Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
LTDKYTVIDHTYDAIVVGAGGAGLRAAFGLVEEGFKTACITKLFPTRSHTVAAQGGINAALGNMTEDDWKWHFYDTVKGS
DWLGDQDAIQYMTREAPAAVLELESYGLPFSRTPEGKIYQRAFGGQSLKFGKGGQARRTACAADRTGHAMLHTLFGRSLA
YNCNFFIEYFVIDLIMDEEGACRGVICMSMADGSIHRIRAHYTVLAAGGYGRSYLSCTAAHTCTGDGMALATRAGLPLED
PEFVQFHPTGIYGSGCLMTEGCRGEGGILVNSNGEAFMEKYAPTAKDLASRDVVSRAMTIEILEGRGVGPKKDHIFLQLH
HLSPETLHQRLPGISETARIFAGVDVTKEPAPVVPTVHYNMGGVPTNWKTEVITQDKNGKDKIVPGLLAAGENACASVHG
ANRLGANSLLDIVVFGRAAAKLVKEKLKPGTPHKDLPKNAGEQALARLDKYRFANGEYTTHHVRTAMQETMQRHAAVFRI
EKLMAEGVQKLDHIYEQSKSLKTFDRGLVWNTDLIETLELENLLLCSKQTLLAGLLRKESRGAHARDDFKERDDKNWMKH
SLTWIKDVNTGKTEVTYRDVINHTLDSEVTPVPPAKRSY

The query sequence (length=599) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8b6g:CA 599 599 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 8bqs:CA, 8gym:sa, 8gym:SA, 8gzu:sa, 8gzu:SA
2 8gs8:A 614 617 0.6878 0.6710 0.6677 0.0 3abv:A, 3ae1:A, 3ae2:A, 3ae3:A, 3ae4:A, 3ae5:A, 3ae6:A, 3ae7:A, 3ae8:A, 3ae9:A, 3aea:A, 3aeb:A, 3aec:A, 3aed:A, 3aee:A, 3aef:A, 3aeg:A, 8dyd:A, 8dye:A, 2fbw:A, 2fbw:N, 2h88:A, 2h88:N, 2h89:A, 6myo:A, 6myp:A, 6myq:A, 6myr:A, 6mys:A, 6myt:A, 6myu:A, 3sfd:A, 3sfe:A, 6vax:A, 6vax:C, 2wqy:A, 2wqy:N, 1yq3:A, 1yq4:A, 4ytp:A, 4yxd:A, 1zoy:A, 1zp0:A
3 5c2t:A 616 614 0.6728 0.6542 0.6564 0.0 5c2t:E, 5c3j:A, 5c3j:E, 3vr8:A, 3vr8:E, 3vr9:A, 3vr9:E, 3vra:A, 3vra:E, 3vrb:A, 3vrb:E, 4ysx:A, 4ysx:E, 4ysy:A, 4ysy:E, 4ysz:A, 4ysz:E, 4yt0:A, 4yt0:E, 4ytm:A, 4ytm:E, 4ytn:A, 4ytn:E
4 2acz:A 588 590 0.5008 0.5102 0.5085 0.0 1nek:A, 1nen:A, 2wdq:A, 2wdq:E, 2wdq:I, 2wdr:A, 2wdr:E, 2wdr:I, 2wdv:A, 2wdv:E, 2wdv:I, 2wp9:A, 2wp9:E, 2wp9:I, 2ws3:A, 2ws3:E, 2ws3:I, 2wu2:A, 2wu2:E, 2wu2:I, 2wu5:A, 2wu5:E, 2wu5:I
5 6c12:B 537 552 0.4341 0.4842 0.4710 4.49e-160 6c12:A
6 6lum:A 539 563 0.4224 0.4694 0.4494 9.78e-154 6lum:J, 6lum:P
7 5vpn:E 585 580 0.3957 0.4051 0.4086 5.71e-132 6awf:A, 2b76:A, 2b76:M, 1kf6:A, 1kf6:M, 1kfy:A, 1kfy:M, 4kx6:A, 4kx6:M, 1l0v:A, 1l0v:M, 3p4p:A, 3p4p:M, 3p4q:A, 3p4q:M, 3p4r:A, 3p4r:M, 3p4s:A, 3p4s:M, 5vpn:A
8 3cir:A 541 564 0.3723 0.4122 0.3954 1.30e-119
9 6b58:C 544 576 0.3706 0.4081 0.3854 1.36e-115 6b58:A
10 2bs2:A 655 618 0.3523 0.3221 0.3414 7.45e-101 2bs2:D, 2bs3:A, 2bs3:D, 2bs4:A, 2bs4:D, 1e7p:A, 1e7p:D, 1e7p:G, 1e7p:J, 1qlb:A, 1qlb:D
11 5xmj:A 622 623 0.3706 0.3569 0.3563 2.16e-100 5xmj:E, 5xmj:I, 5xmj:M
12 3cir:M 504 549 0.3372 0.4008 0.3679 3.92e-97
13 7d6v:A 601 571 0.3439 0.3428 0.3608 2.00e-92 7d6x:A
14 7jz2:A 481 237 0.2220 0.2765 0.5612 9.20e-73 7jz2:E, 7jz2:I, 6wu6:A, 6wu6:E, 6wu6:I
15 7jz2:A 481 246 0.1669 0.2079 0.4065 6.01e-47 7jz2:E, 7jz2:I, 6wu6:A, 6wu6:E, 6wu6:I
16 6awf:E 487 225 0.1720 0.2115 0.4578 2.44e-56
17 6awf:E 487 244 0.1419 0.1745 0.3484 2.49e-30
18 1knp:A 529 557 0.2688 0.3043 0.2890 9.21e-51 1knr:A
19 2e5v:A 472 548 0.2705 0.3432 0.2956 1.29e-47 2e5v:B
20 5kxj:A 481 359 0.1870 0.2328 0.3120 4.88e-39
21 2b7r:A 568 446 0.1920 0.2025 0.2578 2.46e-30 2b7s:A, 1e39:A, 1jrx:A, 1jrx:B, 1jry:A, 1jry:B, 1jrz:A, 1jrz:B, 1kss:A, 1ksu:A, 1ksu:B, 1lj1:A, 1lj1:B, 1m64:A, 1m64:B, 1p2e:A, 1p2h:A, 1q9i:A, 1qjd:A, 1y0p:A
22 1qo8:A 564 458 0.1937 0.2057 0.2533 1.84e-26 1qo8:D
23 1d4c:A 570 472 0.2237 0.2351 0.2839 1.88e-23 1d4c:C, 1d4c:B, 1d4c:D, 1d4d:A, 1d4e:A
24 5glg:A 471 485 0.1920 0.2442 0.2371 2.65e-22 6ku6:B, 6ku6:H, 5zyn:B
25 6t85:A 459 479 0.2087 0.2723 0.2610 1.17e-19 6t86:A, 6t87:A, 6t88:A
26 2fja:A 642 633 0.2304 0.2150 0.2180 3.96e-10 2fja:C, 2fjb:A, 2fjb:C, 2fjd:A, 2fjd:C, 2fje:A, 2fje:C, 1jnr:A, 1jnr:C, 1jnz:A, 1jnz:C
27 8a8o:A 556 574 0.2237 0.2410 0.2334 5.72e-07 8a8o:B
28 3gyx:A 662 219 0.0851 0.0770 0.2329 0.010 3gyx:C, 3gyx:E, 3gyx:G, 3gyx:I, 3gyx:K
29 1jeh:A 478 35 0.0234 0.0293 0.4000 0.17 1jeh:B, 1v59:A, 1v59:B
30 7koe:C 438 31 0.0234 0.0320 0.4516 0.40 7koe:G
31 5dbj:E 437 42 0.0267 0.0366 0.3810 0.59 5dbj:A, 5dbj:B, 5dbj:C, 5dbj:D
32 3cp8:A 611 57 0.0334 0.0327 0.3509 0.63 3cp8:B, 3cp8:C, 3cp8:D
33 5u8u:D 477 35 0.0250 0.0314 0.4286 0.67 1lpf:A, 1lpf:B, 5u8u:A, 5u8u:B, 5u8u:C, 5u8v:A, 5u8v:B, 5u8v:C, 5u8v:D, 5u8w:A, 5u8w:B, 5u8w:C, 5u8w:D
34 6awa:A 475 31 0.0250 0.0316 0.4839 0.73 6awa:B, 5tr3:A, 5tr3:B
35 2gb0:B 389 38 0.0234 0.0360 0.3684 0.74 2a89:A, 2a89:B, 3bhf:A, 3bhf:B, 3bhk:A, 3bhk:B, 1el5:A, 1el5:B, 1el7:A, 1el7:B, 1el8:A, 1el8:B, 1el9:A, 1el9:B, 1eli:A, 1eli:B, 2gb0:A, 2gf3:A, 2gf3:B, 1l9c:A, 1l9c:B, 1l9d:A, 1l9d:B, 1l9e:A, 1l9e:B, 3m0o:A, 3m0o:B, 3m12:A, 3m12:B, 3m13:A, 3m13:B, 3m13:C, 3m13:D, 3qse:A, 3qse:B, 3qsm:A, 3qsm:B, 3qss:A, 3qss:B
36 5k0a:D 322 35 0.0267 0.0497 0.4571 0.89 5jri:A, 5jri:B, 5k0a:A, 5k0a:B, 5k0a:C
37 1zov:A 381 38 0.0234 0.0367 0.3684 0.90 1zov:B
38 3dh9:A 482 37 0.0267 0.0332 0.4324 1.3 3dgh:A, 3dgh:B, 3dh9:B, 2nvk:X
39 6bz0:A 469 31 0.0234 0.0299 0.4516 1.4 6bz0:B, 6bz0:C, 6bz0:D
40 6kxf:A 403 84 0.0501 0.0744 0.3571 2.7
41 4mo2:B 365 118 0.0467 0.0767 0.2373 2.7 4mo2:A
42 2vyc:A 755 89 0.0334 0.0265 0.2247 5.4 2vyc:B, 2vyc:C, 2vyc:D, 2vyc:E, 2vyc:F, 2vyc:G, 2vyc:H, 2vyc:I, 2vyc:J
43 3ad7:B 404 50 0.0334 0.0495 0.4000 6.6 3ad8:B, 3ad9:B, 3ada:B, 2gag:B, 2gah:B, 1vrq:B, 1x31:B
44 4y4m:F 262 30 0.0217 0.0496 0.4333 6.8 4y4m:A, 4y4m:B, 4y4m:C, 4y4m:D, 4y4m:E, 4y4m:G, 4y4m:H
45 5hxw:A 433 30 0.0217 0.0300 0.4333 7.3 5hxw:B, 5hxw:C, 5hxw:D, 5hxw:E, 5hxw:F
46 2r0g:A 522 66 0.0301 0.0345 0.2727 7.6 4eip:A, 4eip:B, 4eiq:A, 4eiq:B, 3ept:A, 3ept:B, 2r0c:A, 2r0g:B, 2r0p:A
47 6hg8:B 482 30 0.0234 0.0290 0.4667 7.8 2f5z:A, 2f5z:B, 2f5z:C, 2f5z:D, 2f5z:E, 2f5z:F, 2f5z:G, 2f5z:H, 2f5z:I, 2f5z:J, 6hg8:A, 6i4p:A, 6i4p:B, 6i4q:A, 6i4q:B, 6i4r:A, 6i4r:B, 6i4s:A, 6i4s:B, 6i4t:A, 6i4t:B, 6i4u:A, 6i4u:B, 6i4z:A, 6i4z:B, 6i4z:C, 6i4z:D, 6i4z:E, 6i4z:F, 6i4z:G, 6i4z:H, 5j5z:A, 5j5z:B, 5nhg:A, 5nhg:B, 5nhg:C, 5nhg:D, 5nhg:E, 5nhg:F, 5nhg:G, 5nhg:H, 7psc:A, 7psc:B, 3rnm:A, 3rnm:B, 3rnm:C, 3rnm:D, 1zmc:A, 1zmc:B, 1zmc:C, 1zmc:D, 1zmc:E, 1zmc:F, 1zmc:G, 1zmc:H, 1zmd:A, 1zmd:B, 1zmd:C, 1zmd:D, 1zmd:E, 1zmd:F, 1zmd:G, 1zmd:H, 1zy8:A, 1zy8:B, 1zy8:C, 1zy8:D, 1zy8:E, 1zy8:F, 1zy8:G, 1zy8:H, 1zy8:I, 1zy8:J, 7zyt:A, 7zyt:B
48 8j4q:D 724 37 0.0284 0.0235 0.4595 9.3 8j4q:A, 8j4q:B, 8j4q:C, 8j4r:A, 8j4r:B, 8j4r:C, 8j4r:D, 6lfk:A, 6lfk:B, 6lfk:C, 6lfk:D
49 3ng7:X 427 29 0.0250 0.0351 0.5172 9.7 3k7m:X, 3k7q:X, 3k7t:A, 3k7t:B, 3ngc:X, 3nh3:X, 3nho:X, 3nk0:X, 3nk1:X, 3nk2:X, 3nn0:X, 3nn6:X
50 1kdg:B 546 45 0.0301 0.0330 0.4000 9.8 1kdg:A, 1naa:A, 1naa:B
51 8bxl:B 590 74 0.0334 0.0339 0.2703 10.0 8bxl:C, 8bxl:D, 8bxl:A, 8bxl:F, 8bxl:E

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218