Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MKARELDVPGAWEITPTIHVDSRGLFFEWLTDHGFRAFAGHSLDVRQVNCSVSSAGVLRGLHFAQLPPSQAKYVTCVSGS
VFDVVVDIREGSPTFGRWDSVLLDDQDRRTIYVSEGLAHGFLALQDNSTVMYLCSAEYNPQREHTICATDPTLAVDWPLV
DGAAPSLSDRDAAAPSFEDVRASGLLPRWEQTQRFIGE

The query sequence (length=198) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2ixc:A 198 198 1.0000 1.0000 1.0000 1.31e-147 2ixc:B, 2ixc:C, 2ixc:D
2 7pwh:AAA 203 192 0.4848 0.4729 0.5000 3.34e-57
3 4hn1:C 201 184 0.4293 0.4229 0.4620 2.25e-56 4hmz:A, 4hmz:B, 4hmz:C, 4hmz:D, 4hn1:A, 4hn1:B, 4hn1:D
4 1oi6:A 202 196 0.4192 0.4109 0.4235 5.80e-50 1oi6:B
5 6ndr:A 188 177 0.3788 0.3989 0.4237 1.62e-41 6ndr:B
6 2ixh:A 184 179 0.3636 0.3913 0.4022 8.19e-41 2ixh:B, 2ixi:B, 2ixi:A, 2ixk:A, 2ixk:B
7 1dzt:A 183 168 0.3333 0.3607 0.3929 4.76e-40 1dzt:B
8 1epz:A 183 166 0.3636 0.3934 0.4337 2.13e-38
9 6c46:A 183 179 0.3384 0.3661 0.3743 1.38e-37 6c46:D
10 7pvi:AAA 199 172 0.3384 0.3367 0.3895 3.89e-36 7pvi:BBB, 7pwb:AAA, 7pwb:BBB
11 3ryk:A 175 176 0.3030 0.3429 0.3409 2.12e-29 3ryk:B
12 5buv:A 174 177 0.2929 0.3333 0.3277 3.06e-28 5buv:B
13 8dco:B 181 168 0.2374 0.2597 0.2798 7.45e-14 8db5:A, 8db5:B, 8db5:C, 8db5:D, 8db5:E, 8db5:F, 8db5:G, 8db5:H, 8dco:A
14 7m15:D 181 170 0.2323 0.2541 0.2706 3.43e-13 7an4:A, 7an4:B, 7an4:D, 7m14:A, 7m14:B, 7m14:C, 7m14:D, 7m14:E, 7m14:F, 7m15:A, 7m15:B, 7m15:C, 7m15:E, 7m15:F
15 8dcl:A 185 170 0.2172 0.2324 0.2529 9.44e-13 7anj:A, 7anj:B, 8dak:A, 8dak:B, 8dcl:B
16 2ixl:C 197 186 0.3030 0.3046 0.3226 2.13e-12 2ixl:A, 2ixl:B, 2ixl:D, 1nyw:A, 1nyw:B, 1nzc:A, 1nzc:B, 1nzc:C, 1nzc:D
17 3mmz:D 174 42 0.0758 0.0862 0.3571 0.53 3mmz:A, 3mmz:B, 3mmz:C
18 8bek:C 737 97 0.1364 0.0366 0.2784 0.69 7as0:A, 7as1:A, 7as2:A, 7as3:A, 5buh:A, 4cb4:A, 4cb5:A, 4cb6:A, 4cb6:B, 4cb7:B, 5eg7:A, 4eqk:A, 4es5:A, 4es5:B, 4es5:C, 4es5:D, 6euv:A, 6euv:I, 6euv:C, 6euv:F, 6euw:A, 6euy:A, 6euy:B, 6euy:C, 5f79:A, 5fmm:A, 5fmq:A, 8h69:C, 5jun:A, 5jur:A, 4nce:A, 4ncm:A, 7nha:C, 7nhc:C, 7nhx:C, 7ni0:C, 7nik:C, 7nil:C, 7nir:C, 7nis:C, 7nj3:C, 7nj4:C, 7nj5:C, 7nj7:C, 7nk1:C, 7nk2:C, 7nk4:C, 7nk6:C, 7nk8:C, 7nka:C, 7nkc:C, 7nki:C, 7nkr:C, 4p1u:A, 8pm0:C, 8pnp:C, 8pnq:C, 7qtl:C, 7r0e:C, 8r3k:C, 8r3l:C, 8r60:C, 8r65:C, 6rr7:C, 6s5v:AAAA, 6s5v:ABAA, 2vqz:A, 2vqz:B, 2vqz:D, 2vqz:E, 2vqz:F, 3wi1:A, 5wl0:A, 7xme:A, 7xme:B, 7xme:C, 7xme:D, 4yd0:A
19 8pij:B 127 87 0.1061 0.1654 0.2414 1.7 8piz:B
20 8tri:B 454 35 0.0808 0.0352 0.4571 2.2 7suu:A, 7suu:B, 8tri:A
21 6sxu:AAA 500 42 0.0707 0.0280 0.3333 2.4 1pz2:A, 1pz2:B, 1qw8:A, 1qw8:B, 1qw9:A, 1qw9:B, 6sxu:BBB, 6sxv:A, 6sxv:B
22 4s2r:P 615 45 0.0808 0.0260 0.3556 3.0 4s2r:Q, 4s2t:P, 4s2t:Q
23 5bx1:A 153 39 0.0657 0.0850 0.3333 3.5 3rz2:A, 3rz2:B, 1xm2:A, 1xm2:B, 1xm2:C, 1xm2:D, 1xm2:E, 1zcl:A, 1zcl:B
24 8xc1:A 660 82 0.1212 0.0364 0.2927 4.1 8hip:B, 8hip:A, 8hke:A, 8hke:B, 8xbs:A, 8xbs:B, 8xc1:B
25 8j6g:A 621 67 0.1162 0.0370 0.3433 4.1 3amo:A, 3amo:B, 1av4:A, 1avl:A, 2bt3:A, 2cfd:A, 2cfd:B, 2cfg:A, 2cfg:B, 2cfk:A, 2cfl:A, 2cfw:A, 2cg0:A, 2cg1:A, 2cwt:A, 2cwt:B, 2cwu:A, 2cwu:B, 2cwv:A, 2cwv:B, 2d1w:A, 2d1w:B, 2e2t:A, 2e2u:A, 2e2u:B, 2e2v:A, 2e2v:B, 7f8k:A, 1iqx:A, 1iqx:B, 1iu7:A, 1iu7:B, 1ivu:A, 1ivu:B, 1ivv:A, 1ivv:B, 1ivw:A, 1ivw:B, 1ivx:A, 1ivx:B, 3kii:A, 3kii:B, 3kn4:A, 6l9c:X, 1rjo:A, 1sih:A, 1sii:A, 1ui7:A, 1ui7:B, 1ui8:A, 1ui8:B, 1w4n:A, 1w4n:B, 1w5z:A, 1w6c:A, 1w6g:A, 3wa2:X, 3wa3:A, 3wa3:B, 7wir:A, 7wir:B, 7wis:A, 7wis:B, 1wmn:A, 1wmn:B, 1wmp:A, 1wmp:B, 7wno:X, 7wnp:X, 3x3x:A, 3x3x:B, 3x3y:A, 3x3y:B, 3x3z:A, 3x3z:B, 3x40:A, 3x40:B, 3x41:A, 3x41:B, 3x42:A, 3x42:B, 7ynh:A, 7ynh:B, 2yx9:A, 2yx9:B, 2zl8:A, 2zl8:B, 5zou:A, 5zou:B, 5zow:A, 5zow:B, 5zox:A, 5zox:B, 5zoy:A, 5zoy:B, 5zoz:A, 5zoz:B, 5zp0:A, 5zp0:B, 5zp1:A, 5zp1:B, 5zp2:A, 5zp2:B, 5zp3:A, 5zp3:B, 5zp4:A, 5zp4:B, 5zp5:A, 5zp5:B, 5zp6:A, 5zp6:B, 5zp7:A, 5zp7:B, 5zp8:A, 5zp8:B, 5zp9:A, 5zp9:B, 5zpa:A, 5zpa:B, 5zpb:A, 5zpb:B, 5zpc:A, 5zpc:B, 5zpd:A, 5zpd:B, 5zpe:A, 5zpe:B, 5zpf:A, 5zpf:B, 5zpg:A, 5zpg:B, 5zph:A, 5zph:B, 5zpi:A, 5zpi:B, 5zpj:A, 5zpj:B, 5zpk:A, 5zpk:B, 5zpl:A, 5zpl:B, 5zpm:A, 5zpm:B, 5zpn:A, 5zpn:B, 5zpo:A, 5zpo:B, 5zpp:A, 5zpp:B, 5zpq:A, 5zpq:B, 5zpr:A, 5zpr:B, 5zps:A, 5zps:B, 5zpt:A, 5zpt:B
26 6ahd:1 1048 62 0.0909 0.0172 0.2903 4.9 7abg:u, 7abh:u, 7abi:u, 6ah0:1, 7b0i:C, 7b91:C, 7b9c:C, 8ch6:C, 7dvq:1, 6en4:C, 7evo:1, 6ff4:u, 6ff7:u, 8h6e:2G, 8h6j:2G, 8h6k:2G, 8h6l:2G, 8hk1:1, 8i0p:1, 8i0r:1, 8i0s:1, 8i0t:1, 8i0u:1, 7omf:C, 7onb:C, 7opi:C, 7q3l:A, 7q4o:A, 7q4p:A, 8qo9:B1, 7qtt:C, 6qx9:B1, 8qxd:B1, 8qzs:B1, 8r08:B1, 8r09:B1, 8r0a:B1, 8r0b:B1, 8rm5:B1, 7vpx:1, 6y50:u, 6y5q:u, 8y7e:1, 5z56:1, 5z57:1, 5z58:1, 5zya:C
27 7qbg:E 125 96 0.1162 0.1840 0.2396 5.9 7qbg:G
28 2mki:A 203 71 0.0909 0.0887 0.2535 6.2
29 6r2j:D 329 28 0.0606 0.0365 0.4286 6.4 6r2j:A
30 4ayb:B 1103 33 0.0657 0.0118 0.3939 9.6 3hkz:B, 3hkz:J, 2pmz:B, 2pmz:R, 4v8s:AR, 4v8s:BB, 2waq:B, 2wb1:B, 2wb1:R, 2y0s:B, 2y0s:R

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218