Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
LSSFERKKLPTDFDPSLYDISFQQIDAEQSVLNGIKDENTSTVVRFFGVTSEGHSVLCNVTGFKNYLYVPAPNSSDANDQ
EQINKFVHYLNETFDHAIDSIEVVSKQSIWGYSGDTKLPFWKIYVTYPHMVNKLRTAFERGHLSFNSWFSNGTTTYDNIA
YTLRLMVDCGIVGMSWITLPKGKYSMIEPNNRVSSCQLEVSINYRNLIAHPAEGDWSHTAPLRIMSFSISCAGRIGVFPE
PEYDPVIQIANVVSIAGAKKPFIRNVFTLNTCSPITGSMIFSHATEEEMLSNWRNFIIKVDPDVIIGYNTTNFDIPYLLN
RAKALKVNDFPYFGRLKTVKQEIKESVFSSKAYGTRETKNVNIDGRLQLDLLQFIQREYKLRSYTLNAVSAHFLGEQKED
VHYSIISDLQNGDSETRRRLAVYCLKDAYLPLRLMEKLMALVNYTEMARVTGVPFSYLLARGQQIKVVSQLFRKCLEIDT
VIPNMQSQASDDQYEGATVIEPIRGYYDVPIATLDFNSLYPSIMMAHNLCYTTLCNKATVERLNLKIDEDYVITPNGDYF
VTTKRRRGILPIILDELISARKRAKKDLRDEKDPFKRDVLNGRQLALKISANSVYGFTGATVGKLPCLAISSSVTAYGRT
MILKTKTAVQEKYCIKNGYKHDAVVVYGDTDSVMVKFGTTDLKEAMDLGTEAAKYVSTLFKHPINLEFEKAYFPYLLINK
KRYAGLFWTNPDKFDKLDQKGLASVRRDSCSLVSIVMNKVLKKILIERNVDGALAFVRETINDILHNRVDISKLIISKTL
APNYTNPQPHAVLAERMKRREGVGPNVGDRVDYVIIGGNDKLYNRAEDPLFVLENNIQVDSRYYLTNQLQNPIISIVAPI
IGDKQANGMFVVKSIKINTGSQKGGLMSFIKKVEACKSCKGPLRKGEGPLCSNCLARSGELYIKALYDVRDLEEKYSRLW
TQCQRCAGNLHSEVLCSNKNCDIFYMRVKVKKELQEKVEQLSKW

The query sequence (length=1004) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7kc0:A 1004 1004 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 3iay:A, 6p1h:A
2 6s1m:A 1010 1020 0.5000 0.4970 0.4922 0.0 6s1n:A, 6s1o:A, 6tny:A, 6tnz:A
3 8v1t:A 1064 928 0.2361 0.2227 0.2554 1.94e-76
4 8v1q:A 1097 952 0.2390 0.2188 0.2521 3.77e-73 8exx:A, 7luf:A, 7luf:B, 8oj6:A, 8oj7:A, 8ojb:A, 8ojd:A, 8v1r:A, 8v1s:A, 8vq2:A, 8vq2:B
5 9enp:A 1072 941 0.2341 0.2192 0.2497 7.19e-70 9enq:A, 8oja:A
6 8tlq:A 1283 760 0.1982 0.1551 0.2618 1.77e-67 8tlt:A, 6v93:A
7 8tlq:A 1283 151 0.0359 0.0281 0.2384 0.012 8tlt:A, 6v93:A
8 4ail:C 750 684 0.1892 0.2533 0.2778 6.03e-59 2jgu:A
9 6wya:A 756 847 0.2151 0.2857 0.2550 6.99e-59 6wyb:A
10 7s0t:A 1231 750 0.1922 0.1568 0.2573 2.07e-58
11 7s0t:A 1231 149 0.0359 0.0292 0.2416 0.013
12 4k8x:A 759 841 0.2092 0.2767 0.2497 1.45e-56 6is7:A, 6is7:B, 6isf:A, 6isf:B, 6isg:A, 6ish:A, 6isi:A, 4k8z:A, 5omf:A, 5omq:A, 5omv:A, 7om3:A, 7omb:A, 7omg:A, 6q4t:A, 7rsr:A, 7rss:A, 7rsu:A, 8t3x:A, 7tqw:A, 5vu6:A, 5vu7:A, 5vu9:A
13 5mdn:A 761 884 0.2430 0.3206 0.2760 3.61e-56 5mdn:B
14 7lxd:A 1190 756 0.1942 0.1639 0.2579 4.33e-55 6v8p:A
15 7lxd:A 1190 151 0.0359 0.0303 0.2384 0.013 6v8p:A
16 7b0h:F 762 600 0.1723 0.2270 0.2883 4.93e-55 7b07:A, 7b08:A, 7b0f:A, 7b0g:A, 7b0h:E, 1qqc:A, 5vu8:A, 2vwj:A, 2xhb:A
17 4flu:A 758 843 0.2191 0.2902 0.2610 3.73e-54 4flt:A, 4flv:A, 4flw:A, 4flx:A, 4fly:A, 4flz:A, 4fm0:A, 4fm1:A, 4fm2:A
18 7opl:A 1070 620 0.1723 0.1617 0.2790 3.56e-47 6as7:A, 9c8v:C, 8d96:C, 8d9d:C, 5exr:C, 5exr:G, 5iud:A, 5iud:D, 5iud:G, 5iud:J, 7n2m:A, 4q5v:A, 4q5v:E, 4qcl:A, 8qj7:A, 7u5c:C, 8vy3:C, 4y97:B, 4y97:D, 4y97:F, 4y97:H
19 1d5a:A 733 599 0.1663 0.2278 0.2788 5.66e-46
20 8v6g:A 1050 621 0.1673 0.1600 0.2705 3.59e-45 8v6h:A, 8v6i:A, 8v6j:A
21 8g99:A 1063 621 0.1633 0.1543 0.2641 6.78e-42 8g9f:A, 8g9l:A, 8g9n:A, 8g9o:A, 8ucu:A, 8ucv:A, 8ucw:A, 8v5m:A, 8v5n:A, 8v5o:A
22 8d0b:F 915 421 0.1145 0.1257 0.2732 3.53e-34 8d0k:F
23 8fok:1 1046 607 0.1524 0.1463 0.2521 4.21e-31 3flo:B, 3flo:D, 3flo:F, 3flo:H, 4fxd:A, 4fxd:B, 4fyd:A, 4fyd:B
24 3k57:A 782 700 0.1733 0.2225 0.2486 1.81e-30 3k58:A, 3k59:A, 3k5l:A, 3k5m:A, 3maq:A
25 3k5n:A 759 685 0.1663 0.2200 0.2438 2.94e-29
26 7uy7:E 783 576 0.1315 0.1686 0.2292 3.34e-22
27 1s5j:A 727 790 0.1932 0.2669 0.2456 2.82e-20
28 8wpe:A 1006 383 0.0896 0.0895 0.2350 9.02e-16 8hg1:A, 8hpa:A, 8j86:A, 8j8f:A, 8j8g:A, 8k8s:A, 8k8u:A, 5n2g:A, 8wpf:A, 8wpk:A, 8wpp:A
29 2oyq:A 848 407 0.1046 0.1238 0.2580 1.64e-15 4i9q:A, 2oyq:B, 2p5g:B, 2p5o:B
30 8ojc:A 395 259 0.0627 0.1595 0.2432 3.80e-14
31 4i9q:B 873 428 0.1056 0.1214 0.2477 2.32e-12 4khn:B, 2p5o:A, 2p5o:C
32 3cfo:A 906 314 0.0827 0.0916 0.2643 1.62e-10 2atq:A, 3cfp:A, 3cfr:A, 1clq:A, 3cq8:A, 2dtu:A, 2dtu:B, 2dtu:C, 2dtu:D, 4dtj:A, 4dtm:A, 4dtn:A, 4dto:A, 4dtp:A, 4dtr:A, 4dts:A, 4dtu:A, 4dtx:A, 4du1:A, 4du3:A, 4du4:A, 2dy4:A, 2dy4:B, 2dy4:C, 2dy4:D, 4e3s:A, 7f4y:A, 7f4y:B, 4fj5:A, 4fj7:A, 4fj8:A, 4fj9:A, 4fjg:A, 4fjh:A, 4fji:A, 4fjj:A, 4fjk:A, 4fjl:A, 4fjm:A, 4fjn:A, 4fjx:A, 4fk0:A, 4fk2:A, 4fk4:A, 4i9l:A, 1ig9:A, 1ih7:A, 4j2a:A, 4j2b:A, 4j2d:A, 4j2e:A, 3kd1:E, 3kd5:E, 4khn:A, 4khq:A, 4khs:A, 4khu:A, 4khw:A, 4khy:A, 4ki4:A, 4ki6:A, 3l8b:A, 3l8b:B, 3lds:A, 3lzi:A, 3lzj:A, 4m3r:A, 4m3t:A, 4m3u:A, 4m3w:A, 4m3x:A, 4m3y:A, 4m3z:A, 4m41:A, 4m42:A, 4m45:A, 3nae:A, 3nci:A, 3ndk:A, 3ne6:A, 3ngi:A, 3nhg:A, 2oyq:C, 2oyq:D, 2ozm:A, 2ozs:A, 2p5g:A, 2p5g:C, 2p5g:D, 1q9x:A, 1q9x:B, 1q9x:C, 1q9x:D, 1q9y:A, 3qei:A, 3qep:A, 3qer:A, 3qes:A, 3qet:A, 3qev:A, 3qew:A, 3qex:A, 3qnn:A, 3qno:A, 3rma:A, 3rma:B, 3rma:C, 3rma:D, 3rmb:A, 3rmb:B, 3rmb:C, 3rmb:D, 3rmc:A, 3rmc:B, 3rmc:C, 3rmc:D, 3rmd:A, 3rmd:B, 3rmd:C, 3rmd:D, 3rwu:A, 3s9h:A, 3scx:A, 3si6:A, 3sjj:A, 3snn:A, 3spy:A, 3spz:A, 3sq0:A, 3sq1:A, 3sq2:A, 3sq4:A, 3sun:A, 3suo:A, 3sup:A, 3suq:A, 3tab:A, 3tab:B, 3tab:C, 3tab:D, 3tae:A, 3tae:C, 3tae:B, 3tae:D, 3taf:A, 3taf:B, 3taf:C, 3taf:D, 3tag:A, 3tag:C, 3tag:B, 3tag:D, 3uiq:A, 1waf:A, 1waf:B, 1waj:A
33 9b8t:A 1146 346 0.0707 0.0620 0.2052 0.002 9b8s:A, 9f6d:A, 9f6e:A, 9f6f:A, 9f6i:A, 9f6j:A, 9f6k:A, 9f6l:A
34 1noy:B 346 110 0.0299 0.0867 0.2727 0.003
35 6s2e:A 1006 144 0.0339 0.0338 0.2361 0.57 6s2f:A
36 4m8o:A 1126 144 0.0339 0.0302 0.2361 0.67 8b6k:A, 8b6k:B, 8b76:B, 8b76:A, 8b77:A, 8b79:B, 8b79:A, 8b7e:B, 8b7e:A, 6fwk:A, 6h1v:A, 6i8a:A, 5oki:B, 4ptf:A, 6qib:A, 7r3x:A, 7r3y:A, 8tw9:E, 8twa:E
37 6s24:A 537 92 0.0229 0.0428 0.2500 0.97 6s22:A
38 6g0a:A 1104 70 0.0219 0.0199 0.3143 1.8 8b67:A, 6fwk:B, 6i8a:B, 7r3y:B
39 6o43:A 199 25 0.0129 0.0653 0.5200 4.9
40 3qur:A 249 57 0.0149 0.0602 0.2632 7.4 3qun:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218