Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MASMERFLSVYDEVQAFLLDQLQSKYEIDPNRARYLRIMMDTTCLGGKYFRGMTVVNVAEGFLAVTQHDEATKERILHDA
CVGGWMIEFLQAHYLVEDDIMDGSVMRRGKPCWYRFPGVTTQCAINDGIILKSWTQIMAWHYFADRPFLKDLLCLFQKVD
YATAVGQMYDVTSMCDSNKLDPEVAQPMTTDFAEFTPAIYKRIVKYKTTFYTYLLPLVMGLFVSEAAASVEMNLVERVAH
LIGEYFQVQDDVMDCFTPPEQLGKVGTDIEDAKCSWLAVTFLGKANAAQVAEFKANYGDKDPAKVAVVKRLYSEANLQAD
FAAYEAEVVREVESLIEQLKVKSPTFAESVAVVWEKTHKRKK

The query sequence (length=362) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4dxj:A 362 362 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 4dwb:A, 4dwg:A, 4dxj:B, 4dxj:C, 4dzw:A, 4e1e:A, 3iba:A, 3ick:A, 3icm:A, 3icn:A, 3icz:A, 3id0:A, 5qpd:A, 5qpe:A, 5qpf:A, 5qpg:A, 5qph:A, 5qpi:A, 5qpj:A, 5qpk:A, 5qpl:A, 5qpm:A, 5qpn:A, 5qpo:A, 5qpp:A, 5qpq:A, 5qpr:A, 5qps:A, 5qpt:A, 5qpu:A, 5qpv:A, 5qpw:A, 5qpx:A, 5qpy:A, 5qpz:A, 5qq0:A, 5qq1:A, 5qq2:A, 5qq3:A, 5qq4:A, 5qq5:A, 5qq6:A, 5qq7:A, 5qq8:A, 5qq9:A, 5qqa:A, 5qqb:A, 6r05:A, 6r06:A, 6r07:A, 6r08:A, 6r09:A, 6r0a:A, 6r0b:A, 6sdn:A, 6sdo:A, 6sdp:A, 6sdq:A, 6se2:A, 6sf8:A, 6sf9:A, 6sfa:A, 6shv:A, 6si5:A, 6t7n:AAAA, 1yhl:A, 1yhm:A, 1yhm:B, 1yhm:C
2 2ewg:A 367 365 0.7044 0.6948 0.6986 0.0 5ael:A, 5ael:B, 5afx:A, 5afx:B, 5ahu:B, 5ahu:D, 3dyf:A, 3dyf:B, 3dyg:A, 3dyg:B, 3dyh:A, 3dyh:B, 3efq:A, 3efq:B, 3egt:A, 3egt:B, 2ewg:B, 2i19:A, 2i19:B, 2ogd:A, 2ogd:B, 2p1c:A, 2p1c:B, 4rxc:A, 4rxc:B, 4rxd:A, 4rxd:B, 4rxd:C, 4rxe:A, 4rxe:B
3 6r38:A 331 356 0.6464 0.7069 0.6573 4.07e-172 5qt4:A, 5qt5:A, 5qt6:A, 5qt7:A, 5qt8:A, 5qt9:A, 5qta:A, 5qte:A, 5qtf:A, 5qtg:A, 5qth:A, 5qti:A, 5qtj:A, 5qtk:A, 6r37:A, 6r39:A, 6sii:A
4 4jzb:A 362 362 0.6354 0.6354 0.6354 6.23e-169 4jzb:B, 4jzx:A, 4jzx:B, 4k10:A, 4k10:B, 4k10:D, 4k10:C, 6vjc:A, 6vjc:B, 6w7i:A, 6w7i:B, 6ww1:A, 6ww1:B
5 4dem:F 346 356 0.3508 0.3671 0.3567 1.24e-64 3b7l:A, 5cg5:A, 5cg6:A, 3cp6:A, 5dgm:F, 5dgn:F, 5dgs:F, 5diq:F, 5djp:F, 5djr:F, 5djv:F, 2f7m:F, 2f89:F, 2f8c:F, 2f8z:F, 2f92:F, 2f94:F, 2f9k:F, 4ga3:A, 4h5c:F, 4h5d:F, 4h5e:F, 5ja0:F, 5juz:F, 4jvj:F, 5jv0:F, 5jv1:F, 5jv2:F, 4kfa:A, 4kpd:A, 4kpj:A, 4kq5:A, 4kqs:A, 4kqu:A, 5ksx:F, 4l2x:F, 4lfv:F, 4lpg:F, 4lph:F, 3n1v:F, 3n1w:F, 4n1z:F, 3n3l:F, 3n45:F, 3n46:F, 3n49:F, 3n5h:F, 3n5j:F, 3n6k:F, 6n7y:F, 6n7z:F, 6n82:F, 6n83:F, 4n9u:A, 4nfi:F, 4nfj:F, 4nfk:F, 4ng6:A, 4nke:A, 4nkf:A, 4nua:A, 6oag:F, 6oah:F, 4ogu:A, 2opm:A, 2opn:A, 4p0v:A, 4p0w:A, 4p0x:A, 4pvx:F, 4pvy:F, 4q23:A, 2qis:A, 4qpf:A, 4qxs:F, 2rah:A, 4rxa:A, 3rye:A, 3s4j:A, 2vf6:A, 5ygi:A, 1yq7:A, 1yv5:A, 1zw5:A
6 1ubw:A 348 327 0.3398 0.3534 0.3761 5.13e-62 1ubx:A, 1uby:A
7 6b04:A 341 355 0.3232 0.3431 0.3296 9.30e-60 6b04:B, 6b04:C, 6b06:A, 6b06:B, 6b06:C, 6b07:A, 6b07:B, 6b07:C
8 8a7l:A 346 298 0.2928 0.3064 0.3557 2.19e-55 8a6v:A, 8a6v:B, 8a6z:A, 8a6z:B, 8a6z:C, 8a6z:D, 8a6z:E, 8a6z:F, 8a70:A, 8a73:A, 8a73:B, 8a74:A, 8a74:B, 8a78:A, 8a7a:A, 8a7b:A, 8a7c:A, 8a7c:B, 8a7j:A, 8a7j:B, 8a7k:A, 8a7k:B, 8a7r:A, 8a7u:A
9 3rbm:B 362 348 0.2983 0.2983 0.3103 5.68e-48 3cc9:A, 3cc9:B, 3cc9:D, 3ez3:A, 3ez3:B, 3ez3:C, 3ez3:D, 5hn7:A, 5hn7:B, 5hn7:C, 5hn7:D, 5hn7:G, 5hn7:E, 5hn7:F, 5hn7:H, 5hn8:C, 5hn9:A, 5hn9:B, 5hn9:D, 5hna:A, 5hna:B, 5hna:C, 5hna:D, 3ldw:A, 3ldw:B, 3ldw:C, 3ldw:D, 3ph7:A, 3ph7:B, 3ph7:D, 3rbm:A, 3rbm:C, 3rbm:D, 3ryw:A, 3ryw:D, 3ryw:B, 3ryw:C
10 5hn8:D 334 338 0.2597 0.2814 0.2781 9.91e-40 3cc9:C, 5hn8:A, 5hn8:B, 5hn9:C, 3ph7:C
11 2o1o:A 335 341 0.2403 0.2597 0.2551 2.93e-21 2o1o:B, 2q58:A, 2q58:B
12 6kd7:A 327 238 0.1851 0.2049 0.2815 9.08e-12
13 3qqv:A 357 256 0.1685 0.1709 0.2383 1.97e-10
14 4lls:A 300 253 0.1851 0.2233 0.2648 2.28e-07 4lls:B, 4llt:A, 4llt:B
15 3oyr:B 328 269 0.1768 0.1951 0.2379 2.59e-06
16 4gp2:A 342 308 0.1934 0.2047 0.2273 1.67e-05 4gp1:A, 4gp2:B
17 7my0:B 288 223 0.1547 0.1944 0.2511 5.88e-04 7my0:A, 7my1:AAA
18 3aqb:D 325 328 0.2127 0.2369 0.2348 0.001 3aqb:B, 3aqc:B, 3aqc:D
19 3krf:D 295 236 0.1575 0.1932 0.2415 0.001 3kra:A, 3kra:D, 3krc:A, 3krc:D, 3krf:A, 3kro:A, 3kro:D, 3krp:A, 3krp:D, 3oab:A, 3oab:D, 3oac:D
20 5ze6:A 315 267 0.1685 0.1937 0.2285 0.002 3wjn:A, 3wjo:A, 5ze6:C, 5ze6:B, 5ze6:D
21 5ero:A 301 165 0.1050 0.1262 0.2303 0.002 5ero:B, 5ero:C
22 1rqi:A 300 185 0.1215 0.1467 0.2378 0.005 2for:A, 2for:B, 1rqi:B, 1rqj:A, 1rqj:B
23 3zmb:A 275 223 0.1575 0.2073 0.2556 0.005 4umj:A, 4umj:B, 3zl6:A, 3zl6:B, 3zmb:B, 3zmc:A, 3zmc:B, 3zou:A, 3zou:B
24 5h9d:A 318 228 0.1602 0.1824 0.2544 0.008 5h9d:B
25 8f8k:A 353 190 0.1298 0.1331 0.2474 0.025 8f8l:A
26 3p41:A 283 231 0.1492 0.1908 0.2338 0.050 3lsn:A
27 3q1o:A 303 205 0.1354 0.1617 0.2390 0.073 3q1o:B, 3q1o:C, 3q1o:D
28 5zlf:A 293 267 0.1657 0.2048 0.2247 0.085
29 7s0m:B 305 43 0.0470 0.0557 0.3953 0.40 7s0m:A
30 3s6i:D 207 56 0.0470 0.0821 0.3036 0.81 3s6i:A
31 3pde:D 291 256 0.1547 0.1924 0.2188 0.83 3pde:A, 3pde:B, 3pde:C
32 2j1p:A 276 182 0.1133 0.1486 0.2253 1.0
33 4lfg:A 290 183 0.1105 0.1379 0.2186 1.6 4lfe:A, 4lfe:B, 4lfg:B
34 4r1d:A 517 64 0.0442 0.0309 0.2500 2.6
35 1lwh:A 441 184 0.1160 0.0952 0.2283 2.8 1lwh:B, 1lwj:A, 1lwj:B
36 3myr:D 561 63 0.0580 0.0374 0.3333 2.9 3myr:B, 3myr:F, 3myr:H
37 7bvc:A 1078 24 0.0304 0.0102 0.4583 9.1 7bvg:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218