Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MDIRALYDEKLTTPEEAVSSIASGSHLSMGGFAAEPPALLKALADRATRGDIGDLRVYYFETAKIAGDTILRYELNNRIK
PYSMFVTAVERALIRRGIEDGGRKVVNYVPSNFHQAPRLLAEEIGIDTFMHTVSPMDCHGYFSLGVGNDYSSRIARSARR
FIVEVNRYMPRVQGEAAAIHISEVDAIVENHVPLIEMPVRSAIPEYTSISHIIADLVPDGACLQMGVGALPNLVCGVLKD
RNDLGIHTEVLNPGLVDLIRRGVVTNQRKTLDRGRSVFTFAMGQQEMYEYLNDHPAIFSRPVDYVNDPHIIAQNDNVVSI
NATLQIDLTGACNSEHMLGHQYSASGGQLDFVRGAYASKGGRSIIATPSTAAKGTVSRIIPRIDGPVTTPRIDTHYIVTE
FGAVNLKGLSSTERALRIIELAHPDFRDELTQAAKKMHLI

The query sequence (length=440) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4n8i:A 440 440 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 4n8i:B, 4n8j:C, 4n8j:D
2 3qdq:A 447 444 0.3750 0.3691 0.3716 1.24e-91
3 2oas:A 427 422 0.3818 0.3934 0.3981 1.04e-86 2oas:B
4 2nvv:A 496 251 0.1795 0.1593 0.3147 1.75e-19 2nvv:B, 2nvv:C, 2nvv:D, 2nvv:E
5 4eu5:A 513 306 0.1955 0.1676 0.2810 3.96e-15 5ddk:A, 5ddk:B, 5dw4:B, 5dw4:A, 5dw5:A, 5dw5:B, 5dw6:A, 5dw6:B, 5e5h:A, 5e5h:B, 4eu3:B, 4eu4:A, 4eu4:B, 4eu5:B, 4eu6:A, 4eu6:B, 4eu7:A, 4eu7:B, 4eu8:A, 4eu8:B, 4eu9:A, 4eu9:B, 4eua:A, 4eua:B, 4eub:A, 4eub:B, 4euc:A, 4euc:B, 4eud:A, 4eud:B
6 6meq:A 416 114 0.0659 0.0697 0.2544 0.22 5k8r:A, 6mer:A
7 3guh:A 477 131 0.0750 0.0692 0.2519 0.63 3cop:A, 3cx4:A, 2qzs:A, 2r4t:A, 2r4u:A
8 6gio:C 436 46 0.0386 0.0390 0.3696 1.6 6gio:D, 6gio:A, 6gio:B
9 6fof:A 153 95 0.0614 0.1765 0.2842 2.2 1a3k:A, 3aya:A, 3aya:B, 3ayc:B, 3ayd:A, 3aye:A, 3aye:B, 6b8k:A, 4bli:A, 4blj:A, 4bm8:A, 8bz3:A, 7cxa:A, 7cxa:B, 7df5:A, 5e88:A, 5e89:A, 5e8a:A, 6eog:A, 6eol:A, 5exo:A, 6exy:A, 6eym:A, 6f6y:A, 6fk2:A, 6fof:C, 6fof:D, 6fof:E, 6fof:G, 6fof:B, 6fof:F, 6fof:H, 6fof:I, 6fof:J, 6fof:K, 6fof:L, 6g0v:A, 6h64:A, 6h64:F, 6h64:B, 6h64:E, 6h64:C, 6h64:D, 5h9p:A, 5h9r:A, 6i74:A, 6i75:A, 6i76:A, 6i77:A, 6i78:A, 8itx:A, 8itx:B, 8itz:A, 5iuq:A, 4jc1:A, 4jck:A, 1kjl:A, 1kjr:A, 6kxa:A, 6kxb:A, 4lbj:A, 4lbk:A, 4lbl:A, 4lbm:A, 4lbn:A, 4lbo:A, 5nf7:A, 5nf9:A, 5nfa:A, 5nfb:A, 2nmn:A, 2nmo:A, 2nn8:A, 5oax:A, 5ody:A, 8oji:A, 8ojk:A, 8ojm:A, 8ojo:A, 8pbf:A, 8pf9:A, 8pff:A, 8ppn:A, 6q0q:A, 6q17:A, 6qge:A, 6qgf:A, 6qln:A, 6qlo:A, 6qlp:A, 6qlq:B, 6qlr:A, 6qls:A, 6qlt:A, 6qlu:A, 4r9a:A, 4r9b:A, 4r9c:A, 4r9d:A, 7rdo:A, 7rdp:A, 7rgx:A, 7rgy:A, 7rgz:A, 6rhl:A, 6rhm:A, 7rh0:A, 7rh1:A, 7rh3:A, 7rh4:A, 4rl7:A, 6rzf:A, 6rzg:A, 6rzh:A, 6rzi:A, 6rzj:A, 6rzk:A, 6rzl:A, 6rzm:A, 3t1l:A, 3t1m:A, 6tf6:A, 6tf7:A, 4xbn:A, 7xfa:A, 2xg3:A, 6y4c:A, 6y78:A, 7zqx:A, 3zsj:A, 3zsk:A
10 1q2v:A 518 95 0.0636 0.0541 0.2947 2.4 1q2v:B, 1q2v:C, 1q2v:D, 1q3q:A, 1q3q:B, 1q3q:C, 1q3q:D, 1q3r:A, 1q3s:A, 1q3s:B, 1q3s:C, 1q3s:D, 1q3s:E, 1q3s:F, 1q3s:G, 1q3s:H
11 3vmp:A 632 89 0.0591 0.0411 0.2921 3.1 3vmo:A
12 4ysn:C 448 70 0.0409 0.0402 0.2571 4.4 5ll3:A, 5ll3:B, 5ll3:C, 5ll3:D, 5wya:A, 5wya:B, 5wya:C, 5wya:D, 5wyf:A, 5wyf:B, 5wyf:C, 5wyf:D, 4ysn:A, 4ysn:B, 4ysn:D
13 1tqy:A 421 60 0.0386 0.0404 0.2833 6.2 1tqy:C, 1tqy:E, 1tqy:G
14 7f75:G 129 22 0.0182 0.0620 0.3636 6.8
15 4ig8:A 338 70 0.0523 0.0680 0.3286 7.0
16 8jk3:B 267 56 0.0341 0.0562 0.2679 7.7 5eph:A, 5eph:B, 5eph:C, 5eph:D, 5eua:A, 5eua:B
17 5azb:A 284 87 0.0545 0.0845 0.2759 7.9 5azc:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218