Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
LTDQIAKNVKLDDFIPKRQSNFELSVPLPTKAEIQECTARTKSYIQRLVNAKLANSNNRASSRYVAPANLLLNNSHHIEV
VSKQMDPLLPRFVGKKARKVVAPTENDEVVPVLHMGEADPNEWKIPAAVSNWKNPNGYTVALERRVENNTINDGFMKLSE
ALENADKKARQEIRSKMELKRLAMEQEMLAKESKLKELSQR

The query sequence (length=201) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7dco:P 246 197 0.9303 0.7602 0.9492 3.46e-132 6exn:K, 5gm6:P, 5gmk:P, 6j6g:P, 6j6h:P, 6j6n:P, 6j6q:P, 5lj3:K, 5lj5:K, 5lqw:M, 5wsg:P, 5y88:Q, 5ylz:Q
2 5mps:K 187 190 0.8657 0.9305 0.9158 2.12e-121 7b9v:K, 5mq0:K
3 6bk8:E 186 182 0.8507 0.9194 0.9396 5.43e-120
4 3jb9:M 207 181 0.2786 0.2705 0.3094 3.44e-19
5 8ro0:R 282 161 0.2637 0.1879 0.3292 1.85e-18 8ro1:R
6 8i0u:R 380 212 0.3234 0.1711 0.3066 2.20e-18 8c6j:K, 8i0s:R, 8i0t:R, 8i0v:R, 8i0w:R, 6icz:R, 6id0:R, 6id1:R, 5mqf:C, 6qdv:K, 7w59:R, 7w5a:R, 7w5b:R, 5xjc:R, 5yzg:R, 6zym:C
7 6ff4:C 286 219 0.3284 0.2308 0.3014 2.19e-17 6ff7:C
8 9fmd:R 328 219 0.3234 0.1982 0.2968 3.19e-17 8ro2:R
9 7aav:v 206 183 0.2786 0.2718 0.3060 5.95e-11 7abi:v
10 8ch6:Y 306 203 0.2886 0.1895 0.2857 1.85e-09 7qtt:Y
11 7dvq:R 241 126 0.2090 0.1743 0.3333 5.09e-08
12 2ewn:A 318 52 0.0995 0.0629 0.3846 0.40 2ewn:B, 1hxd:A, 1hxd:B, 4wf2:A
13 3efw:B 242 58 0.0896 0.0744 0.3103 0.83 3efw:A, 3w18:A, 3w18:B, 2wqe:A
14 4fr4:A 350 51 0.0796 0.0457 0.3137 1.0 4fr4:B, 4fr4:C, 4fr4:D, 4fr4:E, 4fr4:F
15 1vp4:A 420 56 0.1095 0.0524 0.3929 1.7 1vp4:B
16 6vph:A 284 41 0.0697 0.0493 0.3415 3.1 5aad:A, 5aae:A, 5aaf:A, 5aag:A, 7ayh:A, 7ayi:A, 4b0g:A, 2bmc:A, 2bmc:B, 2bmc:C, 2bmc:D, 2bmc:E, 2bmc:F, 4bn1:A, 4byi:A, 4byj:A, 8c14:A, 8c15:A, 8c1d:A, 8c1e:A, 8c1f:A, 8c1g:A, 8c1h:A, 8c1i:A, 8c1k:A, 8c1m:A, 6c2r:A, 6c2t:A, 4c3p:A, 4c3p:D, 4c3r:A, 2c6d:A, 2c6e:A, 2c6e:B, 6c83:A, 6c83:B, 4ceg:A, 3coh:A, 3coh:B, 6cpf:A, 6cpg:A, 6cpg:D, 3d14:A, 3d15:A, 3d2i:A, 3d2k:A, 3daj:A, 4dea:A, 4deb:A, 4ded:A, 4dee:A, 4dhf:A, 4dhf:B, 3dj5:A, 3dj6:A, 3dj7:A, 5dn3:A, 5dnr:A, 5dos:A, 5dpv:A, 5dr2:A, 5dr6:A, 5dr9:A, 5drd:A, 5dt0:A, 5dt3:A, 5dt4:A, 2dwb:A, 3e5a:A, 5ew9:A, 3fdn:A, 7fic:A, 5g15:A, 5g1x:A, 6gra:A, 8guw:A, 8guw:B, 8guw:C, 3h0y:A, 3h0z:A, 3h0z:B, 3h0z:C, 3h10:A, 3h10:B, 3h10:D, 3ha6:A, 6hjj:A, 6hjk:A, 6i2u:A, 2j4z:A, 2j4z:B, 2j50:A, 2j50:B, 4j8m:A, 4jai:A, 4jaj:A, 4jbo:A, 4jbp:A, 4jbq:A, 8jf4:A, 8jg8:A, 8jmx:A, 3k5u:A, 5l8j:A, 5l8k:A, 5l8l:A, 3lau:A, 5lxm:A, 3m11:A, 1mq4:A, 1muo:A, 3myg:A, 2np8:A, 3nrm:A, 4o0s:A, 4o0u:A, 4o0w:A, 7o2v:A, 3o50:A, 3o50:B, 3o51:A, 5obj:A, 5obr:A, 5odt:A, 8of5:A, 1ol5:A, 1ol6:A, 1ol7:A, 5one:A, 5orl:A, 5orn:A, 5oro:A, 5orp:A, 5orr:A, 5ors:A, 5ort:A, 5orv:A, 5orw:A, 5orx:A, 5ory:A, 5orz:A, 5os0:A, 5os1:A, 5os2:A, 5os3:A, 5os4:A, 5os5:A, 5os6:A, 5osd:A, 5ose:A, 5osf:A, 3p9j:A, 4prj:A, 8pr7:D, 8pr7:A, 3qbn:A, 3r21:A, 3r22:A, 6r49:A, 6r4a:A, 6r4b:A, 6r4c:A, 6r4d:A, 8sso:A, 8sso:D, 8ssp:A, 3unz:A, 3unz:B, 3uo4:A, 3uo5:A, 3uo6:A, 3uo6:B, 3uod:A, 3uoh:A, 3uoh:B, 3uoj:A, 3uoj:B, 3uok:A, 3uok:B, 3uol:A, 3uol:B, 3up2:A, 3up7:A, 4uyn:A, 4uzd:A, 4uzd:B, 4uzh:A, 3vap:A, 6vpg:A, 6vpi:A, 6vpj:A, 6vpl:B, 6vpl:A, 6vpm:B, 6vpm:A, 2w1c:A, 2w1d:A, 2w1e:A, 2w1f:A, 2w1g:A, 3w10:A, 3w16:A, 2wtv:A, 2wtv:B, 2wtv:C, 2wtv:D, 2wtw:A, 2x6d:A, 2x6e:A, 2x81:A, 2xne:A, 2xng:A, 2xru:A, 6z4y:A, 5zan:A, 4zs0:A, 4ztq:A, 4ztr:A, 4zts:A, 7ztl:A
17 2nsh:A 163 35 0.0597 0.0736 0.3429 4.3 2ate:A, 1d7a:A, 1d7a:B, 1d7a:C, 1d7a:D, 2nsj:A, 2nsl:A
18 8yfq:R 746 51 0.0846 0.0228 0.3333 5.5
19 8hd3:A 248 30 0.0547 0.0444 0.3667 8.2 6a5w:A, 6a5w:C, 6a5x:A, 6a5y:A, 6a5z:A, 6a5z:H, 6a60:A, 3bej:A, 3bej:B, 7d42:A, 3dct:A, 3dcu:A, 3fli:A, 3fxv:A, 3gd2:A, 3hc5:A, 3hc6:A, 8hd3:B, 6hl0:A, 6hl1:A, 5iaw:A, 5iaw:B, 5ick:B, 5ick:A, 6itm:A, 6itm:C, 3l1b:A, 4oiv:A, 4oiv:B, 3okh:A, 3oki:A, 3oki:C, 3olf:A, 3olf:C, 3omk:A, 3omk:C, 3omm:A, 3omm:C, 3oof:A, 3oof:C, 3ook:A, 3ook:C, 1osh:A, 1osv:A, 1osv:B, 1ot7:A, 1ot7:B, 3p88:A, 3p89:A, 5q0i:A, 5q0j:A, 5q0j:C, 5q0k:A, 5q0l:A, 5q0l:C, 5q0m:A, 5q0n:A, 5q0n:C, 5q0o:A, 5q0o:C, 5q0p:A, 5q0p:C, 5q0q:A, 5q0q:C, 5q0r:A, 5q0s:A, 5q0s:C, 5q0t:A, 5q0u:A, 5q0u:C, 5q0v:A, 5q0v:C, 5q0w:A, 5q0x:A, 5q0y:A, 5q0y:C, 5q0z:A, 5q0z:C, 5q10:A, 5q11:A, 5q12:A, 5q13:A, 5q13:C, 5q14:A, 5q14:C, 5q15:A, 5q15:C, 5q16:A, 5q16:C, 5q17:A, 5q18:A, 5q18:C, 5q19:A, 5q19:C, 5q1a:A, 5q1a:C, 5q1b:A, 5q1b:C, 5q1c:A, 5q1c:C, 5q1d:A, 5q1d:C, 5q1e:A, 5q1f:A, 5q1f:C, 5q1g:A, 5q1h:A, 5q1h:C, 5q1h:E, 5q1h:G, 5q1i:A, 4qe8:A, 4qe8:B, 3rut:A, 3ruu:A, 3rvf:A, 7trb:A, 7trb:B, 7vue:A, 4wvd:A, 4wvd:B, 5wzx:A, 5wzx:B, 5y1j:A, 5y44:A, 5y49:A, 5y49:B, 5yxb:A, 5yxd:A, 5yxj:B, 5yxj:A, 5yxl:A, 5yxl:C, 5z12:A, 5z12:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218