Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MKKYTCTVCGYIYNPEDGDPDNGVNPGTDFKDIPDDWVCPLCGVGKDQFEEVEE

The query sequence (length=54) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6gps:A 330 54 1.0000 0.1636 1.0000 2.19e-40 6gpx:A
2 4xnw:C 350 54 1.0000 0.1543 1.0000 4.82e-40 4xnv:A, 4xnw:A
3 6bd4:A 379 54 1.0000 0.1425 1.0000 7.01e-40
4 6iiv:A 461 54 1.0000 0.1171 1.0000 1.48e-39 1b13:A, 1b2j:A, 1b2o:A, 1b2o:B, 1be7:A, 1bfy:A, 1c09:A, 1c09:B, 1c09:C, 1fhh:A, 1fhm:A, 6iiu:A, 1irn:A, 1iro:A, 1r0h:A, 4rxn:A, 5rxn:A, 1smm:A, 1smu:A, 1smw:A, 1t9o:A, 1t9o:B, 1t9o:C, 1t9p:A, 1t9p:B, 1t9p:C, 1t9q:A
5 5xpd:A 269 52 0.9630 0.1933 1.0000 1.58e-39
6 5vbl:B 353 54 1.0000 0.1530 1.0000 2.13e-39 6knm:B, 7sus:A
7 6li2:A 347 54 1.0000 0.1556 1.0000 5.62e-39
8 6me8:A 449 53 0.9815 0.1180 1.0000 4.95e-38 6me6:A, 6me7:A, 6me9:A
9 6ln2:A 437 54 1.0000 0.1236 1.0000 5.41e-38 3c59:A, 3c5t:A, 3iol:A, 5otu:A, 5otu:C, 5otv:C, 5otv:A, 5otw:C, 5otw:A, 5otx:A, 5otx:C, 4zgm:A
10 7f1t:A 423 54 0.9815 0.1253 0.9815 1.62e-36 6akx:A, 6akx:B, 6aky:A, 5d65:B, 5d65:A, 5d65:D, 4mbs:A, 4mbs:B, 5uiw:A
11 2pve:A 52 52 0.8333 0.8654 0.8654 1.53e-29 2pve:B, 2pve:C
12 2pvx:B 54 54 0.7222 0.7222 0.7222 2.83e-26 2pvx:A, 2pvx:C, 2pvx:D, 2pvx:E, 2pvx:F, 2pvx:G, 2pvx:H
13 1yk5:A 53 53 0.6111 0.6226 0.6226 7.43e-23 2pya:A, 1yk4:A, 1yk5:B, 1yk5:C, 1yk5:D
14 2kkd:A 52 52 0.6481 0.6731 0.6731 2.11e-22 2ql0:A, 1rb9:A, 1rdv:A, 2rdv:A, 2rdv:B, 2rdv:C, 7rxn:A, 8rxn:A
15 5ai2:A 54 54 0.5741 0.5741 0.5741 1.67e-21 5ai3:A, 4ar3:A, 4ar4:A, 4ar5:A, 4ar6:A, 9bkl:A, 9bkp:A, 9bkt:A, 1bq8:A, 1bq9:A, 1brf:A, 1caa:A, 1cad:A, 1iu5:A, 1iu6:A, 4k9f:A, 3kyu:A, 3kyv:A, 3kyw:A, 3kyx:A, 3kyy:A, 5nw3:A, 5ome:A, 3ryg:A, 3rz6:A, 3rzt:A, 3ss2:A, 1vcx:A, 1zrp:A
16 2dsx:A 52 51 0.5926 0.6154 0.6275 8.73e-21 1rdg:A
17 7e0l:A 491 48 0.5741 0.0631 0.6458 4.75e-19 7e0l:B, 7e0l:K, 7e0l:M, 7wsx:A, 7wsx:B
18 2v3b:B 53 53 0.5370 0.5472 0.5472 9.90e-17
19 1dx8:A 70 52 0.4630 0.3571 0.4808 8.63e-14 1h7v:A
20 2ms3:A 57 50 0.4259 0.4035 0.4600 1.42e-13
21 1s24:A 56 52 0.4815 0.4643 0.5000 3.50e-13
22 2kn9:A 81 52 0.4630 0.3086 0.4808 1.51e-12 7a9a:A, 7a9a:B, 7a9a:C, 7a9a:D, 7a9a:E, 7a9a:F, 7a9a:G, 7a9a:H
23 8f6t:A 428 42 0.4259 0.0537 0.5476 4.36e-12
24 6rxn:A 45 50 0.4630 0.5556 0.5000 7.00e-12
25 8ito:B 74 44 0.3889 0.2838 0.4773 7.71e-11 8ito:A
26 8ouw:2 701 48 0.3148 0.0243 0.3542 0.054
27 6rax:2 605 40 0.2222 0.0198 0.3000 0.38 6raw:2, 6ray:2
28 3i74:A 642 36 0.2037 0.0171 0.3056 0.51 3i74:B
29 6asb:I 121 42 0.2593 0.1157 0.3333 0.55 6asb:C, 6asb:L
30 2hr5:A 170 48 0.2593 0.0824 0.2917 0.75 2hr5:B, 3mps:A, 3mps:B, 3mps:D, 3mps:I, 3mps:F, 3mps:K, 3mps:G, 3mps:H, 1nnq:A, 1nnq:B, 3pwf:A, 3pwf:B, 3pza:A, 3pza:B, 3qvd:A, 3qvd:B, 3qvd:C, 3qvd:D, 3qvd:E, 3qvd:F, 3qvd:G, 3qvd:H
31 8ewg:A 1017 22 0.2037 0.0108 0.5000 0.98
32 3fhz:D 166 15 0.1852 0.0602 0.6667 1.1 3cag:A, 3cag:C, 3cag:E, 3cag:B, 3cag:D, 3cag:F, 3ere:D, 3fhz:C, 3fhz:E, 3fhz:B, 3fhz:F, 3fhz:A, 3laj:C, 3laj:E, 3laj:B, 3laj:F, 3laj:A, 3laj:D, 3lap:C, 3lap:E, 3lap:B, 3lap:F, 3lap:A, 3lap:D, 2zfz:A, 2zfz:C, 2zfz:F, 2zfz:B, 2zfz:D, 2zfz:E
33 1yux:B 202 48 0.2778 0.0743 0.3125 1.2 1yux:A, 1yuz:A, 1yuz:B, 1yv1:A, 1yv1:B
34 5t53:A 187 13 0.1481 0.0428 0.6154 1.4
35 3s6h:A 436 24 0.2222 0.0275 0.5000 1.6 4kzt:A, 4kzt:B, 4kzt:X, 4kzt:Y, 3s6g:B, 3s6g:Y, 3s6h:X, 3s6h:B, 3s6h:Y
36 7w1y:2 706 42 0.2222 0.0170 0.2857 1.8 7pfo:2, 7plo:2, 8q6o:A, 8q6o:2, 8q6p:2, 7w1y:A, 6xtx:2, 6xty:2
37 8fac:A 1377 24 0.1667 0.0065 0.3750 4.2 8e04:A
38 8e05:A 1749 24 0.1667 0.0051 0.3750 4.4 8e05:B, 8e06:A
39 8b37:B 681 13 0.1296 0.0103 0.5385 4.6 8b37:A
40 6h08:B 297 21 0.2037 0.0370 0.5238 5.1 1a2f:A, 1a2g:A, 4a6z:A, 4a71:A, 4a78:A, 4a7m:A, 1aa4:A, 1ac4:A, 1ac8:A, 1aeb:A, 1aed:A, 1aee:A, 1aef:A, 1aeg:A, 1aeh:A, 1aej:A, 1aek:A, 1aem:A, 1aen:A, 1aeo:A, 1aeq:A, 1aes:A, 1aet:A, 1aeu:A, 1aev:A, 2anz:A, 2aqd:A, 2as1:A, 2as2:A, 2as3:A, 2as4:A, 2as6:A, 2b0z:A, 2b10:A, 2b10:C, 2b11:A, 2b11:C, 2b12:A, 2bcn:A, 2bcn:C, 1bej:A, 1bek:A, 1bem:A, 1bep:A, 1beq:A, 1bes:A, 7biu:A, 1bj9:A, 1bva:A, 1cca:A, 1ccb:A, 1ccc:A, 1cce:A, 1ccg:A, 1cci:A, 1ccj:A, 1cck:A, 1ccl:A, 1ccp:A, 2ccp:A, 3ccp:A, 3ccx:A, 4ccp:A, 4ccx:A, 5ccp:A, 6ccp:A, 7ccp:A, 2cep:A, 5cib:A, 5cib:C, 5cic:A, 5cic:C, 5cid:A, 5cid:C, 5cie:A, 5cie:C, 5cif:A, 5cif:C, 5cig:A, 5cig:C, 5cih:A, 5cih:C, 1cmp:A, 1cmq:A, 1cmt:A, 1cmu:A, 1cpd:A, 1cpe:A, 1cpf:A, 1cpg:A, 4cvi:A, 4cvj:A, 1cyf:A, 2cyp:A, 5d6m:A, 1dcc:A, 1dj1:A, 1dj5:A, 1ds4:A, 1dse:A, 1dsg:A, 1dso:A, 1dsp:A, 3e2n:A, 3e2o:A, 1ebe:A, 5ejt:A, 5ejx:A, 2eun:A, 2euo:A, 2eup:A, 2euq:A, 2eur:A, 2eus:A, 2eut:A, 2euu:A, 3exb:A, 2gb8:A, 6h08:A, 6h08:C, 2ia8:A, 2icv:A, 4jb4:A, 4jb4:C, 1jci:A, 1jdr:A, 4jm5:A, 4jm6:A, 4jm8:A, 4jm9:A, 4jma:A, 4jmb:A, 4jms:A, 4jmt:A, 4jmv:A, 4jmw:A, 4jmz:A, 4jn0:A, 4jpl:A, 4jpt:A, 4jpu:A, 4jqj:A, 4jqk:A, 4jqm:A, 4jqn:A, 2jti:A, 1kok:A, 1krj:A, 1kxm:A, 1kxn:A, 3m23:A, 3m25:A, 3m26:A, 3m27:A, 3m28:A, 3m29:A, 3m2a:A, 3m2b:A, 3m2c:A, 3m2d:A, 3m2e:A, 3m2f:A, 3m2g:A, 3m2h:A, 3m2i:A, 1mk8:A, 1mkq:A, 1mkr:A, 1ml2:A, 2n18:A, 4nfg:A, 4nva:A, 4nvb:A, 4nvc:A, 4nvd:A, 4nve:A, 4nvf:A, 4nvg:B, 4nvh:B, 4nvi:B, 4nvj:B, 4nvk:B, 4nvl:A, 4nvm:B, 4nvn:B, 4nvo:B, 4oq7:A, 4p4q:A, 4p4q:C, 6p41:A, 6p41:C, 6p42:A, 6p42:C, 6p43:A, 6p43:C, 2pcb:A, 2pcb:C, 2pcc:A, 2pcc:C, 3r98:A, 3r99:A, 2rbt:X, 2rbu:X, 2rbv:X, 2rbw:X, 2rbx:X, 2rby:X, 2rbz:X, 2rc0:X, 2rc1:X, 2rc2:X, 1ryc:A, 1s6v:A, 1s6v:C, 1s73:A, 1sbm:A, 1sdq:A, 1sog:A, 1stq:A, 5u5u:A, 5u5v:A, 5u5w:A, 5u5x:A, 5u5y:A, 5u5z:A, 5u60:A, 5u61:A, 1u74:A, 1u74:C, 1u75:A, 1u75:C, 5ug2:A, 2v23:A, 2v2e:A, 2x07:A, 2x08:A, 2xil:A, 2xj5:A, 2xj8:A, 4xv4:A, 4xv5:A, 4xv6:A, 4xv7:A, 4xv8:A, 4xva:A, 4xva:C, 4xva:E, 4xva:G, 6y1t:A, 6y2y:A, 2y5a:A, 2ycg:A, 1z53:A, 1zby:A, 1zbz:A
41 4fmm:B 325 19 0.2037 0.0338 0.5789 5.3 4j7q:A, 4j7q:B
42 5ui3:C 306 17 0.1667 0.0294 0.5294 6.6 5ui3:D, 5ui3:A, 5ui3:B
43 7ybu:A 670 33 0.1852 0.0149 0.3030 6.7 7ybu:B, 7ybu:D, 7ybu:F, 7ybu:H, 7ybu:J
44 3vcr:A 216 18 0.1481 0.0370 0.4444 6.7 3vcr:B
45 8k6l:A 547 31 0.1852 0.0183 0.3226 7.6
46 8hnc:A 570 31 0.1852 0.0175 0.3226 7.6 8hnd:A, 8hnh:A
47 3q9t:A 577 43 0.2222 0.0208 0.2791 9.7 3q9t:B, 3q9t:C, 5zu2:A, 5zu2:B, 5zu2:C, 5zu3:A, 5zu3:B, 5zu3:C

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218