Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
LSVQDLNDLLSDGSGCYSLPSQPCNEVTPRIYVGNASVAQDIPKLQKLGITHVLNAAEGRSFMHVNTNANFYKDSGITYL
GIKANDTQEFNLSAYFERAADFIDQALAQKNGRVLVHCREGYSRSPTLVIAYLMMRQKMDVKSALSIVRQNREIGPNDGF
LAQLCQLNDRLAKEGKLKP

The query sequence (length=179) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8tk2:A 181 179 1.0000 0.9890 1.0000 3.13e-134 3f81:A, 3f81:B, 1j4x:A, 8tk2:B, 8tk3:A
2 5gtj:B 168 172 0.4022 0.4286 0.4186 3.86e-38 5gtj:A, 5gtj:C, 5gtj:D
3 6d67:A 514 147 0.2737 0.0953 0.3333 2.24e-18 6apx:A
4 7u4o:A 150 146 0.2849 0.3400 0.3493 7.95e-16 6mc1:A, 6mc1:B, 6mc1:C, 6mc1:D, 6mc1:E, 6mc1:F, 7u4o:F, 7u4o:B, 7u4o:D, 7u4o:C, 7u4o:E, 7u4r:A, 7u4r:B, 7u4r:C, 7u4r:D, 7u4r:E, 7u4r:F, 7umu:A, 7umu:B, 7umu:C, 7umu:D, 7umu:E, 7umu:F, 7umv:A, 7un0:A, 7un0:B, 7un0:C, 7un0:D, 7un0:E, 7un0:F, 7un4:A, 7un4:B, 7un4:C, 7un4:D, 7un4:E, 7un4:F
5 4woh:A 158 141 0.2682 0.3038 0.3404 1.07e-15
6 2hcm:A 159 143 0.2291 0.2579 0.2867 4.42e-11
7 4kyr:A 208 125 0.1788 0.1538 0.2560 1.97e-08
8 6i28:A 161 69 0.1173 0.1304 0.3043 2.39e-06
9 2j17:B 145 65 0.1117 0.1379 0.3077 7.38e-05 2j16:B, 2j17:A
10 1ohd:A 338 54 0.1061 0.0562 0.3519 4.94e-04 1ohe:A
11 2i6j:A 161 116 0.1732 0.1925 0.2672 5.84e-04 2dxp:A, 2i6m:A, 2i6o:A, 2i6p:A, 7mpc:A, 7mpd:A
12 4pyh:A 293 141 0.1620 0.0990 0.2057 0.001
13 5z5a:A 148 45 0.0894 0.1081 0.3556 0.003 5z5a:B, 5z5a:C
14 4r0s:A 162 132 0.1788 0.1975 0.2424 0.008 4r0s:B, 4r0t:B
15 7mok:A 166 87 0.1453 0.1566 0.2989 0.028 7moe:A, 7moe:B, 7mof:A, 7mof:B, 7mog:A, 7mog:B, 7moh:A, 7moh:B, 7moi:A, 7moi:B, 7moj:A, 7moj:B, 7mok:B, 7mom:A, 7mom:B
16 6g84:B 368 99 0.1341 0.0652 0.2424 0.029 6g84:A, 6g85:A, 6g85:B, 6g86:A, 6g86:B, 5xw5:A
17 5bx1:A 153 119 0.1508 0.1765 0.2269 0.16 3rz2:A, 3rz2:B, 1xm2:A, 1xm2:B, 1xm2:C, 1xm2:D, 1xm2:E, 1zcl:A, 1zcl:B
18 4erc:A 150 56 0.0894 0.1067 0.2857 0.25 4erc:B
19 3rgq:A 156 83 0.1341 0.1538 0.2892 0.33
20 5dxv:A 149 41 0.0950 0.1141 0.4146 0.48
21 3qck:A 289 54 0.0950 0.0588 0.3148 0.86 3qce:A, 3qce:B, 3qcf:A, 3qcf:B, 3qcg:A, 3qch:A, 3qci:A, 3qcj:A, 3qcl:A, 3qcm:A, 3qcm:B
22 4x8x:B 393 26 0.0615 0.0280 0.4231 0.88 4x8x:A, 4x9f:A
23 4xb8:A 391 26 0.0615 0.0281 0.4231 0.92 4xb8:B
24 7xqp:9 225 48 0.0894 0.0711 0.3333 1.3 8htu:9
25 8eup:3 194 88 0.1173 0.1082 0.2386 2.2 8esq:3, 8etc:3, 8etg:3, 8eth:3, 8eti:3, 8etj:3, 8eug:3, 8eui:3, 8euy:3, 8ev3:3
26 5k16:B 328 54 0.0726 0.0396 0.2407 3.0 5cvm:A, 5k16:A, 5k1c:A, 5l8h:A, 5l8w:A
27 1lpa:B 449 84 0.1229 0.0490 0.2619 3.1 1lpb:B
28 8pm4:A 604 75 0.1117 0.0331 0.2667 3.9
29 8p4a:M 507 50 0.0782 0.0276 0.2800 4.0 8p4b:M, 8w8e:a
30 8fo9:A 1173 119 0.1397 0.0213 0.2101 5.3 8fo9:C
31 8smc:C 1084 119 0.1397 0.0231 0.2101 5.3
32 8u7h:C 1111 119 0.1397 0.0225 0.2101 5.5
33 1fn8:A 224 61 0.1006 0.0804 0.2951 5.6 1fy4:A, 1fy5:A, 1gdn:A, 1gdq:A, 1gdu:A, 1pq5:A, 1pq7:A, 1pq8:A, 1try:A, 1xvm:A
34 8tzc:A 872 119 0.1397 0.0287 0.2101 5.9
35 8txz:A 858 119 0.1397 0.0291 0.2101 6.0
36 6cxk:A 165 37 0.0782 0.0848 0.3784 7.1 2ano:A, 2anq:A, 5cc9:A, 5ccc:A, 6cqa:A, 6cw7:A, 7d3z:A, 7d49:A, 7d4l:A, 7d4x:A, 7d6g:A, 3dau:A, 8dai:A, 1ddr:A, 1ddr:B, 1dds:A, 1dds:B, 4dfr:A, 4dfr:B, 6dfr:A, 7dfr:A, 1dhi:A, 1dhi:B, 1dhj:A, 1dhj:B, 1dra:A, 1dra:B, 1drb:A, 1drb:B, 1dre:A, 1drh:A, 2drc:A, 2drc:B, 3drc:A, 3drc:B, 1dyh:A, 1dyh:B, 1dyi:B, 1dyj:A, 1dyj:B, 7f3b:A, 4fhb:A, 7fpl:A, 7fpm:A, 7fpn:A, 7fpo:A, 7fpp:A, 7fpq:A, 7fpr:A, 7fps:A, 7fpt:A, 7fpu:A, 7fpv:A, 7fpw:A, 7fpx:A, 7fpy:A, 7fpz:A, 7fq0:A, 7fq1:A, 7fq2:A, 7fq3:A, 7fq4:A, 7fq5:A, 7fq6:A, 7fq7:A, 7fq8:A, 7fq9:A, 7fqa:A, 7fqb:A, 7fqc:A, 7fqd:A, 7fqe:A, 7fqf:A, 7fqg:A, 8g4z:A, 8g50:A, 8g50:B, 4gh8:B, 4gh8:A, 2inq:A, 2inq:B, 1jol:A, 1jol:B, 1jom:A, 3kfy:A, 4kjj:A, 4kjk:A, 4kjl:A, 7lvc:A, 7mqp:A, 6mr9:A, 6mt8:A, 6mth:A, 7mym:A, 7mym:C, 7mym:B, 7nae:A, 4nx6:A, 4nx7:A, 3och:A, 3och:B, 4or7:A, 4osg:A, 4osg:B, 4osg:C, 4osg:D, 4p3q:A, 4p3r:A, 4p66:A, 4p68:A, 4pdj:A, 4pss:A, 4pst:A, 4psy:A, 4pth:A, 4ptj:A, 3ql0:A, 3ql3:A, 4qle:A, 4qle:B, 4qlf:A, 4qlg:A, 4qlg:B, 3qyl:A, 3qyo:A, 3r33:A, 1ra1:A, 1ra2:A, 1ra3:A, 1ra8:A, 1ra9:A, 1rb2:A, 1rb2:B, 1rb3:A, 1rb3:B, 1rc4:A, 7reb:A, 1rf7:A, 1rg7:A, 4rgc:A, 1rh3:A, 1rx1:A, 1rx2:A, 1rx3:A, 1rx4:A, 1rx5:A, 1rx6:A, 1rx8:A, 1rx9:A, 5sss:A, 5sst:A, 5ssu:A, 5ssv:A, 5ssw:A, 1tdr:A, 1tdr:B, 8ucx:A, 5uih:A, 5uii:A, 5uio:A, 5uio:B, 5uio:C, 5uio:D, 5uio:E, 5uip:A, 5uip:B, 8uw0:A, 8vz4:A, 8vz4:B, 5w3q:A, 4x5f:A, 4x5f:B, 4x5g:A, 4x5g:B, 4x5h:A, 4x5i:A, 4x5j:A, 6xg4:A, 6xg5:A, 5z6f:A, 5z6j:A, 5z6k:A, 5z6l:A, 5z6m:A
37 7tby:A 1788 53 0.0782 0.0078 0.2642 7.8 7tc0:A
38 7roq:A 1831 53 0.0782 0.0076 0.2642 8.0
39 7tbw:A 1928 53 0.0782 0.0073 0.2642 8.2
40 6rul:A 276 37 0.0782 0.0507 0.3784 8.3 6cyv:A, 6rum:A
41 2wbi:B 398 38 0.0782 0.0352 0.3684 9.3 2wbi:A
42 5cvn:B 321 50 0.0670 0.0374 0.2400 10.0 5cvo:B, 5cvo:E, 6jlq:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218