Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MEIVEYPDPILRAKNKRIDIFDENLKNLVDAMFDVMYKTDMIGLSAPQVGLNVQLMVFNPAGEPGEGKEIVLVNPKIKKY
SDKLVPFDEGCLSFPGIYAEVVRPQSVKIDARDITGERFSISLSRLPARIFQHEYDHLEGVLFFDRMTDQVLDSIREELE
ALEKKYEEKTGLPSPERVEA

The query sequence (length=180) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3cpm:A 184 177 0.9667 0.9457 0.9831 1.34e-126 3m6o:A, 3m6o:B, 3m6p:A, 3m6p:B, 3m6q:A, 3m6r:A, 3m6r:B, 3m6r:C, 3m6r:D, 3o3j:A, 3pn2:A, 3pn3:A, 3pn3:B, 3pn4:A, 3pn5:A, 3pn6:A, 3pn6:B
2 1jym:A 179 168 0.4056 0.4078 0.4345 9.60e-38 1jym:B, 1jym:C, 1jym:D, 1jym:E, 1jym:F, 1jym:G, 1jym:H, 1jym:I, 1jym:J, 1rl4:A, 1rl4:B, 1rqc:A, 1rqc:B, 1rqc:C, 1rqc:D, 1rqc:E, 1rqc:F, 1rqc:G, 1rqc:H, 1rqc:I, 1rqc:J
3 4dr8:A 188 158 0.3667 0.3511 0.4177 5.07e-35 4dr8:B, 4dr8:C, 4dr8:D, 4dr9:A, 4dr9:B, 4dr9:C, 4dr9:D
4 3uwb:A 149 145 0.3222 0.3893 0.4000 1.36e-32 3uwa:A
5 1ix1:A 169 165 0.3389 0.3609 0.3697 2.13e-32 1ix1:B, 1lry:A, 1n5n:A, 1n5n:B, 1s17:A, 1s17:B
6 6ck7:A 172 148 0.3444 0.3605 0.4189 5.26e-32 6ck7:B, 6ck7:C, 6ck7:D
7 6jex:A 172 165 0.3389 0.3547 0.3697 2.49e-31 6jer:A, 6jer:B, 6jet:A, 6jet:B, 6jeu:A, 6jeu:B, 6jev:A, 6jev:B, 6jew:A, 6jew:B, 6jex:B
8 2ew5:A 166 151 0.3333 0.3614 0.3974 1.88e-28 4e9a:A, 4e9b:A, 2ew6:A, 2ew7:A
9 1ws1:A 151 149 0.3222 0.3841 0.3893 2.50e-28
10 5j46:A 169 164 0.3167 0.3373 0.3476 1.78e-26
11 3oca:A 179 157 0.2944 0.2961 0.3376 5.08e-26 3oca:B, 3u04:A
12 1y6h:A 177 169 0.3167 0.3220 0.3373 2.78e-25 1sv2:A, 1sv2:B, 1szz:A, 1szz:B, 1szz:C, 1szz:D, 1szz:E, 1szz:F, 1szz:G, 1szz:H, 1vev:A, 1vev:B, 1vey:A, 1vey:B, 1vez:A, 1vez:B, 1y6h:B
13 3qu1:A 168 150 0.3278 0.3512 0.3933 5.46e-25 3qu1:B
14 4wxl:C 165 165 0.3111 0.3394 0.3394 1.18e-24 4wxl:A, 4wxl:B, 4wxl:D
15 6jfc:B 161 129 0.2722 0.3043 0.3798 3.05e-24 6jfa:A, 6jfc:A, 6jfd:C, 6jfe:B, 6jff:B, 6jfn:B
16 4je6:A 193 171 0.3278 0.3057 0.3450 1.08e-23 4je6:B, 4je7:A, 4je7:B, 4je8:A, 4je8:B, 1zxz:A, 1zxz:B, 1zy0:A, 1zy0:B, 1zy1:A, 1zy1:B
17 1bs4:A 168 164 0.3111 0.3333 0.3415 4.00e-23 2ai8:A, 2ai8:B, 2ai8:C, 4al2:B, 4al3:A, 4az4:A, 1bs4:B, 1bs4:C, 1bs5:A, 1bs5:B, 1bs5:C, 1bs6:A, 1bs6:B, 1bs6:C, 1bs8:A, 1bs8:B, 1bs8:C, 1bsj:A, 1bsk:A, 1bsz:A, 1bsz:B, 1bsz:C, 7d6z:g, 1def:A, 2def:A, 1dff:A, 1g27:A, 1g27:B, 1g27:C, 1g2a:A, 1g2a:B, 1g2a:C, 3k6l:A, 3k6l:B, 2kmn:A, 1lru:A, 1lru:B, 1lru:C, 8ofe:A, 8rhr:A, 2w3t:A, 2w3u:A, 1xem:A, 1xen:A, 1xeo:A
18 3g5k:A 183 171 0.3111 0.3060 0.3275 1.58e-22 3g5k:B, 3g5k:C, 3g5k:D, 3g5p:A, 3g5p:B, 3g5p:C, 3g5p:D
19 3fwx:A 165 166 0.3000 0.3273 0.3253 3.91e-22 3fwx:B
20 6jes:A 159 129 0.2500 0.2830 0.3488 2.49e-21 6jes:B, 6jf3:A, 6jf3:B, 6jf4:B, 6jf4:A, 6jf5:B, 6jf5:A, 6jf6:C, 6jf6:A, 6jf6:B, 6jf6:D, 6jf7:A, 6jf7:B, 6jf8:A, 6jf8:B, 6jf8:C, 6jf8:D
21 5kob:A 171 156 0.3111 0.3275 0.3590 5.21e-20 5kob:B, 5kob:C, 5kob:D, 5vcp:A, 5vcp:B, 5vcp:C, 5vcp:D
22 1lm4:A 190 110 0.2389 0.2263 0.3909 3.77e-18 6jfg:A, 6jfo:A, 6jfq:A, 6jfr:A, 6jfs:A, 1lm4:B, 1lmh:A, 1lqw:A, 1lqw:B, 1q1y:A, 3u7k:A, 3u7l:A, 3u7m:A, 3u7n:A
23 5cy7:A 171 145 0.2556 0.2690 0.3172 2.10e-16 5cp0:A, 5cpd:A, 5cvk:A, 5cvp:A, 5cvq:A, 5cwx:A, 5cwy:A, 5cx0:A, 5cxj:A, 5cy8:A, 6ikt:A, 6iky:A, 6il0:A, 6il2:A, 4nt8:A
24 3e3u:A 196 152 0.2500 0.2296 0.2961 2.72e-16
25 2okl:A 185 115 0.2333 0.2270 0.3652 1.60e-15 2okl:B
26 1lqy:A 184 112 0.2222 0.2174 0.3571 1.65e-15
27 5hgw:A 174 156 0.3056 0.3161 0.3526 3.68e-15 5hgw:B, 5i2b:A, 5t8z:A
28 5mtc:A 137 119 0.2222 0.2920 0.3361 9.14e-14 5mtc:B, 5mtd:A, 5mtd:B, 5mte:A, 5mte:B
29 2os3:A 205 135 0.2611 0.2293 0.3481 1.68e-13
30 5jex:A 203 137 0.2500 0.2217 0.3285 3.11e-13 5jez:A, 5jf0:A, 5jf1:A, 5jf2:A, 5jf3:A, 5jf4:A, 5jf5:A, 5jf6:A, 5jf7:A, 5jf8:A
31 6ow7:P 196 115 0.2222 0.2041 0.3478 5.86e-13 2ai7:A, 2aia:A, 2aie:P, 4eox:P, 1lm6:A, 6ow2:P, 6ow7:Q, 3str:P, 3svj:P, 3sw8:P
32 3cmd:B 188 128 0.2222 0.2128 0.3125 5.89e-13 3cmd:A, 3g6n:A, 3g6n:B
33 3l87:A 200 130 0.2222 0.2000 0.3077 8.13e-12
34 2os1:A 179 128 0.2056 0.2067 0.2891 5.60e-11
35 6d5d:A 627 60 0.1222 0.0351 0.3667 0.027 4el8:A, 4l0g:A, 4txt:A
36 2wja:A 146 76 0.1167 0.1438 0.2763 0.11 2wja:B
37 6z1p:AH 177 69 0.1056 0.1073 0.2754 0.94
38 3hch:A 145 67 0.1056 0.1310 0.2836 1.1 3hch:B
39 5oql:T 387 51 0.0833 0.0388 0.2941 1.2 6rxt:CC, 6rxu:CC, 6rxv:CC, 6rxy:CC, 6rxz:CC
40 1be3:J 62 36 0.0778 0.2258 0.3889 2.6 1bgy:J, 1bgy:V, 7dkf:J1, 7dkf:V1, 5luf:j, 5luf:v, 5nmi:W, 5nmi:J, 1sqp:J, 2ybb:j, 2ybb:J
41 4a0a:B 355 74 0.1278 0.0648 0.3108 3.9 4a08:B, 4a09:B, 4a0b:B, 4a0b:D, 4a0k:D, 4a0l:B, 4a0l:D, 3ei1:B, 3ei2:B
42 5xte:D 62 36 0.0722 0.2097 0.3611 4.0 5xte:Q, 5xth:AD, 5xth:AQ, 5xti:AD, 5xti:AQ
43 3acs:A 822 49 0.0778 0.0170 0.2857 4.8 3acs:B, 3act:A, 3act:B, 3afj:A, 3afj:B, 2cqs:A, 2cqs:B, 2cqt:A, 2cqt:B, 3qfy:A, 3qfy:B, 3qfz:A, 3qfz:B, 3qg0:A, 3qg0:B
44 6y0r:AAA 468 66 0.1111 0.0427 0.3030 6.1
45 5tif:A 182 83 0.1111 0.1099 0.2410 7.0 5tid:A, 5tie:A, 1u8u:A, 1v2g:A
46 4gzi:A 315 47 0.0944 0.0540 0.3617 7.2 4gzj:A
47 3s4a:A 822 49 0.0778 0.0170 0.2857 7.9 3s4a:B, 3s4b:A, 3s4b:B, 3s4d:A
48 3wv5:A 387 66 0.1000 0.0465 0.2727 8.9 3wvn:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218