Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGL
EALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVE
EWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAK
RLSPHRKTRVKVIENSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISY
NIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNR
YKYVMSFDLTSFYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRK
EHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLI
NSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRD
TNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEP
KLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPF
HIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGF
TSAAKLDYEKKASLFDMFD

The query sequence (length=899) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3cfo:A 906 902 0.9933 0.9857 0.9900 0.0 2atq:A, 3cfp:A, 3cfr:A, 1clq:A, 3cq8:A, 2dtu:A, 2dtu:B, 2dtu:C, 2dtu:D, 4dtj:A, 4dtm:A, 4dtn:A, 4dto:A, 4dtp:A, 4dtr:A, 4dts:A, 4dtu:A, 4dtx:A, 4du1:A, 4du3:A, 4du4:A, 2dy4:A, 2dy4:B, 2dy4:C, 2dy4:D, 4e3s:A, 7f4y:A, 7f4y:B, 4fj5:A, 4fj7:A, 4fj8:A, 4fj9:A, 4fjg:A, 4fjh:A, 4fji:A, 4fjj:A, 4fjk:A, 4fjl:A, 4fjm:A, 4fjn:A, 4fjx:A, 4fk0:A, 4fk2:A, 4fk4:A, 4i9l:A, 1ig9:A, 1ih7:A, 4j2a:A, 4j2b:A, 4j2d:A, 4j2e:A, 3kd1:E, 3kd5:E, 4khn:A, 4khq:A, 4khs:A, 4khu:A, 4khw:A, 4khy:A, 4ki4:A, 4ki6:A, 3l8b:A, 3l8b:B, 3lds:A, 3lzi:A, 3lzj:A, 4m3r:A, 4m3t:A, 4m3u:A, 4m3w:A, 4m3x:A, 4m3y:A, 4m3z:A, 4m41:A, 4m42:A, 4m45:A, 3nae:A, 3nci:A, 3ndk:A, 3ne6:A, 3ngi:A, 3nhg:A, 2oyq:C, 2oyq:D, 2ozm:A, 2ozs:A, 2p5g:A, 2p5g:C, 2p5g:D, 1q9x:A, 1q9x:B, 1q9x:C, 1q9x:D, 1q9y:A, 3qei:A, 3qep:A, 3qer:A, 3qes:A, 3qet:A, 3qev:A, 3qew:A, 3qex:A, 3qnn:A, 3qno:A, 3rma:A, 3rma:B, 3rma:C, 3rma:D, 3rmb:A, 3rmb:B, 3rmb:C, 3rmb:D, 3rmc:A, 3rmc:B, 3rmc:C, 3rmc:D, 3rmd:A, 3rmd:B, 3rmd:C, 3rmd:D, 3rwu:A, 3s9h:A, 3scx:A, 3si6:A, 3sjj:A, 3snn:A, 3spy:A, 3spz:A, 3sq0:A, 3sq1:A, 3sq2:A, 3sq4:A, 3sun:A, 3suo:A, 3sup:A, 3suq:A, 3tab:A, 3tab:B, 3tab:C, 3tab:D, 3tae:A, 3tae:C, 3tae:B, 3tae:D, 3taf:A, 3taf:B, 3taf:C, 3taf:D, 3tag:A, 3tag:C, 3tag:B, 3tag:D, 3uiq:A, 1waf:A, 1waf:B, 1waj:A
2 4i9q:B 873 900 0.9644 0.9931 0.9633 0.0 4khn:B, 2p5o:A, 2p5o:C
3 2oyq:A 848 902 0.9221 0.9776 0.9191 0.0 4i9q:A, 2oyq:B, 2p5g:B, 2p5o:B
4 1noy:B 346 368 0.2403 0.6243 0.5870 3.72e-149
5 3k57:A 782 578 0.1402 0.1611 0.2180 4.45e-15 3k58:A, 3k59:A, 3k5l:A, 3k5m:A, 3maq:A
6 6s1m:A 1010 562 0.1313 0.1168 0.2100 2.10e-12 6s1n:A, 6s1o:A, 6tny:A, 6tnz:A
7 3k5n:A 759 511 0.1157 0.1370 0.2035 4.86e-12
8 4ail:C 750 614 0.1568 0.1880 0.2296 2.45e-10 2jgu:A
9 5mdn:A 761 469 0.1135 0.1340 0.2175 3.01e-10 5mdn:B
10 8v6g:A 1050 265 0.0734 0.0629 0.2491 6.51e-09 8v6h:A, 8v6i:A, 8v6j:A
11 7kc0:A 1004 452 0.1101 0.0986 0.2190 1.63e-07 3iay:A, 6p1h:A
12 1s5j:A 727 533 0.1413 0.1747 0.2383 3.43e-07
13 8v1q:A 1097 353 0.0879 0.0720 0.2238 3.90e-07 8exx:A, 7luf:A, 7luf:B, 8oj6:A, 8oj7:A, 8ojb:A, 8ojd:A, 8v1r:A, 8v1s:A, 8vq2:A, 8vq2:B
14 4k8x:A 759 459 0.1157 0.1370 0.2266 4.35e-07 6is7:A, 6is7:B, 6isf:A, 6isf:B, 6isg:A, 6ish:A, 6isi:A, 4k8z:A, 5omf:A, 5omq:A, 5omv:A, 7om3:A, 7omb:A, 7omg:A, 6q4t:A, 7rsr:A, 7rss:A, 7rsu:A, 8t3x:A, 7tqw:A, 5vu6:A, 5vu7:A, 5vu9:A
15 7b0h:F 762 457 0.1090 0.1286 0.2144 1.24e-06 7b07:A, 7b08:A, 7b0f:A, 7b0g:A, 7b0h:E, 1qqc:A, 5vu8:A, 2vwj:A, 2xhb:A
16 8v1t:A 1064 353 0.0879 0.0742 0.2238 2.73e-06
17 8d0b:F 915 263 0.0679 0.0667 0.2319 6.42e-06 8d0k:F
18 9enp:A 1072 345 0.0823 0.0690 0.2145 1.57e-05 9enq:A, 8oja:A
19 8g99:A 1063 264 0.0667 0.0564 0.2273 1.65e-05 8g9f:A, 8g9l:A, 8g9n:A, 8g9o:A, 8ucu:A, 8ucv:A, 8ucw:A, 8v5m:A, 8v5n:A, 8v5o:A
20 1d5a:A 733 342 0.0868 0.1064 0.2281 2.12e-05
21 6wya:A 756 459 0.1034 0.1230 0.2026 4.86e-05 6wyb:A
22 7opl:A 1070 263 0.0667 0.0561 0.2281 4.95e-05 6as7:A, 9c8v:C, 8d96:C, 8d9d:C, 5exr:C, 5exr:G, 5iud:A, 5iud:D, 5iud:G, 5iud:J, 7n2m:A, 4q5v:A, 4q5v:E, 4qcl:A, 8qj7:A, 7u5c:C, 8vy3:C, 4y97:B, 4y97:D, 4y97:F, 4y97:H
23 8ojc:A 395 130 0.0334 0.0759 0.2308 4.41e-04
24 4flu:A 758 339 0.0823 0.0976 0.2183 0.001 4flt:A, 4flv:A, 4flw:A, 4flx:A, 4fly:A, 4flz:A, 4fm0:A, 4fm1:A, 4fm2:A
25 8fok:1 1046 242 0.0634 0.0545 0.2355 0.003 3flo:B, 3flo:D, 3flo:F, 3flo:H, 4fxd:A, 4fxd:B, 4fyd:A, 4fyd:B
26 7uy7:E 783 68 0.0278 0.0319 0.3676 0.32
27 5iok:A 142 30 0.0167 0.1056 0.5000 1.5 5d7e:A, 7f4a:A, 6min:A, 6mio:A, 6miq:A
28 5xkd:A 445 27 0.0156 0.0315 0.5185 2.4 5xkd:B, 5xkd:C, 5xkd:D
29 8wpe:A 1006 59 0.0200 0.0179 0.3051 2.7 8hg1:A, 8hpa:A, 8j86:A, 8j8f:A, 8j8g:A, 8k8s:A, 8k8u:A, 5n2g:A, 8wpf:A, 8wpk:A, 8wpp:A
30 6tdu:AD 487 89 0.0245 0.0452 0.2472 2.8 6tdu:AE, 6tdu:AF, 6tdu:BD, 6tdu:BE, 6tdu:BF, 6tdy:D, 6tdy:E, 6tdy:F, 6tdz:E, 6tdz:F, 6tdz:D, 6te0:F, 6te0:D, 6te0:E
31 8rqr:A 511 70 0.0245 0.0431 0.3143 2.8 7aci:A, 8aq3:A, 8aq4:A, 8b0n:A, 8b0o:A, 8b0p:A, 8q2p:A, 5vrg:A, 5vrh:A
32 8tlq:A 1283 470 0.1112 0.0779 0.2128 2.9 8tlt:A, 6v93:A
33 1a8p:A 257 79 0.0267 0.0934 0.3038 3.2
34 7jil:p 117 38 0.0145 0.1111 0.3421 3.3
35 4jgx:B 128 78 0.0234 0.1641 0.2692 4.0 4jgx:A
36 6vkz:A 429 45 0.0189 0.0396 0.3778 6.8 6vl0:A, 6vl1:A
37 6hh2:A 174 42 0.0189 0.0977 0.4048 7.5 8fo2:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218