Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
METYTVKLGSDKGLLVFEPAKLTIKPGDTVEFLNNKVPPHNVVFDAALNPAKSADLAKSLSHKQLLMSPGQSTSTTFPAD
APAGEYTFYCEPHRGAGMVGKITVAG

The query sequence (length=106) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2gim:A 106 106 1.0000 1.0000 1.0000 1.28e-75 2cj3:A, 2cj3:B, 1fa4:A, 2gim:C, 1nin:A, 1tu2:A
2 4r0o:A 106 106 0.6321 0.6321 0.6321 7.51e-49 1baw:A, 1baw:B, 1baw:C, 3bqv:A, 3cvb:A, 3cvb:B, 3cvc:A, 3cvd:A, 3cvd:B, 3cvd:C, 2q5b:A, 2q5b:B, 2q5b:C, 4r0o:B, 4r0o:C, 4r0o:D, 2w88:A, 2w88:B, 2w88:C, 2w8c:A, 2w8c:B
3 1j5c:A 98 100 0.5189 0.5612 0.5500 2.57e-33 1j5d:A, 1jxd:A, 1jxf:A, 1pcs:A
4 1bxu:A 91 103 0.4717 0.5495 0.4854 1.03e-30 1bxv:A
5 2plt:A 98 100 0.5000 0.5408 0.5300 4.05e-28 7zqe:M
6 1b3i:A 97 99 0.4717 0.5155 0.5051 6.28e-26 2b3i:A, 2jxm:A
7 9pcy:A 99 99 0.4151 0.4444 0.4444 2.00e-22
8 1ag6:A 99 100 0.4340 0.4646 0.4600 6.16e-22 1oow:A, 2pcf:A, 1tef:A, 1tef:B, 1teg:A, 1teg:B, 1ylb:B
9 1jxg:A 100 99 0.3962 0.4200 0.4242 1.22e-21 4dp7:X, 4dp8:X, 4dp9:X, 4dpa:X, 4dpb:X, 4dpc:X, 1jxg:B, 3pcy:A, 4pcy:A, 5pcy:A, 6pcy:A, 1plc:A, 1pnc:A, 1pnd:A, 1tkw:A
10 1pla:A 97 99 0.4151 0.4536 0.4444 1.32e-21 1plb:A
11 6yez:P 99 99 0.4151 0.4444 0.4444 2.21e-21 6zoo:P
12 4dp0:X 99 100 0.4057 0.4343 0.4300 2.52e-21 4dp1:X, 4dp2:X, 4dp4:X, 4dp5:X, 4dp6:X
13 1byo:A 99 100 0.4340 0.4646 0.4600 4.52e-20 1byo:B, 1byp:A
14 1iuz:A 98 99 0.3962 0.4286 0.4242 1.52e-19
15 7pcy:A 98 99 0.3962 0.4286 0.4242 5.16e-19
16 2bz7:A 102 103 0.3491 0.3627 0.3592 3.36e-11 2bzc:A, 1kdi:A, 1kdj:A
17 6akn:A 124 104 0.3585 0.3065 0.3654 6.80e-08 6akn:B, 1bqk:A, 1bqr:A, 8hm9:A, 8hm9:B, 6ifp:A, 6ifp:C, 2jkw:A, 2jkw:B, 2ux6:A, 2ux7:A, 2uxf:A, 2uxg:A, 5wv4:A, 5wv4:B, 5xmo:A, 5y23:A, 5y23:B, 4yl4:A, 5ysg:A, 5ysg:B, 5ysg:C, 5ysg:D, 5yw3:A, 5yw3:B, 5yw3:C, 5yw3:D, 5z0x:A, 5z0x:B, 1zia:A, 1zib:A, 5ztd:A, 5ztd:B
18 3tu6:A 127 107 0.3113 0.2598 0.3084 3.07e-07
19 1pmy:A 123 93 0.2925 0.2520 0.3333 3.09e-07
20 3c75:A 106 84 0.2547 0.2547 0.3214 6.96e-07 3c75:B, 1id2:A, 1id2:B, 1id2:C
21 1aac:A 105 94 0.2925 0.2952 0.3298 1.09e-06 1aan:A, 1bxa:A, 2gb2:A, 2gba:A, 2gc4:C, 2gc4:G, 2gc4:K, 2gc4:O, 2idq:A, 2ids:A, 2idt:A, 2idu:A, 3ie9:A, 3iea:A, 2j55:A, 2j55:B, 2j56:A, 2j56:B, 2j57:A, 2j57:B, 2j57:C, 2j57:D, 3l45:A, 1mda:A, 1mda:B, 1mg2:C, 1mg2:G, 1mg2:K, 1mg2:O, 1mg3:C, 1mg3:G, 1mg3:K, 1mg3:O, 2mta:A, 2ov0:A, 4p5r:A, 4p5s:A, 3ply:A, 3ply:B, 3ply:C, 3ply:D, 2qdv:A, 2qdw:A, 2rac:A, 3rym:A, 3rym:C, 3rym:B, 3rym:D, 1sf3:A, 1sf5:A, 1sfd:A, 1sfd:B, 1sfh:A, 1sfh:B, 1t5k:A, 1t5k:B, 1t5k:C, 1t5k:D
22 8k9n:A 125 104 0.2830 0.2400 0.2885 1.52e-04 8k9p:A, 3nyk:A, 2p80:D, 1paz:A, 3paz:A, 4paz:A, 5paz:A, 6paz:A, 7paz:A, 8paz:A, 1py0:A, 1pza:A, 1pzb:A, 4rh4:A, 5x31:A, 5x31:B
23 1adw:A 123 94 0.2642 0.2276 0.2979 3.58e-04 1adw:B, 4bwt:A, 4bwt:B, 4bwu:A, 4bwu:B, 4bxv:A, 4bxv:B, 3erx:A, 3erx:B
24 6kol:A 125 122 0.3491 0.2960 0.3033 6.59e-04 6l9s:A
25 2n0m:A 130 51 0.1792 0.1462 0.3725 0.010 3ay2:A, 3ay2:B
26 5b1j:C 124 96 0.2547 0.2177 0.2812 0.024 3ef4:A, 3ef4:B, 3ef4:C
27 7d3e:C 1380 62 0.1887 0.0145 0.3226 0.31 7d3e:A, 7d3f:C, 7d3f:A
28 7aq4:B 588 41 0.1604 0.0289 0.4146 0.64 7apy:A, 7apy:B, 7aq0:A, 7aq0:B, 7aq2:A, 7aq2:B, 7aq3:A, 7aq3:B, 7aq4:A, 7aq5:A, 7aq5:B, 7aq6:A, 7aq6:B, 7aq7:A, 7aq7:B, 7aq8:A, 7aq8:B, 7aq9:A, 7aq9:B, 7aqa:A, 7aqa:B, 7qba:H, 7qba:I, 6rkz:A, 6rkz:B, 6rl0:A, 6rl0:B, 6rl0:C, 6rl0:D, 3sbp:A, 3sbp:B, 3sbp:C, 3sbp:D, 3sbp:E, 3sbp:F, 3sbp:G, 3sbp:H, 3sbq:A, 3sbq:B, 3sbr:A, 3sbr:B, 3sbr:C, 3sbr:D, 3sbr:E, 3sbr:F, 3sbr:G, 3sbr:H, 6y6y:A, 6y6y:B, 6y71:A, 6y71:B, 6y72:A, 6y72:B, 6y77:A, 6y77:B, 6y7d:A, 6y7d:B, 6y7e:A, 6y7e:B
29 2aan:A 123 120 0.3208 0.2764 0.2833 1.5
30 4ozt:U 195 37 0.1226 0.0667 0.3514 1.5
31 6eqs:D 275 41 0.1415 0.0545 0.3659 1.6 6ace:A, 6acl:A, 6aco:A, 6acp:A, 2b4y:A, 2b4y:B, 2b4y:C, 2b4y:D, 5bwl:A, 6eqs:A, 6eqs:B, 6eqs:C, 4f4u:A, 4f4u:B, 4f56:A, 4f56:B, 4g1c:A, 4g1c:B, 8gbl:A, 8gbl:B, 8gbn:A, 8gbn:B, 4hda:A, 4hda:B, 6ljk:A, 6ljm:A, 6ljn:A, 2nyr:A, 2nyr:B, 3rig:A, 3rig:B, 3riy:B, 3riy:A, 7x3p:A, 5xhs:A
32 3aw5:A 438 33 0.0943 0.0228 0.3030 4.2 6k3d:A, 8p4g:A, 8p4g:B
33 3t3o:A 553 36 0.1321 0.0253 0.3889 5.2 3bk1:A, 3bk2:A, 3t3n:A
34 2vos:A 448 22 0.1038 0.0246 0.5000 6.8 2vor:A
35 4hcf:B 96 22 0.0943 0.1042 0.4545 9.7 4hcf:A, 4hcg:A, 4hcg:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218