Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MDTTVPTFSLAELQQGLHQDEFRRCLRDKGLFYLTDCGLTDTELKSAKDLVIDFFEHGSEAEKRAVTSPVPTMRRGFTGL
ESYSMCYSMGTADNLFPSGDFERIWTQYFDRQYTASRAVAREVLRATGTEPDGGVEAFLDCEPLLRFRYFPQVPLRMAPH
YDLSMVTLIQQTPCANGFVSLQAEVGGAFTDLPYRPDAVLVFCGAIATLVTGGQVKAPRHHVAAPRRDQIAGSSRTSSVF
FLRPNADFTFSVPLARECGFDVSLDGETATFQDWI

The query sequence (length=275) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1unb:A 288 279 0.9855 0.9410 0.9713 0.0 1e5h:A, 1hjf:A, 2jb8:A, 1rxg:A, 1uo9:A, 1uob:A, 1w2a:X, 1w2n:A, 1w2o:A
2 1uof:A 267 275 0.9273 0.9551 0.9273 0.0 1e5i:A, 1hjg:A, 1rxf:A, 1uog:A
3 5c3q:B 311 240 0.1964 0.1736 0.2250 1.30e-04 5c3o:A, 5c3p:D, 5c3q:C, 5c3r:B, 5c3r:C, 5c3s:B, 5c3s:C
4 6kwa:A 267 230 0.1636 0.1685 0.1957 2.11e-04 6kwa:B, 6kwb:A, 6kwb:B
5 8y4u:A 298 238 0.1564 0.1443 0.1807 6.20e-04
6 5o9w:A 356 105 0.0945 0.0730 0.2476 0.004
7 8bbb:A 331 160 0.1345 0.1118 0.2313 0.010 8a4g:A, 8ali:A, 8alj:A, 4bb3:A, 8bb9:A, 8bba:A, 8bbc:A, 8bbd:A, 2bjs:A, 1bk0:A, 1blz:A, 8bsv:A, 8bsw:A, 8bsx:A, 8bsy:A, 2bu9:A, 1hb1:A, 1hb2:A, 1hb3:A, 1hb4:A, 1ips:A, 1ips:B, 2ivi:B, 2ivj:A, 2jb4:A, 1obn:A, 1oc1:A, 1odm:A, 1odn:A, 7p3l:A, 8p46:A, 8p47:A, 8p48:A, 8p7o:A, 8p7p:A, 7poy:A, 7psw:A, 8ptv:A, 8py5:A, 8py6:A, 8py7:A, 8py8:A, 8py9:A, 8pya:A, 1qiq:A, 1qje:A, 1qjf:A, 1uzw:A, 2vau:A, 2vbb:A, 2vbd:A, 2vbp:A, 2vcm:A, 2ve1:A, 1w03:A, 1w04:A, 1w05:A, 1w06:A, 1w3v:A, 1w3x:A, 2wo7:A, 6y0o:A, 6y0p:A, 2y60:A, 2y6f:A, 6zae:A, 6zaf:A, 6zag:A, 6zah:A, 6zai:A, 6zaj:A, 6zak:A, 6zal:A, 6zam:A, 6zan:A, 6zao:A, 6zap:A, 6zaq:A, 3zku:A, 3zky:A, 3zoi:A, 7zoe:A, 6zw8:A
8 5c3q:A 335 159 0.1382 0.1134 0.2390 0.012 5c3p:A, 5c3p:B, 5c3p:C, 5c3q:D, 5c3r:A, 5c3r:D, 5c3s:A, 5c3s:D
9 4qnw:A 369 217 0.1782 0.1328 0.2258 0.019
10 6xjj:A 291 175 0.1455 0.1375 0.2286 0.12
11 8cvc:A 327 260 0.2145 0.1804 0.2269 0.37 8cv8:A, 8cv9:A, 8cva:A, 8cvb:A, 8cvd:A, 8cve:A, 8cvf:A, 8cvg:A, 8cvh:A
12 5gja:A 299 101 0.0836 0.0769 0.2277 0.94 5gj9:A, 5gj9:B, 5gja:B, 5gja:C, 5gja:D, 5gja:E, 5gja:F, 5gja:G, 5gja:H
13 6ks6:z 538 108 0.1018 0.0520 0.2593 1.0 6ks6:Z, 4v81:F, 4v81:N, 4v81:f, 4v81:n, 4v8r:AZ, 4v8r:Az, 4v8r:BZ, 4v8r:Bz, 4v94:F, 4v94:N, 4v94:f, 4v94:n, 7ylw:Z, 7ylw:z, 7ylx:Z, 7ylx:z, 7yly:Z, 7yly:z
14 5tcv:A 299 88 0.0836 0.0769 0.2614 1.0 1wa6:X
15 8egx:B 425 50 0.0509 0.0329 0.2800 3.5 8egw:B
16 2qs8:A 406 55 0.0618 0.0419 0.3091 4.1 2qs8:B
17 6ku3:B 318 86 0.0836 0.0723 0.2674 5.5 6ku3:A, 6ku3:D, 6ku3:C
18 7eip:A 966 45 0.0582 0.0166 0.3556 7.0 7eiq:A, 7eir:A, 7eis:A, 7yke:A
19 6uvn:B 498 74 0.0800 0.0442 0.2973 7.3 8fuk:G
20 4pev:A 370 30 0.0436 0.0324 0.4000 7.7 4pev:B, 4pev:C
21 7l0f:H 94 55 0.0691 0.2021 0.3455 8.0 7l0f:F, 7l0f:B, 7l0f:M, 7l0g:C, 7l0g:D, 7l0g:F, 7l0g:H
22 7p7w:BBB 306 36 0.0364 0.0327 0.2778 8.4 7p7i:AAA, 7p7i:BBB, 7p7w:AAA, 7p9l:AAA, 7p9l:BBB, 7p9p:AAA, 7p9p:BBB, 7p9y:AAA, 7p9y:BBB, 7pa1:AAA, 7pa1:BBB
23 7jil:o 56 40 0.0545 0.2679 0.3750 8.5
24 5b1j:C 124 16 0.0327 0.0726 0.5625 9.9 3ef4:A, 3ef4:B, 3ef4:C

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218