Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MIRDIIRMGDKRLLRVAPQVTNLGSAELHALVSDMFETMGAAHGVGLAAPQIAVDLQLMVFGFPAVPLTALANAQIEPLS
DEMENGWEGCLSIPGLRAVIPRYRYIRYRGFAPDGSPIEREAEGFHARVVQHEYDHLVGRLYPSRIENFDTFGFDDVLSY
D

The query sequence (length=161) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5cy7:A 171 170 1.0000 0.9415 0.9471 4.03e-115 5cp0:A, 5cpd:A, 5cvk:A, 5cvp:A, 5cvq:A, 5cwx:A, 5cwy:A, 5cx0:A, 5cxj:A, 5cy8:A, 6ikt:A, 6iky:A, 6il0:A, 6il2:A, 4nt8:A
2 6jfc:B 161 160 0.6522 0.6522 0.6562 2.04e-71 6jfa:A, 6jfc:A, 6jfd:C, 6jfe:B, 6jff:B, 6jfn:B
3 5kob:A 171 167 0.6025 0.5673 0.5808 4.79e-66 5kob:B, 5kob:C, 5kob:D, 5vcp:A, 5vcp:B, 5vcp:C, 5vcp:D
4 5hgw:A 174 167 0.5776 0.5345 0.5569 4.26e-58 5hgw:B, 5i2b:A, 5t8z:A
5 1y6h:A 177 168 0.4099 0.3729 0.3929 1.01e-35 1sv2:A, 1sv2:B, 1szz:A, 1szz:B, 1szz:C, 1szz:D, 1szz:E, 1szz:F, 1szz:G, 1szz:H, 1vev:A, 1vev:B, 1vey:A, 1vey:B, 1vez:A, 1vez:B, 1y6h:B
6 1bs4:A 168 139 0.3540 0.3393 0.4101 1.15e-27 2ai8:A, 2ai8:B, 2ai8:C, 4al2:B, 4al3:A, 4az4:A, 1bs4:B, 1bs4:C, 1bs5:A, 1bs5:B, 1bs5:C, 1bs6:A, 1bs6:B, 1bs6:C, 1bs8:A, 1bs8:B, 1bs8:C, 1bsj:A, 1bsk:A, 1bsz:A, 1bsz:B, 1bsz:C, 7d6z:g, 1def:A, 2def:A, 1dff:A, 1g27:A, 1g27:B, 1g27:C, 1g2a:A, 1g2a:B, 1g2a:C, 3k6l:A, 3k6l:B, 2kmn:A, 1lru:A, 1lru:B, 1lru:C, 8ofe:A, 8rhr:A, 2w3t:A, 2w3u:A, 1xem:A, 1xen:A, 1xeo:A
7 1ix1:A 169 143 0.3354 0.3195 0.3776 1.27e-25 1ix1:B, 1lry:A, 1n5n:A, 1n5n:B, 1s17:A, 1s17:B
8 4dr8:A 188 162 0.3540 0.3032 0.3519 3.30e-24 4dr8:B, 4dr8:C, 4dr8:D, 4dr9:A, 4dr9:B, 4dr9:C, 4dr9:D
9 6ck7:A 172 142 0.3292 0.3081 0.3732 4.30e-23 6ck7:B, 6ck7:C, 6ck7:D
10 4wxl:C 165 134 0.3106 0.3030 0.3731 6.57e-22 4wxl:A, 4wxl:B, 4wxl:D
11 6jex:A 172 140 0.3106 0.2907 0.3571 1.18e-21 6jer:A, 6jer:B, 6jet:A, 6jet:B, 6jeu:A, 6jeu:B, 6jev:A, 6jev:B, 6jew:A, 6jew:B, 6jex:B
12 5j46:A 169 141 0.3354 0.3195 0.3830 1.40e-21
13 1ws1:A 151 149 0.3665 0.3907 0.3960 1.09e-20
14 3g5k:A 183 173 0.3230 0.2842 0.3006 3.33e-20 3g5k:B, 3g5k:C, 3g5k:D, 3g5p:A, 3g5p:B, 3g5p:C, 3g5p:D
15 3fwx:A 165 139 0.2919 0.2848 0.3381 4.69e-20 3fwx:B
16 3e3u:A 196 132 0.3106 0.2551 0.3788 1.46e-19
17 6jes:A 159 144 0.2981 0.3019 0.3333 3.04e-19 6jes:B, 6jf3:A, 6jf3:B, 6jf4:B, 6jf4:A, 6jf5:B, 6jf5:A, 6jf6:C, 6jf6:A, 6jf6:B, 6jf6:D, 6jf7:A, 6jf7:B, 6jf8:A, 6jf8:B, 6jf8:C, 6jf8:D
18 3cpm:A 184 140 0.2919 0.2554 0.3357 4.10e-19 3m6o:A, 3m6o:B, 3m6p:A, 3m6p:B, 3m6q:A, 3m6r:A, 3m6r:B, 3m6r:C, 3m6r:D, 3o3j:A, 3pn2:A, 3pn3:A, 3pn3:B, 3pn4:A, 3pn5:A, 3pn6:A, 3pn6:B
19 3oca:A 179 158 0.3168 0.2849 0.3228 4.14e-19 3oca:B, 3u04:A
20 4je6:A 193 163 0.3292 0.2746 0.3252 1.10e-18 4je6:B, 4je7:A, 4je7:B, 4je8:A, 4je8:B, 1zxz:A, 1zxz:B, 1zy0:A, 1zy0:B, 1zy1:A, 1zy1:B
21 3qu1:A 168 145 0.3106 0.2976 0.3448 1.04e-17 3qu1:B
22 3uwb:A 149 142 0.2919 0.3154 0.3310 2.08e-16 3uwa:A
23 2ew5:A 166 162 0.2857 0.2771 0.2840 1.86e-14 4e9a:A, 4e9b:A, 2ew6:A, 2ew7:A
24 2okl:A 185 177 0.3292 0.2865 0.2994 6.36e-14 2okl:B
25 6ow7:P 196 179 0.3416 0.2806 0.3073 2.45e-12 2ai7:A, 2aia:A, 2aie:P, 4eox:P, 1lm6:A, 6ow2:P, 6ow7:Q, 3str:P, 3svj:P, 3sw8:P
26 5mtc:A 137 113 0.2484 0.2920 0.3540 2.61e-12 5mtc:B, 5mtd:A, 5mtd:B, 5mte:A, 5mte:B
27 1jym:A 179 155 0.2609 0.2346 0.2710 1.36e-11 1jym:B, 1jym:C, 1jym:D, 1jym:E, 1jym:F, 1jym:G, 1jym:H, 1jym:I, 1jym:J, 1rl4:A, 1rl4:B, 1rqc:A, 1rqc:B, 1rqc:C, 1rqc:D, 1rqc:E, 1rqc:F, 1rqc:G, 1rqc:H, 1rqc:I, 1rqc:J
28 3cmd:B 188 171 0.2919 0.2500 0.2749 1.26e-10 3cmd:A, 3g6n:A, 3g6n:B
29 2os3:A 205 177 0.3230 0.2537 0.2938 7.29e-10
30 1lqy:A 184 177 0.3230 0.2826 0.2938 9.59e-10
31 5jex:A 203 188 0.3230 0.2562 0.2766 1.08e-09 5jez:A, 5jf0:A, 5jf1:A, 5jf2:A, 5jf3:A, 5jf4:A, 5jf5:A, 5jf6:A, 5jf7:A, 5jf8:A
32 2os1:A 179 173 0.3043 0.2737 0.2832 1.56e-09
33 1lm4:A 190 169 0.2795 0.2368 0.2663 5.47e-07 6jfg:A, 6jfo:A, 6jfq:A, 6jfr:A, 6jfs:A, 1lm4:B, 1lmh:A, 1lqw:A, 1lqw:B, 1q1y:A, 3u7k:A, 3u7l:A, 3u7m:A, 3u7n:A
34 3l87:A 200 175 0.2919 0.2350 0.2686 2.86e-06
35 6y1x:A 252 65 0.1304 0.0833 0.3231 0.003 6y1x:B
36 2e1q:A 1307 92 0.1739 0.0214 0.3043 0.72 6a7x:A, 6a7x:B, 6abu:A, 6abu:B, 6ac1:A, 6ac1:B, 6ac4:A, 6ac4:B, 6ad4:A, 6ad4:B, 6adj:A, 6adj:B, 6aju:A, 6aju:F, 3an1:A, 3an1:B, 3b9j:A, 3b9j:I, 2ckj:B, 2ckj:C, 2ckj:D, 2e1q:B, 2e1q:C, 2e1q:D, 2e3t:A, 2e3t:B, 3etr:A, 3etr:L, 3eub:A, 3eub:J, 3eub:S, 3eub:2, 1fiq:A, 3nrz:A, 3nrz:J, 3ns1:A, 3ns1:J, 3nvv:A, 3nvv:J, 3nvw:A, 3nvw:J, 3nvy:A, 3nvy:J, 3nvz:A, 3nvz:J, 3sr6:A, 3sr6:J, 1wyg:A, 4yrw:A, 4yrw:B, 4ysw:A, 4ysw:B, 4yty:A, 4yty:B, 4ytz:A, 4ytz:B
37 3nfu:A 441 56 0.1242 0.0454 0.3571 0.85 3nfu:B
38 3gag:A 206 64 0.1366 0.1068 0.3438 0.97 3gag:B, 3gag:C, 3gag:D
39 8j5k:5 169 70 0.1429 0.1361 0.3286 1.4 8j5k:0, 8w4o:5
40 2wg7:A 121 41 0.0870 0.1157 0.3415 2.7 2wg7:B, 2wg8:A, 2wg8:B, 2wg8:C, 2wg9:A, 2wg9:B
41 1n7u:A 554 102 0.1677 0.0487 0.2647 3.7
42 5a65:A 208 55 0.0994 0.0769 0.2909 6.7 5a64:A, 5a64:B, 5a65:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218