Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MDPNTVSSFQVDCFLWHVRKRVADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGSTLGLDIETATRAGKQIVERILK

The query sequence (length=70) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2z0a:A 72 70 0.9571 0.9306 0.9571 7.79e-46 2z0a:C, 2z0a:D, 2zko:A, 2zko:B
2 6zlc:A 77 69 0.6571 0.5974 0.6667 1.46e-30 6sx0:A, 6sx0:B, 6sx2:A, 6sx2:B, 6zlc:B
3 8sse:A 507 38 0.2000 0.0276 0.3684 0.87 8sse:B, 8sse:C, 8sse:D, 8sse:E, 8sse:F
4 7rxc:B 439 23 0.1571 0.0251 0.4783 2.9 7rxd:B
5 3k28:A 423 35 0.1429 0.0236 0.2857 4.0 3k28:B, 3k28:C, 3k28:D
6 4ds4:D 561 24 0.1857 0.0232 0.5417 4.9 4ds5:D, 4dse:A, 4dsf:A, 4ez6:A, 4f8r:D, 3px0:A, 3px4:A
7 4dqq:D 584 24 0.1857 0.0223 0.5417 5.2 4b9l:A, 4b9m:A, 4b9n:A, 4b9s:A, 4b9t:A, 4b9u:A, 4b9v:A, 2bdp:A, 3bdp:A, 4bdp:A, 4dqi:A, 4dqi:D, 4dqp:A, 4dqp:D, 4dqq:A, 4dqr:A, 4dqr:D, 4dqs:A, 4ds4:A, 4ds5:A, 4dse:D, 4dsf:D, 4dsi:A, 4dsj:A, 4dsj:B, 4dsk:A, 4dsl:A, 6dsu:A, 6dsv:A, 6dsw:A, 6dsx:A, 6dsy:A, 4dwi:A, 4e0d:A, 3eyz:A, 3ez5:A, 3ez5:D, 4ez6:D, 4ez9:A, 4ez9:D, 4f2r:A, 4f2r:D, 4f2s:A, 4f2s:D, 4f3o:A, 4f3o:D, 4f4k:A, 4f4k:D, 4f8r:A, 2hhq:A, 2hhs:A, 2hht:A, 2hhu:A, 2hhv:A, 2hhw:D, 2hhw:A, 2hhx:A, 3hp6:A, 3hp6:D, 3hpo:A, 3ht3:A, 3ht3:D, 2hvh:A, 2hvh:D, 2hvi:A, 2hvi:D, 2hw3:A, 7k5o:A, 7k5p:A, 7k5q:A, 7k5r:A, 7k5s:A, 7k5t:A, 7k5u:A, 1l3s:A, 1l3t:A, 1l3u:A, 1l3v:A, 1l5u:A, 1lv5:A, 1lv5:B, 6mu4:A, 6mu5:A, 1njw:A, 1njx:A, 1njy:A, 1njz:A, 1nk0:A, 1nk4:A, 1nk5:A, 1nk6:A, 1nk7:A, 1nk8:A, 1nk9:A, 1nkb:A, 1nkc:A, 1nke:A, 4o0i:A, 6p5c:A, 3pv8:A, 3pv8:D, 3px0:D, 3px4:D, 3px6:A, 3px6:D, 8scg:A, 8scg:D, 8sci:A, 8sci:D, 8scj:A, 8scj:D, 8sck:A, 8sck:D, 8scl:A, 8scl:D, 8scm:A, 8scm:D, 8scn:A, 8scn:D, 8sco:A, 8sco:D, 8scp:A, 8scp:D, 8scq:A, 8scq:D, 8scr:A, 8scr:D, 8scs:A, 8scs:D, 8sct:A, 8sct:D, 8scu:A, 8scu:D, 3tan:A, 3tap:A, 3taq:A, 3tar:A, 3thv:A, 3thv:D, 3ti0:A, 3ti0:D, 1u45:A, 1u47:A, 1u48:A, 1u49:A, 1u4b:A, 1ua0:A, 1ua1:A, 6ueu:A, 6ueu:D, 4uqg:A, 6ur2:A, 6ur4:A, 6ur9:A, 6ur9:D, 6us5:A, 6us5:D, 1xc9:A, 2xo7:A, 2xy5:A, 2xy6:A, 2xy7:A, 2y1i:A, 2y1j:A, 4yfu:A, 4yfu:D
8 4n78:A 1184 31 0.1714 0.0101 0.3871 8.7
9 1g6i:A 510 45 0.2143 0.0294 0.3333 9.4

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218