Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MEDFVRQCFNPMIVELAEKAMKEYGEDPKIETNKFAAICTHLEVCFMYSDGGSKHRFEIIEGRDRTMAWTVVNSICNTTG
VEKPKFLPDLYDYKENRFIEIGVTRREVHTYYLEKANKIKSEETHIHIFSFTGEEMATKADYTLDEESRARIKTRLFTIR
QEMASRGLWDSFRQSERAAA

The query sequence (length=180) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6fs7:A 182 178 0.9389 0.9286 0.9494 5.16e-125 4awg:D, 4awk:A, 8ctf:A, 8dal:A, 6dcy:A, 8ddb:A, 8dde:A, 8dhn:A, 8djv:A, 8djy:A, 6dzq:A, 6e0q:A, 6e3m:A, 6e3n:A, 6e3o:A, 6e3p:A, 6e4c:A, 6e6v:A, 6e6w:A, 6e6x:A, 3ebj:A, 3ebj:B, 3ebj:C, 5fdd:A, 5fdg:A, 6fs6:A, 6fs6:B, 6fs6:C, 6fs6:D, 6fs6:E, 6fs6:F, 6fs7:B, 6fs7:C, 6fs7:D, 6fs7:E, 6fs7:F, 3hw3:A, 3hw3:B, 3hw3:C, 3hw3:D, 3hw4:A, 3hw4:B, 3hw4:C, 3hw4:D, 3hw5:A, 3hw5:B, 3hw5:C, 3hw5:D, 3hw6:A, 3hw6:B, 3hw6:C, 3hw6:D, 5i13:A, 5jht:A, 5jhv:A, 5jhv:B, 8t5v:A, 8t5w:A, 8t5z:A, 8t67:A, 8t6z:A, 8t81:A, 8t94:A, 7v04:A, 6v6x:A, 6v9e:A, 8vgz:A, 5w3i:A, 5w7u:A, 5w92:A, 5w9g:A, 5wa6:A, 5wdc:A, 7xgc:A, 4yyl:A, 4zhz:A, 4zi0:A, 4zqq:A
2 8h69:A 716 197 0.9722 0.2444 0.8883 3.40e-119 4avg:A, 4avg:B, 4avg:C, 4avg:D, 4avl:A, 4avl:B, 4avl:C, 4avl:D, 4avq:A, 4avq:B, 4avq:C, 4avq:D, 4awf:A, 4awf:B, 4awf:C, 4awf:D, 4awg:A, 4awg:B, 4awg:C, 4awh:A, 4awh:B, 4awh:C, 4awh:D, 4awm:A, 8bek:A, 5ccy:A, 5cgv:A, 5cl0:A, 3cm8:A, 5cxr:A, 5czn:A, 5d2o:A, 5d42:A, 5d4g:A, 5d8u:A, 5d9j:A, 5dbs:A, 6dcz:A, 5deb:A, 5des:A, 8dip:A, 8dpj:A, 8dqs:A, 8dtw:A, 8dvo:A, 8e1q:A, 8e21:A, 8e4s:A, 4e5e:A, 4e5e:B, 4e5e:C, 4e5e:D, 4e5f:A, 4e5f:B, 4e5f:C, 4e5f:D, 4e5g:A, 4e5g:B, 4e5g:C, 4e5g:D, 4e5h:A, 4e5h:B, 4e5h:C, 4e5h:D, 4e5i:A, 4e5i:B, 4e5i:C, 4e5i:D, 4e5j:A, 4e5j:B, 4e5j:C, 4e5j:D, 4e5l:A, 4e5l:B, 4e5l:C, 4e5l:D, 8edz:A, 5ega:A, 7k0w:A, 7k77:A, 7k87:A, 7kaf:A, 7kbc:A, 4kil:A, 7kl3:A, 7knr:A, 7kny:A, 7kop:A, 7lm4:A, 4ln7:A, 7lp7:A, 7lp8:A, 7lw6:A, 7m0n:A, 7m0n:B, 7m0n:C, 7m0n:D, 4m4q:A, 4m5o:A, 4m5q:A, 4m5r:A, 4m5u:A, 4m5v:A, 4mk1:A, 4mk2:A, 4mk5:A, 7ml8:A, 7mpf:A, 7mty:A, 7mx0:A, 7my5:A, 7n47:A, 7n55:A, 7n68:A, 7n8f:A, 6nel:A, 6nem:A, 7nha:A, 7nhc:A, 7nhx:A, 7ni0:A, 7nik:A, 7nil:A, 7nir:A, 7nis:A, 7nj3:A, 7nj4:A, 7nj5:A, 7nj7:A, 7nk1:A, 7nk2:A, 7nk4:A, 7nk6:A, 7nk8:A, 7nka:A, 7nkc:A, 7nki:A, 7nkr:A, 7nug:A, 7nuh:A, 8pm0:A, 8pnp:A, 8pnq:A, 8poh:A, 8poh:E, 7qtl:A, 6qx3:A, 6qx8:A, 6qx8:E, 6qxe:A, 6qxe:E, 7r0e:A, 8r3k:A, 8r3l:A, 8r60:A, 8r65:A, 7rkp:A, 6rr7:A, 7umr:A, 7uuh:A, 6v53:A, 6v56:A, 6vbr:A, 6vg9:A, 6viv:A, 6vjh:A, 6vl3:A, 6vll:A, 5vp8:A, 5vpt:A, 5vpx:A, 5vqn:A, 5vrj:A, 5w44:A, 2w69:A, 2w69:B, 2w69:D, 5w73:A, 6w7a:A, 4w9s:A, 5wa7:A, 5wap:A, 5wb3:A, 5wcs:A, 5wct:A, 5wdn:A, 5wdw:A, 5we7:A, 5we9:A, 5web:A, 5wef:A, 5wei:A, 5wf3:A, 5wfm:A, 5wfw:A, 5wfz:A, 5wg9:A, 6whm:A, 6wij:A, 6wj4:A, 6ws3:A, 6ya5:A, 6yem:A, 7z4o:DDD, 7z4o:AAA, 7zpl:A, 7zpl:D
3 6evj:A 709 194 0.7222 0.1834 0.6701 7.39e-86 6evj:D, 6evk:A, 9f2r:A, 9f37:A, 6fhh:A, 6fhi:A, 5m3h:A, 4nfz:A, 4nfz:B, 4nfz:C, 6szu:A, 6szv:A, 6t0n:A, 6t0r:A, 6t0s:A, 6t0u:A, 6t0v:A, 6t2c:A, 6tw1:A, 4wsb:A
4 8bdr:A 722 189 0.3500 0.0873 0.3333 1.79e-32 8be0:A, 8bf5:A, 5epi:A, 5epi:E, 5epi:I, 5epi:M, 5epi:Q, 5epi:U, 6f5o:A, 5fml:B, 5fmz:D, 5fmz:A, 6fs8:B, 6fs8:A, 6fs9:A, 6fsb:A, 6fsb:B, 5m3j:A, 5msg:A, 6qcs:A, 6qct:A, 6qcv:A, 6qcw:A, 6qcx:A, 6qwl:E, 7r1f:A, 8rn1:A, 8rn3:A, 8rn4:A, 8rn4:D, 8rn5:A, 8rn7:A, 8rn9:A, 8rnc:A, 6t0w:A, 4wrt:A, 4wsa:A, 7z42:A, 7z42:D, 7z43:AAA
5 6kut:A 688 161 0.2667 0.0698 0.2981 1.54e-18 6kuj:A, 6kuk:A, 6kup:A, 6kur:A, 6kuu:A, 6kuv:A
6 6f5p:A 708 127 0.2389 0.0607 0.3386 7.03e-17 5d98:A, 5d98:D, 6f5p:D, 6xzd:AP1, 6xzg:AP1, 6xzp:AP1, 6xzq:A, 6xzr:AP1, 6y0c:A
7 2v57:C 172 55 0.0889 0.0930 0.2909 0.097 2v57:A
8 4v3p:LF 190 131 0.2111 0.2000 0.2901 0.80 4v7e:CH
9 7s9v:A 1296 34 0.0722 0.0100 0.3824 0.87
10 7s9w:A 1238 34 0.0722 0.0105 0.3824 0.89
11 3pya:A 688 34 0.0889 0.0233 0.4706 1.3 4lix:A, 3pyb:A
12 6izr:1 349 75 0.1222 0.0630 0.2933 2.3 6ixw:C, 6ixw:B, 6ixw:A, 6izr:2, 6izr:A, 6izr:B, 6izr:D, 6izr:E, 6izr:G, 6izr:H, 6izr:J, 6izr:K, 6izr:M, 6izr:N, 6izr:P, 6izr:Q, 6izr:b, 6izr:c, 6izr:e, 6izr:f, 6izr:h, 6izr:i, 6izr:k, 6izr:l, 6izr:n, 6izr:o, 6izr:q, 6izr:r, 6izr:t, 6izr:u, 6izr:w, 6izr:x, 6izv:0, 6izv:1
13 5nfn:B 318 114 0.1500 0.0849 0.2368 2.5 5nfn:A, 5nfn:C, 5nfn:D, 5nfo:A, 5nfo:B
14 3ne8:A 226 40 0.0778 0.0619 0.3500 4.7
15 8s9u:D 518 46 0.0889 0.0309 0.3478 6.7 8s9t:D, 8s9v:D, 8s9x:D
16 5j60:A 316 104 0.1389 0.0791 0.2404 7.4 5j60:D, 5j60:B, 5j60:C, 6xtf:A, 6xtf:B
17 7kz9:A 478 24 0.0611 0.0230 0.4583 7.6 7kz9:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218