Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MGVTKELKSPGNGVDFPKKGDFVTIHYTGRLTDGSKFDSSVDRNEPFQTQIGTGRVIKGWDEGVPQMSLGEKAVLTITPD
YGYGARGFPPVIPGNSTLIFEVELLGINNKR

The query sequence (length=111) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7u0s:A 124 110 0.9820 0.8790 0.9909 2.84e-76 5hwc:A, 6tz7:C, 7u0s:B, 7u0u:B, 6vcv:A, 6vcv:B
2 6tz8:C 111 110 0.7207 0.7207 0.7273 2.60e-51 6tz8:F
3 6vrx:A 108 108 0.6306 0.6481 0.6481 7.00e-45 6vct:A, 6vrx:B, 6vrx:C, 6vrx:D
4 5hua:A 113 107 0.6216 0.6106 0.6449 8.62e-45 1yat:A
5 8xi9:A 201 108 0.5586 0.3085 0.5741 2.25e-41 1a7x:A, 1a7x:B, 1bkf:A, 1bl4:A, 1bl4:B, 8chi:A, 8chi:B, 8chj:A, 8chj:B, 8chj:C, 8chj:D, 8chk:A, 8chk:B, 8chk:C, 8chl:A, 8chl:B, 8chm:A, 1d7i:A, 1d7i:B, 1d7j:A, 1d7j:B, 2dg3:A, 2dg4:A, 2dg9:A, 4dh0:A, 8er6:A, 8er6:C, 8er6:E, 8er7:A, 8er7:C, 8er7:E, 8era:B, 1f40:A, 1fap:A, 2fap:A, 3fap:A, 4fap:A, 1fkb:A, 1fkd:A, 1fkf:A, 1fkg:A, 1fkh:A, 1fki:A, 1fki:B, 1fkj:A, 1fkl:A, 2fke:A, 1j4h:A, 1j4i:A, 1j4r:A, 1j4r:B, 1j4r:D, 6m4u:A, 6m4u:E, 6m4v:B, 6m4v:D, 6m4w:D, 6m4w:E, 6m4w:F, 1nsg:A, 6oqa:A, 6oqa:B, 6oqa:E, 6oqa:F, 8pdf:A, 8ppz:A, 1qpf:A, 1qpf:D, 1qpl:A, 1qpl:C, 1tco:C, 7u0t:B, 7u8d:A, 7u8d:B, 6vcu:A, 6vcu:C, 6vcu:D, 6vcu:B, 6yf0:A, 6yf1:A, 6yf2:A, 6yf3:A
6 5b8i:C 119 119 0.6306 0.5882 0.5882 8.58e-41
7 1c9h:A 107 106 0.5766 0.5981 0.6038 3.34e-40 5hkg:A
8 4nnr:A 102 93 0.4685 0.5098 0.5591 1.42e-33 4nnr:B
9 8p3c:B 126 106 0.5315 0.4683 0.5566 4.95e-32
10 5hw8:B 122 116 0.5045 0.4590 0.4828 5.43e-32 5hw8:A, 5hw8:C, 5hw8:D, 5hw8:E, 5hw8:F, 5hw8:G, 5hw8:H, 6tz6:C, 6tz6:F
11 4lax:A 237 104 0.4775 0.2236 0.5096 6.54e-32 4drj:A, 4lay:A, 6rcy:A, 4tw8:A, 4tw8:B
12 5njx:A 413 104 0.5045 0.1356 0.5385 5.09e-31 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
13 5njx:A 413 105 0.3243 0.0872 0.3429 1.44e-07 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
14 6mke:A 117 103 0.4595 0.4359 0.4951 1.17e-30 6mke:B, 6mke:C, 6mke:D
15 8z38:B 113 99 0.5315 0.5221 0.5960 1.94e-30 8z38:A
16 4giv:A 192 106 0.5225 0.3021 0.5472 4.76e-30 4dz2:A, 4dz2:B, 4dz3:A, 4dz3:B, 4fn2:A, 4fn2:B, 4g50:A, 4g50:B, 4ggq:C, 4ggq:A, 4ggq:B, 4ggq:D, 4giv:B, 5klx:A, 5klx:B, 5klx:D, 5klx:C, 2ko7:A, 2l2s:A, 6o49:A, 6o49:B, 6o4a:A, 6o4a:B, 6o4a:C, 6o4a:D, 3uf8:A, 3uqa:A, 3uqb:A, 5v8t:A, 5v8t:B, 3vaw:A
17 3pa7:A 124 107 0.4685 0.4194 0.4860 6.14e-28 3ihz:A, 3ihz:B, 4itz:A, 4itz:B, 4j4o:A, 4mgv:A
18 4qt3:A 125 92 0.4324 0.3840 0.5217 4.34e-27 4j4n:A, 4j4n:B, 4j4n:C, 4qt2:A, 2vn1:A, 2vn1:B
19 5d75:A 120 113 0.4505 0.4167 0.4425 6.11e-27 5gpg:A, 3kz7:A, 1pbk:A
20 7f2j:A 117 89 0.3694 0.3504 0.4607 1.22e-18 7f2j:B, 6j2m:A
21 8bk4:A 163 99 0.3784 0.2577 0.4242 3.05e-16 8p3d:A, 8p42:A, 8p42:D
22 4msp:A 189 95 0.3784 0.2222 0.4421 5.08e-16 4msp:B
23 1q6i:A 210 106 0.3964 0.2095 0.4151 7.71e-16 1q6i:B
24 8bjd:A 208 106 0.3514 0.1875 0.3679 2.97e-13 8bje:A, 8bk5:A, 2vcd:A
25 5mgx:G 266 93 0.2973 0.1241 0.3548 1.88e-10 5mgx:F, 5mgx:E, 5mgx:H
26 3htx:D 795 63 0.1892 0.0264 0.3333 0.001 3htx:A
27 7d80:5 432 58 0.1712 0.0440 0.3276 0.012 7d6z:h, 1w2b:5
28 4odq:A 106 58 0.1532 0.1604 0.2931 0.34 4odp:A, 4odr:A, 4odr:B, 7oxg:A, 7oxg:B
29 8yla:A 328 56 0.1441 0.0488 0.2857 1.1 8yla:B
30 8wt1:C 651 33 0.1171 0.0200 0.3939 1.3 8wt1:A, 8wt1:B, 8wt1:D, 8wt1:E, 8wt1:F, 8wt1:G, 8wt1:H
31 3n0a:A 335 36 0.1261 0.0418 0.3889 1.8
32 5fui:A 124 33 0.0811 0.0726 0.2727 1.9
33 7b9q:A 868 34 0.1171 0.0150 0.3824 3.4 7b9q:B
34 7b9p:A 899 34 0.1171 0.0145 0.3824 3.5
35 3w36:B 471 46 0.1351 0.0318 0.3261 5.7 3w36:A
36 5clt:A 646 38 0.1351 0.0232 0.3947 7.8 5clt:B, 5clt:C, 5clw:A, 5clw:C, 5clw:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218