Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MAKWVCKICGYIYDEDAGDPDNGISPGTKFEELPDDWVCPICGAPKSEFEKL

The query sequence (length=52) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5ai2:A 54 52 1.0000 0.9630 1.0000 1.22e-33 5ai3:A, 4ar3:A, 4ar4:A, 4ar5:A, 4ar6:A, 9bkl:A, 9bkp:A, 9bkt:A, 1bq8:A, 1bq9:A, 1brf:A, 1caa:A, 1cad:A, 1iu5:A, 1iu6:A, 4k9f:A, 3kyu:A, 3kyv:A, 3kyw:A, 3kyx:A, 3kyy:A, 5nw3:A, 5ome:A, 3ryg:A, 3rz6:A, 3rzt:A, 3ss2:A, 1vcx:A, 1zrp:A
2 1yk5:A 53 52 0.8846 0.8679 0.8846 9.77e-31 2pya:A, 1yk4:A, 1yk5:B, 1yk5:C, 1yk5:D
3 2pvx:B 54 52 0.8462 0.8148 0.8462 4.38e-29 2pvx:A, 2pvx:C, 2pvx:D, 2pvx:E, 2pvx:F, 2pvx:G, 2pvx:H
4 2pve:A 52 52 0.7115 0.7115 0.7115 8.23e-25 2pve:B, 2pve:C
5 5xpd:A 269 52 0.5769 0.1115 0.5769 2.63e-23
6 6gps:A 330 52 0.5769 0.0909 0.5769 3.62e-23 6gpx:A
7 4xnw:C 350 52 0.5769 0.0857 0.5769 7.43e-23 4xnv:A, 4xnw:A
8 2kkd:A 52 50 0.6731 0.6731 0.7000 9.38e-23 2ql0:A, 1rb9:A, 1rdv:A, 2rdv:A, 2rdv:B, 2rdv:C, 7rxn:A, 8rxn:A
9 5vbl:B 353 52 0.5769 0.0850 0.5769 4.45e-22 6knm:B, 7sus:A
10 6iiv:A 461 52 0.5769 0.0651 0.5769 5.03e-22 1b13:A, 1b2j:A, 1b2o:A, 1b2o:B, 1be7:A, 1bfy:A, 1c09:A, 1c09:B, 1c09:C, 1fhh:A, 1fhm:A, 6iiu:A, 1irn:A, 1iro:A, 1r0h:A, 4rxn:A, 5rxn:A, 1smm:A, 1smu:A, 1smw:A, 1t9o:A, 1t9o:B, 1t9o:C, 1t9p:A, 1t9p:B, 1t9p:C, 1t9q:A
11 6me8:A 449 52 0.5769 0.0668 0.5769 6.37e-22 6me6:A, 6me7:A, 6me9:A
12 6li2:A 347 52 0.5769 0.0865 0.5769 6.38e-22
13 6ln2:A 437 52 0.5769 0.0686 0.5769 3.64e-21 3c59:A, 3c5t:A, 3iol:A, 5otu:A, 5otu:C, 5otv:C, 5otv:A, 5otw:C, 5otw:A, 5otx:A, 5otx:C, 4zgm:A
14 2dsx:A 52 51 0.6538 0.6538 0.6667 1.24e-20 1rdg:A
15 7f1t:A 423 52 0.5577 0.0686 0.5577 7.84e-20 6akx:A, 6akx:B, 6aky:A, 5d65:B, 5d65:A, 5d65:D, 4mbs:A, 4mbs:B, 5uiw:A
16 6bd4:A 379 52 0.5769 0.0792 0.5769 2.91e-19
17 7e0l:A 491 50 0.5577 0.0591 0.5800 4.49e-17 7e0l:B, 7e0l:K, 7e0l:M, 7wsx:A, 7wsx:B
18 1s24:A 56 47 0.5192 0.4821 0.5745 9.98e-17
19 2v3b:B 53 52 0.5385 0.5283 0.5385 3.29e-16
20 8ito:B 74 51 0.5192 0.3649 0.5294 9.14e-14 8ito:A
21 2kn9:A 81 47 0.4808 0.3086 0.5319 2.16e-13 7a9a:A, 7a9a:B, 7a9a:C, 7a9a:D, 7a9a:E, 7a9a:F, 7a9a:G, 7a9a:H
22 1dx8:A 70 51 0.4423 0.3286 0.4510 3.15e-12 1h7v:A
23 8f6t:A 428 51 0.4808 0.0584 0.4902 4.50e-12
24 6rxn:A 45 50 0.4231 0.4889 0.4400 5.69e-10
25 2ms3:A 57 50 0.3846 0.3509 0.4000 1.67e-09
26 1b71:A 191 50 0.3269 0.0890 0.3400 4.16e-04 1dvb:A, 1jyb:A, 1lkm:A, 1lko:A, 1lkp:A, 1qyb:A, 1ryt:A, 1s2z:A, 1s30:A
27 2hr5:A 170 46 0.3077 0.0941 0.3478 0.003 2hr5:B, 3mps:A, 3mps:B, 3mps:D, 3mps:I, 3mps:F, 3mps:K, 3mps:G, 3mps:H, 1nnq:A, 1nnq:B, 3pwf:A, 3pwf:B, 3pza:A, 3pza:B, 3qvd:A, 3qvd:B, 3qvd:C, 3qvd:D, 3qvd:E, 3qvd:F, 3qvd:G, 3qvd:H
28 4tpu:A 169 49 0.3462 0.1065 0.3673 0.026
29 1yux:B 202 45 0.3077 0.0792 0.3556 0.20 1yux:A, 1yuz:A, 1yuz:B, 1yv1:A, 1yv1:B
30 3npc:A 357 15 0.1923 0.0280 0.6667 0.36 3e7o:A, 3e7o:B, 8elc:A, 7n8t:A, 3npc:B
31 8bzx:B 568 29 0.2308 0.0211 0.4138 0.70
32 4zn3:B 67 16 0.1731 0.1343 0.5625 1.4 3lpe:B, 3lpe:D, 3lpe:F, 3lpe:H, 4zn1:B
33 3igy:B 549 27 0.1731 0.0164 0.3333 1.5 3igz:B
34 8a9c:B 520 23 0.2308 0.0231 0.5217 1.5
35 7s0t:A 1231 23 0.1923 0.0081 0.4348 1.5
36 3i74:A 642 24 0.1538 0.0125 0.3333 1.6 3i74:B
37 7lxd:A 1190 23 0.1923 0.0084 0.4348 1.6 6v8p:A
38 8tlq:A 1283 23 0.1923 0.0078 0.4348 1.8 8tlt:A, 6v93:A
39 2o1s:A 536 34 0.2885 0.0280 0.4412 3.5 2o1s:C
40 3th0:A 552 37 0.2308 0.0217 0.3243 4.1 1tyu:A, 1tyw:A, 1tyx:A
41 6itd:A 328 20 0.1731 0.0274 0.4500 4.1 6k36:A, 6k37:A, 6k38:A
42 7s01:c 484 34 0.1923 0.0207 0.2941 4.6
43 2dek:A 265 41 0.3077 0.0604 0.3902 4.9 2dsg:A, 2dsh:A, 2dsi:A, 2dv3:A, 2dv4:A, 2dv5:A, 2dv7:A, 2dxv:A, 2dxw:A, 2dxx:A, 2e07:A, 2e08:A, 2e15:A, 2e16:A, 2e17:A, 2e4n:A, 2e4r:A, 2e7r:A, 2e8h:A, 2e8q:A, 2e8r:A, 2e8s:A, 2ed3:A, 2ed5:A, 2eeq:A, 2egb:A, 2egl:A, 2egs:A, 2eh2:A, 2eh4:A, 2eh5:A, 2ehc:A, 2ehl:A, 2ejj:A, 2ejk:A, 2ejz:A, 2ejz:B, 2ek2:A, 2ek3:A, 2ek4:A, 2ek7:A, 2eka:A, 2el0:A, 2el1:A, 2el2:A, 2el3:A, 2eld:A, 2ele:A, 2emr:A, 2emu:A, 2en5:A, 2eni:A, 2hr8:A, 2huq:A, 2hut:A, 2huv:A, 2hux:A, 2owf:A, 2owg:A, 2owk:A, 2owu:A, 2owv:A, 2p2x:A, 2p2x:B, 2p5c:A, 2p5f:A, 2p6d:A, 2p6i:A, 2p6k:A, 2p6l:A, 2p9d:A, 2pb4:A, 2pb5:A, 2pb6:A, 2pca:A, 2pcg:A, 2pch:A, 2pci:A, 2pck:A, 2pcm:A, 1vce:A, 1wng:A, 2z6r:A
44 2lcq:A 161 18 0.1923 0.0621 0.5556 6.3
45 8bzx:A 546 21 0.1731 0.0165 0.4286 6.4
46 3m8u:A 508 16 0.1731 0.0177 0.5625 6.7
47 8fac:A 1377 22 0.1731 0.0065 0.4091 7.4 8e04:A
48 8oki:B 1101 13 0.1538 0.0073 0.6154 7.4 8cro:B, 8orq:B, 8p2i:B, 8rbo:B
49 4dw1:A 324 15 0.1538 0.0247 0.5333 7.5 8jv5:A, 8jv5:B, 8jv5:C, 8jv6:A, 8jv6:B, 8jv6:C, 5wzy:A
50 8e05:A 1749 22 0.1731 0.0051 0.4091 7.9 8e05:B, 8e06:A
51 7ase:5 421 12 0.1346 0.0166 0.5833 8.9
52 2ja1:A 193 15 0.1346 0.0363 0.4667 9.0 2j9r:A
53 8oki:A 901 16 0.1923 0.0111 0.6250 9.1 8cro:A, 8orq:A, 8p2i:A, 8rbo:A
54 4qiw:B 1069 40 0.2308 0.0112 0.3000 9.2 4qiw:J
55 6kf3:B 1114 40 0.2308 0.0108 0.3000 9.2 9bct:B, 9bcu:B, 6kf4:B, 6kf9:B
56 3fb4:A 215 12 0.1154 0.0279 0.5000 9.7

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218