Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
MDVKKIFTDILIIGGGAAGCQAAIRAKEIDKNLDVLIVEKANIIRSGCLAAGVNAINAYLNEGETPESYVEYVKKESSGL
IREDLTYTIGKRLNKMAKKLEEYGLPIQKDGKRSIKINGESIKPILAEATLKAGVKVLNNTIATNYILKDETVCGAYAFS
IKENKFYVIMAKAVICTTGGASGIYKPNNPGAARHKMWYSPFNTGAGFAMGLRAGAEMTTFEMRFIALRVKDVISPTGTI
VSQINALGEKYMEKYENNTTPMRLYATLIENLEGRGPCYLDTRGISDEDVQKLKEAYLSMSPGIILKWKDEKINPKNTPI
EICGSEPYIVGGHGQAGYWVDINRKTTLEGLYAAGDVVGGSPKKYVTGCMAEGEIAVEAAIEYIKSMENDIEIDEQEIAK
EIDRVFYPLNNKKGEFSPDEIEERMQKVMDEYAGGISSYYRVNESKLLIARELLKAIEEDLSKIKVRNRYELMKYHEVVD
RILVARAVVEHLLYRKETRWKCYQERVDYPEIDDNWFKFINSKYNSQTNDIEIIEREYEKFNPV

The query sequence (length=544) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 8a8o:A 556 556 0.9982 0.9766 0.9766 0.0 8a8o:B
2 2fja:A 642 605 0.4173 0.3536 0.3752 3.48e-119 2fja:C, 2fjb:A, 2fjb:C, 2fjd:A, 2fjd:C, 2fje:A, 2fje:C, 1jnr:A, 1jnr:C, 1jnz:A, 1jnz:C
3 3gyx:A 662 639 0.3382 0.2779 0.2879 2.06e-79 3gyx:C, 3gyx:E, 3gyx:G, 3gyx:I, 3gyx:K
4 7d6v:A 601 589 0.2537 0.2296 0.2343 5.61e-17 7d6x:A
5 1knp:A 529 559 0.2518 0.2590 0.2451 2.19e-14 1knr:A
6 6c12:B 537 437 0.1967 0.1993 0.2449 2.57e-10 6c12:A
7 2acz:A 588 436 0.1967 0.1820 0.2454 2.82e-10 1nek:A, 1nen:A, 2wdq:A, 2wdq:E, 2wdq:I, 2wdr:A, 2wdr:E, 2wdr:I, 2wdv:A, 2wdv:E, 2wdv:I, 2wp9:A, 2wp9:E, 2wp9:I, 2ws3:A, 2ws3:E, 2ws3:I, 2wu2:A, 2wu2:E, 2wu2:I, 2wu5:A, 2wu5:E, 2wu5:I
8 5kxj:A 481 545 0.2132 0.2412 0.2128 3.81e-08
9 2bs2:A 655 629 0.2500 0.2076 0.2162 2.00e-06 2bs2:D, 2bs3:A, 2bs3:D, 2bs4:A, 2bs4:D, 1e7p:A, 1e7p:D, 1e7p:G, 1e7p:J, 1qlb:A, 1qlb:D
10 5c2t:A 616 549 0.2096 0.1851 0.2077 2.49e-05 5c2t:E, 5c3j:A, 5c3j:E, 3vr8:A, 3vr8:E, 3vr9:A, 3vr9:E, 3vra:A, 3vra:E, 3vrb:A, 3vrb:E, 4ysx:A, 4ysx:E, 4ysy:A, 4ysy:E, 4ysz:A, 4ysz:E, 4yt0:A, 4yt0:E, 4ytm:A, 4ytm:E, 4ytn:A, 4ytn:E
11 6lum:A 539 452 0.1949 0.1967 0.2345 2.66e-05 6lum:J, 6lum:P
12 1qo8:A 564 193 0.0956 0.0922 0.2694 5.32e-05 1qo8:D
13 3atq:A 452 184 0.0846 0.1018 0.2500 8.46e-04 3atr:A, 4opc:A, 4opd:A, 4opd:B, 4opg:A, 4opi:A, 4opl:A, 4opt:A, 4opu:A
14 3cir:A 541 537 0.2224 0.2237 0.2253 0.001
15 8gs8:A 614 262 0.1048 0.0928 0.2176 0.002 3abv:A, 3ae1:A, 3ae2:A, 3ae3:A, 3ae4:A, 3ae5:A, 3ae6:A, 3ae7:A, 3ae8:A, 3ae9:A, 3aea:A, 3aeb:A, 3aec:A, 3aed:A, 3aee:A, 3aef:A, 3aeg:A, 8dyd:A, 8dye:A, 2fbw:A, 2fbw:N, 2h88:A, 2h88:N, 2h89:A, 6myo:A, 6myp:A, 6myq:A, 6myr:A, 6mys:A, 6myt:A, 6myu:A, 3sfd:A, 3sfe:A, 6vax:A, 6vax:C, 2wqy:A, 2wqy:N, 1yq3:A, 1yq4:A, 4ytp:A, 4yxd:A, 1zoy:A, 1zp0:A
16 7jz2:A 481 106 0.0515 0.0582 0.2642 0.005 7jz2:E, 7jz2:I, 6wu6:A, 6wu6:E, 6wu6:I
17 5vpn:E 585 557 0.2279 0.2120 0.2226 0.006 6awf:A, 2b76:A, 2b76:M, 1kf6:A, 1kf6:M, 1kfy:A, 1kfy:M, 4kx6:A, 4kx6:M, 1l0v:A, 1l0v:M, 3p4p:A, 3p4p:M, 3p4q:A, 3p4q:M, 3p4r:A, 3p4r:M, 3p4s:A, 3p4s:M, 5vpn:A
18 6gnc:A 287 45 0.0368 0.0697 0.4444 0.007
19 6b58:C 544 548 0.2188 0.2188 0.2172 0.009 6b58:A
20 8x2i:A 2303 303 0.1342 0.0317 0.2409 0.016
21 8x2h:A 2363 303 0.1342 0.0309 0.2409 0.016 8jb5:A, 2vkd:A, 2vkd:B, 2vkd:C, 2vkh:A, 2vkh:B, 2vkh:C, 2vl8:A, 2vl8:B, 2vl8:C
22 7a7b:G 265 36 0.0331 0.0679 0.5000 0.018
23 5xmj:A 622 625 0.2279 0.1994 0.1984 0.021 5xmj:E, 5xmj:I, 5xmj:M
24 7apr:G 293 36 0.0331 0.0614 0.5000 0.023
25 7a7b:A 323 36 0.0331 0.0557 0.5000 0.024 7a7b:B, 7a7b:C, 7a7b:D, 7a7b:E, 7a7b:F, 7a7b:H, 7apr:A, 7apr:B, 7apr:C, 7apr:D, 7apr:E, 7apr:F, 7apr:H
26 3r9u:A 314 49 0.0349 0.0605 0.3878 0.025 3r9u:B
27 8b6g:CA 599 290 0.1232 0.1119 0.2310 0.046 8bqs:CA, 8gym:sa, 8gym:SA, 8gzu:sa, 8gzu:SA
28 2e5v:A 472 543 0.1949 0.2246 0.1952 0.093 2e5v:B
29 3ab1:B 336 51 0.0404 0.0655 0.4314 0.11 3ab1:A
30 2wet:B 501 101 0.0460 0.0499 0.2475 0.16 2wes:A, 2wes:B, 2wes:C, 2wes:D, 2wet:A, 2wet:C, 2wet:D, 2weu:A, 2weu:B, 2weu:C, 2weu:D
31 1jeh:A 478 53 0.0386 0.0439 0.3962 0.18 1jeh:B, 1v59:A, 1v59:B
32 6gna:A 284 100 0.0551 0.1056 0.3000 0.19 6gnb:A, 6gnd:A, 6gnd:C, 6gnd:E, 6gnd:G
33 8p5d:LO0 198 60 0.0368 0.1010 0.3333 0.19 8p60:LO0, 8p60:KO0, 7qca:LO0
34 5nii:B 298 45 0.0349 0.0638 0.4222 0.21 5nii:A
35 2eq6:A 460 57 0.0423 0.0500 0.4035 0.28 2eq6:B, 2eq8:A, 2eq8:B, 2eq8:D, 2eq8:E, 2eq9:A, 2eq9:B, 2eq9:D, 2eq9:E, 2eq9:G, 2eq9:H, 2eq9:J, 2eq9:K
36 5uao:A 519 65 0.0404 0.0424 0.3385 0.32 5uao:D
37 2yqu:A 455 56 0.0386 0.0462 0.3750 0.34 2eq7:A, 2eq7:B, 2yqu:B
38 3ish:A 311 47 0.0349 0.0611 0.4043 0.35 3ish:B, 3ish:C, 2q0k:A, 2q0k:B, 2q0l:A, 2q0l:B
39 4jdr:A 471 57 0.0368 0.0425 0.3509 0.37 4jdr:B, 4jq9:A, 4jq9:B, 4jq9:C, 4jq9:D, 4jq9:E, 4jq9:F
40 8il5:B 595 31 0.0239 0.0218 0.4194 0.65
41 6h3o:F 650 31 0.0239 0.0200 0.4194 0.66 6h3g:A, 6h3g:B, 6h3g:C, 6h3g:F, 6h3g:D, 6h3g:E, 6h3g:G, 6h3g:H, 6h3o:A, 6h3o:B, 6h3o:C, 6h3o:D, 6h3o:E, 6h3o:G, 6h3o:H, 8il5:A
42 4gcm:B 309 54 0.0368 0.0647 0.3704 0.92 4gcm:A
43 3tsd:B 426 50 0.0294 0.0376 0.3200 1.0
44 7a76:A 326 37 0.0257 0.0429 0.3784 1.3 7a76:B, 7a76:C, 7a76:D
45 6bz0:A 469 101 0.0496 0.0576 0.2673 1.8 6bz0:B, 6bz0:C, 6bz0:D
46 5l43:A 662 132 0.0515 0.0423 0.2121 1.8 5l43:B, 5l44:A, 5l44:B
47 1ebd:A 455 48 0.0349 0.0418 0.3958 2.0 1ebd:B
48 8v45:B 383 133 0.0809 0.1149 0.3308 2.1 8v45:A, 8v45:F, 8v45:C
49 8il4:C 619 31 0.0239 0.0210 0.4194 2.3 8il4:A, 8il4:B, 8il4:D
50 6uzi:C 470 56 0.0331 0.0383 0.3214 2.3 6uzi:A, 6uzi:B, 6uzi:D
51 5hsa:A 662 31 0.0239 0.0196 0.4194 2.4 5hsa:B, 5hsa:C, 5hsa:D, 5hsa:E, 5hsa:F, 5hsa:G, 5hsa:H, 5i68:A
52 5hxw:A 433 35 0.0257 0.0323 0.4000 3.1 5hxw:B, 5hxw:C, 5hxw:D, 5hxw:E, 5hxw:F
53 8ps2:G 2036 188 0.0772 0.0206 0.2234 3.5 3hmj:G, 3hmj:H, 3hmj:I, 8prv:G, 8prw:G, 8prw:J, 8prw:I, 8prw:H, 8prw:K, 8prw:L, 8ps1:G, 8ps9:G, 8psa:G, 8psf:G, 8psg:G, 8psj:G, 8psk:G, 8psl:G, 8psm:G, 8psp:G, 6ql5:I, 6ql5:G, 6ql5:H, 6ql5:L, 6ql5:J, 6ql5:K, 6ql6:G, 6ql6:H, 6ql6:I, 6ql6:J, 6ql6:K, 6ql6:L, 6ql9:G, 6ql9:H, 6ql9:I, 6ql9:J, 6ql9:K, 6ql9:L, 6ta1:G, 6ta1:C, 6ta1:E, 6ta1:L, 6ta1:H, 6ta1:J, 6u5t:G, 6u5u:G, 2uv8:G, 2uv8:H, 2uv8:I, 2vkz:G, 2vkz:H, 2vkz:I
54 7jyp:A 305 37 0.0349 0.0623 0.5135 3.8
55 5i39:A 383 35 0.0257 0.0366 0.4000 3.8
56 3cgb:A 444 33 0.0276 0.0338 0.4545 3.9 3cgb:B, 3cgc:A, 3cgc:B, 3cgd:A, 3cgd:B, 3cge:A, 3cge:B
57 7tui:B 2033 64 0.0331 0.0089 0.2812 6.0 6u5v:B, 6u5w:B
58 2au3:A 403 79 0.0441 0.0596 0.3038 7.2
59 3q9t:A 577 31 0.0294 0.0277 0.5161 7.7 3q9t:B, 3q9t:C, 5zu2:A, 5zu2:B, 5zu2:C, 5zu3:A, 5zu3:B, 5zu3:C
60 5vt3:B 319 31 0.0239 0.0408 0.4194 8.3 5usx:A, 5usx:B, 5vt3:A
61 3cir:M 504 235 0.1066 0.1151 0.2468 8.9
62 2apg:A 517 53 0.0294 0.0309 0.3019 9.2 2aqj:A, 2ar8:A, 2ard:A, 2jkc:A, 4z43:A, 4z44:A
63 6pvg:A 445 92 0.0551 0.0674 0.3261 9.2 6pvf:A, 6pvh:A, 6pvi:A, 6pvj:A
64 6hg8:B 482 58 0.0331 0.0373 0.3103 9.6 2f5z:A, 2f5z:B, 2f5z:C, 2f5z:D, 2f5z:E, 2f5z:F, 2f5z:G, 2f5z:H, 2f5z:I, 2f5z:J, 6hg8:A, 6i4p:A, 6i4p:B, 6i4q:A, 6i4q:B, 6i4r:A, 6i4r:B, 6i4s:A, 6i4s:B, 6i4t:A, 6i4t:B, 6i4u:A, 6i4u:B, 6i4z:A, 6i4z:B, 6i4z:C, 6i4z:D, 6i4z:E, 6i4z:F, 6i4z:G, 6i4z:H, 5j5z:A, 5j5z:B, 5nhg:A, 5nhg:B, 5nhg:C, 5nhg:D, 5nhg:E, 5nhg:F, 5nhg:G, 5nhg:H, 7psc:A, 7psc:B, 3rnm:A, 3rnm:B, 3rnm:C, 3rnm:D, 1zmc:A, 1zmc:B, 1zmc:C, 1zmc:D, 1zmc:E, 1zmc:F, 1zmc:G, 1zmc:H, 1zmd:A, 1zmd:B, 1zmd:C, 1zmd:D, 1zmd:E, 1zmd:F, 1zmd:G, 1zmd:H, 1zy8:A, 1zy8:B, 1zy8:C, 1zy8:D, 1zy8:E, 1zy8:F, 1zy8:G, 1zy8:H, 1zy8:I, 1zy8:J, 7zyt:A, 7zyt:B

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218