Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MIALSYKAFLNPYIIEVEKRLYECIQSDSETINKAAHHILSSGGKRVRPMFVLLSGFLNDTQKDDLIRTAVSLELVHMAS
LVHDDYIDNSDMRRGNTSVHIAFDKDTAIRTGHFLLARALQNIATINNSKFHQIFSKTILEVCFGEFDQMADRFNYPVSF
TAYLRRINRKTAILIEASCHLGALSSQLDEQSTYHIKQFGHCIGMSYQIIDDILDYTSDEATLGKPVGSDIRNGHITYPL
MAAIANLKEQDDDKLEAVVKHLTSTSDDEVYQYIVSQVKQYGIEPAELLSRKYGDKAKYHLSQLQDSNIKDYLEEIHEKM
LKRVY

The query sequence (length=325) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3aqb:D 325 325 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 3aqb:B, 3aqc:B, 3aqc:D
2 5h9d:A 318 320 0.4308 0.4403 0.4375 2.75e-85 5h9d:B
3 3oyr:B 328 252 0.2431 0.2409 0.3135 8.26e-43
4 6kd7:A 327 213 0.2369 0.2355 0.3615 6.01e-41
5 5ze6:A 315 228 0.2154 0.2222 0.3070 2.30e-37 3wjn:A, 3wjo:A, 5ze6:C, 5ze6:B, 5ze6:D
6 5zlf:A 293 225 0.2123 0.2355 0.3067 2.48e-36
7 3q2q:A 314 322 0.2923 0.3025 0.2950 3.94e-35
8 3aq0:C 327 299 0.2554 0.2538 0.2776 8.46e-31 3aq0:A, 3aq0:B, 3aq0:E, 3aq0:F, 3aq0:G, 3aq0:H
9 3krf:D 295 248 0.2338 0.2576 0.3065 1.03e-29 3kra:A, 3kra:D, 3krc:A, 3krc:D, 3krf:A, 3kro:A, 3kro:D, 3krp:A, 3krp:D, 3oab:A, 3oab:D, 3oac:D
10 4lls:A 300 210 0.2215 0.2400 0.3429 8.19e-29 4lls:B, 4llt:A, 4llt:B
11 4jxy:A 311 239 0.2062 0.2154 0.2803 2.41e-28
12 3oyr:A 292 202 0.1754 0.1952 0.2822 2.11e-26
13 4gp2:A 342 333 0.2892 0.2749 0.2823 3.98e-26 4gp1:A, 4gp2:B
14 3qqv:A 357 313 0.2615 0.2381 0.2716 3.51e-22
15 2j1p:A 276 200 0.1815 0.2138 0.2950 5.17e-22
16 4lfg:A 290 250 0.2154 0.2414 0.2800 1.01e-21 4lfe:A, 4lfe:B, 4lfg:B
17 5zlf:B 259 198 0.1569 0.1969 0.2576 2.53e-21
18 1rqi:A 300 231 0.2185 0.2367 0.3074 7.17e-20 2for:A, 2for:B, 1rqi:B, 1rqj:A, 1rqj:B
19 7my0:B 288 203 0.1754 0.1979 0.2808 4.05e-19 7my0:A, 7my1:AAA
20 4kkm:B 280 190 0.1692 0.1964 0.2895 3.14e-18
21 3pde:D 291 251 0.2154 0.2405 0.2789 9.63e-18 3pde:A, 3pde:B, 3pde:C
22 7my6:A 287 236 0.2092 0.2369 0.2881 1.42e-17 7my6:B
23 3q1o:A 303 231 0.2031 0.2178 0.2857 3.21e-16 3q1o:B, 3q1o:C, 3q1o:D
24 2dh4:A 326 276 0.2246 0.2239 0.2645 5.51e-16 2dh4:B, 2e8t:A, 2e8t:B, 2e8u:A, 2e8u:B, 2e8v:A, 2e8v:B, 2e8w:A, 2e8w:B, 2e8x:A, 2e8x:B, 2e90:A, 2e90:B, 2e91:A, 2e91:B, 2e92:A, 2e92:B, 2e93:A, 2e93:B, 2e94:A, 2e94:B, 2e95:A, 2e95:B, 2z4v:A, 2z4v:B, 2z4w:A, 2z4w:B, 2z4x:A, 2z4x:B, 2z4y:A, 2z4y:B, 2z4z:A, 2z4z:B, 2z50:A, 2z52:A, 2z52:B, 2z78:A, 2z78:B, 2z7h:A, 2z7h:B, 2z7i:A, 2z7i:B, 2zeu:A, 2zeu:B, 2zev:A, 2zev:B
25 3zmb:A 275 227 0.2154 0.2545 0.3084 1.70e-15 4umj:A, 4umj:B, 3zl6:A, 3zl6:B, 3zmb:B, 3zmc:A, 3zmc:B, 3zou:A, 3zou:B
26 3p41:A 283 244 0.2246 0.2580 0.2992 1.47e-14 3lsn:A
27 8f8k:A 353 238 0.1785 0.1643 0.2437 5.26e-12 8f8l:A
28 2z50:B 280 218 0.1723 0.2000 0.2569 9.52e-11
29 6r4v:C 294 238 0.1846 0.2041 0.2521 2.30e-10 6g31:A, 6g31:B, 6g31:C, 6g31:D, 6g31:F, 6g31:G, 6g31:H, 6g31:I, 6g31:J, 6g31:K, 6g31:L, 2q80:A, 2q80:B, 2q80:C, 2q80:D, 2q80:E, 2q80:F, 6r4v:A, 6r4v:F, 6r4v:E, 6r4v:B, 6r4v:D
30 7s0m:B 305 247 0.1723 0.1836 0.2267 9.84e-10 7s0m:A
31 6c56:B 267 174 0.1385 0.1685 0.2586 2.41e-09 6c57:B, 6g31:E
32 5ero:A 301 210 0.1538 0.1661 0.2381 2.50e-08 5ero:B, 5ero:C
33 3rbm:B 362 252 0.1938 0.1740 0.2500 5.98e-08 3cc9:A, 3cc9:B, 3cc9:D, 3ez3:A, 3ez3:B, 3ez3:C, 3ez3:D, 5hn7:A, 5hn7:B, 5hn7:C, 5hn7:D, 5hn7:G, 5hn7:E, 5hn7:F, 5hn7:H, 5hn8:C, 5hn9:A, 5hn9:B, 5hn9:D, 5hna:A, 5hna:B, 5hna:C, 5hna:D, 3ldw:A, 3ldw:B, 3ldw:C, 3ldw:D, 3ph7:A, 3ph7:B, 3ph7:D, 3rbm:A, 3rbm:C, 3rbm:D, 3ryw:A, 3ryw:D, 3ryw:B, 3ryw:C
34 5hn8:D 334 245 0.1815 0.1766 0.2408 5.78e-05 3cc9:C, 5hn8:A, 5hn8:B, 5hn9:C, 3ph7:C
35 4dsg:A 473 144 0.1108 0.0761 0.2500 2.41e-04 4dsg:B, 4dsh:A, 4dsh:B
36 1ubw:A 348 245 0.2000 0.1868 0.2653 3.95e-04 1ubx:A, 1uby:A
37 8a7l:A 346 255 0.1785 0.1676 0.2275 6.37e-04 8a6v:A, 8a6v:B, 8a6z:A, 8a6z:B, 8a6z:C, 8a6z:D, 8a6z:E, 8a6z:F, 8a70:A, 8a73:A, 8a73:B, 8a74:A, 8a74:B, 8a78:A, 8a7a:A, 8a7b:A, 8a7c:A, 8a7c:B, 8a7j:A, 8a7j:B, 8a7k:A, 8a7k:B, 8a7r:A, 8a7u:A
38 4dxj:A 362 328 0.2369 0.2127 0.2348 8.39e-04 4dwb:A, 4dwg:A, 4dxj:B, 4dxj:C, 4dzw:A, 4e1e:A, 3iba:A, 3ick:A, 3icm:A, 3icn:A, 3icz:A, 3id0:A, 5qpd:A, 5qpe:A, 5qpf:A, 5qpg:A, 5qph:A, 5qpi:A, 5qpj:A, 5qpk:A, 5qpl:A, 5qpm:A, 5qpn:A, 5qpo:A, 5qpp:A, 5qpq:A, 5qpr:A, 5qps:A, 5qpt:A, 5qpu:A, 5qpv:A, 5qpw:A, 5qpx:A, 5qpy:A, 5qpz:A, 5qq0:A, 5qq1:A, 5qq2:A, 5qq3:A, 5qq4:A, 5qq5:A, 5qq6:A, 5qq7:A, 5qq8:A, 5qq9:A, 5qqa:A, 5qqb:A, 6r05:A, 6r06:A, 6r07:A, 6r08:A, 6r09:A, 6r0a:A, 6r0b:A, 6sdn:A, 6sdo:A, 6sdp:A, 6sdq:A, 6se2:A, 6sf8:A, 6sf9:A, 6sfa:A, 6shv:A, 6si5:A, 6t7n:AAAA, 1yhl:A, 1yhm:A, 1yhm:B, 1yhm:C
39 4fp4:A 243 56 0.0523 0.0700 0.3036 0.010
40 4jzb:A 362 236 0.1754 0.1575 0.2415 0.019 4jzb:B, 4jzx:A, 4jzx:B, 4k10:A, 4k10:B, 4k10:D, 4k10:C, 6vjc:A, 6vjc:B, 6w7i:A, 6w7i:B, 6ww1:A, 6ww1:B
41 2o1o:A 335 224 0.1508 0.1463 0.2188 0.037 2o1o:B, 2q58:A, 2q58:B
42 7q0m:A 482 32 0.0369 0.0249 0.3750 0.39
43 3h9e:P 337 50 0.0462 0.0445 0.3000 0.58 5c7o:O, 5c7o:P, 3h9e:O, 3pfw:O, 3pfw:P
44 4dem:F 346 260 0.1877 0.1763 0.2346 2.7 3b7l:A, 5cg5:A, 5cg6:A, 3cp6:A, 5dgm:F, 5dgn:F, 5dgs:F, 5diq:F, 5djp:F, 5djr:F, 5djv:F, 2f7m:F, 2f89:F, 2f8c:F, 2f8z:F, 2f92:F, 2f94:F, 2f9k:F, 4ga3:A, 4h5c:F, 4h5d:F, 4h5e:F, 5ja0:F, 5juz:F, 4jvj:F, 5jv0:F, 5jv1:F, 5jv2:F, 4kfa:A, 4kpd:A, 4kpj:A, 4kq5:A, 4kqs:A, 4kqu:A, 5ksx:F, 4l2x:F, 4lfv:F, 4lpg:F, 4lph:F, 3n1v:F, 3n1w:F, 4n1z:F, 3n3l:F, 3n45:F, 3n46:F, 3n49:F, 3n5h:F, 3n5j:F, 3n6k:F, 6n7y:F, 6n7z:F, 6n82:F, 6n83:F, 4n9u:A, 4nfi:F, 4nfj:F, 4nfk:F, 4ng6:A, 4nke:A, 4nkf:A, 4nua:A, 6oag:F, 6oah:F, 4ogu:A, 2opm:A, 2opn:A, 4p0v:A, 4p0w:A, 4p0x:A, 4pvx:F, 4pvy:F, 4q23:A, 2qis:A, 4qpf:A, 4qxs:F, 2rah:A, 4rxa:A, 3rye:A, 3s4j:A, 2vf6:A, 5ygi:A, 1yq7:A, 1yv5:A, 1zw5:A
45 6r38:A 331 181 0.1323 0.1299 0.2376 2.9 5qt4:A, 5qt5:A, 5qt6:A, 5qt7:A, 5qt8:A, 5qt9:A, 5qta:A, 5qte:A, 5qtf:A, 5qtg:A, 5qth:A, 5qti:A, 5qtj:A, 5qtk:A, 6r37:A, 6r39:A, 6sii:A
46 6b04:A 341 42 0.0462 0.0440 0.3571 3.2 6b04:B, 6b04:C, 6b06:A, 6b06:B, 6b06:C, 6b07:A, 6b07:B, 6b07:C
47 7jj9:A 461 69 0.0615 0.0434 0.2899 4.7 7jj8:B, 7jj8:A, 7jj8:C, 7jj8:D, 7jja:A, 7jjb:A
48 3fmt:A 162 59 0.0615 0.1235 0.3390 6.0 3fmt:B, 3fmt:E, 3fmt:F, 1iu3:C, 1iu3:F, 1j3e:A, 1lrr:A, 1lrr:D
49 2ewg:A 367 42 0.0369 0.0327 0.2857 6.4 5ael:A, 5ael:B, 5afx:A, 5afx:B, 5ahu:B, 5ahu:D, 3dyf:A, 3dyf:B, 3dyg:A, 3dyg:B, 3dyh:A, 3dyh:B, 3efq:A, 3efq:B, 3egt:A, 3egt:B, 2ewg:B, 2i19:A, 2i19:B, 2ogd:A, 2ogd:B, 2p1c:A, 2p1c:B, 4rxc:A, 4rxc:B, 4rxd:A, 4rxd:B, 4rxd:C, 4rxe:A, 4rxe:B
50 4bjr:A 500 77 0.0585 0.0380 0.2468 8.5 4b0t:A, 4b0t:B, 4bjr:B
51 1buq:A 125 25 0.0338 0.0880 0.4400 9.2 1buq:B, 3m8c:B, 3m8c:D, 3m8c:C, 3myt:A, 3myt:C, 3nbr:A, 3nhx:A, 3nuv:A, 3nuv:B, 1ogz:A, 1ohp:A, 1ohp:B, 1ohp:C, 1ohp:D, 1ohs:A, 1ohs:B, 1ohs:C, 3ov4:A, 3ov4:B, 3ov4:C, 1qjg:A, 1qjg:B, 1qjg:C, 1qjg:D, 1qjg:E, 1qjg:F, 5ugi:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218