37e-29
18 2rd5:D 126 109 0.4464 0.3968 0.4587 1.84e-28 2rd5:C
19 4c3k:D 101 112 0.4732 0.5248 0.4732 1.74e-27 4c3k:A, 4c3k:E, 8wm7:F, 2xzw:E
20 3ncr:C 116 112 0.4286 0.4138 0.4286 7.06e-27 3ncq:A, 3ncq:B, 3ncq:C, 3ncr:A, 3ncr:B
21 2j9d:B 103 112 0.4643 0.5049 0.4643 3.66e-25 2j9d:H, 2j9d:K
22 4usj:C 142 104 0.4286 0.3380 0.4615 9.53e-25 4usi:A, 4usi:C, 4usi:B, 4usj:D
23 1ul3:B 94 112 0.4464 0.5319 0.4464 1.83e-24 1ul3:C
24 3ta0:C 99 111 0.4196 0.4747 0.4234 8.75e-24 3ta0:A, 3ta0:B, 3ta0:D, 3ta0:E, 3ta0:F
25 4rx6:B 115 112 0.3839 0.3739 0.3839 1.23e-23 4r25:A, 4rx6:A, 4rx6:D
26 4ozn:A 116 112 0.4375 0.4224 0.4375 2.48e-22 4ozj:A, 4ozn:C
27 2o66:B 108 108 0.3839 0.3981 0.3981 5.79e-21 2o66:A, 2o66:C, 2o67:A, 2o67:B, 2o67:C
28 1v3s:A 97 110 0.3839 0.4433 0.3909 1.50e-20 1v3s:B, 1v3s:C, 1v9o:A, 1v9o:B, 1v9o:C
29 7o4x:A 103 112 0.3482 0.3786 0.3482 1.69e-18
30 4ozl:A 104 112 0.3839 0.4135 0.3839 1.40e-14 4ozn:B
31 5jtm:A 155 49 0.1339 0.0968 0.3061 0.019 5jtm:B, 5jtm:C, 5jtm:D, 5jtp:A, 5jtp:B, 5jtp:C, 5jtp:D
32 4nu7:C 227 91 0.2679 0.1322 0.3297 0.074 4nu7:A, 4nu7:B, 4nu7:D
33 4kwo:A 352 63 0.1518 0.0483 0.2698 1.2 3bld:A, 3bll:A, 3blo:A, 3eou:A, 4fr1:A, 4fr6:A, 4fsa:A, 4giy:A, 5lpp:A, 5lps:A, 6ygs:A, 6ygx:A
34 7a4k:A 382 63 0.1518 0.0445 0.2698 1.4 7a0b:A, 7a3v:A, 7a3x:A, 7a4x:A, 7a6d:A, 7a9e:A, 7adn:A, 7apl:A, 7apm:A, 2bbf:A, 3bl3:A, 3c2y:A, 4dxx:A, 4dy1:A, 4e2v:A, 1efz:A, 5egr:A, 1enu:A, 3eos:A, 1f3e:A, 6fmn:A, 4fps:A, 6fpu:A, 6fso:A, 3gc4:A, 3gc5:A, 4gcx:A, 3ge7:A, 4gg9:A, 4gh1:A, 4gh3:A, 4ghr:A, 4gi4:A, 4gkt:A, 4h6e:A, 4h7z:A, 6h7c:A, 3hfy:A, 4hqv:A, 4hsh:A, 4htb:A, 4hvx:A, 5i00:A, 5i02:A, 5i03:A, 5i06:A, 5i07:A, 5i07:B, 5i09:A, 4ipp:A, 5j9m:A, 5j9n:A, 5j9o:A, 4jbr:A, 5jgm:A, 5jgo:A, 5jsv:A, 5jsw:A, 5jt5:A, 5jt6:A, 5jt7:A, 5jxq:A, 1k4g:A, 1k4h:A, 4l56:A, 4lbu:A, 4leq:A, 5lpo:A, 5lpq:A, 5lpq:B, 5lpt:A, 5lpt:B, 1n2v:A, 5n6f:A, 2nqz:A, 2nso:A, 2oko:A, 1ozm:A, 1ozq:A, 1p0b:A, 1p0d:A, 1p0e:A, 2pot:A, 1pud:A, 4puj:A, 4puk:A, 4pul:A, 4pum:A, 4pun:A, 2pwu:A, 2pwv:A, 1pxg:A, 1q2r:A, 1q2r:B, 1q2r:C, 1q2r:D, 1q2s:A, 1q2s:B, 1q2s:C, 1q2s:D, 1q4w:A, 4q4m:A, 4q4o:A, 4q4p:A, 4q4q:A, 4q4r:A, 4q4s:A, 1q63:A, 1q65:A, 1q66:A, 4q8m:A, 4q8n:A, 4q8o:A, 4q8p:A, 4q8q:A, 4q8t:A, 4q8u:A, 4q8v:A, 4q8w:A, 2qii:A, 2qzr:A, 1r5y:A, 6rkq:A, 6rkt:A, 3rr4:A, 3s1g:A, 1s38:A, 1s39:A, 3sm0:A, 5sw3:A, 3tll:A, 3unt:A, 5uti:A, 5utj:A, 3uvi:A, 5v3c:A, 1wkd:A, 1wke:A, 1wkf:A, 1y5v:A, 1y5w:A, 1y5x:A, 1y5x:D, 6yfw:A, 6yfx:A, 6ygk:A, 6ygl:A, 6ygm:A, 6ygo:A, 6ygp:A, 6ygr:A, 6ygv:A, 6ygw:A, 6ygy:A, 6ygz:A, 6yh1:A, 6yh2:A, 6yh3:A, 6yhd:A, 6yhe:A, 6yiq:A, 6yiq:B, 6yry:A, 6yyz:A, 6z0d:A, 2z1v:A, 2z1w:A, 2z1x:A, 2z7k:A
35 6b27:A 118 52 0.1429 0.1356 0.3077 1.7 6b27:B, 6b27:C, 6b27:D, 6b27:E, 6b27:F
36 7pge:B 198 57 0.1607 0.0909 0.3158 2.4
37 3qtp:B 439 25 0.0982 0.0251 0.4400 4.9 3qtp:A
38 7vrd:A 439 29 0.0982 0.0251 0.3793 5.3 7vrd:B, 7vrd:C, 7vrd:D
39 7mvz:A 1641 28 0.0714 0.0049 0.2857 5.4 7tbi:F1, 7tbi:F2, 7tbj:F1, 7tbj:F2, 7tbk:F1, 7tbk:F2, 7tbl:F1, 7tbl:F2, 7tbm:F1, 7tbm:F2
40 7rhw:A 437 28 0.0982 0.0252 0.3929 7.2 7rhv:A, 7rhv:B, 7rhw:B, 7ri0:A, 7ri0:B
41 5n0z:A 638 45 0.1161 0.0204 0.2889 8.3 3b1t:A, 3b1u:A, 2dew:X, 2dex:X, 2dey:X, 4dkt:A, 2dw5:A, 5n0m:A, 5n0y:A, 5n1b:A, 1wda:A
42 4qtu:B 191 45 0.1071 0.0628 0.2667 8.5 4qtu:D
43 7k5k:A 545 35 0.0893 0.0183 0.2857 8.7 7k5k:B, 7k5k:C, 7k5k:D, 7k5k:E, 7k5k:F, 6wvv:A, 6wvv:B, 6wvv:C, 6wvv:D, 6wvv:E

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218