Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQ
CFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADD
DLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGAENRGALPLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKI
IEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASR

The query sequence (length=267) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8b08:A 269 267 1.0000 0.9926 1.0000 0.0 1a50:A, 1a5b:A, 1a5s:A, 5bw6:A, 1c29:A, 6c73:A, 1c8v:A, 1c9d:A, 3cep:A, 5cgq:A, 2cle:A, 2clf:A, 2clh:A, 2cli:A, 2clk:A, 2cll:A, 2clm:A, 2clo:A, 1cw2:A, 1cx9:A, 6d0v:A, 6duc:A, 6dzo:A, 1fuy:A, 4hn4:A, 4hpj:A, 4hpx:A, 4ht3:A, 2j9x:A, 7jhw:A, 7jll:A, 7jmq:A, 7jqw:A, 7jtt:A, 1k3u:A, 7k5a:A, 1k7e:A, 1k7f:A, 1k8z:A, 7ka1:A, 7kbn:A, 1kfb:A, 7kh6:A, 7ki7:A, 4kkx:A, 7kqf:A, 7ku9:A, 7kwv:A, 7kxc:A, 7kyt:A, 7l03:A, 7l1h:A, 7lgx:A, 7lkl:A, 7lpf:A, 7lt4:A, 7ltp:A, 7lv5:A, 7lvx:A, 7ly8:A, 7m2l:A, 7m3s:A, 7mt4:A, 7mt5:A, 7mt6:A, 6o1h:A, 3pr2:A, 1qoq:A, 2rh9:A, 2rhg:A, 1tjp:A, 2trs:A, 2tsy:A, 6vfd:A, 6vnt:A, 1wbj:A, 4wx2:A, 6wx3:A, 6x0c:A, 6xe3:A, 6xin:A, 6xnc:A, 6xoy:A, 6xrh:A, 6xsy:A, 6xt0:A, 4xug:A, 4y6g:A, 4zqc:A
2 1xc4:A 240 267 0.7603 0.8458 0.7603 7.86e-138 1xc4:B
3 5ey5:A 261 267 0.4120 0.4215 0.4120 1.54e-64 5ey5:C
4 6uap:C 250 261 0.2547 0.2720 0.2605 3.27e-16 6dwe:A, 6dwe:G, 6dwe:E, 6dwe:C, 6e9p:A, 6e9p:G, 5tci:A, 5tci:G, 5tci:C, 5tcj:A, 5tcj:G, 5tcj:E, 5tcj:C, 6u6c:A, 6u6c:C, 6u6c:E, 6u6c:G, 6uap:A, 6uap:E, 6uap:G, 6ub9:A, 6ub9:E, 6ub9:G, 6usa:A, 6usa:C, 6usa:G
5 6hul:A 241 250 0.2172 0.2407 0.2320 1.76e-09
6 3nzg:D 380 42 0.0562 0.0395 0.3571 1.1 3nzg:A, 3nzg:B, 3nzg:C
7 8sbm:B 126 46 0.0599 0.1270 0.3478 1.4 8sbm:A, 3zxo:A, 3zxo:B
8 8p2x:A 750 46 0.0562 0.0200 0.3261 2.5 7a91:D, 7a92:D, 7a94:D, 2ajf:A, 2ajf:B, 8aqs:B, 8b9p:A, 8b9p:B, 8bfw:A, 8bfw:C, 7bh9:A, 8bn1:B, 8bn1:A, 8byj:B, 8byj:A, 3d0g:A, 3d0g:B, 3d0h:A, 3d0h:B, 7ddo:A, 7ddp:A, 8df5:E, 8df5:F, 7dmu:A, 7dmu:C, 7dqa:A, 7drv:A, 7drv:B, 7dwx:B, 7dwx:D, 7e7e:A, 7e7e:B, 8e7m:A, 7ekc:A, 7eke:A, 7ekf:A, 7ekg:A, 7ekh:A, 9fmm:A, 9fmm:B, 8fxc:A, 8h06:A, 8h5c:A, 8i91:A, 8i91:C, 8i92:A, 8i92:C, 8i93:A, 8i93:C, 8if2:A, 8iou:D, 8iov:A, 8jje:A, 8jyn:D, 8jyo:E, 8jyo:D, 8jyp:D, 7l0n:E, 7l0n:F, 7lo4:A, 6lzg:A, 6m0j:A, 6m17:B, 6m17:D, 7p19:A, 7p19:B, 8p2x:B, 8p2y:A, 8p2y:B, 8p30:A, 8p30:B, 8p31:A, 8p31:B, 7r0z:D, 7r10:D, 7r11:D, 7r12:D, 7r1a:D, 7r1a:E, 7r1a:F, 1r42:A, 1r4l:A, 7rpv:A, 3sci:A, 3sci:B, 3scj:A, 3scj:B, 3sck:A, 3sck:B, 3scl:A, 3scl:B, 7sn0:A, 7sn0:B, 8sph:A, 8sph:B, 8spi:A, 8spi:B, 7tn0:E, 8toq:A, 8tor:A, 8tos:A, 8tot:A, 8tot:B, 8tou:A, 7u0n:A, 7u0n:B, 7ufk:A, 7ufk:B, 7ufl:A, 7ufl:B, 8uze:A, 8uze:B, 8uzf:A, 8uzf:B, 7vib:A, 7vib:C, 8vqr:A, 8vqr:B, 7vx4:A, 7vx5:A, 7wbl:A, 7wbp:A, 7wbq:A, 7wbq:C, 8wdr:A, 8wdr:C, 8wds:A, 8wds:C, 8wdy:A, 8wdz:A, 8we0:A, 8we1:A, 8we4:A, 7whh:A, 8whs:D, 8whu:D, 8whu:E, 8whz:A, 7wnm:B, 7wpb:D, 7wpc:D, 8wp8:A, 7xaz:A, 7xaz:C, 7xb0:A, 7xb1:A, 7xbf:A, 7xbf:C, 7xbg:A, 7xbg:C, 7xbh:A, 7xch:D, 7xch:E, 7xci:A, 7xcp:A, 8xlm:D, 8xln:D, 8xn2:A, 8xn3:A, 8xn5:A, 8xnf:A, 8xnk:A, 7xo7:E, 7xo7:F, 7xo8:D, 7xo8:F, 7xo8:E, 7xo9:D, 8xsf:A, 8xsj:A, 7xwa:A, 7xwa:C, 8y16:A, 8y16:E, 8y16:F, 8y18:A, 8y6a:A, 7y75:A, 7y75:C, 7y76:A, 7y76:C, 7y9z:D, 7ya0:D, 7ya0:E, 7ya0:F, 7ya1:A, 7ydi:A, 7yeg:E, 7yeg:J, 7yeg:M, 7yhw:A, 7yj3:A, 7yr2:A, 7yr3:D, 7yr3:G, 7zf7:A
9 2v6k:A 214 97 0.1049 0.1308 0.2887 4.4 2jl4:A, 2jl4:B, 2v6k:B
10 5x9w:A 771 33 0.0599 0.0208 0.4848 5.4 5x9w:B, 5yk4:A, 5yk4:B
11 6a4r:A 235 82 0.0899 0.1021 0.2927 5.8 6a4r:B
12 3a5z:C 324 48 0.0749 0.0617 0.4167 6.8 3a5y:B, 3a5y:C, 3a5y:D, 3a5z:A, 3a5z:E, 3a5z:G, 3g1z:A, 3g1z:B
13 4q6x:A 278 51 0.0599 0.0576 0.3137 8.3
14 3ddy:A 175 32 0.0449 0.0686 0.3750 9.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218