Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MERKHHFVLVHNACHGAWIWYKLKPLLESAGHRVTAVELAASGIDPRPIQAVETVDEYSKPLIETLKSLPENEEVILVGF
SFGGINIALAADIFPAKIKVLVFLNAFLPDTTHVPSHVLDKLMEMFGGWGDTEFSSHETRNGTMSLLKMGPKFMKARLYQ
NCPIEDYELAKMLHRQGSFFTEDLSKKEKFSEEGYGSVQRVYVMSSEDKIIPCDFIRWMIDNFNVSKVYEIDGGDHMVML
SKPQKLFDSLSAIATDYMGL

The query sequence (length=260) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6coc:A 260 260 0.9962 0.9962 0.9962 0.0 6coc:B, 6cod:A, 6cod:B, 6coe:A, 6coe:B, 6cog:A, 6cog:B, 6coh:A, 6coh:B, 6coi:A, 6coi:B
2 3c6y:A 256 252 0.4808 0.4883 0.4960 7.74e-91 3c6z:A, 3c70:A, 2g4l:A, 1sc9:A, 1sck:A, 1scq:A, 1yas:A, 3yas:A, 4yas:A, 5yas:A, 1yb6:A, 1yb7:A
3 1dwo:A 262 253 0.4692 0.4656 0.4822 1.34e-88 1dwq:A, 1e8d:A, 1e8d:B, 1eb9:A, 1eb9:B
4 3wwo:B 257 250 0.4615 0.4669 0.4800 7.08e-87 3wwo:A
5 1y7i:B 262 254 0.5000 0.4962 0.5118 1.73e-86 1xkl:A, 1xkl:B, 1xkl:C, 1xkl:D, 1y7i:A
6 3gzj:A 254 254 0.4615 0.4724 0.4724 7.67e-83 3gzj:B, 3gzj:C, 3gzj:D
7 3stu:B 259 255 0.4000 0.4015 0.4078 1.39e-63 3stv:A, 3stw:A, 3stw:B, 3stx:A, 3stx:B
8 5y5r:D 253 264 0.2385 0.2451 0.2348 4.15e-07 5y5r:A, 5y5r:B, 5y5r:C, 5y5r:E, 5y5r:F
9 5alj:A 523 114 0.1231 0.0612 0.2807 0.003
10 4hai:A 548 102 0.1115 0.0529 0.2843 0.007 7a7g:A, 7a7g:B, 5ai0:A, 5ai4:A, 5ai5:A, 5ai6:A, 5ai8:A, 5ai9:A, 5aia:A, 5aib:A, 5aic:A, 5ak3:A, 5ak4:A, 5ak5:A, 5ak6:A, 5ake:A, 5akg:A, 5akh:A, 5aki:A, 5akj:A, 5akk:A, 5akl:A, 5akx:A, 5aky:A, 5akz:A, 5ald:A, 5ale:A, 5alf:A, 5alg:A, 5alh:A, 5ali:A, 5alk:A, 5all:A, 5alm:A, 5aln:A, 5alo:A, 5alp:A, 5alq:A, 5alr:A, 5als:A, 5alt:A, 5alu:A, 5alv:A, 5alw:A, 5alx:A, 5aly:A, 5alz:A, 5am0:A, 5am1:A, 5am2:A, 5am3:A, 5am4:A, 5am5:A, 3ans:A, 3ans:B, 3ant:A, 3ant:B, 6aum:A, 4c4x:A, 4c4x:B, 4c4y:A, 4c4z:A, 4c4z:B, 7eba:A, 7eba:B, 5fp0:A, 6fr2:A, 6hgv:A, 6hgw:A, 6hgx:A, 3i1y:A, 3i28:A, 6i5g:A, 6i5g:B, 4j03:A, 4jnc:A, 3koo:A, 5mwa:A, 4ocz:A, 4od0:A, 3otq:A, 7p4k:A, 7p4k:B, 3pdc:A, 3pdc:B, 8qmz:A, 8qmz:B, 8qmz:C, 8qmz:D, 8qn0:A, 8qn0:B, 8qvf:A, 8qvg:A, 8qvh:A, 8qvk:A, 8qvl:A, 8qwi:A, 8qzd:A, 1vj5:A, 3wk4:A, 3wk5:A, 3wk6:A, 3wk7:A, 3wk8:A, 3wk9:A, 3wka:A, 3wkb:A, 3wkc:A, 3wkd:A, 3wke:A, 4x6x:A, 4x6x:B, 4x6y:A, 4x6y:B, 4y2j:A, 4y2p:A, 4y2q:A, 4y2r:A, 4y2s:A, 4y2t:A, 4y2u:A, 4y2v:A, 4y2x:A, 4y2y:A, 6yl4:A, 1zd2:P, 1zd3:A, 1zd4:A, 1zd5:A
11 6qe2:A 257 111 0.1308 0.1323 0.3063 0.024 6qe2:B
12 1b6g:A 310 128 0.1154 0.0968 0.2344 0.040 1be0:A, 1bez:A, 1cij:A, 2dhc:A, 2dhd:A, 2dhe:A, 1edb:A, 1edd:A, 2eda:A, 2edc:A
13 8pi1:B 276 92 0.1038 0.0978 0.2935 0.079 3hea:A, 3hea:B, 3hea:C, 3hea:D, 3hea:E, 3hea:F, 3hi4:A, 3hi4:B, 3hi4:C, 3hi4:D, 3hi4:E, 3hi4:F, 3ia2:A, 3ia2:B, 3ia2:C, 3ia2:D, 3ia2:E, 3ia2:F, 8pi1:A, 8pi1:C, 8pi1:D, 8pi1:E, 8pi1:F, 8pi1:G, 8pi1:H, 8pi1:I, 8pi1:J, 8pi1:K, 8pi1:M, 8pi1:N, 8pi1:O
14 5esr:A 308 103 0.1000 0.0844 0.2524 0.24
15 3s2z:A 251 77 0.0808 0.0837 0.2727 0.76 3pfb:A, 3pfb:B, 3pfc:A, 3qm1:A, 3s2z:B
16 6ru4:A 276 44 0.0692 0.0652 0.4091 0.93 6r5s:A, 6r5s:B, 6ru4:B, 6ru4:C, 6ru4:D
17 3d64:A 462 157 0.1462 0.0823 0.2420 1.1 3d64:B, 3glq:A, 3glq:B
18 7xri:A 256 46 0.0462 0.0469 0.2609 1.9 7xri:B, 7xri:C, 7xri:D
19 2ocg:A 254 54 0.0692 0.0709 0.3333 3.9 2oci:A, 2ock:A, 2ocl:A
20 1iun:B 276 102 0.1000 0.0942 0.2549 4.5 2d0d:A, 1iuo:A, 1iup:A, 1uk7:A, 1uk8:A, 1uk9:A, 1uka:A
21 4dcm:A 360 46 0.0615 0.0444 0.3478 5.4
22 8ags:AAA 298 79 0.0962 0.0839 0.3165 5.9 8agm:AAA, 8agm:BBB, 8agm:CCC, 8agm:DDD, 8agn:AAA, 8agn:BBB, 8agn:CCC, 8agn:DDD, 8agp:AAA, 8agp:BBB, 8ags:BBB, 5ng7:B
23 8gft:A 639 36 0.0538 0.0219 0.3889 6.5 8eoa:A, 5fwk:A, 5fwk:B, 5fwl:A, 5fwl:B, 5fwm:A, 5fwm:B, 5fwp:A, 5fwp:B, 8fx4:B, 8gae:A, 8gae:B, 8gft:B, 8h77:A, 6n8y:A, 3nmq:A, 8qmo:B, 5uc4:A, 5uc4:B, 5uc4:C, 5uc4:D, 5uch:A, 5uch:B, 5uch:C, 5uch:D, 5uci:A, 5uci:B, 5uci:C, 5uci:D, 5ucj:A, 5ucj:B, 5ucj:C, 5ucj:D, 7ulj:A, 7ulj:B, 7ulj:C, 7ulj:D, 1uym:A, 7z37:AP1, 7z37:BP1, 7z38:A, 7z38:B, 7zr0:A, 7zr5:A, 7zr6:A, 7zub:B
24 5cw2:C 319 100 0.0962 0.0784 0.2500 6.8 5cw2:A, 5cw2:B, 5cw2:D
25 5frd:A 256 53 0.0577 0.0586 0.2830 7.6 5frd:B
26 4i4c:A 402 85 0.0923 0.0597 0.2824 8.4 4i4c:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218