Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MDTTVPTFSLAELQQGLHQDEFRRCLRDKGLFYLTDCGLTDTELKSAKDLVIDFFEHGSEAEKRAVTSPVPTMRRGFTGL
YSMCYSMGTADNLFPSGDFERIWTQYFDRQYTASRAVAREVLRATGTEPDGGVEAFLDCEPLLRFRYFRMAPHYDLSMVT
LIQQTPFVSLQAEVGGAFTDLPYRPDAVLVFCGAIATLVTGGQVKAPRHHVAAPRTSSVFFLRPNADFTFSVPLARECGF
DVSLDGETATFQDWIGGNYVNIRRTSK

The query sequence (length=267) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1uof:A 267 267 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 1e5i:A, 1hjg:A, 1rxf:A, 1uog:A
2 1unb:A 288 288 0.9963 0.9236 0.9236 0.0 1e5h:A, 1hjf:A, 2jb8:A, 1rxg:A, 1uo9:A, 1uob:A, 1w2a:X, 1w2n:A, 1w2o:A
3 8bbb:A 331 74 0.0824 0.0665 0.2973 0.002 8a4g:A, 8ali:A, 8alj:A, 4bb3:A, 8bb9:A, 8bba:A, 8bbc:A, 8bbd:A, 2bjs:A, 1bk0:A, 1blz:A, 8bsv:A, 8bsw:A, 8bsx:A, 8bsy:A, 2bu9:A, 1hb1:A, 1hb2:A, 1hb3:A, 1hb4:A, 1ips:A, 1ips:B, 2ivi:B, 2ivj:A, 2jb4:A, 1obn:A, 1oc1:A, 1odm:A, 1odn:A, 7p3l:A, 8p46:A, 8p47:A, 8p48:A, 8p7o:A, 8p7p:A, 7poy:A, 7psw:A, 8ptv:A, 8py5:A, 8py6:A, 8py7:A, 8py8:A, 8py9:A, 8pya:A, 1qiq:A, 1qje:A, 1qjf:A, 1uzw:A, 2vau:A, 2vbb:A, 2vbd:A, 2vbp:A, 2vcm:A, 2ve1:A, 1w03:A, 1w04:A, 1w05:A, 1w06:A, 1w3v:A, 1w3x:A, 2wo7:A, 6y0o:A, 6y0p:A, 2y60:A, 2y6f:A, 6zae:A, 6zaf:A, 6zag:A, 6zah:A, 6zai:A, 6zaj:A, 6zak:A, 6zal:A, 6zam:A, 6zan:A, 6zao:A, 6zap:A, 6zaq:A, 3zku:A, 3zky:A, 3zoi:A, 7zoe:A, 6zw8:A
4 6kwa:A 267 233 0.1910 0.1910 0.2189 0.004 6kwa:B, 6kwb:A, 6kwb:B
5 8y4u:A 298 235 0.1648 0.1477 0.1872 0.006
6 1gp6:A 349 286 0.2210 0.1691 0.2063 0.070 2brt:A, 1gp4:A, 1gp5:A
7 5o9w:A 356 110 0.0899 0.0674 0.2182 0.18
8 5tcv:A 299 80 0.0899 0.0803 0.3000 0.63 1wa6:X
9 4pev:A 370 51 0.0637 0.0459 0.3333 0.82 4pev:B, 4pev:C
10 5gja:A 299 84 0.0861 0.0769 0.2738 1.1 5gj9:A, 5gj9:B, 5gja:B, 5gja:C, 5gja:D, 5gja:E, 5gja:F, 5gja:G, 5gja:H
11 4qnw:A 369 119 0.1086 0.0786 0.2437 1.1
12 6kun:A 294 88 0.0861 0.0782 0.2614 3.7 6kun:B
13 8q6o:E 249 77 0.0861 0.0924 0.2987 4.1 8q6o:6
14 6ku3:B 318 77 0.0749 0.0629 0.2597 4.5 6ku3:A, 6ku3:D, 6ku3:C
15 7xrt:A 268 71 0.0749 0.0746 0.2817 4.8 7xrt:B, 7xrt:C, 7xrt:D, 7xrt:E, 7xrt:F, 7xrt:G, 7xrt:H, 7xrt:I, 7xrt:J, 7xrv:A, 7xrv:B, 7xrv:D, 7xrv:E, 7xrv:F, 7xrv:G, 7xrv:H, 7xrv:I, 7xrv:J
16 6xjj:A 291 168 0.1386 0.1271 0.2202 5.4
17 2glu:A 234 46 0.0562 0.0641 0.3261 6.1 2glu:B
18 7p7w:BBB 306 36 0.0375 0.0327 0.2778 7.4 7p7i:AAA, 7p7i:BBB, 7p7w:AAA, 7p9l:AAA, 7p9l:BBB, 7p9p:AAA, 7p9p:BBB, 7p9y:AAA, 7p9y:BBB, 7pa1:AAA, 7pa1:BBB

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218