Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGL
EALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVE
EWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAK
RLSPHRKTRVKVIREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNII
AVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKY
VMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHK
GYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSL
YGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNH
WVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLK
IMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIR
GILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSA
AKLDYEKKASLFDMFDF

The query sequence (length=897) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3cfo:A 906 903 0.9944 0.9845 0.9878 0.0 2atq:A, 3cfp:A, 3cfr:A, 1clq:A, 3cq8:A, 2dtu:A, 2dtu:B, 2dtu:C, 2dtu:D, 4dtj:A, 4dtm:A, 4dtn:A, 4dto:A, 4dtp:A, 4dtr:A, 4dts:A, 4dtu:A, 4dtx:A, 4du1:A, 4du3:A, 4du4:A, 2dy4:A, 2dy4:B, 2dy4:C, 2dy4:D, 4e3s:A, 7f4y:A, 7f4y:B, 4fj5:A, 4fj7:A, 4fj8:A, 4fj9:A, 4fjg:A, 4fjh:A, 4fji:A, 4fjj:A, 4fjk:A, 4fjl:A, 4fjm:A, 4fjn:A, 4fjx:A, 4fk0:A, 4fk2:A, 4fk4:A, 4i9l:A, 1ig9:A, 1ih7:A, 4j2a:A, 4j2b:A, 4j2d:A, 4j2e:A, 3kd1:E, 3kd5:E, 4khn:A, 4khq:A, 4khs:A, 4khu:A, 4khw:A, 4khy:A, 4ki4:A, 4ki6:A, 3l8b:A, 3l8b:B, 3lds:A, 3lzi:A, 3lzj:A, 4m3r:A, 4m3t:A, 4m3u:A, 4m3w:A, 4m3x:A, 4m3y:A, 4m3z:A, 4m41:A, 4m42:A, 4m45:A, 3nae:A, 3nci:A, 3ndk:A, 3ne6:A, 3ngi:A, 3nhg:A, 2oyq:C, 2oyq:D, 2ozm:A, 2ozs:A, 2p5g:A, 2p5g:C, 2p5g:D, 1q9x:A, 1q9x:B, 1q9x:C, 1q9x:D, 1q9y:A, 3qei:A, 3qep:A, 3qer:A, 3qes:A, 3qet:A, 3qev:A, 3qew:A, 3qex:A, 3qnn:A, 3qno:A, 3rma:A, 3rma:B, 3rma:C, 3rma:D, 3rmb:A, 3rmb:B, 3rmb:C, 3rmb:D, 3rmc:A, 3rmc:B, 3rmc:C, 3rmc:D, 3rmd:A, 3rmd:B, 3rmd:C, 3rmd:D, 3rwu:A, 3s9h:A, 3scx:A, 3si6:A, 3sjj:A, 3snn:A, 3spy:A, 3spz:A, 3sq0:A, 3sq1:A, 3sq2:A, 3sq4:A, 3sun:A, 3suo:A, 3sup:A, 3suq:A, 3tab:A, 3tab:B, 3tab:C, 3tab:D, 3tae:A, 3tae:C, 3tae:B, 3tae:D, 3taf:A, 3taf:B, 3taf:C, 3taf:D, 3tag:A, 3tag:C, 3tag:B, 3tag:D, 3uiq:A, 1waf:A, 1waf:B, 1waj:A
2 4i9q:B 873 900 0.9643 0.9908 0.9611 0.0 4khn:B, 2p5o:A, 2p5o:C
3 2oyq:A 848 903 0.9231 0.9764 0.9169 0.0 4i9q:A, 2oyq:B, 2p5g:B, 2p5o:B
4 1noy:B 346 365 0.2397 0.6214 0.5890 3.80e-150
5 3k57:A 782 578 0.1405 0.1611 0.2180 3.41e-14 3k58:A, 3k59:A, 3k5l:A, 3k5m:A, 3maq:A
6 3k5n:A 759 508 0.1182 0.1397 0.2087 3.53e-12
7 6s1m:A 1010 568 0.1338 0.1188 0.2113 8.24e-12 6s1n:A, 6s1o:A, 6tny:A, 6tnz:A
8 4ail:C 750 611 0.1583 0.1893 0.2324 8.69e-12 2jgu:A
9 5mdn:A 761 465 0.1104 0.1301 0.2129 2.37e-11 5mdn:B
10 8v6g:A 1050 265 0.0747 0.0638 0.2528 2.75e-09 8v6h:A, 8v6i:A, 8v6j:A
11 4k8x:A 759 456 0.1182 0.1397 0.2325 1.61e-08 6is7:A, 6is7:B, 6isf:A, 6isf:B, 6isg:A, 6ish:A, 6isi:A, 4k8z:A, 5omf:A, 5omq:A, 5omv:A, 7om3:A, 7omb:A, 7omg:A, 6q4t:A, 7rsr:A, 7rss:A, 7rsu:A, 8t3x:A, 7tqw:A, 5vu6:A, 5vu7:A, 5vu9:A
12 7b0h:F 762 474 0.1171 0.1378 0.2215 6.99e-08 7b07:A, 7b08:A, 7b0f:A, 7b0g:A, 7b0h:E, 1qqc:A, 5vu8:A, 2vwj:A, 2xhb:A
13 7kc0:A 1004 455 0.1159 0.1036 0.2286 9.83e-08 3iay:A, 6p1h:A
14 1s5j:A 727 532 0.1416 0.1747 0.2387 1.04e-07
15 1d5a:A 733 341 0.0892 0.1091 0.2346 2.30e-06
16 6wya:A 756 456 0.1059 0.1257 0.2083 2.43e-06 6wyb:A
17 8d0b:F 915 263 0.0691 0.0678 0.2357 2.53e-06 8d0k:F
18 8v1q:A 1097 353 0.0881 0.0720 0.2238 5.50e-06 8exx:A, 7luf:A, 7luf:B, 8oj6:A, 8oj7:A, 8ojb:A, 8ojd:A, 8v1r:A, 8v1s:A, 8vq2:A, 8vq2:B
19 8g99:A 1063 264 0.0680 0.0574 0.2311 6.15e-06 8g9f:A, 8g9l:A, 8g9n:A, 8g9o:A, 8ucu:A, 8ucv:A, 8ucw:A, 8v5m:A, 8v5n:A, 8v5o:A
20 9enp:A 1072 338 0.0836 0.0700 0.2219 8.51e-06 9enq:A, 8oja:A
21 7opl:A 1070 263 0.0680 0.0570 0.2319 2.30e-05 6as7:A, 9c8v:C, 8d96:C, 8d9d:C, 5exr:C, 5exr:G, 5iud:A, 5iud:D, 5iud:G, 5iud:J, 7n2m:A, 4q5v:A, 4q5v:E, 4qcl:A, 8qj7:A, 7u5c:C, 8vy3:C, 4y97:B, 4y97:D, 4y97:F, 4y97:H
22 8v1t:A 1064 353 0.0881 0.0742 0.2238 3.19e-05
23 4flu:A 758 332 0.0792 0.0937 0.2139 2.31e-04 4flt:A, 4flv:A, 4flw:A, 4flx:A, 4fly:A, 4flz:A, 4fm0:A, 4fm1:A, 4fm2:A
24 8ojc:A 395 130 0.0334 0.0759 0.2308 4.51e-04
25 8fok:1 1046 242 0.0647 0.0554 0.2397 0.001 3flo:B, 3flo:D, 3flo:F, 3flo:H, 4fxd:A, 4fxd:B, 4fyd:A, 4fyd:B
26 7uy7:E 783 68 0.0268 0.0307 0.3529 0.32
27 8tlq:A 1283 470 0.1126 0.0787 0.2149 0.94 8tlt:A, 6v93:A
28 8wpe:A 1006 59 0.0212 0.0189 0.3220 0.95 8hg1:A, 8hpa:A, 8j86:A, 8j8f:A, 8j8g:A, 8k8s:A, 8k8u:A, 5n2g:A, 8wpf:A, 8wpk:A, 8wpp:A
29 7lxd:A 1190 376 0.0870 0.0655 0.2074 1.2 6v8p:A
30 5iok:A 142 30 0.0167 0.1056 0.5000 1.5 5d7e:A, 7f4a:A, 6min:A, 6mio:A, 6miq:A
31 5xkd:A 445 27 0.0156 0.0315 0.5185 2.5 5xkd:B, 5xkd:C, 5xkd:D
32 8rqr:A 511 70 0.0245 0.0431 0.3143 2.9 7aci:A, 8aq3:A, 8aq4:A, 8b0n:A, 8b0o:A, 8b0p:A, 8q2p:A, 5vrg:A, 5vrh:A
33 7jil:p 117 38 0.0145 0.1111 0.3421 3.1
34 1a8p:A 257 79 0.0268 0.0934 0.3038 3.3
35 4jgx:B 128 78 0.0234 0.1641 0.2692 3.7 4jgx:A
36 8jxu:A 1410 100 0.0234 0.0149 0.2100 4.5 8jxq:A
37 6vkz:A 429 45 0.0190 0.0396 0.3778 6.7 6vl0:A, 6vl1:A
38 6hh2:A 174 42 0.0190 0.0977 0.4048 7.6 8fo2:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218