Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MFAKGTEITHAVVIKKLNEILQARGKKGTDRAAQIELLQLLVQIAAENNLGEGVIVKIKFNIIASLYDYNPNLATYMKPE
MWGKCLDCINELMDILFANPNIFVGENILEESENLHNADQPLRVRGCILTLVERMDEEFTKIMQNTDPHSQEYVEHLKDE
AQVCAIIERVQRYLEEKGTTEEVCRIYLLRILHTYYKFDYKAHQRQNEGEDSAVLMERLCKYIYAKDRTDRIRTCAILCH
IYHHALHSRWYQARDLMLMSHLQDNIQHADPPVQILYNRTMVQLGICAFRQGLTKDAHNALLDIQSSGRAKELLGQGLLL
RSLQERNQEQEKVERRRQVPFHLHINLELLECVYLVSAMLLEIPYMAAHESDARRRMISKQFHHQLRVGERQPLLGPPES
MREHVVAASKAMKMGDWKTCHSFIINEKMNGKVWDLFPEADKVRTMLVRKIQEESLRTYLFTYSSVYDSISMETLSDMFE
LDLPTVHSIISKMIINEELMASLDQPTQTVVMHRTEPTAQQNLALQLAEKL

The query sequence (length=531) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8pj1:y 731 531 1.0000 0.7264 1.0000 0.0 6fec:2, 8pj4:y, 8pj5:y, 8pj6:y, 8ppl:Iy, 7qp6:y, 8rg0:y, 6w2s:2, 6w2t:2, 6ybw:y, 6zmw:y
2 8oz0:J 687 545 0.9962 0.7700 0.9706 0.0 8pj2:y, 8pj3:y, 7qp7:y
3 7a09:C 633 529 0.9567 0.8025 0.9603 0.0 8xxn:3C, 6zon:C, 6zp4:C, 6zvj:C
4 3jap:p 634 544 0.3164 0.2650 0.3088 1.01e-73 6fyx:q, 6fyy:q
5 6gsn:q 675 544 0.3164 0.2489 0.3088 3.36e-73 8cah:q, 8cas:q, 6gsm:q, 8s8e:p, 4uer:c, 6zce:q, 6zu9:q
6 7ase:C 696 473 0.2053 0.1566 0.2304 7.88e-26
7 5veu:L 448 115 0.0471 0.0558 0.2174 0.15 7lad:A, 8sg5:H, 7sv2:D, 5veu:E
8 5veu:C 469 115 0.0471 0.0533 0.2174 0.18 6mjm:A, 8sg5:A, 8sg5:B, 8sg5:C, 8sg5:D, 8sg5:E, 8sg5:F, 8sg5:G, 7sv2:A, 7sv2:B, 7sv2:C, 5veu:A, 5veu:B, 5veu:D, 5veu:F, 5veu:G, 5veu:H, 5veu:I, 5veu:J, 5veu:K
9 7kyj:B 194 33 0.0226 0.0619 0.3636 1.9 6edd:A, 6edd:B, 6edv:A, 7kpp:A, 7kpp:B, 7kps:A, 7kps:B, 7kye:A, 7kyj:A
10 1mpa:H 225 87 0.0377 0.0889 0.2299 2.3 2mpa:H
11 8dh1:L 702 23 0.0245 0.0185 0.5652 2.7
12 2qtl:A 448 128 0.0659 0.0781 0.2734 2.7 2qtz:A
13 8dh4:I 821 28 0.0245 0.0158 0.4643 3.5 8dh0:J
14 7kvj:A 415 113 0.0452 0.0578 0.2124 5.4
15 5te8:B 471 113 0.0452 0.0510 0.2124 5.8 5a1p:A, 5a1r:A, 6bcz:A, 6bd5:A, 6bd6:A, 6bd7:A, 6bd8:A, 6bdi:A, 6bdk:A, 6bdm:A, 4d6z:A, 4d75:A, 4d78:A, 4d7d:A, 6da2:A, 6da3:A, 6da5:A, 6da8:A, 6daa:A, 6dac:A, 6dag:A, 6daj:A, 6dal:A, 8dyc:A, 8ewe:A, 8ewl:A, 8ewp:A, 8ewq:A, 8ewr:A, 8ews:A, 5g5j:A, 4i3q:A, 4i4g:A, 4i4h:A, 2j0d:A, 4k9t:A, 4k9u:A, 4k9v:A, 4k9w:A, 4k9w:B, 4k9w:C, 4k9w:D, 4k9x:A, 7ks8:A, 7kvh:A, 7kvi:A, 7kvk:A, 7kvk:B, 7kvm:A, 7kvn:A, 7kvn:B, 7kvo:A, 7kvo:B, 7kvp:A, 7kvq:A, 7kvq:B, 7kvs:A, 7lxl:A, 6ma6:A, 6ma7:A, 6ma8:A, 3nxu:A, 3nxu:B, 4ny4:A, 6oo9:A, 6ooa:A, 6oob:A, 8so1:A, 8so2:A, 8spd:A, 5te8:A, 5te8:C, 3tjs:A, 1tqn:A, 3ua1:A, 7ufa:A, 7ufb:A, 7ufc:A, 7ufd:A, 7ufe:A, 7ufe:B, 7uff:B, 6une:A, 6ung:A, 6unh:A, 6unk:A, 2v0m:A, 2v0m:B, 2v0m:C, 2v0m:D, 5vc0:A, 5vcc:A, 5vcd:A, 5vce:A, 5vcg:A, 1w0e:A, 1w0f:A, 1w0g:A
16 2j0d:B 445 114 0.0452 0.0539 0.2105 6.5 9bbb:A, 6bdh:A, 6dab:A, 8ewd:A, 8ewm:A, 8ewn:A, 8exb:A, 7ksa:A, 7kvh:B, 7kvs:B, 7uay:A, 7uaz:A, 7uf9:A, 6uni:A, 6unj:A, 6unj:B, 6unl:A, 6unm:A, 6unm:B
17 4mgz:E 632 67 0.0339 0.0285 0.2687 8.4 3cf6:E, 4mgi:E, 4mgk:E, 4mgy:E, 4mh0:E
18 8hmf:A 533 37 0.0207 0.0206 0.2973 9.5 8hme:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218