Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MFLQRPKPYSDESLESFFIRVANKNGYGDVHRFLEATKRFLQDIDHNGYQTFPTDITRINPYSAKNSSSARTASFLKLAQ
LTFNEPPELLGLAINRTNMKYSPSTSAVVRGAEVFPRSLLRTHSIPCCPLCLRENGYASYLWHFQGYEYCHSHNVPLITT
CSCGKEFDYRVSGLKGICCKCKEPITLTGHEAACTVSNWLAGHESKPLPNLPKSYRWGLVHWWMGIKDSEFDHFSFVQFF
SNWPRSFHSIIEDEVEFNLEHTSELRLKDLLGRLFFGSIRLPERNLQHNIILGELLCYLENRLWQDKGLIANLKMNALEA
TVMLNCSLDQIASMVEQRILKPLDVTDYLFHFGDIFCLWLAEFQSDEFNRSFYV

The query sequence (length=374) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6uvn:J 389 387 0.9973 0.9589 0.9638 0.0 8fuk:J, 6lnd:K, 6uvn:I, 6v9p:A, 6v9q:J, 6v9q:I, 6vbw:I, 6vbw:J
2 7u5d:I 387 362 0.2594 0.2506 0.2680 2.93e-41 7u5e:I
3 7qq6:B 275 107 0.0749 0.1018 0.2617 1.7 7qq6:A, 7qq6:C, 7qq6:D, 7qwk:B, 7qwk:H, 7qwk:D, 7qwk:G
4 5go5:A 152 53 0.0481 0.1184 0.3396 2.1
5 8fcu:P 327 77 0.0615 0.0703 0.2987 4.0 8fcv:P, 8ff4:P
6 2qm3:A 338 45 0.0428 0.0473 0.3556 4.4
7 7dcp:x 670 99 0.0615 0.0343 0.2323 4.6 7dco:x, 7dd3:x
8 8gja:F 342 112 0.0668 0.0731 0.2232 6.2 8gja:B, 8gja:D
9 9ja1:A 1286 72 0.0561 0.0163 0.2917 6.8
10 8tvs:A 1316 72 0.0561 0.0160 0.2917 6.8
11 8tug:A 1367 72 0.0561 0.0154 0.2917 7.3 8tvp:A, 8tvq:A, 8tvv:A, 8tvw:A, 8tvx:A
12 8u9x:A 1398 72 0.0561 0.0150 0.2917 8.2 6blo:A, 6blp:A, 6bm2:A, 6bm4:A, 6bqf:A, 1i6h:A, 7ked:A, 1nik:A, 1r5u:A, 1r9s:A, 7rim:A, 7rip:A, 7riw:A, 7rix:A, 7riy:A, 8u9r:A, 8ukq:A, 8ukr:A, 8uks:A, 8ukt:A, 8uku:A, 6upx:A, 6upy:A, 6upz:A, 6uq0:A, 6uq1:A, 6uq2:A, 6uq3:A, 5w4u:A, 5w51:A
13 4thi:A 362 40 0.0348 0.0359 0.3250 8.4
14 1k83:A 1366 72 0.0561 0.0154 0.2917 8.5 1twa:A, 1twc:A, 1twg:A, 1twh:A
15 8cen:A 1508 72 0.0561 0.0139 0.2917 8.6 4a3b:A, 4a3c:A, 4a3d:A, 4a3e:A, 4a3f:A, 4a3g:A, 4a3i:A, 4a3j:A, 4a3k:A, 4a3l:A, 4a3m:A, 4a93:A, 2b63:A, 2b8k:A, 4bbr:A, 4bbs:A, 4bxx:A, 4bxz:A, 4by1:A, 4by7:A, 5c3e:A, 5c44:A, 5c4a:A, 5c4x:A, 8ceo:A, 2e2h:A, 2e2i:A, 2e2j:A, 3fki:A, 5fmf:A, 5fyw:A, 5fz5:A, 3gtj:A, 3gtl:A, 3gtm:A, 3gto:A, 3gtp:A, 3gtq:A, 6gyk:A, 6gyl:A, 6gym:A, 3h3v:B, 3hou:A, 3hou:M, 3hov:A, 3how:A, 3hox:A, 3hoy:A, 3hoz:A, 1i3q:A, 3i4m:A, 3i4n:A, 1i50:A, 6i84:A, 5ip7:A, 5ip9:A, 3j0k:A, 2ja5:A, 2ja6:A, 2ja7:A, 2ja7:M, 2ja8:A, 8jch:A, 3k1f:A, 8k5p:A, 3k7a:A, 7kee:A, 7kef:A, 3m3y:A, 3m4o:A, 7mei:a, 7mei:A, 7mk9:A, 7mka:a, 7ml0:A, 7ml1:A, 7ml2:A, 7ml4:A, 7nkx:A, 7nky:A, 2nvq:A, 2nvt:A, 2nvx:A, 2nvy:A, 2nvz:A, 7o4i:A, 7o4j:A, 6o6c:A, 7o72:A, 7o73:A, 7o75:A, 5oqj:A, 5oqm:A, 5ot2:A, 3po2:A, 3po3:A, 3qt1:A, 2r7z:A, 1r9t:A, 2r92:A, 2r93:A, 7riq:A, 3rzd:A, 3rzo:A, 3s14:A, 3s15:A, 3s16:A, 3s17:A, 3s1m:A, 3s1n:A, 3s1q:A, 3s1r:A, 3s2d:A, 3s2h:A, 1sfo:A, 5sva:A, 1twf:A, 5u5q:A, 4v1m:A, 4v1n:A, 4v1o:A, 2vum:A, 1wcm:A, 4x67:A, 4x6a:A, 1y1v:A, 1y1w:A, 4y52:A, 1y77:A, 4y7n:A, 2yu9:A, 7zs9:A, 7zsa:A, 7zsb:A
16 5vvs:A 1455 72 0.0561 0.0144 0.2917 8.8 5c4j:A, 3gtg:A, 3gtk:A, 8tvy:A, 5vvr:A
17 3cqz:A 1349 72 0.0561 0.0156 0.2917 8.9

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218