Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MKIFFITSNPGKVREVANFLGTFGIEIVQLKHEYPEIQAEKLEDVVDFGISWLKGKVPEPFMIEDSGLFIESLKGFPGVY
SSYVYRTIGLEGILKLMEGAEDRRAYFKSVIGFYIDGKAYKFSGVTWGRISNEKRGTHGFGYDPIFIPEGSEKTFAEMTI
EEKNALSHRGKALKAFFEWLKVNLK

The query sequence (length=185) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2dvn:A 186 185 1.0000 0.9946 1.0000 4.73e-134 2dvn:B, 2dvo:A, 2e5x:A, 2zti:A
2 2mjp:A 184 181 0.4919 0.4946 0.5028 7.34e-56
3 2j4e:D 195 182 0.3568 0.3385 0.3626 7.15e-28 2j4e:A, 2j4e:B, 2j4e:C, 2j4e:E, 2j4e:F, 2j4e:G, 2j4e:H
4 3s86:A 189 190 0.3946 0.3862 0.3842 2.46e-26 3s86:B, 3s86:C, 3s86:D
5 2pyu:A 208 201 0.3568 0.3173 0.3284 3.31e-24 2q16:A, 2q16:B
6 3tqu:A 197 194 0.3514 0.3299 0.3351 1.69e-22 3tqu:B, 3tqu:C, 3tqu:D
7 6h62:A 370 56 0.0919 0.0459 0.3036 0.13 6h62:B
8 7b2i:C 389 42 0.0757 0.0360 0.3333 0.65 7ov9:C, 7ovo:C, 7ovs:C, 7owz:C
9 3hqt:B 386 35 0.0649 0.0311 0.3429 0.83 3hqt:A, 3kki:A, 3kki:B, 2wk8:A, 2wk9:A, 2wk9:B, 2wka:A, 2wka:B
10 2wk8:B 364 35 0.0649 0.0330 0.3429 0.94
11 6h42:A 393 32 0.0649 0.0305 0.3750 1.0 6h42:B, 6h45:A, 6h45:B, 7nq4:A, 8omr:A
12 6hdt:A 127 57 0.0973 0.1417 0.3158 2.1 6hdt:B, 6hdt:C, 6hdt:D
13 5nrl:A 2216 124 0.1351 0.0113 0.2016 2.2 6bk8:A, 6exn:A, 7fju:A, 7fjv:A, 7fjw:A, 7fjy:A, 7fjz:A, 7fk1:A, 7fk2:A, 7fk3:A, 7fk4:A, 7fk6:A, 7fka:A, 7fkh:A, 7fkj:A, 7fkk:A, 7fkl:A, 7fkn:A, 7fko:A, 7fkp:A, 7fkr:A, 7fkt:A, 7fkv:A, 7fkw:A, 7fkx:A, 7fl1:A, 7fl3:A, 7fl6:A, 7fl9:A, 7fla:A, 7fld:A, 7fle:A, 7flf:A, 7flg:A, 7fli:A, 7flk:A, 7fll:A, 7flm:A, 7flp:A, 7flr:A, 7flu:A, 7flx:A, 7fly:A, 7fm7:A, 7fmb:A, 7fmf:A, 7fmg:A, 7fmi:A, 7fmk:A, 7fml:A, 7fmo:A, 7fmq:A, 7fms:A, 7fmx:A, 7fmy:A, 7fn1:A, 7fn2:A, 7fn4:A, 7fne:A, 7fno:A, 7fnq:A, 7fns:A, 7fnu:A, 7fny:A, 7fo3:A, 7fo4:A, 7fo6:A, 7fo8:A, 7fok:A, 7fol:A, 7fon:A, 7foo:A, 7foq:A, 7for:A, 7foy:A, 7fp0:A, 7fp1:A, 7fp2:A, 7fp3:A, 7fp8:A, 7fpb:A, 7fpd:A, 7fpj:A, 5gap:A, 5lj3:A, 5qy4:A, 5qy6:A, 5qy8:A, 5qy9:A, 5qya:A, 5qyb:A, 5qyc:A, 5qyd:A, 5qye:A, 5qyg:A, 5qyh:A, 5r0b:A, 5r0d:A, 5r0e:A, 5r0f:A, 5r0g:A, 5r0h:A, 5r0i:A, 5r0j:A, 5r0l:A, 5r0m:A, 5st1:A, 5st3:A, 5st9:A, 5stb:A, 5stc:A, 5stn:A, 5stq:A, 5str:A, 5stu:A, 5stz:A, 5su4:A, 5su6:A, 5su8:A, 5sub:A, 5suc:A, 5sue:A, 5sug:A, 5wsg:A, 5ylz:A
14 5lqw:A 2130 124 0.1351 0.0117 0.2016 2.4
15 5gan:A 2196 124 0.1351 0.0114 0.2016 2.4 5gam:A, 5mps:A, 5mq0:A
16 7dco:A 2205 124 0.1351 0.0113 0.2016 2.5 7b9v:A, 5gm6:A, 3jcm:A, 5lj5:A, 5zwm:A, 5zwo:A
17 3veh:B 451 63 0.1081 0.0443 0.3175 2.5 2g5f:A, 2g5f:B, 3log:B, 8qc4:A, 8qc4:B, 8qn5:A, 8qn5:B, 8qn5:C, 8qn5:D, 3rv6:A, 3rv7:A, 3rv7:B, 3rv7:C, 3rv7:D, 3rv8:A, 3rv8:B, 3rv8:C, 3rv8:D, 3rv9:A, 3rv9:B, 3rv9:D, 3st6:A, 3st6:B, 3veh:A, 3veh:C, 3veh:D, 6za4:A, 6za4:C, 6za4:D, 6za5:B, 6za5:D
18 6za4:B 423 63 0.1081 0.0473 0.3175 2.6 3rv6:B, 3rv9:C
19 1pmy:A 123 35 0.0649 0.0976 0.3429 2.9
20 5wt6:A 366 65 0.0919 0.0464 0.2615 4.8 7cet:A, 7ceu:A, 6kg0:A, 6kg1:A, 5wt2:A, 5wt4:A, 7xeq:A, 7xes:A
21 6j6g:A 1913 80 0.1135 0.0110 0.2625 5.5 5gmk:A, 6j6h:A, 6j6n:A, 6j6q:A, 5y88:A
22 5er0:A 450 56 0.1081 0.0444 0.3571 6.7 5er0:B, 5er0:C, 5er0:D, 5vn0:A, 5vn0:B, 5vn0:C, 5vn0:D, 5vn0:E, 5vn0:F, 5vn0:G, 5vn0:H, 5voh:A, 5voh:B, 5voh:C, 5voh:D
23 8a9k:A 998 38 0.0865 0.0160 0.4211 7.0
24 7kzv:U 1198 38 0.0865 0.0134 0.4211 7.1 7kzt:U, 6vaa:A, 6vae:A, 6vaf:A
25 9c4g:d 214 55 0.0919 0.0794 0.3091 9.0 8crx:d, 8cvm:d

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218