Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
LSKIIFRLLLNVLMSIIAIISYQWYEQLGIHLTVAPFSLLGIAIAIFLGFRNSASYSRFVEARNLWGTVLIAERTLVRQL
RNILPAEHDAHRRIVSYLVAFSWSLKHQLRKTDPTADLRRLLAEERVTEILASSMPTNRILLLAGNEIGQLREAGKLSDI
TYGLMDNKLDELAHVLGGCERLATTPVPFAYTLILQRTVYLFCTLLPFALVGDLHYMTPFVSVFISYTFLSWDSLAEELE
DPFGTAANDLPLNAMCNTIERNLLDMTGQH

The query sequence (length=270) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6iv3:A 274 269 0.9889 0.9745 0.9926 0.0 6iv0:A, 6iv0:B, 6iv0:C, 6iv0:D, 6iv0:E, 6iv1:A, 6iv1:B, 6iv1:C, 6iv1:D, 6iv1:E, 6iv2:A, 6iv2:B, 6iv2:C, 6iv2:D, 6iv2:E, 6iv3:B, 6iv3:C, 6iv3:D, 6iv3:E, 6iv4:A, 6iv4:B, 6iv4:C, 6iv4:D, 6iv4:E, 6ivj:A, 6ivj:B, 6ivj:C, 6ivj:D, 6ivj:E, 6ivk:A, 6ivk:B, 6ivk:C, 6ivk:D, 6ivk:E, 6ivl:A, 6ivl:B, 6ivl:C, 6ivl:D, 6ivl:E, 6ivm:A, 6ivm:B, 6ivm:C, 6ivm:D, 6ivm:E, 6ivn:A, 6ivn:B, 6ivn:C, 6ivn:D, 6ivn:E, 6ivo:A, 6ivo:B, 6ivo:C, 6ivo:D, 6ivo:E, 6ivp:A, 6ivp:B, 6ivp:C, 6ivp:D, 6ivp:E, 6ivq:A, 6ivq:B, 6ivq:C, 6ivq:D, 6ivq:E, 6ivr:A, 6ivr:B, 6ivr:C, 6ivr:D, 6ivr:E, 6ivw:A, 6ivw:B, 6ivw:C, 6ivw:D, 6ivw:E, 6jlf:A, 6jlf:B, 6jlf:C, 6jlf:D, 6jlf:E, 4wd7:A, 4wd7:B, 4wd7:C, 4wd7:D, 4wd7:E, 4wd8:A, 4wd8:B, 4wd8:C, 4wd8:D, 4wd8:E, 5x87:A, 5x87:B, 5x87:C, 5x87:D, 5x87:E
2 7pl9:A 994 255 0.2370 0.0644 0.2510 6.69e-17 7pl9:B, 7pl9:C, 7pl9:D, 7pl9:E
3 4rdq:A 366 162 0.1556 0.1148 0.2593 0.019 6n23:A, 6n23:B, 6n23:C, 6n23:D, 6n23:E, 6n25:A, 6n25:B, 6n25:C, 6n25:D, 6n25:E, 6n27:A, 6n27:B, 6n27:C, 6n27:D, 6n27:E, 6n28:A, 6n28:B, 6n28:C, 6n28:D, 6n28:E, 4rdq:B, 4rdq:C, 4rdq:D, 4rdq:E, 5t5n:A, 5t5n:B, 5t5n:C, 5t5n:D, 5t5n:E
4 8d1e:D 376 134 0.1296 0.0931 0.2612 0.15 8d1e:E, 8d1e:C, 8d1e:A, 8d1e:B, 8d1f:C, 8d1f:E, 8d1f:A, 8d1f:D, 8d1f:B, 8d1g:A, 8d1g:B, 8d1g:E, 8d1g:C, 8d1g:D, 8d1h:E, 8d1h:B, 8d1h:A, 8d1h:C, 8d1h:D, 8d1n:E, 8d1n:D, 8d1n:A, 8d1n:C, 8d1n:B, 8ecy:E, 8ecy:C, 8ecy:G, 8ecy:K, 8ecy:N, 6vx6:E, 6vx6:A, 6vx6:B, 6vx6:C, 6vx6:D, 6vx7:C, 6vx7:A, 6vx7:B, 6vx7:E, 6vx7:D
5 8xgc:I 745 127 0.1370 0.0497 0.2913 0.38
6 8b9a:X 665 122 0.1259 0.0511 0.2787 0.59 8b9b:X, 8b9c:X, 7pmk:X, 7pmn:X
7 9ctq:D 376 126 0.1111 0.0798 0.2381 0.67 9ctq:E, 9ctq:C, 9ctq:B, 9ctq:A, 9ctr:B, 9ctr:A, 9ctr:C, 9ctr:E, 9ctr:D, 9cts:B, 9cts:E, 9cts:D, 9cts:A, 9cts:C, 9ctt:D, 9ctt:B, 9ctt:E, 9ctt:A, 9ctt:C, 8d1i:D, 8d1i:B, 8d1i:E, 8d1i:A, 8d1i:C, 8d1j:A, 8d1j:C, 8d1j:B, 8d1j:D, 8d1j:E, 8d1k:D, 8d1k:B, 8d1k:A, 8d1k:E, 8d1k:C, 8d1l:B, 8d1l:C, 8d1l:A, 8d1l:D, 8d1l:E, 8d1o:E, 8d1o:A, 8d1o:B, 8d1o:C, 8d1o:D
8 2imz:A 144 46 0.0593 0.1111 0.3478 3.2 5i0a:A, 3ifj:A, 3ifj:B, 3igd:A, 2imz:B, 5k08:A
9 7ufr:A 1038 76 0.0852 0.0222 0.3026 9.4 7ufr:B, 7ufr:C, 7ufr:D, 7ufu:A, 7ufu:B, 7ufu:C, 7ufu:D
10 6r8r:A 362 65 0.0630 0.0470 0.2615 10.0 7arg:A, 7b2v:A, 7b2y:A, 7b2z:A, 7b37:A, 7b3f:A, 7b3g:A, 7b3h:A, 7b3i:A, 7b3p:A, 7b3x:A, 7b45:A, 7b4x:A, 7b50:A, 7b7w:A, 7b7x:A, 7b7y:A, 7b84:A, 7b86:A, 7b87:A, 7b89:A, 7b8a:A, 7b8c:A, 7b8d:A, 7b8f:A, 7b8g:A, 7b8j:A, 7b8k:A, 7b8l:A, 7b8m:A, 7b8n:A, 7b8o:A, 7b8u:A, 7b8x:A, 7b8y:A, 7b8z:A, 7b98:A, 7b99:A, 7b9d:A, 7b9i:A, 7b9n:A, 7b9u:A, 7ba1:A, 7bac:A, 7bap:A, 7bc8:A, 7bc9:A, 7bcc:A, 7bcd:A, 7bcf:A, 7bch:A, 7bci:A, 7bck:A, 7bcl:A, 7bd2:A, 7bd3:A, 7bd4:A, 7bd5:A, 7bd6:A, 7bd8:A, 7bd9:A, 7bda:A, 7bdb:A, 7bdc:A, 7bdd:A, 7bdf:A, 7bdg:A, 7bdh:A, 7bli:A, 7bls:A, 7blt:A, 7blu:A, 7blw:A, 7bm1:A, 7bm3:A, 7bm7:A, 7bmb:A, 7bmd:A, 7bn5:A, 7bn8:A, 7bnb:A, 7bnc:A, 7bnd:A, 7bne:A, 7bnf:A, 7bnj:A, 7bnl:A, 7bo1:A, 7bo2:A, 7bo5:A, 8bsp:A, 8bsq:A, 8bsr:A, 8bsz:A, 8bt0:A, 8bt2:A, 8bt5:A, 8bt7:A, 8bt8:A, 8bta:A, 8btc:A, 8bte:A, 8bth:A, 8bti:A, 7pjr:A, 7pk3:A, 7pkv:A, 7qvz:A, 6r8p:A, 6r8q:A, 6t2h:A, 6t2k:A, 6tr5:A, 6tr6:A, 6tr7:A, 6tuz:A, 6tv4:A, 4uyw:A, 4uz6:A, 4uz6:B, 4uz9:A, 4uzl:A, 4uzl:B, 4uzq:A, 6ysk:A, 6yuw:A, 6yuy:A, 6yv0:A, 6yv2:A, 6yv4:A, 6yxi:A, 6zuv:A, 6zvl:A, 6zyf:A, 6zyf:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218