Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MHRTYSLRNSRAPTASQLQNPPPPPSTTKGRFFGKGGLAYSFRRSAAGAFGPELSRKLSQLVKIEKNVLRSMELTANERR
DAAKQLSIWGLENDDDVSDITDKLGVLIYEVSELDDQFIDRYDQYRLTLKSIRDIEGSVQPSRDRKDKITDKIAYLKYKD
PQSPKIEVLEQELVRAEAESLVAEAQLSNITRSKLRAAFNYQFDSIIEHSEKIALIAGYGKALLELLDDSPVTPGETRPA
YDGYEASKQIIIDAESALNEWTLDSAQVKPT

The query sequence (length=271) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8qbb:A 271 271 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 8qbb:J, 8qbb:F, 8qbb:B, 8qbb:C, 8qbb:I, 8qbb:D, 8qbb:E, 8qbb:K, 8qbb:L, 8qbb:G, 8qbb:M, 8qbb:H, 8qbb:N, 8qbd:A, 8qbd:B, 8qbd:C, 8qbd:I, 8qbd:D, 8qbd:J, 8qbd:E, 8qbd:K, 8qbd:F, 8qbd:L, 8qbd:G, 8qbd:M, 8qbd:H, 8qbd:N, 8qbf:A, 8qbf:B
2 6skz:A 2638 138 0.1365 0.0140 0.2681 0.070 6sl0:A, 6sl0:B
3 6sl1:A 2652 139 0.1365 0.0140 0.2662 0.093 6sky:A, 6sky:B
4 1bos:A 69 47 0.0590 0.2319 0.3404 0.18 1bos:B, 1bos:C, 1bos:D, 1bos:E, 1bos:F, 1bos:G, 1bos:H, 1bos:I, 1bos:J, 1bos:K, 1bos:L, 1bos:M, 1bos:N, 1bos:O, 1bos:P, 1bos:Q, 1bos:R, 1bos:S, 1bos:T, 1c4q:A, 1c4q:B, 1c4q:C, 1c4q:D, 1c4q:E, 2c5c:A, 2c5c:F, 2c5c:B, 2c5c:C, 2c5c:D, 2c5c:E, 2c5c:G, 2c5c:H, 2c5c:I, 2c5c:J, 1cqf:A, 1cqf:B, 1cqf:C, 1cqf:D, 1cqf:E, 1d1i:A, 1d1i:B, 1d1i:C, 1d1i:D, 1d1i:E, 1d1k:A, 1d1k:B, 1d1k:C, 1d1k:D, 1d1k:E, 1qnu:A, 1qnu:B, 1qnu:C, 1qnu:D, 1qnu:E
5 2hqm:A 461 141 0.1107 0.0651 0.2128 0.51 2hqm:B
6 6o8e:A 592 97 0.1107 0.0507 0.3093 0.92 1d9z:A, 2fdc:B, 6o8e:B, 6o8f:A, 6o8f:B, 6o8g:A
7 3db8:A 261 75 0.0775 0.0805 0.2800 1.3 3dbc:A, 3dbd:A, 3dbf:A
8 2fdc:A 505 97 0.1070 0.0574 0.2990 1.4
9 3db6:A 287 75 0.0775 0.0732 0.2800 1.6 3d5w:A, 3d5x:A, 3dbe:A
10 3kzh:A 316 53 0.0627 0.0538 0.3208 2.2 3kzh:B
11 8viw:B 545 108 0.1033 0.0514 0.2593 2.9 8vh7:A, 8vh7:B, 8vh8:A, 8vh8:B, 8vh8:C, 8vh8:D, 8viw:A, 8viw:D, 8viw:C
12 6ety:A 696 69 0.0775 0.0302 0.3043 3.0 7bfz:A, 3bhx:A, 3bi0:A, 3bi1:A, 8bo8:A, 8bol:A, 8bow:A, 3bxm:A, 2c6c:A, 2c6g:A, 2c6p:A, 2cij:A, 5d29:A, 3d7d:A, 3d7f:A, 3d7g:A, 3d7h:A, 5ely:A, 6ez9:A, 5f09:A, 6f5l:A, 6fe5:A, 6h7y:A, 6h7z:A, 6hkj:A, 6hkz:A, 3iww:A, 2jbj:A, 2jbk:A, 4jyw:A, 4jz0:A, 4lqg:A, 4mcp:A, 4mcq:A, 4mcr:A, 4mcs:A, 4ngm:A, 4ngn:A, 4ngp:A, 4ngq:A, 4ngr:A, 4ngs:A, 4ngt:A, 5o5r:A, 5o5t:A, 5o5u:A, 4oc0:A, 4oc1:A, 4oc2:A, 4oc3:A, 4oc4:A, 4oc5:A, 5of0:A, 4ome:A, 2oot:A, 2or4:A, 4p44:A, 4p45:A, 4p4b:A, 4p4d:A, 4p4e:A, 4p4f:A, 4p4i:A, 4p4j:A, 2pvv:A, 2pvw:A, 3rbu:A, 6rbc:A, 6rti:A, 6s1x:A, 6sgp:A, 3sje:A, 3sjf:A, 3sjg:A, 3sjx:A, 6skh:A, 4w9y:A, 4x3r:A, 2xef:A, 2xeg:A, 2xei:A, 2xej:A, 1z8l:A, 1z8l:B, 1z8l:C, 1z8l:D
13 8uiv:A 375 28 0.0406 0.0293 0.3929 3.7 5eow:A, 8uiq:A
14 7n6u:B 595 69 0.0738 0.0336 0.2899 4.7 5fuu:A, 5fuu:D, 5fuu:E, 5fuu:F, 6j5e:K, 7n6u:C, 7n6u:A, 7n6w:A, 7n6w:B, 7n6w:C, 6olp:C, 7ska:B, 7ska:O, 7ska:Z, 6vpx:C, 5y14:C, 5y14:A, 5y14:B, 5yc0:B, 5yc0:C, 5yc0:F
15 5jst:B 432 31 0.0554 0.0347 0.4839 4.7 5jst:A
16 6bye:A 861 42 0.0554 0.0174 0.3571 8.1 6bye:B, 6byg:A, 6byg:B, 6byi:A, 6byi:B
17 2d7d:A 621 103 0.0996 0.0435 0.2621 8.4 2nmv:A, 3v4r:B, 3v4r:A
18 6gov:B 139 41 0.0554 0.1079 0.3659 8.4 5lm7:B, 5lm7:D, 5ms0:L, 6tqn:B, 6tqo:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218