Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MCDQFVGTWKFLSSENFEDYMKELGVGFATRKMAGVAKPNVTISINGDVITIKTESTFKNTEVSFRLGEEFDETTADDRK
TKNVITLDNGILNQVQKWDGKETVIKRKVMDGNLVVECTMNTVTSKRVYERA

The query sequence (length=132) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5bvs:A 132 132 1.0000 1.0000 1.0000 8.16e-95 5bvs:B
2 3p6d:A 139 132 0.7576 0.7194 0.7576 3.45e-71 1adl:A, 2ans:A, 2ans:B, 6ayl:A, 5d45:A, 5d47:A, 5d48:A, 5d4a:A, 5edb:A, 5edc:A, 3fr2:A, 3fr4:A, 3fr5:A, 7fvu:A, 7fvv:A, 7fvw:A, 7fvx:A, 7fvy:A, 7fvz:A, 7fw0:A, 7fw1:A, 7fw2:A, 7fw3:A, 7fw6:A, 7fw7:A, 7fw8:A, 7fw9:A, 7fwa:A, 7fwb:A, 7fwc:A, 7fwd:A, 7fwe:A, 7fwf:A, 7fwg:A, 7fwh:A, 7fwj:A, 7fwk:A, 7fwl:A, 7fwm:A, 7fwn:A, 7fwo:A, 7fwp:A, 7fwq:A, 7fwr:A, 7fws:A, 7fwu:A, 7fwv:A, 7fww:A, 7fwx:A, 7fwy:A, 7fwz:A, 7fx0:A, 7fx1:A, 7fx2:A, 7fx4:A, 7fx5:A, 7fx6:A, 7fx7:A, 7fx8:A, 7fx9:A, 7fxa:A, 7fxb:A, 7fxc:A, 7fxe:A, 7fxf:A, 7fxg:A, 7fxh:A, 7fxi:A, 7fxj:A, 7fxk:A, 7fxm:A, 7fxn:A, 7fxp:A, 7fxq:A, 7fxr:A, 7fxs:A, 7fxt:A, 7fxu:A, 7fxv:A, 7fxw:A, 7fxx:A, 7fxy:A, 7fxz:A, 7fy2:A, 7fy4:A, 7fy5:A, 7fy6:A, 7fy7:A, 7fy9:A, 7fyb:A, 7fyc:A, 7fye:A, 7fyf:A, 7fyg:A, 7fyh:A, 7fyi:A, 7fyj:A, 7fyj:B, 7fyk:A, 7fyl:A, 7fym:A, 7fyo:A, 7fyp:A, 7fyq:A, 7fyr:A, 7fys:A, 7fyt:A, 7fyu:A, 7fyv:A, 7fyx:A, 7fyy:A, 7fyz:A, 7fz0:A, 7fz1:A, 7fz2:A, 7fz3:A, 7fz4:A, 7fz5:A, 7fz6:A, 7fz7:A, 7fz8:A, 7fz9:A, 7fzb:A, 7fzc:A, 7fzd:A, 7fzf:A, 7fzh:A, 7fzi:A, 7fzj:A, 7fzl:A, 7fzm:A, 7fzn:A, 7fzo:A, 7fzp:A, 7fzr:A, 7fzs:A, 7fzt:A, 7fzu:A, 7fzv:A, 7fzv:B, 7fzw:A, 7fzx:A, 7fzy:A, 7fzz:A, 7g02:A, 7g03:A, 7g05:A, 7g06:A, 7g07:A, 7g08:A, 7g09:A, 7g0a:A, 7g0c:A, 7g0f:A, 7g0g:A, 7g0h:A, 7g0i:A, 7g0j:A, 7g0k:A, 7g0l:A, 7g0m:A, 7g0o:A, 7g0p:A, 7g0q:A, 7g0r:A, 7g0s:A, 7g0t:A, 7g0u:A, 7g0v:A, 7g0x:A, 7g0y:A, 7g0z:A, 7g10:A, 7g11:A, 7g12:A, 7g13:A, 7g14:A, 7g15:A, 7g16:A, 7g17:A, 7g18:A, 7g19:A, 7g1a:A, 7g1b:A, 7g1c:A, 7g1d:A, 7g1e:A, 7g1f:A, 7g1g:A, 7g1h:A, 7g1i:A, 7g1j:A, 7g1k:A, 7g1l:A, 7g1m:A, 7g1n:A, 7g1o:A, 7g1p:A, 7g1r:A, 7g1s:A, 7g1t:A, 7g1u:A, 7g1v:A, 7g1w:A, 7g1y:A, 7g1z:A, 7g20:A, 7g21:A, 1g74:A, 3hk1:A, 5hz6:A, 5hz8:A, 3jsq:A, 1lic:A, 1lid:A, 1lif:A, 6ljs:A, 6ljt:A, 6lju:A, 6ljv:A, 6ljw:A, 6ljx:A, 2nnq:A, 4nnt:A, 3p6e:A, 3p6f:A, 3p6g:A, 3p6h:A, 2q9s:A, 2qm9:B, 8s1k:A, 1tou:A, 1tow:A, 7wc3:A, 8wdx:A, 8we3:A, 5y0f:A, 5y0g:A, 5y0x:A, 5y12:A, 5y13:A
3 2qm9:A 139 132 0.7348 0.6978 0.7348 1.20e-69
4 4bvm:A 133 131 0.6439 0.6391 0.6489 2.68e-63 5n4m:A, 5n4p:A, 5n4q:A, 7nrw:A, 7nsr:A, 1pmp:A, 1pmp:B, 1pmp:C, 6s2m:A, 6s2s:A
5 1yiv:A 131 129 0.6439 0.6489 0.6589 8.86e-62
6 5hz9:A 135 131 0.5758 0.5630 0.5802 6.08e-56 5ce4:A, 7ego:A, 7euv:A, 7euw:A, 7fbf:A, 7fbm:A, 7fc4:A, 7fcg:A, 7fcx:A, 7fd7:A, 7fdt:A, 7fdu:A, 7fdx:A, 7fek:A, 7feu:A, 7fez:A, 7ff6:A, 7ffx:A, 7fg1:A, 8gew:A, 1hmr:A, 5hz9:G, 5hz9:B, 5hz9:C, 5hz9:D, 5hz9:E, 5hz9:F, 5hz9:H, 4tkj:A, 7v5u:A, 7vb1:A, 3wbg:A, 3wbg:B, 3wbg:C, 3wbg:D, 4wbk:A, 7wci:A, 7wd6:A, 7wdj:A, 7wj1:A, 7wkb:A, 7wkg:A, 7wom:A, 7wpg:A, 7wpu:A, 7wpw:A, 7wq7:A, 7x48:A, 7x4j:A, 7x50:A, 7xbc:A, 7xhm:A, 7xhu:A
7 7e25:A 139 132 0.5606 0.5324 0.5606 3.19e-49 1fdq:A, 1fdq:B, 1fe3:A, 8ivf:B, 8ivf:A, 8ivl:A, 5ura:A, 5ura:B, 5ura:C, 5ura:D
8 4azq:A 136 125 0.5379 0.5221 0.5680 1.18e-48 4azp:A
9 5ur9:F 138 128 0.5379 0.5145 0.5547 8.07e-48 4azm:A, 4azm:B, 4azr:A, 4azr:B, 7fwi:A, 7fwi:C, 7fxd:A, 7fy0:A, 7fyd:A, 7g01:A, 7g04:B, 7g0b:A, 7g0e:A, 7g1q:A, 5hz5:A, 4lkt:A, 4lkt:B, 4lkt:C, 4lkt:D, 5ur9:A, 5ur9:B, 5ur9:G, 5ur9:C, 5ur9:E, 5ur9:D, 5ur9:H
10 3ppt:A 133 127 0.4318 0.4286 0.4488 6.22e-33 3pp6:A, 3pp6:B, 3pp6:C
11 4i3b:A 139 137 0.4697 0.4460 0.4526 2.42e-30 4i3b:B, 4i3b:C, 4i3b:D, 4i3b:E, 4i3b:F, 4i3c:A, 4i3c:B, 4i3d:A, 4i3d:B, 4i3d:C, 4i3d:D
12 1o8v:A 133 130 0.3939 0.3910 0.4000 2.14e-27
13 6e6k:A 134 128 0.4015 0.3955 0.4141 9.72e-26
14 1vyf:A 135 129 0.4015 0.3926 0.4109 1.72e-25 1vyg:A
15 7a9y:AAA 137 133 0.3712 0.3577 0.3684 5.25e-23 7a9z:AAA, 1cbr:A, 1cbr:B, 2cbr:A
16 7ry5:BBB 143 134 0.3939 0.3636 0.3881 1.95e-22 7aa0:BBB, 7aa0:AAA, 7aa1:AAA, 1cbq:A, 1cbs:A, 2cbs:A, 3cbs:A, 3cr6:A, 3cwk:A, 3f8a:A, 3f9d:A, 3f9d:B, 3fa6:A, 3fa6:B, 3fep:A, 2fr3:A, 2g78:A, 2g79:A, 2g7b:A, 6hkr:A, 5hzq:A, 5hzq:B, 4i9r:A, 4i9s:A, 4m6s:A, 4m7m:A, 6mop:A, 6moq:A, 6mor:A, 6mov:A, 6mox:A, 6mpk:A, 6mqi:A, 6mqj:A, 6mqw:A, 6mqx:A, 6mqy:A, 6mqz:A, 6mr0:A, 6nnx:A, 6nny:A, 6noe:A, 5ogb:A, 4qgv:A, 4qgw:A, 4qgx:A, 7ry5:AAA, 4ybp:A, 4ybu:A, 4yce:A, 4ych:A, 4yda:A, 4ydb:A, 4yfp:A, 4yfq:A, 4yfr:A, 4ygg:A, 4ygh:A, 4ygz:A, 4yh0:A, 4ykm:A, 4ykm:B, 4yko:A, 4yko:B, 6z2z:A, 6zsw:A, 6zsx:A
17 1kqw:A 134 104 0.3712 0.3657 0.4712 2.37e-21
18 6e5l:A 140 130 0.3561 0.3357 0.3615 1.38e-20 1crb:A, 6e5t:A, 6e6m:A, 6e6m:B, 6e6m:C, 8gd2:B, 8gdm:A, 8gem:B, 8geu:A, 8gev:B, 8gey:B, 5h8t:A, 5ha1:A, 5hbs:A, 1kgl:A, 5ljb:A, 5ljc:A, 5ljd:A, 5lje:A, 1mx8:A
19 2rct:A 141 127 0.3636 0.3404 0.3780 5.00e-19 6bth:A, 6bth:B, 6bti:A, 6bti:B, 6c7z:A, 6c7z:B, 8d6h:A, 8d6l:A, 8d6n:A, 8db2:A, 8dn1:A, 6e5s:A, 6e5s:C, 6e5s:G, 6e5s:I, 6e5s:F, 6e5s:H, 6e5s:B, 6e5s:J, 6e5s:D, 6e5s:K, 6e5s:E, 6e5s:L, 6e6l:A, 6e7m:B, 6e7m:D, 4ede:A, 4ede:B, 4eej:A, 4eej:B, 4efg:A, 4efg:B, 4exz:A, 4exz:B, 5f58:A, 5f58:B, 5f6b:A, 5f6b:B, 5f7g:A, 5f7g:B, 5faz:A, 5faz:B, 5fen:A, 5fen:B, 5ffh:A, 5ffh:B, 4gkc:A, 4gkc:B, 7jvy:A, 7jvy:B, 7jwd:A, 7jwd:B, 7jwr:A, 7jwr:B, 7jx2:A, 7jz5:A, 7jz5:B, 7k3i:A, 7lhj:A, 7lhj:B, 7lhm:A, 7lhm:B, 7lhn:A, 7lhn:B, 7lho:A, 7lho:B, 7lsq:A, 7lsq:B, 7lsq:C, 6mcu:F, 6mcu:G, 6mcu:E, 6mcu:H, 6mcu:J, 6mcu:K, 7mfx:A, 7mfx:B, 7mfx:C, 7mfx:D, 7mfy:A, 7mfz:A, 7mfz:B, 7mfz:C, 6mkv:B, 6mkv:D, 6mkv:A, 6mkv:C, 6mlb:A, 6mlb:C, 6mlb:B, 6mlb:D, 6on5:A, 1opb:A, 1opb:B, 1opb:C, 1opb:D, 4qyn:A, 4qyn:B, 4qyp:A, 4qyp:B, 4qyp:C, 4qzt:A, 4qzt:C, 4qzu:A, 4qzu:C, 4qzu:B, 4ruu:A, 5u6g:A, 5u6g:F, 5u6g:B, 5u6g:E, 5u6g:C, 5u6g:G, 5u6g:D, 5u6g:H, 5u6g:I, 5u6g:K, 5u6g:J, 5u6g:L, 8vzx:C, 8vzx:D, 8vzy:A, 8vzz:A, 8vzz:B, 8w00:A, 8w00:B, 8w02:B, 4zj0:A, 4zj0:B
20 1eii:A 134 127 0.3636 0.3582 0.3780 7.41e-18
21 9bcb:A 137 95 0.2727 0.2628 0.3789 5.57e-17 6e5w:A, 6e5w:B, 6e5w:C, 6e5w:D
22 3akn:A 130 129 0.2955 0.3000 0.3023 2.01e-15
23 3akm:A 131 129 0.3030 0.3053 0.3101 2.15e-14 3akm:B, 3akm:C, 3akm:D, 2mji:A
24 7o0k:B 126 130 0.3409 0.3571 0.3462 8.09e-12 2jn3:A, 2k62:A, 2lfo:A, 7o0k:A, 1tw4:A, 1tw4:B
25 6i8x:A 149 144 0.3485 0.3087 0.3194 1.01e-06 6i8x:B
26 1mdc:A 131 111 0.2121 0.2137 0.2523 1.80e-05
27 2lba:A 127 87 0.1818 0.1890 0.2759 0.052
28 6mp4:E 137 84 0.1818 0.1752 0.2857 0.090 6drg:A, 7fy8:A, 7fy8:B, 7fy8:C, 7fy8:D, 7fy8:E, 7fy8:F, 7fy8:G, 7fy8:H, 7g00:A, 7g00:B, 7g00:C, 7g00:D, 7g00:E, 7g00:F, 7g00:G, 7g00:H, 7g00:I, 7g00:J, 7g00:K, 7g00:L, 7g00:M, 7g00:N, 7g00:O, 7g00:P, 2lkk:A, 6mp4:A, 6mp4:H, 3stk:A, 3stm:X
29 3bus:A 251 89 0.1894 0.0996 0.2809 0.22 3bus:B
30 1lfo:A 127 84 0.1742 0.1811 0.2738 0.46
31 5oaf:D 411 63 0.1667 0.0535 0.3492 0.99 9c62:B, 5oaf:F, 8x15:N, 8x19:N, 8xvg:B, 8xvt:B
32 2d1g:A 481 90 0.1667 0.0457 0.2444 1.1 2d1g:B
33 4w88:B 340 39 0.1136 0.0441 0.3846 2.7 4w86:A, 4w86:B, 4w87:A, 4w87:B, 4w88:A, 4w89:A, 4w89:B
34 3elz:B 135 91 0.1894 0.1852 0.2747 3.2 3elz:A, 3elz:C, 3em0:A, 3em0:B
35 5fq9:B 247 68 0.1591 0.0850 0.3088 3.6 1fof:A, 1fof:B, 5fq9:A, 1h5x:A, 1h5x:B, 1h8y:A, 1h8y:B, 2hp5:A, 2hp5:B, 2hp5:C, 2hp5:D, 1k54:A, 1k54:B, 1k6r:A, 1k6r:B, 1k6s:A, 1k6s:B, 7l5t:A, 7l5t:B, 3lce:A, 3lce:B, 5mmy:B, 5mnu:A, 5mnu:B, 5mox:A, 5mox:B, 5moz:A, 5moz:B, 6rtn:A, 6rtn:B, 4s2o:A, 4s2o:B, 6skp:A, 6skp:B, 6skq:A, 6skq:B, 6skq:C, 6skq:D, 6skr:A, 6skr:B, 2wgi:A, 2wgi:B, 2wgv:A, 2wgv:B, 2wkh:A, 2wkh:B, 4wz5:A, 4wz5:B, 6zrg:A, 6zrh:A, 6zrh:B, 6zrh:C, 6zrh:D, 6zri:A, 6zri:B, 6zri:C, 6zri:D, 6zw2:A
36 8bo9:A 174 35 0.0985 0.0747 0.3714 4.0 8aq6:A, 8aq6:G, 8aq6:H, 8aqi:A, 8aqi:B, 8aqi:G, 8aqi:H, 8bo9:B, 8bo9:C, 7snt:A, 7snw:A, 7snw:B, 7snw:C
37 5ijl:A 943 36 0.0833 0.0117 0.3056 4.5
38 1eio:A 127 130 0.2197 0.2283 0.2231 4.7
39 8ppt:B 1191 36 0.0833 0.0092 0.3056 5.1 8ppu:B, 8ppv:B, 6t8h:B
40 2c1v:A 335 23 0.0682 0.0269 0.3913 5.7 2c1u:A, 2c1u:B, 2c1u:C, 2c1u:D, 2c1v:B
41 6knb:B 1120 36 0.0833 0.0098 0.3056 6.7 6knc:B
42 5ebz:A 655 19 0.0682 0.0137 0.4737 7.3 5ebz:B, 5ebz:C, 5ebz:D, 5ebz:E, 5ebz:F, 5ebz:G, 5ebz:H, 5ebz:L, 5ebz:I, 5ebz:K, 5ebz:J
43 8gzg:Z 1175 92 0.1742 0.0196 0.2500 7.3
44 8gzh:Z 1217 51 0.1136 0.0123 0.2941 7.6

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218